Prezados, Acredito que o Brasil está melhor que muitos países na questão da Informação para a Pesquisa. Estamos muito adiantados no desenvolvimento de repositórios institucionais Digitais. Segundo o Registry of Open Access Repositories – ROAR, o Brasil é o sexto país do mundo em número de repositórios institucionais digitais de acesso aberto: http://roar.eprints.org/ <http://roar.eprints.org/>
Entre as iniciativas brasileiras destaco as ações do Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia (IBICT) como o lançamento do Manifesto Brasileiro de Apoio ao Acesso Livre ( http://livroaberto.ibict.br/Manifesto.pdf), a construção do Portal Brasileiro Acesso Aberto à Informação Científica - Portal Oasis.Br ( http://oasisbr.ibict.br/vufind/) , o apoio às universidades e instituições públicas na construção de repositórios institucionais, temáticos e publicações eletrônicas e de incubadora de repositórios e publicações eletrônicas ( http://www.ibict.br/informacao-para-ciencia-tecnologia-e-inovacao%20/repositorios-digitais), a absorção, customização e transferência de pacotes de software *open source* (DSpace, SEER e outros softwares que atendem aos padrões para publicações científicas) e a criação da Rede Brasileira de Serviços de Preservação Digital – Rede CARINIANA. Aproveitando a oportunidade, faço um comercial: Sou diretora da InnovaGestão – Consultoria em Informação, empresa especializada em serviços e produtos de informação que utiliza exclusivamente softwares abertos. Divulgo o link para o nosso próximo curso: Desenvolvimento de repositórios institucionais e bibliotecas digitais utilizando o Dspace ( http://www.innovagestao.com.br/) Caso esta ação de divulgação seja contra as normas desta lista. Peço desculpas, mas este curso, aberto ao público, só é encontrado aqui. Abraços Neide De Sordi Em 25 de fevereiro de 2016 11:37, <[email protected]> escreveu: > Enviar submissões para a lista de discussão okfn-br para > [email protected] > > Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço > https://lists.okfn.org/mailman/listinfo/okfn-br > ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou > corpo da mensagem para > [email protected] > > Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo > endereço > [email protected] > > Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será > mais específica que "Re: Contents of okfn-br digest..." > > > Tópicos de Hoje: > > 1. Re: relação entre a abertura de dados e a Reprodutibilidade > em Ciências (Peter Krauss) > > > ---------------------------------------------------------------------- > > Message: 1 > Date: Thu, 25 Feb 2016 11:37:09 -0300 > From: Peter Krauss <[email protected]> > To: "Grupo de interesse em conhecimento livre no Brasil, especialmente > dados abertos // Open Knowledge discussion list for Brazil" > <[email protected]> > Subject: Re: [okfn-br] relação entre a abertura de dados e a > Reprodutibilidade em Ciências > Message-ID: > <CAHEREtsczwRnWqgziou=Hc6NQWLZdPvbcm1DdAX4Yj57tC= > [email protected]> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Oi Daniela, obrigado oferecer ao publico slides relevantes de forma mais > aberta! Poderia acrescentar licença <https://creativecommons.org/choose/ > >? > > > Não pude ler tudo, chamaram atenção os comentários sobre estudo do Van > Noorden <http://dx.doi.org/10.1038/nature.2015.17694> (não vi links para > dados e detalhes metodológicos, voce tem isso?) > > - - - > Retomando o assunto de 2015... > > No geral, acho que já há uma boa dose de consciência da relevância e dos > desafios da comunidade científica brasileira, mas pouquíssimos deram o > passo seguinte que é conhecer e *usar os padrões*... Enquanto não houver > aderência aos padrões nada cresce de forma sustentável, e continuaremos > interagindo mais com os gringos do que entre nós... Padronizar e cooperar > são sinônimos nesse contexto. > > Fica a sugestão de aproveitar o seu público, já conscientizado dos > conceitos e problemas, e oferecer a eles uma apresentação ou workshop > complementar, sobre padrões essenciais... > > - - - - > > ... Pessoalmente, para dados pulverizados (que depois formam uma massa > coerente de *big data* conforme uso), acho que são esses dois: > > * *JATS* - https://en.wikipedia.org/wiki/Journal_Article_Tag_Suite > * *CSV com semântica* - https://www.w3.org/TR/tabular-data-model/ > > No caso de padrões específicos de uma base mais especializada, como as > bases já clássicas de astronomia e