Memang ujungnya harus dibedakan antara perlu dan ingin....... Mirip bikin logging program, inginnya sih semua di run supaya ada overlap data yang bisa dipakai konfirmasi, tapi khan tidak perlu se-ideal itu... bisa-bisa AFEnya gak lolos he he he
Namun sebagai riset dasar, kenapa tidak...? salam, ----- Original Message ----- From: "Awang Satyana" <[EMAIL PROTECTED]> To: <[email protected]>; <[EMAIL PROTECTED]> Sent: Thursday, February 09, 2006 6:54 PM Subject: Re: Fwd: [Fwd: Re: [Fwd: Re: [iagi-net-l] Re: DNA on fossil --> Re: [iagi-net-l] Biostratigraphi di shelf atau delta]] > Tolong disebutkan saja PCR = polymerase chain reaction, reaksi berantai untuk menguatkan DNA. Dari satu molekul DNA dipisahkan dua DNA strands (pisahan), tambahkan primer-nya. Masuk ke siklus pertama tambahkan DNA polymerase (ini sejenis enzim), lalu pisahkan dua DNA strands, tambahkan primer. Masuk ke siklus kedua tambahkan lagi DNA polymerase, pisahkan lagi dua DNA strands dan tambah lagi primer, dst, dst sampai DNA teramplifikasi. > > Metode amplifikasi DNA melalui PCR ditemukan Kary Mullis, ilmuwan eksentrik yang dihadiahi nobel kimia tahun 1993. Sejak itu dia makin eksentrik saja. Kredibilitasnya rusak saat dia berteori bahwa AIDS bukan disebabkan HIV. > > Kalau ke Tarsius sp (sejenis monyet mini) memang perlu dilakukan penguraian sekuen DNA untuk lebih memahaminya, kalau ke polen atau foram ? Kalau kita hanya ingin mengenal taxa-nya atau spesiesnya, ah .. berlebihan. Lagipula taxa dan spesies polen atau foram sudah dibuktikan dengan penerusnya yang hidup pada masa kini. Silakan baca "History of Tropical Mangrove", yang bercerita tentang polen purba dan masa kini, oleh Bob Morley (palinologist terkenal yang tinggal di Bogor). > > Buat saya, DNA untuk polen/foram hanya bagus (mungkin) untuk riset, bukan untuk routine job. Morfometrik telah terbukti bagus buat mereka. > > salam, > awang > > Rovicky Dwi Putrohari <[EMAIL PROTECTED]> wrote: > ---------- Forwarded message ---------- > -------------------------------------------------------------------------- > > Mengapa analisis DNAnya tidak berhasil, penjelasannya > kurang lebih begini. Saya jelaskan sebelumnya bahwa > DNA dalam fosil sudah terfragmentasi dan dalam jumlah > yang sangat sedikit. Untuk diamplifikasi menggunakan > PCR kita memerlukan yang namanya primer, yaitu sekuens > DNA pembantu yang mengapit DNA yang akan kita > amplifikasi. Kalau tujuan forensik dan diagnostik > primernya sudah tersedia secara komersial. Kemungkinan > kegagalan amplifikasi karena primernya tidak tepat, > sehingga DNA tidak teramplifikasi. Sebaiknya pakai > adaptor (ini sudah terlalu teknis), jadi DNA mana pun > yang sudah terfragmentasi bisa diamplifikasi. Saya > nggak tau apakah ini juga sudah dilakukan. Kalau tidak > teramplifikasi, bisa dilakukan yang namanya re-PCR, > dari hasil PCR awal yang tidak terdeteksi. Kalau > alatnya menggunakan real time PCR, kita bisa tahu > seberapa banyak DNA yang teramplifikasi sehingga kita > bisa estimasi perlu tidaknya re-PCR. > > Menurut Bapak-bapak yang lainnya yang menganggap bahwa > tanpa DNA saja sudah cukup dan bahwa analisis > molekuler dalam biostratigrafi atau lainnya dianggap > rame-ramein saja, itu sih mah sah-sah saja, seperti > yang saya bilang di awal, masing-masing peneliti punya > argumentasi, dan mestinya kalau pijakannya sama maka > argumenasi bisa lebih terarah. > > Tentang mahalnya PCR, sebetulnya ga juga. Kalau di > Mikro UI (dan di tempat-tempat lain, misalnya di > Biotek UNPAD, dll) sekali PCR bisa di atas Rp. > 100.000, ya wajar karena mereka profit oriented. > Sebetulnya modalnya ga sampai Rp 40.000 sekali > running. Yang mahal adalah sekuensing DNAnya yang > sejauh ini masih dilakukan di Eijkman Institute for > Molecular Biology di Jakarta, sekali sekuensing itu > Rp. 165.000 or so. Modalnya ga sampai segitu lah kalau > punya alat sekuensing (yang mahal harganya). > > Perlu diketahui juga bahwa walaupun sekuens DNA itu 10 > pangkat sembilan panjangnya untuk masing-masing > kromosom (kalau di urai bisa mengelilingi bumi), tetap > bagi kami molecular biologist, punya genetic marker > untuk menentukan masing-masing kedudukan living > organism