Teman2,
Rasanya memang berlebihan seperti kata Pak Awang analisis DNA untuk fosil
polen dan foram, meski jika dipandang dari sudut ilmu pengetahuan hal
tersebut ya sah-sah saja.
Saya pernah mencoba melakukan analisis DNA - sebut saja paleo-DNA untuk
fosil vertebrata, tepatnya tulang metatarsal dari fosil Bovidae (kelompok
kerbau-sapi dan banteng) berumur Plestosen Tengah dari Formasi Kabuh,
Perning, Jawa Timur. Fosil yang saya pilih, secara megaskopis sangat sedikit
mengalami ubahan ataupun proses mineralisasi, karena untuk analisis DNA yang
diperlukan salah satunya yang penting adalah kandungan/unsur zat organiknya,
berupa protein. Analisis saya lakukan di Laboratorium DNA Prodi (dulu
namanya Departemen) Biologi ITB, yang alatnya cukup canggih, hasil kerjasama
dengan pihak Jepang, kalau tidak salah dari University of Nagoya. Sayang
tidak berhasil, karena ternyata yang namanya fosil, semua unsur organiknya
sangat2 sedikit bahkan dapat dikatakan sudah hilang akibat proses
ubahan/mineralisasi dan impurities yang terjadi selama proses fosilisasi.
Jadi ya sayang sekali, karena tadinya saya berharap bisa melacak garis
keturunan fosil yang saya analisis tersebut melalui paleo-DNA.
Wassalam,
Yahdi Zaim
Prodi Teknik Geologi
KK Geologi dan Paleontologi
FIKTM - ITB
----- Original Message -----
From: "Awang Satyana" <[EMAIL PROTECTED]>
To: <[email protected]>; <[EMAIL PROTECTED]>
Sent: Wednesday, February 08, 2006 3:54 PM
Subject: Re: [iagi-net-l] Re: DNA on fossil --> Re: [iagi-net-l]
Biostratigraphi di shelf atau delta
Wah, apa perlunya mengurai sekuen DNA suatu spesies pollen atau foram
?Palinologist mendeskripsi polen untuk mengetahui spesiesnya agar
diketahui zonasi umur dan tempat hidupnya untuk membantu penafsiran
stratigrafi dan lingkungan pengendapan batuan yang mengandung polen itu.
Kalau sang palinologist sudah tahu itu Florschuetzia trilobata yang biasa
hidup di antara 35-25 Ma, atau F. levipoli yang biasa hidup di 25-10 Ma,
dan puluhan ribu taxa lagi (diversitas di Indonesia untuk Recent taxa
sangat ekstrim, sampai 30.000 taxa kata Haseldonck, 1977), apakah perlu
mengurai sekuen DNA-nya ? Info apa lagi yang mau diambil selain
identifikasi jenis yang sudah bisa dilakukan tanpa mengurai kode2 genetik
yang terkunci di sekuen DNA pun.
Memang sih kita juga tahu bahwa DNA itu memuat informasi yang
menakjubkan. Empat nukleotida pada inti DNA : ATCG (adenin, timin,
sitosin, guanin) pada komosom manusia bisa membuat variasi sekuen yang
jumlahnya luar biasa. 23 kromosom setiap sel sperma atau telur misalnya
bisa berisi sekitar 3 miliar nukleotida. Tapi, semaju sekarang pun biologi
molekuler, miliaran kode sekuen itu hanya mirip "celotehan-celotehan" yang
riuh rendah karena kita tak memahami bahasa mereka.
Dalam biomedis, DNA memang butuh, sebab kita perlu menggali lebih banyak
info yang dibawa satu spesies, Homo sapiens - manusia. Mengenal manusia
tanpa melibatkan biomolekuler memang dangkal - tapi untuk mengidentifikasi
fosil polen atau foram dengan melibatkan DNA, padahal tujuannya hanya
identifikasi spesies yah buat saya sih berlebihan, sementara kita pun
belum bisa menguraikan kode miliaran kombinasi sekuen nukleotida itu.
