It was automatically created in the same folder of the old one -> label However, inside this folder there are the old rh.BAxxx.label. The new ones (BAxxx.thresh.label) were created inside the Freesurfer folder, could it be related to that?
Quoting Anastasia Yendiki <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>: > What's the location of the new rh.BA.annot that was created by > mris_label2annot? You need to pass that same file to > mris_anatomical_stats with the -a option. > > On Tue, 26 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote: > >> After running the mri_label2label and mris_label2annot a new >> rh.BA.annot file was created (I had to remove the old one since it >> doesn't overwritte) but when running >> >> [user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f >> ../stats/rh.BA.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab SUBJECT rh >> white >> >> It says that can't read annotation file: >> >> INFO: assuming MGZ format for volumes. >> computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. >> reading volume /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/mri/wm.mgz... >> reading input surface /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... >> reading input pial surface >> /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.pial... >> reading input white surface >> /home/user/visao/Freesurfer//SUBJECT/surf/rh.white... >> could not read annot file ./rh.BA.annot >> No such file or directory >> mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot >> No such file or directory >> >> I only tried with rh, but I don't think that's a problem is it? >> >> Thank you! >> >> Andreia >> >> >> >> Quoting Anastasia Yendiki <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>: >> >>> In the "BA label" section there are: >>> - Several mri_label2label commands that map each label from >>> fsaverage space to your indidvidual's space >>> - One mris_label2annot command that combines the mapped label into >>> an annotation file. >>> - One mris_anatomical_stats command that gets stats for that annotation. >>> >>> For each of these commands you can run them with --help to see >>> what the inputs and outputs are, or look them up on the wiki. >>> >>> On Tue, 26 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote: >>> >>>> Nevermind the last email... If I change the output (wich is the second >>>> place where BAxx.label appears, right?) file name and give the subjs >>>> id this won't be a problem... Anyway, what are these files for? Will I >>>> need to use them somehow? >>>> > Thanks >>>> Andreia >>>> > > Quoting _andre...@sapo.pt: >>>> > > Addicionaly, this approach is creating an individual file for each >>>> > BAxxx.thresh.label (see atchment) and I think that if I run these >>>> > commands for another subject these outputs will be replaced since >>>> > the name of the files has no info relating to the subject who it >>>> > belongs. >>>> > > > I'm kind of lost here... >>>> > > > > > > > > > > > Quoting _andre...@sapo.pt: >>>> > > > > Hi, >>>> > > > > > I run the command for each BA labels of the right >>>> hemisphere and then > > > run: >>>> > > > > > [user@host87 Freesurfer]$ mris_anatomical_stats -mgz -f >>>> > > ../stats/rh.BA.thresh.stats -b -a ./rh.BA.annot -c ./BA.ctab >>>> > > SUBJECT rh white >>>> > > > > > Which resulted in: >>>> > > > > > INFO: assuming MGZ format for volumes. >>>> > > computing statistics for each annotation in ./rh.BA.annot. >>>> > > reading volume > > > >>>> /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/mri/wm.mgz... >>>> > > reading input surface >>>> > > /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... >>>> > > reading input pial surface >>>> > > /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.pial... >>>> > > reading input white surface >>>> > > /home/user/visao/Freesurfer//ANTONIOVELOSO_2/surf/rh.white... >>>> > > could not read annot file ./rh.BA.annot >>>> > > No such file or directory >>>> > > mris_anatomical_stats: could not read annotation file ./rh.BA.annot >>>> > > No such file or directory >>>> > > > > > What is wrong? Is there a way to run everything that is >>>> needed to >>>> > > get the BA stats at once using the BAxxx.thresh.label? >>>> > > > > > Thank you, >>>> > > Andreia >>>> > > > > > Quoting Anastasia Yendiki <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>: >>>> > > > > > > If you replace *every* occurence of BAxxx.label with >>>> > > > BAxxx.thresh.label, this will keep things simple and you won't >>>> > > > have to worry about which one is input and which one is output. >>>> > > > > > > > Run *all* the commands from the "BA labels" >>>> section, all the way >>>> > > > to the end of that section, this will get you to the stats. >>>> > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote: >>>> > > > > > > > > Ok. So the first is the input and the second is >>>> the output, >>>> > > > > correct? So I'll have a different file for each out put? Is it >>>> > > > > possible to have a table with the different measures after the >>>> > > > > threshold? >>>> > > > > > > > > > Thank you very much and I apologize for the >>>> naive questions... >>>> > > > > > > > > > Andreia >>>> > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki >>>> <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>: >>>> > > > > > > > > > > What you call the output label is up to you. >>>> What you call the >>>> > > > > > input label is more important - it has to be a file that >>>> > > > > > actually exists. >>>> > > > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote: >>>> > > > > > > > > > > > > Ah ok! Sorry... In both places? >>>> > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>: >>>> > > > > > > > > It's .thresh.label, not .threshold.label. >>>> > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote: >>>> > > > > > > > > > > > Hi Anastasia! >>>> > > > > > > > > > The command in the recon-all.log is this one: >>>> > > > > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage >>>> --srclabel > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/rh.BA1.label >>>> > > > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel >>>> ./rh.BA1.label > > > > > > > > > --hemi >>>> > > > > > > > > rh > > > > --regmethod surface >>>> > > > > > > > > > And I tried substituing BAxxx.label by > > > > >>>> > > > > > > BAxxx.thresh.label >>>> > > > > > > > > like > > > > this: >>>> > > > > > > > > > mri_label2label --srcsubject fsaverage --srclabel >>>> > > > > > > > > >>>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label > > > >>>> > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > --trgsubject SUSANAFERREIRA --trglabel >>>> > > > > > > > > ./lh.BA1.thresolh.label --hemi lh --regmethod surface >>>> > > > > > > > > > gave an error : >>>> > > > > > > > > > SUBJECTS_DIR /home/user/visao/Freesurfer/ >>>> > > > > > > > > FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer >>>> > > > > > > > > Loading source label. >>>> > > > > > > > > No such file or directory >>>> > > > > > > > > mri_label2label: could not open label file > > > > >>>> > > > > > > > > >>>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label >>>> > > > > > > > > Illegal seek >>>> > > > > > > > > ERROR reading > > > > >>>> > > > > > > > > >>>> /home/user/visao/Freesurfer/fsaverage/label/lh.BA1.threshold.label >>>> > > > > > > > > > Thus, I substitued only in the second >>>> BAxxx.label and > > > > > > > > > > it >>>> > > > > > > > > worked. I > > > > > thought that was it, but >>>> then the > > > > > > > > > values >>>> > > > > > > > > were the same. I'm sorry, I'm not sure what is missing. >>>> > > > > > > > > > Thank you! >>>> > > > > > > > > > Andreia >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>: >>>> > > > > > > > > > > Hi Andreia - What you're rerunning is using > >>>> > > > > > > > > > > BAxxx.label >>>> > > > > > > > > instead > > > > > of >>>> > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label. So of course the results >>>> will be > > > > > > > > > > the >>>> > > > > > > > > same as > > > > before >>>> > > > > > > > > > you copied over the BAxxx.thresh.label files, b/c these >>>> > > > > > > > > new files > > > > > > aren't >>>> > > > > > > > > > being used in 5.0. >>>> > > > > > > > > > > > You'll need to find the "BA labels" section in >>>> > > > > > > > > recon-all.log > > > > > > and rerun >>>> > > > > > > > > > those commands yourself, changing every >>>> BAxxx.label to > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label. >>>> > > > > > > > > > > > Hope this helps, >>>> > > > > > > > > > a.y >>>> > > > > > > > > > > > On Mon, 25 Mar 2013, _andre...@sapo.pt wrote: >>>> > > > > > > > > > > > > Hello list! >>>> > > > > > > > > > > > > > Any suggestions on what I may be doing wrong? >>>> > > > > > > > > > > > > > Thanks! >>>> > > > > > > > > > > Andreia >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ----- Mensagem encaminhada >>>> de > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andre...@sapo.pt ----- >>>> > > > > > > > > > > Data: Sun, 24 Mar 2013 19:11:13 +0000 >>>> > > > > > > > > > > De: _andre...@sapo.pt >>>> > > > > > > > > > > Assunto: Re: [Freesurfer] Brodmann area thickness, >>>> > > > > > > > > surface area > > > > > and > > > volume >>>> > > > > > > > > > > Para: Anastasia Yendiki >>>> > > > > > > > > <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>, > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > freesurfer >>>> > > > > > > > > > > <freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu> >>>> > > > > > > > > > > Cc: Bruce Fischl <fis...@nmr.mgh.harvard.edu> >>>> > > > > > > > > > > > > > Hi all, >>>> > > > > > > > > > > > > > I want to study Brodmann Areas cortical >>>> > > > > > > > > > > > > > > thickness, >>>> > > > > > > > > surface > > > > > > > > area and >>>> > > > > > > > > > > volume. I've added the 5.2 >>>> BAxxx.threshold.label to > > > > > > > > > > > my >>>> > > > > > > > > 5.0 > > > > > fsaverage >>>> > > > > > > > > > > and run the recon-all BA labels command. Now >>>> I run > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > aparcstats2table >>>> > > > > > > > > > > and get a table with the values but they are >>>> the same > > > > > > > > > > > as before >>>> > > > > > > > > > > running the BAxxx.threshold.label. >>>> > > > > > > > > > > > > > So, everything is working but the >>>> values > > > > > > > > > > > > > > haven't >>>> > > > > > > > > changed. > > > > > > > > Am I > > > missing >>>> > > > > > > > > > > something? Do I need to run any other command >>>> so to > > > > > > > > > > > the >>>> > > > > > > > > > > > > > threshold > > > have >>>> > > > > > > > > > > effect? >>>> > > > > > > > > > > > > > Andreia >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>: >>>> > > > > > > > > > > > > > > Sounds like centos4 is probably the >>>> safest > > > > > > > > > > > > > > > bet >>>> > > > > > > > > for you, > > > > > > > > > although > > > > you >>>> > > > > > > > > > > > should ask the list this question. >>>> > > > > > > > > > > > > > > > Sorry, I don't know what values you want to >>>> > > > > > > > > get in a > > > > > > > > > > table. >>>> > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, >>>> _andre...@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > Ah ok! Anyway, I'm thinking of >>>> working > > > > > > > > > > > > > > > > > with >>>> > > > > > > > > 5.2, > > > > > > > > > > > should I > > > > > download >>>> > > > > > > > > > > > > the version for centOS 4 then? >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > After running the new > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > BAxxx.thresh.label >>>> > > > > > > > > files how > > > > > > > > > > > > can I get the >>>> > > > > > > > > > > > > values in a table? >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting >>>> > > > > > > > > Anastasia > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > Yendiki > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > It doesn't matter. You just >>>> need to > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use >>>> > > > > > > > > those > > > > > > > > > > > > > .label files from >>>> > > > > > > > > > > > > > the fsaverage directory in the 5.2 > > >>>> > > > > > > > > > > > > distritbution. >>>> > > > > > > > > You > > > > > > > > don't > > > > > > need >>>> > > > > > > > > > > > > > to run any of the executables from the >>>> 5.2 > > > > > > > > > > > > > > distribution. >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > _andre...