dalam pohon filogenetiknya, karena dalam > sekuens DNA itu ada yang namanya highly variable > (yaitu urutan DNAnya sangat bervariasi, disebabkan > oleh rentannya mutasi di daerah tersebut, digunakan > untuk menentukan subspesies bahkan spesies kriptik) > dan yang higly conserved, yaitu DNA yang sangat > terkonservasi untuk menentukan kedudukan taksonomi di > atas ordo. Dan kami juga punya bidang ilmu yang > namanya bioinformatics yang urusannya membantu para > ahli filogenetik untuk menjajarkan sekuens DNA dan > kemudian menempatkan masing-masing ke dalam posisi > taksonominya, otomatis keluar dengan titik percabangan > evolusinya ada di mana, indeks keanekaragaman > genetiknya bagaimana dan lain-lain. > > Jadi, kesimpulan whether or not you are interested in > using DNA sequence for your own research, it is up to > you, folks. > > wassalam, > Trina > > > > ---------------------------- Original Message > > ---------------------------- > > Subject: Re: [iagi-net-l] Re: DNA on fossil --> Re: > > > > -------------------------------------------------------------------------- > > > > Teman2, > > > > Rasanya memang berlebihan seperti kata Pak Awang > > analisis DNA untuk fosil > > polen dan foram, meski jika dipandang dari sudut > > ilmu pengetahuan hal > > tersebut ya sah-sah saja. > > Saya pernah mencoba melakukan analisis DNA - sebut > > saja paleo-DNA untuk > > fosil vertebrata, tepatnya tulang metatarsal dari > > fosil Bovidae (kelompok > > kerbau-sapi dan banteng) berumur Plestosen Tengah > > dari Formasi Kabuh, > > Perning, Jawa Timur. Fosil yang saya pilih, secara > > megaskopis sangat > > sedikit mengalami ubahan ataupun proses > > mineralisasi, karena untuk > > analisis DNA yang diperlukan salah satunya yang > > penting adalah > > kandungan/unsur zat organiknya, berupa protein. > > Analisis saya lakukan di > > Laboratorium DNA Prodi (dulu namanya Departemen) > > Biologi ITB, yang > > alatnya cukup canggih, hasil kerjasama dengan pihak > > Jepang, kalau tidak > > salah dari University of Nagoya. Sayang tidak > > berhasil, karena ternyata > > yang namanya fosil, semua unsur organiknya sangat2 > > sedikit bahkan dapat > > dikatakan sudah hilang akibat proses > > ubahan/mineralisasi dan impurities > > yang terjadi selama proses fosilisasi. Jadi ya > > sayang sekali, karena > > tadinya saya berharap bisa melacak garis keturunan > > fosil yang saya > > analisis tersebut melalui paleo-DNA. > > > > Wassalam, > > > > Yahdi Zaim > > Prodi Teknik Geologi > > KK Geologi dan Paleontologi > > FIKTM - ITB > > > > > > ----- Original Message ----- > > From: "Awang Satyana" > > To: ; > > > > Sent: Wednesday, February 08, 2006 3:54 PM > > Subject: Re: [iagi-net-l] Re: DNA on fossil --> Re: > > [iagi-net-l] > > Biostratigraphi di shelf atau delta > > > > > > > Wah, apa perlunya mengurai sekuen DNA suatu > > spesies pollen atau foram > > ?Palinologist mendeskripsi polen untuk mengetahui > > spesiesnya agar > > diketahui zonasi umur dan tempat hidupnya untuk > > membantu penafsiran > > stratigrafi dan lingkungan pengendapan batuan yang > > mengandung polen itu. > > > > > > Kalau sang palinologist sudah tahu itu > > Florschuetzia trilobata yang biasa > > > hidup di antara 35-25 Ma, atau F. levipoli yang > > biasa hidup di 25-10 Ma, > > dan puluhan ribu taxa lagi (diversitas di Indonesia > > untuk Recent taxa > > sangat ekstrim, sampai 30.000 taxa kata Haseldonck, > > 1977), apakah perlu > > mengurai sekuen DNA-nya ? Info apa lagi yang mau > > diambil selain > > identifikasi jenis yang sudah bisa dilakukan tanpa > > mengurai kode2 > > genetik yang terkunci di sekuen DNA pun. > > > > > > Memang sih kita juga tahu bahwa DNA itu memuat > > informasi yang > > > menakjubkan. Empat nukleotida pada inti DNA : ATCG > > (adenin, timin, > > sitosin, guanin) pada komosom manusia bisa membuat > > variasi sekuen yang > > jumlahnya luar biasa. 