Perlukah kita mengetahui seluruh aspek kehidupan Florschuetzia
meridionalis, dari mana asalnya, bagaimana hidupnya, perkawinan2 yang
pernah dialaminya, dll. Kalau kita jawab : perlu, yah memang mengurai
sekuen DNA yang ada di selnya memang diperlukan sebab itu tak bisa
diperoleh dari sekedar deskripsi.
Hanya, saat ini rasanya belum perlu. Teknik2 DNA adalah alat utama di
biomedis dan paleoantropologi - sebab kita hanya berhubungan dengan satu
spesies : manusia (atau hominid), sementara kita ingin menggali banyak
informasi daripadanya. Kalau kita hanya ingin mengenal spesies dari
puluhan ribu taxa pollen ? Deskripsi pun sudah cukup.
salam,
awang
Rovicky Dwi Putrohari <[EMAIL PROTECTED]> wrote:
Dear Trina,
Apakah teknik2 PCR yang anda lakukan ini juga dilakukan di Indonesia ?
Saya tahu beberapa alat PCR di Lab Mikrobiologi UI. Tetapi mereka
menggunakannya utk mikrobiologi klinik. Belum sampai ke fossil,
tentunya sampel preparasinya akan sangat berbeda. Namun masih manual,
belum otomatis. Apakah alat-alatnya juga sama ?
Selama ini sepertinya biaya utk PCR dalam isolasi DNA masih relatip
mahal (100-200 ribu rups .... ini harga utk kebutuhan klinis looh
(Rumah Sakit). Reagent-reagent kitsnya pun kebanyakanmasih impor. Saya
ngga tau apakah Trina tahu dimana ada reagent kits yg dibuat didalam
negeri yg mungkin lebih ekonomis.
Kalau boleh Trina cerita Donk buat temen-temen IAGI (Ikatan Ahli
Geologi Indonesia) ini tentang identifikasi DNA. Dasar teori yang
basic-basic dasar bagian bottom yg paling mudah saja lah.
Thx
RDP
On 2/8/06, Trina Tallei wrote:
Dream can come true. Who knows. Sejauh ini filogenetik
(berdasarkan sekuens DNA) oleh kami dianggap bisa
meluruskan sejarah. Kalau di biologi, taksonomi
Linneaus itu berdasarkan morfometri dan penampakan
fenotipe, sedangkan karakter seperti itu sangat bias
dan memerlukan orang-orang yang sangat terlatih,
apalagi untuk membedakan spesies-spesies kriptik (yang
sulit dibedakan secara morfologi). Akan tetapi dengan
sekuens DNA, semuanya serba pasti karena unit terkecil
pembangun makhluk hidup adalah DNA (pastinya beda
kalau bicara soal nanomolecular, ngomongin atom-atom).
Nah yang kami lakukan adalah menempatkan kembali
posisi living organisms dalam letak yang sesungguhnya
dalam evolusinya. Mengenai apakah kita bisa mastikan
apakah yang kita ekstrak dari fosil itu adalah ancient
DNA atau bukan kontaminan, mestinya ditemani oleh
metode pembanding lainnya, misalnya dengan peluruhan
karbon radioaktif dari DNA yang diisolasi, kalau
sampelnya cukup. Dengan teknik PCR, dengan sampel yang
sangat sangat sedikit pun, DNA bisa diperbanyak,
diamplifikasi. Sebagai contoh, dari segi forensik, di
mana sampel yang ada misalnya hanya ada satu rambut
suspect (harus ada akar rambutnya), kita bisa melacak,
rambutnya siapa.
Dalam membuat pohon filogenetik kita masih merujuk ke
klasifikasi konvensional, karena dari situlah kita
beranjak, dan kemudian meluruskan posisi organisme
tertentu yang kami anggap salah letak.
Mengenai DNA yang diambil dari fosil (barangkali
masing-masing bidang ilmu memiliki masing-masing
penjelasan mengenai apa itu fosil) tentunya bukan DNA
utuh karena pastinya sudah terfragmetasi, sehingga
kalau pun kita membangunkan kembali dinosaurus,
mimpinya masih sangat jauh, karena kita harus tau
pasti the whole sekuens dari genom dinosaurus. Kalau
pun sudah tahu, living organism itu sangat kompleks,
dan tidak sama dengan bakteri yang one gene one
product. Pada eukariot itu one product could be
expressed by multigenes, even hundred of genes.
