Re: [Freesurfer] what is inflating to sphere rms error?

[Bruce Fischl]

it's just a measure of how far each point is from the sphere that we use 
to guide some of the spherical transformation. It is a perfectly normal 
part of recon-all
cheers
Bruce

On 
Thu, 20 Mar 2014, chenchunhuichina wrote:

Dear Freesurfers,
 
I am new to freesurfer and I am afraid of doing something wrong, so I am
writing to ask is this error indicating something wrong with my data?
Any help is appreciated. below are detials of my question. Thank you!
 
I used
freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.3.0
with this command
fsl_sub -N cch recon-all -i ${i} -s FSsub${i:3:5} -all
 
I checked the O file from fsl_sub and it said at the end
"recon-all -s FSsub12534 finished without error at Thu Jan 23 15:44:35 CST
?? ?2014
done"
Seems it's OK
 
then checked the e file from fsl_sub
(standard_in) 2: Error: comparison in expression
Seems this is a problem of fsl_sub,  According to
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail/freesurfer/2012-May/023961.html
I guess I can ignore it? 
 
 
Then I checked the recon-all.log file and find a lot of "error",
Someone asked this question and got the answer "We see this mysterious
message sometimes...usually things are fine". So when and why get there
errors and does they always fine?
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail/freesurfer/2011-October/020810.h
tml
 
 
the "rms radial error" and "distance error " are below .
 
