Grigory V.Sapunov <[email protected]> писал(а) в своём письме Sat,
01 Sep 2012 11:57:39 +0300:
еще - неизвестно насколько актуально в РФ, но много большой
биоинформатики крутится на перле #bioperl
А, кстати, много?
Есть чувство, что биоинформатики всё больше смотрят в сторону R и
Bioconductor.
Сомневаюсь.
А факты можете привести?
Исключительно впечатления из общения с биоинформатиками, а также
наблюдения
за свежими инициативами в области. Вот недавний российский курс от Cold
Spring Harbour Laboratory по анализу геномных данных, например, был
заявлен
как построенный на базе R.
Так что мне тоже интересны факты и цифры.
Среди прочего мои сомнения основаны и на том, что орейлевская литература
по
перлу и биоинформатике закончилась где-то с 10 лет назад. Зато в 2009 у
них
была книга уже по питону и биоинформатике. И в 'R in a nutshell' 2009-го
же
также есть глава по теме.
А ваши сомнения на чём основаны?
Основаны на том, что для расшифровки RNA написано очень много кода на Perl
(не только известный bioperl)
и подавляющее большинство иностранных Web-ресурсов (например, NCBI)
использует perl-scripts.
Думаю, выбор perl здесь не случаен --- основан на особенностях языка,
оптимизированного
для работы с последовательностями символов (RNAseq, proteins, ...)
Я бы скорее согласился, что R является не заменой perl,
а дополнением и расширением в сторону статистики (биометрики).
Питон, скорее дань моде, изюминка.
:)
--
ANG
--
Moscow.pm mailing list
[email protected] | http://moscow.pm.org