genoma, a solução aberta para fomentar o > uso, é oferecer descrição dos metadados via padrões da Web Semântica, tais > como JSON-LD <http://json-ld.org/> e Microdata > <https://www.w3.org/TR/microdata/> (ex. SchemaOrg > <http://schema.org/docs/gs.html>), que vêm se consolidando. > > PS: existem também iniciativas de *big-data* de uso científico e apoio do > publico (*crowdsourcing*) e pesquisadores (vide bases cartográficas PostGIS > <http://postgis.org/> nas universidades), o exemplo mais importante creio > que seja o OpenStreetMap > <http://wiki.openstreetmap.org/wiki/Databases_and_data_access_APIs>. > > > Em 25 de fevereiro de 2016 10:32, Daniela Brauner <[email protected]> > escreveu: > > > Olá Peter e demais integrantes da lista, > > > > Desculpem me pela demora pra responder o email de setembro 2015. > > Obrigada por todas as informações (muito legal!) > > > > Eis o link dos slides, da apresentação que fiz sobre compartilhamento de > > dados científicos em 2015: > > > https://docs.google.com/presentation/d/1ZpvQ_7_9CuqmLpCrY2X25kekVgIbsL7nnPcsmhfHzN4/edit?usp=sharing > > > > Gostaria de saber se vcs tem um grupo para discutir mais ativamente (por > > hangout ou ferramentas online). Estou no RS e gostaria de participar de > > forma remota. ;) Não só das atividades relacionadas à dados abertos > > cientificos, mas dados abertos no geral. > > > > Obrigada > > > > Abs > > Dani > > > > > > > > Em 12 de setembro de 2015 08:39, Peter Krauss <[email protected]> > > escreveu: > > > >> Olá Daniela, > >> > >> Na minha visão o JATS em OpenAccess já é uma iniciativa revolucionária > >> de dados abertos (!). > >> Claro, sempre há potencial para fazer mais, porém há necessidade de > >> seguir passo-a-passo a evolução, consolidar as coisas... consolidar a > >> cultura. > >> > >> O SciELO SPS > >> < > http://docs.scielo.org/projects/scielo-publishing-schema/pt_BR/1.2-branch/> > é > >> como um "JATS ABNT", ou seja, é de fato o padrão brasileiro para > registrar > >> artigos científicos. > >> PS: as editoras e o governo (ex. FAPESP) já vem investindo nisso desde > >> 2013. > >> > >> Comentei do *Material Suplementar* pois ele faz parte desse padrão, e os > >> recursos oficiais (esquema de "depósito legal > >> <https://en.wikipedia.org/wiki/Legal_deposit>" do artigo científico), > >> como o acervo SciELO, permitem o depósito casado do artigo com o seu > >> material suplementar. > >> ... Este artigo da descoberta das cores do camaleão > >> <http://dx.doi.org/10.1038/ncomms7368> tem bons exemplos de material > >> suplementar, e está também disponível no repositório PubMed Central > >> <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4366488/> (para obter o > >> JATS ver links FTP > >> <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/oa/oa.fcgi?id=PMC4366488>)... > >> Exemplo de revista rica em tabelas e materiais suplementares JATS, tem > a PLOS > >> ONE <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/440/> e a brasileira GMB > >> <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/1440/>. > >> > >> O incrível, que chama atenção, é que a cultura das revistas e dos > autores > >> é uma barreira: não existem barreias técnicas atualmente, pelo contrário > >> (!). É preciso ensinar a comunidade científica a usar os recursos mais > >> simples, nem sequer o mais simples vem sendo usado. > >> PS: as estatísticas de uso de material suplementar nas revistas são > >> baixíssimas (inferior a 1% dos artigos com tabelas), e editores > brasileiros > >> insistem em publicar tabelas de dados imensas em PDF ao invés de focar > no > >> conteúdo (ex. tabelas com estatísticas e sumarizações), e exigir que > >> autores usem o recurso do material suplementar. > >> > >> Enfim, JATS XML é o que temos de melhor e de mais amplamente usado nos > >> dias de hoje para "Compartilhar dados científicos"... > >> É ainda um "compartilhar" restrito à publicação de artigos científicos > >> (conteúdo, metadados do conteúdo, e dados suplementares do artigo). > >> > >> Perceba o quanto isso é importante, e o quanto ainda estamos patinando > na *barreira > >> cultural*... > >> Veja o exemplo dos seus slides > >> < > http://www.slideshare.net/DanielaBrauner/apresentacao-forumrnp-2015-daniela-brauner > >: > >> não posso copiar/colar trechos de texto, não posso seguir links, pois > estão > >> no formato imagem... É um conteúdo aberto, mas com apenas uma estrela > >> <http://5stardata.info/en/>. A aderência a uma "nova