$ grep -n error  FSsub12534/scripts/recon-all.log
2931:inflating to sphere (rms error < 2.00)
2932:000: dt: 0.0000, rms radial error=176.789, avgs=0
2933:005/300: dt: 0.9000, rms radial error=176.532, avgs=0
2934:010/300: dt: 0.9000, rms radial error=175.978, avgs=0
2935:015/300: dt: 0.9000, rms radial error=175.253, avgs=0
2936:020/300: dt: 0.9000, rms radial error=174.426, avgs=0
2937:025/300: dt: 0.9000, rms radial error=173.543, avgs=0
2938:030/300: dt: 0.9000, rms radial error=172.627, avgs=0
2939:035/300: dt: 0.9000, rms radial error=171.693, avgs=0
2940:040/300: dt: 0.9000, rms radial error=170.750, avgs=0
2941:045/300: dt: 0.9000, rms radial error=169.806, avgs=0
2942:050/300: dt: 0.9000, rms radial error=168.861, avgs=0
2943:055/300: dt: 0.9000, rms radial error=167.919, avgs=0
2944:060/300: dt: 0.9000, rms radial error=166.980, avgs=0
2945:065/300: dt: 0.9000, rms radial error=166.045, avgs=0
2946:070/300: dt: 0.9000, rms radial error=165.114, avgs=0
2947:075/300: dt: 0.9000, rms radial error=164.188, avgs=0
2948:080/300: dt: 0.9000, rms radial error=163.267, avgs=0
2949:085/300: dt: 0.9000, rms radial error=162.351, avgs=0
2950:090/300: dt: 0.9000, rms radial error=161.439, avgs=0
2951:095/300: dt: 0.9000, rms radial error=160.532, avgs=0
2952:100/300: dt: 0.9000, rms radial error=159.629, avgs=0
2953:105/300: dt: 0.9000, rms radial error=158.732, avgs=0
2954:110/300: dt: 0.9000, rms radial error=157.839, avgs=0
2955:115/300: dt: 0.9000, rms radial error=156.951, avgs=0
2956:120/300: dt: 0.9000, rms radial error=156.068, avgs=0
2957:125/300: dt: 0.9000, rms radial error=155.189, avgs=0
2958:130/300: dt: 0.9000, rms radial error=154.316, avgs=0
2959:135/300: dt: 0.9000, rms radial error=153.447, avgs=0
2960:140/300: dt: 0.9000, rms radial error=152.583, avgs=0
2961:145/300: dt: 0.9000, rms radial error=151.723, avgs=0
2962:150/300: dt: 0.9000, rms radial error=150.868, avgs=0
2963:155/300: dt: 0.9000, rms radial error=150.018, avgs=0
2964:160/300: dt: 0.9000, rms radial error=149.173, avgs=0
2965:165/300: dt: 0.9000, rms radial error=148.332, avgs=0
2966:170/300: dt: 0.9000, rms radial error=147.496, avgs=0
2967:175/300: dt: 0.9000, rms radial error=146.665, avgs=0
2968:180/300: dt: 0.9000, rms radial error=145.838, avgs=0
2969:185/300: dt: 0.9000, rms radial error=145.015, avgs=0
2970:190/300: dt: 0.9000, rms radial error=144.198, avgs=0
2971:195/300: dt: 0.9000, rms radial error=143.384, avgs=0
2972:200/300: dt: 0.9000, rms radial error=142.576, avgs=0
2973:205/300: dt: 0.9000, rms radial error=141.771, avgs=0
2974:210/300: dt: 0.9000, rms radial error=140.971, avgs=0
2975:215/300: dt: 0.9000, rms radial error=140.176, avgs=0
2976:220/300: dt: 0.9000, rms radial error=139.385, avgs=0
2977:225/300: dt: 0.9000, rms radial error=138.598, avgs=0
2978:230/300: dt: 0.9000, rms radial error=137.816, avgs=0
2979:235/300: dt: 0.9000, rms radial error=137.039, avgs=0
2980:240/300: dt: 0.9000, rms radial error=136.265, avgs=0
2981:245/300: dt: 0.9000, rms radial error=135.496, avgs=0
2982:250/300: dt: 0.9000, rms radial error=134.731, avgs=0
2983:255/300: dt: 0.9000, rms radial error=133.971, avgs=0
2984:260/300: dt: 0.9000, rms radial error=133.215, avgs=0
2985:265/300: dt: 0.9000, rms radial error=132.463, avgs=0
2986:270/300: dt: 0.9000, rms radial error=131.715, avgs=0
2987:275/300: dt: 0.9000, rms radial error=130.972, avgs=0
2988:280/300: dt: 0.9000, rms radial error=130.232, avgs=0
2989:285/300: dt: 0.9000, rms radial error=129.497, avgs=0
2990:290/300: dt: 0.9000, rms radial error=128.766, avgs=0
2991:295/300: dt: 0.9000, rms radial error=128.039, avgs=0
2992:300/300: dt: 0.9000, rms radial error=127.316, avgs=0
3017:distance error %100000.00
3572:pass 1: epoch 1 of 3 starting distance error %19.12
3573:pass 1: epoch 2 of 3 starting distance error %19.11
3575:starting distance error %19.02
3577:final distance error %19.05
4618:inflating to sphere (rms error < 2.00)
4619:000: dt: 0.0000, rms radial error=176.609, avgs=0
4620:005/300: dt: 0.9000, rms radial error=176.351, avgs=0
4621:010/300: dt: 0.9000, rms radial error=175.799, avgs=0
4622:015/300: dt: 0.9000, rms radial error=175.074, avgs=0
4623:020/300: dt: 0.9000, rms radial error=174.248, avgs=0
