> Non vous ne faites pas n'importe quoi. Im me semble que votre méthode 1 est 
> définitivement
>préférable. Ici ça fonctionne très bien avec LyX 2.0.1 et des sous figures --- 
>quelle version utilisez-vous?
> Qu'y-a-t'il d'autre de spécial dans votre document?

Je tente de répondre au message mais c'est possible que ça casse
l'arborescence vu que je ne suis pas inscrit à la liste.

J'utilise la version 2.0.1, dans mon document il y a des références
croisée, de la bibliographie, rien de bien extraordinaire. Par contre,
je suis passé de la version 1.6 à 2 sans modifier mes préférences donc
peut-être une option qui fait rater la compilation. Aussi j'ai
commencé le document avec la version 1.6.
Concernant la numérotation j'ai demandé à faire en sorte que la
numérotation des sections reprennent de 1 à chaque nouvelle partie.
En gros voici mon préambule :

\usepackage{xspace}
\usepackage[version=3]{mhchem}
\usepackage[np]{numprint}
\usepackage{subfigure}
%\usepackage{caption, subcaption}
\makeatletter
\@addtoreset{section}{part}
\makeatother
%\frenchbsetup{og= « , fg= »}

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