cultura" precisa > >> ser ampla... > >> > >> - - - > >> > >> Já o compartilhamento de dados em bancos de dados eu vejo como uma > >> evolução, que dependeria um pouco de termos essa cultura mais sólida. > >> De qualquer forma, como iniciativa, os *bancos de dados compartilhados* > correm > >> em paralelo, > >> não podem ser confundidos como uma "obrigação do pesquisador" > >> (ao contrário do JATS que hoje é uma exigência do SciELO, do PubMed > >> Central e diversos outros repositórios sérios). > >> > >> Algumas áreas possuem padrões, ferramentas, etc. que permitem o uso de > >> bancos de dados compartilhados e *big data*: OpenStreetMaps > >> <http://www.openstreetmap.org/> é um exemplo onde cientistas e pessoas > >> comuns compartilham dados... > >> A cada área (física de partículas, genética, análise climática, etc. > >> etc.) pode ou não haver oportunidade de uso de grandes bancos de dados. > A > >> maior parte ainda não tem seu *big data* padronizado e compartilhado. > >> > >> Além do *big data*, existem os casos intermediários, entre "material > >> suplementar" (ex. planilhas em formato CSV) e o banco de dados, que são > os > >> chamados *datasets*, promovidos pela OKFN no projeto *Data Packaged Core > >> Datasets* <https://github.com/datasets/>. > >> > >> Esses bancos de dados (dos *datasets* ao *big data*), para terem > >> sucesso, exigem uma certa democracia para que sejam de fato atrativos, > >> confiáveis, transparentes.... É o que chamam de *curadorias digitais*. > >> Além disso o critério de *veracidade* (inerente à questão da > >> reprodutibilidade científica) de cada área do conhecimento requer uma > certa > >> "intuição coletiva", que só uma curadoria ampla e igualmente aberta pode > >> assegurar. > >> No Brasil ainda estão nascendo as curadorias e as bases de dados > >> compartilhadas... são pouquíssimos os exemplos pois, novamente, há uma > >> cultura acadêmica arraigada do "meus dados", como você bem lembrou. > >> > >> > >> (respondendo *inline* os detalhes) > >> > >> Em 11 de setembro de 2015 11:05, Daniela Brauner <[email protected] > > > >> escreveu: > >> > >>> Oi Peter e amigos > >>> > >>> Pois então.... As editoras, agências de financiamento e quem sabe até > as > >>> próprias universidades e outros, que obtém resultados de P&D, deveriam > ter > >>> repositórios ou exigir que os dados utilizados em artigos fossem > >>> compartilhados de forma aberta. > >>> > >> > >> tentei expressar acima, fique a vontade para replicas ;-) > >> > >> > >>> Já existem plataformas que permitem isso como o Dataverse criado em > >>> Harvard. > >>> > >>> > >> Dei uma olhada mas nunca havia usado... Existem exemplos brasileiros? > >> Qual a vantagem em relação a uma base especializada, ou em relação aos > >> repositórios JATS genéricos? > >> > >> > >>> Mas temos alguns desafios importantes para resolver para garantir o > >>> reuso a longo prazo desse tipo de dados (IDs persistentes das coleções, > >>> proveniência etc. Coisas que sabemos como fazer basta colocar em > prática). > >>> > >> > >> Bem lembrado, e acredito que "identificar" é o primeiro passo para > >> qualquer iniciativa... Conheço a fundo três exemplos de IDs > persistentes, > >> > >> * *DOI*: de longe o mais difundido, apesar do custo não ser irrisório. > >> > >> * *ISSN*: difundido apenas para revistas, mas poderia estar acoplado ao > >> DOI (além de igualmente custoso), é mau usado nesse sentido, tenho um > >> projeto OKBr para isso, https://github.com/okfn-brasil/ISSN-L-Resolver > >> > >> * LexML e as *URNs LEX*: o único exemplo 100% brasileiro, sem custo, e > >> transparente. Gosto muito dele, ver http://www.lexml.gov.br/ Para > >> apoiar outros usos tem o projeto OKBr > >> https://github.com/okfn-brasil/getlex > >> > >> > >> > >>> Existe uma variedade muito grande de formatos, tipos e metadados, que > >>> dificultam a interoperabilidade mas acredito que as barreiras culturais > >>> ainda são o maior impedimento... "Os MEUS dados". > >>> > >>> > >> Discuti acima a solução que se consolidou em artigos científicos: *JATS* > >> (e CSV para materiais suplementares). > >> > >> > >> > >>> Fiz uma apresentação sobre isso outro dia onde tentei listar os > desafios > >>> e falei sobre uma iniciativa que apoia discussões sobre > compartilhamento e > >>> reuso de dados científicos, chamada RDA. > >>> > >>> Checkout: > >>> > http://www.slideshare.net/DanielaBrauner/apresentacao-forumrnp-2015-daniela-brauner > Apresentacao > >>> ForumRNP 