23 kromosom setiap sel sperma > > atau telur misalnya > > bisa berisi sekitar 3 miliar nukleotida. Tapi, > > semaju sekarang pun > > biologi molekuler, miliaran kode sekuen itu hanya > > mirip > > "celotehan-celotehan" yang riuh rendah karena kita > > tak memahami bahasa > > mereka. > > > > > > Dalam biomedis, DNA memang butuh, sebab kita > > perlu menggali lebih banyak > > > info yang dibawa satu spesies, Homo sapiens - > > manusia. Mengenal manusia > > tanpa melibatkan biomolekuler memang dangkal - tapi > > untuk > > mengidentifikasi fosil polen atau foram dengan > > melibatkan DNA, padahal > > tujuannya hanya identifikasi spesies yah buat saya > > sih berlebihan, > > sementara kita pun belum bisa menguraikan kode > > miliaran kombinasi > > sekuen nukleotida itu. Perlukah kita mengetahui > > seluruh aspek kehidupan > > Florschuetzia > > > meridionalis, dari mana asalnya, bagaimana > > hidupnya, perkawinan2 yang > > pernah dialaminya, dll. Kalau kita jawab : perlu, > > yah memang mengurai > > sekuen DNA yang ada di selnya memang diperlukan > > sebab itu tak bisa > > diperoleh dari sekedar deskripsi. > > > > > > Hanya, saat ini rasanya belum perlu. Teknik2 DNA > > adalah alat utama di > > > biomedis dan paleoantropologi - sebab kita hanya > > berhubungan dengan satu > > spesies : manusia (atau hominid), sementara kita > > ingin menggali banyak > > informasi daripadanya. Kalau kita hanya ingin > > mengenal spesies dari > > puluhan ribu taxa pollen ? Deskripsi pun sudah > > cukup. > > > > > > salam, > > > awang > > > > > > Rovicky Dwi Putrohari wrote: > > > Dear Trina, > > > Apakah teknik2 PCR yang anda lakukan ini juga > > dilakukan di Indonesia ? > > Saya tahu beberapa alat PCR di Lab Mikrobiologi UI. > > Tetapi mereka > > menggunakannya utk mikrobiologi klinik. Belum sampai > > ke fossil, > > > tentunya sampel preparasinya akan sangat berbeda. > > Namun masih manual, > > belum otomatis. Apakah alat-alatnya juga sama ? > > > > > > Selama ini sepertinya biaya utk PCR dalam isolasi > > DNA masih relatip > > mahal (100-200 ribu rups .... ini harga utk > > kebutuhan klinis looh (Rumah > > Sakit). Reagent-reagent kitsnya pun kebanyakanmasih > > impor. Saya ngga tau > > apakah Trina tahu dimana ada reagent kits yg dibuat > > didalam negeri yg > > mungkin lebih ekonomis. > > > > > > Kalau boleh Trina cerita Donk buat temen-temen > > IAGI (Ikatan Ahli Geologi > > Indonesia) ini tentang identifikasi DNA. Dasar teori > > yang basic-basic > > dasar bagian bottom yg paling mudah saja lah. > > > > > > Thx > > > > > > RDP > > > > --------------------------------------------------------------------- > To unsubscribe, send email to: iagi-net-unsubscribe[at]iagi.or.id > To subscribe, send email to: iagi-net-subscribe[at]iagi.or.id > Visit IAGI Website: http://iagi.or.id > IAGI-net Archive 1: http://www.mail-archive.com/iagi-net%40iagi.or.id/ > IAGI-net Archive 2: http://groups.yahoo.com/group/iagi > Komisi Sedimentologi (FOSI) : Ratna Asharina (Ratna.Asharina[at]santos.com)-http://fosi.iagi.or.id > Komisi SDM/Pendidikan : Edy Sunardi(sunardi[at]melsa.net.id) > Komisi Karst : Hanang Samodra(hanang[at]grdc.dpe.go.id) > Komisi Sertifikasi : M. Suryowibowo(soeryo[at]bp.com) > Komisi OTODA : Ridwan Djamaluddin(ridwan[at]bppt.go.id atau [EMAIL PROTECTED]), Arif Zardi Dahlius(zardi[at]bdg.centrin.net.id) > Komisi Database Geologi : Aria A. Mulhadiono(anugraha[at]centrin.net.id) > --------------------------------------------------------------------- > > > > > --------------------------------- > Yahoo! Mail - Helps protect you from nasty viruses. --------------------------------------------------------------------- To unsubscribe, send email to: iagi-net-unsubscribe[at]iagi.or.id To subscribe, send email to: iagi-net-subscribe[at]iagi.or.id Visit IAGI Website: http://iagi.or.id IAGI-net Archive 1: http://www.mail-archive.com/iagi-net%40iagi.or.id/ IAGI-net Archive 2: http://groups.yahoo.com/group/iagi Komisi Sedimentologi (FOSI) : Ratna Asharina (Ratna.Asharina[at]santos.com)-http://fosi.iagi.or.id Komisi SDM/Pendidikan : Edy Sunardi(sunardi[at]melsa.net.id) Komisi Karst : Hanang Samodra(hanang[at]grdc.dpe.go.id) Komisi Sertifikasi : M. Suryowibowo(soeryo[at]bp.com) Komisi OTODA : Ridwan Djamaluddin(ridwan[at]bppt.go.id atau [EMAIL PROTECTED]), Arif Zardi Dahlius(zardi[at]bdg.centrin.net.id) Komisi Database Geologi : Aria A. Mulhadiono(anugraha[at]centrin.net.id) ---------------------------------------------------------------------