4624:025/300: dt: 0.9000, rms radial error=173.365, avgs=0
4625:030/300: dt: 0.9000, rms radial error=172.450, avgs=0
4626:035/300: dt: 0.9000, rms radial error=171.518, avgs=0
4627:040/300: dt: 0.9000, rms radial error=170.578, avgs=0
4628:045/300: dt: 0.9000, rms radial error=169.635, avgs=0
4629:050/300: dt: 0.9000, rms radial error=168.695, avgs=0
4630:055/300: dt: 0.9000, rms radial error=167.757, avgs=0
4631:060/300: dt: 0.9000, rms radial error=166.822, avgs=0
4632:065/300: dt: 0.9000, rms radial error=165.892, avgs=0
4633:070/300: dt: 0.9000, rms radial error=164.966, avgs=0
4634:075/300: dt: 0.9000, rms radial error=164.044, avgs=0
4635:080/300: dt: 0.9000, rms radial error=163.127, avgs=0
4636:085/300: dt: 0.9000, rms radial error=162.215, avgs=0
4637:090/300: dt: 0.9000, rms radial error=161.307, avgs=0
4638:095/300: dt: 0.9000, rms radial error=160.405, avgs=0
4639:100/300: dt: 0.9000, rms radial error=159.507, avgs=0
4640:105/300: dt: 0.9000, rms radial error=158.613, avgs=0
4641:110/300: dt: 0.9000, rms radial error=157.725, avgs=0
4642:115/300: dt: 0.9000, rms radial error=156.841, avgs=0
4643:120/300: dt: 0.9000, rms radial error=155.961, avgs=0
4644:125/300: dt: 0.9000, rms radial error=155.086, avgs=0
4645:130/300: dt: 0.9000, rms radial error=154.217, avgs=0
4646:135/300: dt: 0.9000, rms radial error=153.351, avgs=0
4647:140/300: dt: 0.9000, rms radial error=152.490, avgs=0
4648:145/300: dt: 0.9000, rms radial error=151.634, avgs=0
4649:150/300: dt: 0.9000, rms radial error=150.783, avgs=0
4650:155/300: dt: 0.9000, rms radial error=149.936, avgs=0
4651:160/300: dt: 0.9000, rms radial error=149.094, avgs=0
4652:165/300: dt: 0.9000, rms radial error=148.256, avgs=0
4653:170/300: dt: 0.9000, rms radial error=147.423, avgs=0
4654:175/300: dt: 0.9000, rms radial error=146.594, avgs=0
4655:180/300: dt: 0.9000, rms radial error=145.770, avgs=0
4656:185/300: dt: 0.9000, rms radial error=144.950, avgs=0
4657:190/300: dt: 0.9000, rms radial error=144.135, avgs=0
4658:195/300: dt: 0.9000, rms radial error=143.324, avgs=0
4659:200/300: dt: 0.9000, rms radial error=142.517, avgs=0
4660:205/300: dt: 0.9000, rms radial error=141.715, avgs=0
4661:210/300: dt: 0.9000, rms radial error=140.918, avgs=0
4662:215/300: dt: 0.9000, rms radial error=140.125, avgs=0
4663:220/300: dt: 0.9000, rms radial error=139.336, avgs=0
4664:225/300: dt: 0.9000, rms radial error=138.552, avgs=0
4665:230/300: dt: 0.9000, rms radial error=137.771, avgs=0
4666:235/300: dt: 0.9000, rms radial error=136.995, avgs=0
4667:240/300: dt: 0.9000, rms radial error=136.223, avgs=0
4668:245/300: dt: 0.9000, rms radial error=135.455, avgs=0
4669:250/300: dt: 0.9000, rms radial error=134.692, avgs=0
4670:255/300: dt: 0.9000, rms radial error=133.933, avgs=0
4671:260/300: dt: 0.9000, rms radial error=133.178, avgs=0
4672:265/300: dt: 0.9000, rms radial error=132.427, avgs=0
4673:270/300: dt: 0.9000, rms radial error=131.680, avgs=0
4674:275/300: dt: 0.9000, rms radial error=130.938, avgs=0
4675:280/300: dt: 0.9000, rms radial error=130.200, avgs=0
4676:285/300: dt: 0.9000, rms radial error=129.466, avgs=0
4677:290/300: dt: 0.9000, rms radial error=128.736, avgs=0
4678:295/300: dt: 0.9000, rms radial error=128.011, avgs=0
4679:300/300: dt: 0.9000, rms radial error=127.289, avgs=0
4704:distance error %100000.00
5218:pass 1: epoch 1 of 3 starting distance error %19.52
5219:pass 1: epoch 2 of 3 starting distance error %19.45
5221:starting distance error %19.40
5223:final distance error %19.42
9439:recon-all -s FSsub12534 finished without error at Thu Jan 23 15:44:35
?? ?CST 2014
 
 
2014-03-19

____________________________________________________________________________
Chunhui Chen
_________________
 
State Key Laboratory of Cognitive Neuroscience and Learning
Beijing Normal University
Beijing, China 100875

_______________________________________________
Freesurfer mailing list
Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer


The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at
http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in error
but does not contain patient information, please contact the sender and properly
dispose of the e-mail.