--- Rovicky Dwi Putrohari wrote:
> WOW sangat menarik DNA on Fossil
>
> Kalau saja DNA ini terpreserved sangat bagus di
> alam, tentunya
> perkembangan teori evolusi dsb bisa lebih jelas.
> Studi mengenai DNA
> pada fossil ini sudah berjalan beebrapa waktu
> silahkan klick :
> http://www.mhrc.net/ancientDNA.htm
> Abstract dari studi-studi inipun sepertinya
> "menjanjikan" pencerahan
> dimasa datang.
> Nantinya kalau DNA dapat dipakai utk menentukan umur
> ... huebatt deh.
> Saat ini memang kebanyakan masih berada di dunia
> riset, belum nyampai
> ke bisnis. Kecuali bisnis Science Fiction Movie ...
> but it's a good
> dream
>
> RDP
> On 2/7/06, [EMAIL PROTECTED]
> wrote:
> > ini ada pendapat dari teman yang bekerja banyak di
> dna ..... barangkali
> > memang perlu biomoleculair untuk bidang geologi:
> > salam
> > widya
__________________________________________________
Do You Yahoo!?
Tired of spam? Yahoo! Mail has the best spam protection around
http://mail.yahoo.com
--
--Writer need 10 steps faster than readeR --
---------------------------------------------------------------------
To unsubscribe, send email to: iagi-net-unsubscribe[at]iagi.or.id
To subscribe, send email to: iagi-net-subscribe[at]iagi.or.id
Visit IAGI Website: http://iagi.or.id
IAGI-net Archive 1: http://www.mail-archive.com/iagi-net%40iagi.or.id/
IAGI-net Archive 2: http://groups.yahoo.com/group/iagi
Komisi Sedimentologi (FOSI) : Ratna Asharina
(Ratna.Asharina[at]santos.com)-http://fosi.iagi.or.id
Komisi SDM/Pendidikan : Edy Sunardi(sunardi[at]melsa.net.id)
Komisi Karst : Hanang Samodra(hanang[at]grdc.dpe.go.id)
Komisi Sertifikasi : M. Suryowibowo(soeryo[at]bp.com)
Komisi OTODA : Ridwan Djamaluddin(ridwan[at]bppt.go.id atau
[EMAIL PROTECTED]), Arif Zardi Dahlius(zardi[at]bdg.centrin.net.id)
Komisi Database Geologi : Aria A. Mulhadiono(anugraha[at]centrin.net.id)
---------------------------------------------------------------------
---------------------------------
Relax. Yahoo! Mail virus scanning helps detect nasty viruses!
--------------------------------------------------------------------------------
No virus found in this incoming message.
Checked by AVG Free Edition.
Version: 7.1.375 / Virus Database: 267.15.2/253 - Release Date: 2/7/2006
---------------------------------------------------------------------
To unsubscribe, send email to: iagi-net-unsubscribe[at]iagi.or.id
To subscribe, send email to: iagi-net-subscribe[at]iagi.or.id
Visit IAGI Website: http://iagi.or.id
IAGI-net Archive 1: http://www.mail-archive.com/iagi-net%40iagi.or.id/
IAGI-net Archive 2: http://groups.yahoo.com/group/iagi
Komisi Sedimentologi (FOSI) : Ratna Asharina
(Ratna.Asharina[at]santos.com)-http://fosi.iagi.or.id
Komisi SDM/Pendidikan : Edy Sunardi(sunardi[at]melsa.net.id)
Komisi Karst : Hanang Samodra(hanang[at]grdc.dpe.go.id)
Komisi Sertifikasi : M. Suryowibowo(soeryo[at]bp.com)
Komisi OTODA : Ridwan Djamaluddin(ridwan[at]bppt.go.id atau [EMAIL PROTECTED]),
Arif Zardi Dahlius(zardi[at]bdg.centrin.net.id)
Komisi Database Geologi : Aria A. Mulhadiono(anugraha[at]centrin.net.id)
---------------------------------------------------------------------
