> On Mar 23, 2017, at 5:35 PM, Kong, Fande <[email protected]> wrote: > > Thanks, Barry, > > On Thu, Mar 23, 2017 at 4:02 PM, Barry Smith <[email protected]> wrote: > > Please send the matrix as a binary file. > > Are you computing a distance one coloring or distance 2. 2 is needed for > Jacobians. > > The matrix does not come from PDE, and it is from a grain-tracking thing. > Distance 1 did magic work. We have 8 colors now using JP, power,..
What are you going to use the coloring for? Barry > > Thanks. > > Fande, > > > > > > On Mar 23, 2017, at 4:57 PM, Kong, Fande <[email protected]> wrote: > > > > Thanks, Hong, > > > > I did some tests with a matrix (40x40): > > > > row 0: (0, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (11, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (19, 1.) > > (22, 1.) (23, 1.) (24, 1.) (27, 1.) (28, 1.) > > row 1: (1, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (6, 1.) (16, 1.) (17, 1.) (18, 1.) > > (21, 1.) (33, 1.) > > row 2: (0, 1.) (1, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, > > 1.) (16, 1.) (19, 1.) (20, 1.) > > row 3: (0, 1.) (1, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (18, 1.) > > (19, 1.) (21, 1.) (22, 1.) (31, 1.) (33, 1.) > > row 4: (4, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) > > (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.) > > row 5: (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (17, 1.) (22, 1.) (26, 1.) (31, 1.) > > (32, 1.) (33, 1.) (34, 1.) > > row 6: (1, 1.) (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (16, 1.) > > (20, 1.) (25, 1.) (30, 1.) > > row 7: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (13, 1.) (17, 1.) > > (20, 1.) (32, 1.) (34, 1.) > > row 8: (8, 1.) (9, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (26, 1.) (29, 1.) (30, 1.) > > (36, 1.) (38, 1.) (39, 1.) > > row 9: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (8, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (13, 1.) > > (16, 1.) (17, 1.) (20, 1.) (25, 1.) (30, 1.) (34, 1.) > > row 10: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (20, 1.) > > (29, 1.) (32, 1.) (34, 1.) > > row 11: (0, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (14, 1.) (15, 1.) > > (19, 1.) (22, 1.) (23, 1.) (26, 1.) (27, 1.) (31, 1.) > > row 12: (8, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (15, 1.) (22, 1.) (23, 1.) > > (26, 1.) (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.) (39, 1.) > > row 13: (7, 1.) (8, 1.) (9, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (17, 1.) (23, 1.) > > (26, 1.) (30, 1.) (34, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 14: (0, 1.) (4, 1.) (11, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (19, 1.) (21, 1.) > > (23, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (38, 1.) > > row 15: (0, 1.) (4, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (18, 1.) > > (21, 1.) (23, 1.) (25, 1.) (27, 1.) (28, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 16: (1, 1.) (2, 1.) (6, 1.) (9, 1.) (16, 1.) (18, 1.) (21, 1.) > > (25, 1.) (30, 1.) > > row 17: (1, 1.) (5, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (13, 1.) (17, 1.) (18, 1.) > > (21, 1.) (31, 1.) (33, 1.) (34, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 18: (1, 1.) (3, 1.) (15, 1.) (16, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) > > (23, 1.) (31, 1.) (33, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 19: (0, 1.) (2, 1.) (3, 1.) (4, 1.) (10, 1.) (11, 1.) (14, 1.) > > (19, 1.) (20, 1.) (24, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (38, 1.) > > row 20: (2, 1.) (6, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (20, 1.) > > row 21: (1, 1.) (3, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (16, 1.) (17, 1.) (18, 1.) > > (21, 1.) (23, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (33, 1.) (35, 1.) > > row 22: (0, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (22, 1.) (26, 1.) > > (27, 1.) (31, 1.) (32, 1.) (33, 1.) (34, 1.) > > row 23: (0, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (18, 1.) > > (21, 1.) (23, 1.) (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 24: (0, 1.) (4, 1.) (14, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) > > (29, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.) > > row 25: (4, 1.) (6, 1.) (9, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (16, 1.) (21, 1.) > > (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) > > row 26: (5, 1.) (8, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (22, 1.) (26, 1.) > > (27, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (39, 1.) > > row 27: (0, 1.) (11, 1.) (12, 1.) (15, 1.) (22, 1.) (23, 1.) (26, 1.) > > (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 28: (0, 1.) (4, 1.) (14, 1.) (15, 1.) (21, 1.) (24, 1.) (25, 1.) > > (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) > > row 29: (8, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (26, 1.) (29, 1.) (32, 1.) > > (34, 1.) (38, 1.) (39, 1.) > > row 30: (4, 1.) (6, 1.) (8, 1.) (9, 1.) (13, 1.) (16, 1.) (21, 1.) > > (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.) > > row 31: (3, 1.) (5, 1.) (11, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (22, 1.) (31, 1.) > > (33, 1.) (34, 1.) > > row 32: (5, 1.) (7, 1.) (10, 1.) (19, 1.) (22, 1.) (26, 1.) (29, 1.) > > (32, 1.) (34, 1.) (39, 1.) > > row 33: (1, 1.) (3, 1.) (5, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (22, 1.) > > (31, 1.) (33, 1.) (34, 1.) (35, 1.) > > row 34: (5, 1.) (7, 1.) (9, 1.) (10, 1.) (13, 1.) (17, 1.) (22, 1.) > > (29, 1.) (31, 1.) (32, 1.) (33, 1.) (34, 1.) > > row 35: (12, 1.) (13, 1.) (15, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (21, 1.) (23, > > 1.) (27, 1.) (33, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 36: (8, 1.) (12, 1.) (13, 1.) (15, 1.) (17, 1.) (18, 1.) (23, 1.) > > (27, 1.) (35, 1.) (36, 1.) > > row 37: (4, 1.) (24, 1.) (25, 1.) (28, 1.) (30, 1.) (37, 1.) (38, 1.) > > row 38: (4, 1.) (8, 1.) (14, 1.) (19, 1.) (24, 1.) (29, 1.) (30, 1.) > > (37, 1.) (38, 1.) (39, 1.) > > row 39: (8, 1.) (12, 1.) (26, 1.) (29, 1.) (32, 1.) (38, 1.) (39, 1.) > > > > > > A native back-tracking gives 8 colors, but all the algorithms in PETSc give > > 20 colors. Is it supposed to be like this? > > > > Fande, > > > > > > On Thu, Mar 23, 2017 at 10:50 AM, Hong <[email protected]> wrote: > > Fande, > > > > I was wondering if the coloring approaches listed online are working? Which > > ones are in parallel, and which ones are in sequential? > > > > https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.mcs.anl.gov_petsc_petsc-2Dcurrent_docs_manualpages_Mat_MatColoringType.html-23MatColoringType&d=DwIFAg&c=54IZrppPQZKX9mLzcGdPfFD1hxrcB__aEkJFOKJFd00&r=DUUt3SRGI0_JgtNaS3udV68GRkgV4ts7XKfj2opmiCY&m=VM8Mcai7YBTCMhYbGyMpwJvGX9atqPIWinrgSFeqUgM&s=iUNa3SvixuSDyCXSXyjpn0kFV6u6kMspf5e0Uhqrssw&e= > > > > JP and Greedy are parallel. > > > > If the coloring is in parallel, can it be used with the finite difference > > to compute the Jacobian? Any limitations? > > > > Yes, they work quite well. Git it a try. Let us know if you encounter any > > problem. > > > > Hong > > > > > >
