Hello,

1.

Be careful though because increasing these switches too much may cause
misassemblies. But if your virus genome is mostly repeat-free, I guess
it is safe.

2.

Duplicating input data presumably causes other effects such as the loss
of randomness in your signal.

3.

If your Illumina data are paired, you can try wgs-assembler or Minimus,
but the pitfall will be that these tools will hardly handle the
accompanying host data in your problem.


Sébastien

Lionel Frangeul a écrit :
> Le 8/14/12 5:34 PM, Sébastien Boisvert a écrit :
>> Lionel Frangeul a écrit :
>>>
>>> Y a t il une variable sur la quelle je peux jouer pour que Ray accepte 
>>> mieux les variations de couverture
>>> dans ses contigs ?
>>>
>>
>> Il y a des trucs dans le code source, mais pas de paramètres directement.
>>
>> Dans code/plugin_SeedExtender/SeedExtender.cpp
>>
>>         double multiplierForAddingReads=1.5;
>>
>>         si vous l'augmenter, Ray sera moins conservateur
>>
>> code/application_core/constants.h
>>
>>         #define REPEAT_MULTIPLIER 2
>>
>>         si vous l'augmenter, Ray sera moins conservateur
>>
>
> Bonjour,
>
> J'ai testé ces 2 variables à 2X puis 3X (je ne sais pas vraiment sur quelle 
> échelle
> les faire variées). Je suis passé de 4 à 3 contigs. J'essaye 10X aujourd'hui.
>
>>>
>>> Dans un test de très basse couverture (problème inverse donc) j'ai des 
>>> résultats de Ray très
>>> décevant par rapport à l'assembleur de CLCgenomic (qui, lui, marche très 
>>> mal dans l'exemple précédent).
>>> J' ai un génome d'HTLV1 dans des reads de génome humain. Après avoir filtré 
>>> les reads humains
>>> avec bowtie2 il me reste en gros 500 000 reads dont 241 d'HTLV1 qui 
>>> couvrent très légèrement
>>> le génome (cf figure). Ray ne me donne quasiment rien quelque soit le k.
>>
>> Probablement parce que Ray considère uniquement les k-mers qu'il voit au 
>> moins 2 fois.
>>
>
> Oui mais pourquoi quand je duplique le fastq pour que chaque kmer existe au 
> moins
> 2 fois je ne retrouve plus aucun contig viral dans le résultat ?
>
>
>>> Si j'essaye d'augmenter artificiellement la couverture en dupliquant le 
>>> fastq je ne retrouve
>>> même plus de contigs HTLV1 dans le résultat ?
>>>
>>> Même question que précédemment, y a t il un moyen d'obtenir de meilleurs 
>>> résultats ?
>>>
>>
>> Dans le cas où il y a très peu de couverture, je crois qu'assembleur 
>> overlap-layout-concensus sera peut-être lus approprié.
>>
>
> Avez-vous un de ces assembleurs à me recommander ?
>
>


------------------------------------------------------------------------------
Live Security Virtual Conference
Exclusive live event will cover all the ways today's security and 
threat landscape has changed and how IT managers can respond. Discussions 
will include endpoint security, mobile security and the latest in malware 
threats. http://www.accelacomm.com/jaw/sfrnl04242012/114/50122263/
_______________________________________________
Denovoassembler-users mailing list
Denovoassembler-users@lists.sourceforge.net
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/denovoassembler-users

Reply via email to