Hi again, the recent discussion I joined was about .pdb files and the "set connect" script command. Miguel said that when there is bond information in a file, Jmol should stick to it, and I wonder if this would apply to all formats. Back in the days of CaGe development, the suggestion was made to indicate in a molecule convention that the data should be taken "as is", even in the case of "unchemical" molecules.
I got a colleague who is still working with CaGe to send me two samples of the CML format that I made our program send to the Jmol applet. Note the "convention" in the third lines. I wonder what a current version of the applet would make of them? What the display should be with the "unchemical" file I don't know, I'm afraid - this is not a question of the "what do you see" style but rather one for the developers: what would Jmol make of the data in these files, and would you be willing to make it adhere strictly to the bonds and atom positions?
Sebastian
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
<!DOCTYPE molecule SYSTEM "cml.dtd" []>
<molecule convention="MathGraph">
<atomArray>
<stringArray builtin="id">a1 a2 a3 a4 a5 a6 a7 a8 a9 a10 a11 a12 a13 a14 a15 a16 a17 a18 a19 a20 a21 a22 a23 a24 a25 a26 a27 a28 a29 a30 a31 a32 a33 a34 a35 a36 a37 a38 a39 a40 a41 a42 a43 a44 a45 a46 a47 a48 a49 a50 a51 a52 a53 a54 a55 a56 a57 a58 a59 a60</stringArray>
<stringArray builtin="elementType">C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C C</stringArray>
<floatArray builtin="x3">-3.17 -3.182 -3.186 -2.388 -1.581 -0.277 0.537 1.848 2.358 3.171 3.182 3.186 2.388 1.581 0.277 -0.537 -1.848 -2.358 -3.162 -2.345 -1.53 -0.22 0.587 1.891 2.382 1.57 1.558 0.247 -0.264 -1.572 -2.371 -3.177 -3.165 -2.351 -1.534 -0.225 0.266 -0.552 -1.86 -2.382 -1.891 -0.587 0.22 1.53 2.345 3.162 3.166 3.177 2.371 1.572 0.264 -0.247 -1.558 -1.57 -0.266 0.225 1.534 2.351 1.86 0.551</floatArray>
<floatArray builtin="y3">-1.401 -0.799 0.596 0.946 2.089 2.052 2.822 2.413 2.517 1.401 0.799 -0.596 -0.946 -2.089 -2.052 -2.822 -2.413 -2.517 -0.608 -1.233 -0.463 -0.872 0.271 0.234 1.312 2.428 3.03 3.439 3.335 2.882 2.533 1.39 0.788 1.558 0.933 1.386 2.465 3.09 2.637 -1.312 -0.234 -0.271 0.872 0.463 1.233 0.608 -0.788 -1.39 -2.533 -2.882 -3.335 -3.439 -3.03 -2.428 -2.465 -1.386 -0.933 -1.558 -2.637 -3.09</floatArray>
<floatArray builtin="z3">0.138 -1.126 -1.237 -2.332 -2.275 -2.784 -1.945 -1.673 -0.374 -0.138 1.126 1.237 2.332 2.275 2.784 1.945 1.673 0.374 1.291 2.24 3.079 3.351 3.409 2.899 2.154 1.918 0.654 0.382 -0.918 -1.121 -0.026 -0.083 1.181 2.019 2.969 3.172 2.427 1.478 1.274 -2.154 -2.899 -3.409 -3.351 -3.079 -2.24 -1.291 -1.181 0.083 0.026 1.121 0.918 -0.382 -0.654 -1.918 -2.427 -3.172 -2.968 -2.019 -1.274 -1.478</floatArray>
</atomArray>
<bondArray>
<stringArray builtin="atomRef">a1 a1 a1 a2 a2 a3 a3 a4 a4 a5 a5 a6 a6 a7 a7 a8 a8 a9 a9 a10 a10 a11 a11 a12 a12 a13 a13 a14 a14 a15 a15 a16 a16 a17 a17 a18 a19 a19 a20 a21 a21 a22 a23 a23 a24 a25 a26 a26 a27 a28 a28 a29 a30 a31 a31 a32 a33 a34 a34 a35 a36 a37 a38 a40 a40 a41 a42 a42 a43 a44 a44 a45 a46 a47 a47 a48 a49 a49 a50 a51 a52 a52 a53 a54 a55 a55 a56 a57 a58 a59</stringArray>
<stringArray builtin="atomRef">a18 a19 a2 a3 a40 a32 a4 a5 a41 a30 a6 a7 a43 a29 a8 a9 a45 a27 a10 a11 a46 a25 a12 a13 a48 a24 a14 a15 a50 a22 a16 a17 a51 a20 a18 a53 a20 a33 a21 a22 a35 a23 a24 a36 a25 a26 a27 a37 a28 a29 a38 a30 a31 a32 a39 a33 a34 a35 a39 a36 a37 a38 a39 a41 a54 a42 a43 a56 a44 a45 a57 a46 a47 a48 a58 a49 a50 a59 a51 a52 a53 a60 a54 a55 a56 a60 a57 a58 a59 a60</stringArray>
</bondArray>
</molecule>
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
<!DOCTYPE molecule SYSTEM "cml.dtd" []>
<molecule convention="MathGraph">
<atomArray>
<stringArray builtin="id">a1 a2 a3 a4 a5 a6 a7 a8 a9 a10 a11 a12 a13 a14 a15 a16 a17 a18 a19</stringArray>
<stringArray builtin="elementType">X X C X C Si Si X X C Si S C X C Si C C Si</stringArray>
<floatArray builtin="x3">-0.51 -0.242 -0.454 -1.19 -0.474 -1.315 -1.296 -0.371 0.503 0.433 0.453 0.544 0.431 0.475 0.391 -0.458 0.455 1.331 1.293</floatArray>
<floatArray builtin="y3">-0.878 0.042 -0.767 -0.529 -0.687 0.216 0.461 0.731 -0.716 -1.634 -1.217 -0.321 1.071 1.058 1.476 1.191 0.291 0.114 0.098</floatArray>
<floatArray builtin="z3">-0.36 0.931 1.034 0.24 -1.099 -0.681 0.364 -0.857 -0.687 0.077 1.135 1.282 1.211 -0.036 -0.776 0.085 -1.589 -0.388 0.114</floatArray>
</atomArray>
<bondArray>
<stringArray builtin="atomRef">a1 a1 a1 a1 a1 a1 a1 a1 a2 a2 a2 a2 a2 a2 a2 a2 a2 a2 a2 a3 a4 a4 a4 a4 a4 a5 a6 a7 a8 a8 a8 a8 a8 a9 a9 a9 a9 a9 a9 a9 a10 a11 a12 a12 a12 a13 a14 a14 a14 a15 a18</stringArray>
<stringArray builtin="atomRef">a2 a3 a4 a5 a6 a7 a8 a9 a9 a10 a11 a12 a13 a14 a8 a15 a16 a4 a3 a4 a16 a8 a7 a6 a5 a6 a7 a8 a16 a15 a14 a17 a9 a17 a14 a18 a19 a12 a11 a10 a11 a12 a19 a14 a13 a14 a19 a18 a17 a16 a19</stringArray>
</bondArray>
</molecule>