2015 - Daniela Brauner > >>> > >>> > >> Parece muito boa (!), tem como nos passar em formato aberto? > >> ;-) > >> > >> > >> > >> > >>> Abs > >>> Daniela > >>> > >>> > >> > >> > >> > >>> > >>> Em 11/09/2015, às 06:14, Peter Krauss <[email protected]> escreveu: > >>> > >>> Um dos pilares do método científico e do "fazer Ciência" é a > >>> Reprodutibilidade <https://en.wikipedia.org/wiki/Reproducibility>... > >>> > >>> Quando falamos de *publicações científicas* abertas (muito da produção > >>> brasileira está hoje concentrada nos acervos do SciELO > >>> <https://en.wikipedia.org/wiki/SciELO>), > >>> ou seja, de OpenAccess <https://en.wikipedia.org/wiki/Open_access>, > >>> esquecemos da relação que isso tem com o conceito de *reprodutibilidade > >>> *-- e não só com *transparência* e *direito de acesso ao > conhecimento*. > >>> > >>> Um bom exemplo de aplicação prática do conceito é a publicação de > >>> tabelas em artigos. > >>> A *reprodutibilidade* é o que de fato explica o porquê, quando o > >>> pesquisador publica seu artigo científico numa revista, > >>> de *não* ser recomendado publicar *tabelas* em formato imagem (!), e de > >>> não ser suficiente a revista oferecer apenas o PDF do artigo: > >>> > >>> * o ideal é enviar como materal suplementar > >>> < > http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1d3/element/supplementary-material.html > > > >>> uma tabela CSV <http://www.w3.org/standards/techs/csv#w3c_all> ou > >>> planilha aberta, (um "conteudo pelo menos 4 estrelas > >>> <http://5stardata.info/en/>") para que *outros pesquisadores > >>> possam reproduzir as contas*, reutilizando operacionalmente a tabela > >>> publicada. > >>> > >>> * o correto, dentro dos padrões atuais, é a tabela estar expressa em > >>> HTML, com dados linha a linha > >>> < > http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1d3/chapter/tag-tables.html> > para > >>> podermos copiar/colar do acervo online para uma planilha. > >>> > >>> As revistas dos principais acervos, como SciELO e PubMed Central, são > >>> obrigadas hoje a entregar cada artigo, enquanto obra e documento > oficial, > >>> em ambos formatos, PDF e XML JATS > >>> <https://en.wikipedia.org/wiki/Journal_Article_Tag_Suite> -- é o XML > >>> que dá origem à indexação, ao HTML, EPUB, etc. automaticamente. > >>> > >>> - - - > >>> O link abaixo veio de uma dica da Carol aqui na Lista (desculpem perdi > o > >>> *thread* de onde cliquei o bookmark essa semana), > >>> muito bom, sobre esse assunto de "reprodutibilidade dos resultados do > >>> pesquisador", > >>> > >>> > >>> > http://www.ibtimes.com/scrutinizing-scientific-method-researchers-massive-open-access-study-fail-replicate-2071483 > >>> > >>> *A publicação científica* se torna de fato *conhecimento* depois dos > >>> pares terem *reproduzido*, que na prática é uma auditoria ;-) > >>> não é muito diferente das contas públicas do governo. > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> okfn-br mailing list > >>> [email protected] > >>> https://lists.okfn.org/mailman/listinfo/okfn-br > >>> Unsubscribe: https://lists.okfn.org/mailman/options/okfn-br > >>> > >>> > >>> _______________________________________________ > >>> okfn-br mailing list > >>> [email protected] > >>> https://lists.okfn.org/mailman/listinfo/okfn-br > >>> Unsubscribe: https://lists.okfn.org/mailman/options/okfn-br > >>> > >>> > >> _______________________________________________ > >> okfn-br mailing list > >> [email protected] > >> https://lists.okfn.org/mailman/listinfo/okfn-br > >> Unsubscribe: https://lists.okfn.org/mailman/options/okfn-br > >> > >> > > > > _______________________________________________ > > okfn-br mailing list > > [email protected] > > https://lists.okfn.org/mailman/listinfo/okfn-br > > Unsubscribe: https://lists.okfn.org/mailman/options/okfn-br > > > > > -------------- Próxima Parte ---------- > Um anexo em HTML foi limpo... > URL: < > http://lists.okfn.org/pipermail/okfn-br/attachments/20160225/0c5c06f6/attachment.html > > > > ------------------------------ > > Subject: Legenda do Digest > > _______________________________________________ > okfn-br mailing list > [email protected] > https://lists.okfn.org/mailman/listinfo/okfn-br > Unsubscribe: https://lists.okfn.org/mailman/options/okfn-br > > > ------------------------------ > > Fim da Digest okfn-br, volume 55, assunto 28 > ******************************************** >
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