Dear Doug, Thanks for the answer. I deliberately chose not to demean. With demeaning I get the same error (see below). Any suggestions?
Best, Anders Design matrix ------------------ 1.000 0.000 -0.600 0.000 17.137 0.000; 1.000 0.000 -0.800 0.000 11.962 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 11.190 0.000; 1.000 0.000 0.700 0.000 30.736 0.000; 1.000 0.000 3.100 0.000 23.735 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.121 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 12.395 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 24.912 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -8.021 0.000; 1.000 0.000 -0.700 0.000 8.877 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 0.893 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 29.849 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -1.825 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 14.361 0.000; 1.000 0.000 2.100 0.000 7.267 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 34.169 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 30.500 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 9.219 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 26.270 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 2.320 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 22.325 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 13.323 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.628 0.000; 1.000 0.000 7.100 0.000 12.379 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.581 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -4.492 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 11.549 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -8.413 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 9.663 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 8.655 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 25.778 0.000; 1.000 0.000 3.100 0.000 2.739 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.745 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -5.762 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 14.969 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 3.535 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -0.287 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 -2.283 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -0.257 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -1.207 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 1.140 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 -4.829 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 2.213 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 2.503 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 3.193 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 10.361 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 3.546 0.000; 1.000 0.000 6.600 0.000 12.532 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -1.286 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 -5.428 0.000; 1.000 0.000 -0.400 0.000 -1.661 0.000; 1.000 0.000 -0.800 0.000 21.444 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 21.517 0.000; 1.000 0.000 -0.600 0.000 8.515 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 19.530 0.000; 1.000 0.000 1.100 0.000 1.824 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 15.795 0.000; 1.000 0.000 0.600 0.000 -6.140 0.000; 1.000 0.000 2.600 0.000 0.803 0.000; 1.000 0.000 0.100 0.000 16.904 0.000; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; 0.000 1.000 0.000 -0.900 0.000 -9.138; -------------------------------- ERROR: matrix is ill-conditioned or badly scaled, condno = 1e+08 -------------------------------- Possible problem with experimental design: Check for duplicate entries and/or lack of range of continuous variables within a class. 2015-03-01 19:41 GMT+01:00 Douglas Greve <gr...@nmr.mgh.harvard.edu>: > > Try demeaning your covariates. By demeaning, I mean to compute the mean > across all subjects, then subtract the mean from all values (for each > covariate). > doug > > > > On 3/1/15 2:40 AM, Anders Hougaard wrote: > > Dear all, > > I'm comparing cortical thickness of a group of patients to a group of > controls. > I want to regress out the effects of gender, age, disease severity and > disease duration. > For the controls, the last two parameters equals zero. > > When running mri_glmfit, i get ERROR: matrix is ill-conditioned or > badly scaled, condno = 1e+08 > See the design matrix attached. My contrasts are set as > 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 > and > -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 > > What should I do to improve this? > > All the best, > Anders > > > > _______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > _______________________________________________ > Freesurfer mailing list > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is > addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the > e-mail > contains patient information, please contact the Partners Compliance > HelpLine at > http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in > error > but does not contain patient information, please contact the sender and > properly > dispose of the e-mail. > _______________________________________________ Freesurfer mailing list Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer