Thanks, Barry, On Thu, Mar 23, 2017 at 4:02 PM, Barry Smith <[email protected]> wrote:
> > Please send the matrix as a binary file. > > Are you computing a distance one coloring or distance 2. 2 is needed > for Jacobians. > The matrix does not come from PDE, and it is from a grain-tracking thing. Distance 1 did magic work. We have 8 colors now using JP, power,.. Thanks. Fande, > > > > On Mar 23, 2017, at 4:57 PM, Kong, Fande <[email protected]> wrote: > > > > Thanks, Hong, > > > > I did some tests with a matrix (40x40): > > > > row 0: (0, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (11, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (19, > 1.) (22, 1.) (23, 1.) (24, 1.) (27, 1.) (28, 1.) > > row 1: (1, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (6, 1.) (16, 1.) (17, 1.) (18, 1.) > (21, 1.) (33, 1.) > > row 2: (0, 1.) (1, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) > (10, 1.) (16, 1.) (19, 1.) (20, 1.) > > row 3: (0, 1.) (1, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (18, 1.) > (19, 1.) (21, 1.) (22, 1.) (31, 1.) (33, 1.) > > row 4: (4, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, > 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.) > > row 5: (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (17, 1.) (22, 1.) (26, 1.) (31, > 1.) (32, 1.) (33, 1.) (34, 1.) > > row 6: (1, 1.) (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (16, 1.) > (20, 1.) (25, 1.) (30, 1.) > > row 7: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (13, 1.) (17, 1.) > (20, 1.) (32, 1.) (34, 1.) > > row 8: (8, 1.) (9, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (26, 1.) (29, 1.) (30, > 1.) (36, 1.) (38, 1.) (39, 1.) > > row 9: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (8, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (13, 1.) > (16, 1.) (17, 1.) (20, 1.) (25, 1.) (30, 1.) (34, 1.) > > row 10: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (20, > 1.) (29, 1.) (32, 1.) (34, 1.) > > row 11: (0, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (14, 1.) (15, > 1.) (19, 1.) (22, 1.) (23, 1.) (26, 1.) (27, 1.) (31, 1.) > > row 12: (8, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (15, 1.) (22, 1.) (23, > 1.) (26, 1.) (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.) (39, 1.) > > row 13: (7, 1.) (8, 1.) (9, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (17, 1.) (23, > 1.) (26, 1.) (30, 1.) (34, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 14: (0, 1.) (4, 1.) (11, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (19, 1.) (21, > 1.) (23, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (38, 1.) > > row 15: (0, 1.) (4, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (18, > 1.) (21, 1.) (23, 1.) (25, 1.) (27, 1.) (28, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 16: (1, 1.) (2, 1.) (6, 1.) (9, 1.) (16, 1.) (18, 1.) (21, > 1.) (25, 1.) (30, 1.) > > row 17: (1, 1.) (5, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (13, 1.) (17, 1.) (18, > 1.) (21, 1.) (31, 1.) (33, 1.) (34, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 18: (1, 1.) (3, 1.) (15, 1.) (16, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, > 1.) (23, 1.) (31, 1.) (33, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 19: (0, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (4, 1.) (10, 1.) (11, 1.) (14, > 1.) (19, 1.) (20, 1.) (24, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (38, 1.) > > row 20: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (20, 1.) > > row 21: (1, 1.) (3, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (16, 1.) (17, 1.) (18, > 1.) (21, 1.) (23, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (33, 1.) (35, 1.) > > row 22: (0, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (22, 1.) (26, > 1.) (27, 1.) (31, 1.) (32, 1.) (33, 1.) (34, 1.) > > row 23: (0, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (18, > 1.) (21, 1.) (23, 1.) (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 24: (0, 1.) (4, 1.) (14, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, > 1.) (29, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.) > > row 25: (4, 1.) (6, 1.) (9, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (16, 1.) (21, > 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) > > row 26: (5, 1.) (8, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (22, 1.) (26, > 1.) (27, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (39, 1.) > > row 27: (0, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (15, 1.) (22, 1.) (23, 1.) (26, > 1.) (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 28: (0, 1.) (4, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (21, 1.) (24, 1.) (25, > 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) > > row 29: (8, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (26, 1.) (29, 1.) (32, > 1.) (34, 1.) (38, 1.) (39, 1.) > > row 30: (4, 1.) (6, 1.) (8, 1.) (9, 1.) (13, 1.) (16, 1.) (21, > 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.) > > row 31: (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (22, 1.) (31, > 1.) (33, 1.) (34, 1.) > > row 32: (5, 1.) (7, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (22, 1.) (26, 1.) (29, > 1.) (32, 1.) (34, 1.) (39, 1.) > > row 33: (1, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (22, > 1.) (31, 1.) (33, 1.) (34, 1.) (35, 1.) > > row 34: (5, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (13, 1.) (17, 1.) (22, > 1.) (29, 1.) (31, 1.) (32, 1.) (33, 1.) (34, 1.) > > row 35: (12, 1.) (13, 1.) (15, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (23, > 1.) (27, 1.) (33, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 36: (8, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (15, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (23, > 1.) (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 37: (4, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, > 1.) > > row 38: (4, 1.) (8, 1.) (14, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (29, 1.) (30, > 1.) (37, 1.) (38, 1.) (39, 1.) > > row 39: (8, 1.) (12, 1.) (26, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (38, 1.) (39, > 1.) > > > > > > A native back-tracking gives 8 colors, but all the algorithms in PETSc > give 20 colors. Is it supposed to be like this? > > > > Fande, > > > > > > On Thu, Mar 23, 2017 at 10:50 AM, Hong <[email protected]> wrote: > > Fande, > > > > I was wondering if the coloring approaches listed online are working? > Which ones are in parallel, and which ones are in sequential? > > > > https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.mcs. > anl.gov_petsc_petsc-2Dcurrent_docs_manualpages_Mat_MatColoringType.html- > 23MatColoringType&d=DwIFAg&c=54IZrppPQZKX9mLzcGdPfFD1hxrcB_ > _aEkJFOKJFd00&r=DUUt3SRGI0_JgtNaS3udV68GRkgV4ts7XKfj2opmiCY&m= > VM8Mcai7YBTCMhYbGyMpwJvGX9atqPIWinrgSFeqUgM&s= > iUNa3SvixuSDyCXSXyjpn0kFV6u6kMspf5e0Uhqrssw&e= > > > > JP and Greedy are parallel. > > > > If the coloring is in parallel, can it be used with the finite > difference to compute the Jacobian? Any limitations? > > > > Yes, they work quite well. Git it a try. Let us know if you encounter > any problem. > > > > Hong > > > > > >
