Andreas Tille pushed to branch master at Debian Med / diamond-aligner
Commits: ec27f763 by Andreas Tille at 2020-06-03T18:46:31+02:00 Run test suite verbosely (no --quiet option) - - - - - 2 changed files: - debian/changelog - debian/tests/diamond-calls Changes: ===================================== debian/changelog ===================================== @@ -1,3 +1,9 @@ +diamond-aligner (0.9.33-2) UNRELEASED; urgency=medium + + * Run test suite verbosely (no --quiet option) + + -- Andreas Tille <[email protected]> Wed, 03 Jun 2020 18:46:00 +0200 + diamond-aligner (0.9.33-1) unstable; urgency=medium * New upstream version ===================================== debian/tests/diamond-calls ===================================== @@ -6,43 +6,43 @@ set -x TESTDIR=`mktemp -d` #TODO: 10 DONE: 0 Running: 4 -> 14 -diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null -diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null #TODO: 10 DONE: 1 Running: 3 -> 12 -diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null -diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null #TODO: 10 DONE: 1 Running: 3 -> 12 -diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null # TODO: 10 DONE: 1 Running: 3 -> 12 -diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/C.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.C.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null # TODO: 10 DONE: 1 Running: 3 -> 12 -diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null # TODO: 10 DONE: 2 Running: 3 -> 11 -diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null -diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null -diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/C.faa' --out $TESTDIR/C.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null # TODO: 10 DONE: 3 Running: 3 -> 10 -diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null -diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/E.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.E.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null # TODO: 10 DONE: 4 Running: 3 -> 9 -diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null # TODO: 10 DONE: 5 Running: 3 -> 8 -diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null -diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null -diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null -diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/L.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.L.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/E.faa' --out $TESTDIR/E.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null #TODO: 10 DONE: 6 Running: 3 -> 7 -diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null -diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null -diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --quiet --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/C2.faa' --out $TESTDIR/C2.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/C2.faa.diamond' --query 'test/M.faa' --out $TESTDIR/M.faa.vs.C2.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null +diamond blastp --threads 1 --db 'test/M.faa.diamond' --query 'test/L.faa' --out $TESTDIR/L.faa.vs.M.faa.diamond -e 1e-05 --outfmt 6 --sensitive 2>/dev/null rm -rf $TESTDIR View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/ec27f76348b4aaf195a9cc78bd09ca5b017ba3ba -- View it on GitLab: https://salsa.debian.org/med-team/diamond-aligner/-/commit/ec27f76348b4aaf195a9cc78bd09ca5b017ba3ba You're receiving this email because of your account on salsa.debian.org.
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