Per fare il merge di shapefiles, esistono varie soluzioni.
Quelle gia' segnalate con Grass o con JGrass vanno benissimo.

Se per qualche ragione le soluzioni prospettate ti creano problemi,
e se lavori con windows.

Puoi ricorrere a questo programma.

http://www.ipergeo.org/cmerg/index.html

Funziona sotto windows ed e' gratuito.
In piu' esso effettua il merge tra molti shapefiles, in un colpo solo,
anche se sono disposti in sottocartelle.
E quando lo shapefile raggiunge una lunghezza vicina ai 2 GB, che per
lo shapefile e' un limite INVALICABILE, il prg genera un nuovo
shapefile e prosegue su di esso.

Se ricordo bene, nel file di merge, vengono aggiunti due campi, che
riportano l'origine del dato.

ps:
Il programma se si accorge che gli attributi non sono uguali non
effettua il merge degli shapefiles.

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§       Andrea              §
§         Peri                 §
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