@sapo.pt wrote: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm using Centos5, which >>>> file > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > should >>>> > > > > > > > > I > > > > > > > > > > > > > > > download? The one for >>>> > > > > > > > > > > > > > > CentOS 6 or > 4? >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > You'll need to go to the section of >>>> > > > > > > > > recon-all.log > > > > > > > > > > > under > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > the >>>> > > > > > > > > > > > > > > > heading "BA > > labels". You'll >>>> need to > > > > > > > > > > > > > > > > rerun >>>> > > > > > > > > the > > > > > > > > > > commands > > > > > > > > in >>>> > > > > > > > > > > > > > > > that section, but instead > > of using the >>>> > > > > > > > > BAxxx.label > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> files, > > > > > > > > > us >>>> > > > > > > > > > > > > > > > the BAxxx.thresh.label files, which >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > you'll >>>> > > > > > > > > find in > > > > > > > > > > the >>>> > > > > > > > > > > > > > > > fsaverage subject dir in the 5.2 > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > distribution. >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, >>>> _andre...@sapo.pt > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hello Anastasia, >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > How should I proceed to get the >>>> > > > > > > > > different BAs > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > measures >>>> > > > > > > > > > > > > > > > output with > > > > FS > 5.0? >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you very much! >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Anastasia Yendiki > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > <ayend...@nmr.mgh.harvard.edu>: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > The thresholded labels are >>>> in the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 5.2 >>>> > > > > > > > > version > > > > > > > > > > > > > of >>>> > > > > > > > > > > > > > > > fsaverage > > > > > under: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > >>>> $FREESURFER_HOME/subjects/fsaverage/label/*.thresh.label >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, >>>> Bruce Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Anastasia? >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Sat, 23 Mar 2013, > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > _andre...@sapo.pt wrote: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Ok, that was my guess... I am >>>> > > > > > > > > running > > > > > > > > > > > > > > > against > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a >>>> > > > > > > > > > > > > > > > deadline, > > > > > > > any > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > news on >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > automatically computing >>>> the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > correct >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > script? >>>> > > > > > > > > > > > > > > > Will I > > > > > > be > > > > able to >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use it in 5.0? >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks you! >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce >>>> Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > <fis...@nmr.mgh.harvard.edu>: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > yes. Surface area will be >>>> > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > > > > affected > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > much >>>> > > > > > > > > > > > > > > > more than > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > thickness > > > > > > > > (and > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > volume of > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > course >>>> > > > > > > > > scales > > > > > > > > > > > > > with > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > area) >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, 22 Mar >>>> 2013, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _andre...@sapo.pt > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Bruce, >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you for >>>> the > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > quick response! >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > In the meanwhile, does >>>> > > > > > > > > that also > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> apply > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > to >>>> > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > >>>> > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > >>>> cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > cortical > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > thickness > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > volume? >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thank you! >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Andreia >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Quoting Bruce >>>> Fischl > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > <fis...@nmr.mgh.harvard.edu>: >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Andreia >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the issue >>>> is that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the >>>> > > > > > > > > BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > labels >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contain >>>> > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > > > > >>>> point > > > > > > > > > > > > > > > > > every > > > > > > > > > >>>> > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > >>>> > > > > > > > > > > has > > > > > > > > > > any > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > non-zero >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > probability (no >>>> matter > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > how >>>> > > > > > > > > small!) > > > > > > > > > > > > > > > > > of > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > being > > > > > > > > > > > > > > > > > in >>>> > > > > > > > > > > > > > > > that > > > > > > > > > label. > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > So > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > total >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > label 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I >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe she and Nick >>>> > > > > > > > > integrated > > > > > > > > > > > > > > > > > them >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > into > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > 5.2 >>>> > > > > > > > > > > > > > > > so that > > > > > > > > > the > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > are >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > computed both > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thresholded >>>> > > > > > > > > and > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > unthresholded, > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > hopefully > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > they > > > > > > > > > > > > > > > > > > can > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 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I'm >>>> using FS > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> 5.0 >>>> > > > > > > > > and some > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > time > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ago I >>>> > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > >>>> told > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > >>>> > > > by > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > was > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> >>>>>>>>>>>>>>>>>> >>>>>> >>>> > > > > > > > > > > > > > > > Bruce that I had > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > 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> > > > > > > > > > > > > > > > surface. >>>> > > > > > > > > To get > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > surface > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > area >>>> > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > I >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > also > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > values > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > need to > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > use >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the label_area >>>> and put > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > a >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > threshold >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > having the >>>> possibility > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to >>>> > > > > > > > > choose > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > surface >>>> > > > > > > > > > > > > > > > that I > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > want, > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > either > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > white >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > or pial. >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > But I can also >>>> > > > > > > > > get the BA > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > stats in a >>>> 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> > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ?.BA.stats > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>>>>>>>>>>>> files), >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > right? >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > My >>>> question > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> is, >>>> > > > > > > > > which is > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the >>>> > > > > > > > > > > > > > > > better/correct > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > way > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > get the > > > > > > > > > > >>>> > > > > > 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If >>>> you > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > believe >>>> > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail > >>>> > > > > > > > > > > > > > this > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > was > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > sent >>>> > > > > > > > > > > > > > > > to you > > > > > > > > > in > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > error > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > and > > > the > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > e-mail >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > contains patient >>>> > > > > > > > > information, > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> please > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > contact >>>> > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > Partners >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > > > > > >>>> > > > HelpLine > > > > > > > > > > > > > > > > Compliance > > > > >>>> > > > > > > > at >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > http://www.partners.org/complianceline > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > . > > > > > > > > > > > > > > > If >>>> > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > e-mail >>>> was > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > >>>> > sent > > > > > > > > > > > > > > >>>> > > > > > > > > > > > > > > the > > > > > > > > > > > > > > the > >>>> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 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