[Please use the mailing list] Ray is not finding your sequence files because your working directory is incorrect.
You need to add cd $PBS_O_WORKDIR to your job script because otherwise your working directory is $HOME. On Thursday, May 15, 2014 11:46 AM, florian [lefrenc...@hotmail.fr] wrote: > To: Boisvert, Sebastien > Subject: problème ouverture de fichiers avec Ray > > Bonjour , > je suis actuellement en train d'utiliser votre logiciel ray, sur le > cluster colosse. > Cependant, j'ai un léger souci que je n'arrive pas a résoudre. > J'ai créer un script (mis en PJ) qui me permet de lancer le job sur > colosse, via l'interface PBS/Torque. Si je passe ce job par msub, ray > tourne mais ne trouve pas de séquences dans mes fichiers. > Cependant, ce script lancé directement dans le terminal fonctionne, il > trouve bien les sequences de reads présent dans mes fastq. > > Avez-vous une idée de l'erreur que j'aurais pu faire, ou bien est-ce la > présence d'un bug déjà répertorié ? > > Cordialemnt > Thonier Florian > ------------------------------------------------------------------------------ "Accelerate Dev Cycles with Automated Cross-Browser Testing - For FREE Instantly run your Selenium tests across 300+ browser/OS combos. Get unparalleled scalability from the best Selenium testing platform available Simple to use. Nothing to install. Get started now for free." http://p.sf.net/sfu/SauceLabs _______________________________________________ Denovoassembler-users mailing list Denovoassembler-users@lists.sourceforge.net https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/denovoassembler-users
