Hi, Xu Hui, I ran a test with your matrix but met $ mpirun -n 4 ./ex0 -f test.mat [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message -------------------------------------------------------------- [0]PETSC ERROR: Unexpected data in file [0]PETSC ERROR: Not a matrix object in file ... [0]PETSC ERROR: #4 main() at ex0.c:18 [0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries: [0]PETSC ERROR: -f test.mat [0]PETSC ERROR: -matload_block_size 2
I attach my test ex0.c. You can run at your side to make sure the matrix is OK. Then, could just put the test and matrix files in a tarball and send it back? I feel the problem might be related to -matload_block_size 2. But let's see. Thanks. --Junchao Zhang On Fri, Apr 15, 2022 at 2:43 AM 459543524 <[email protected]> wrote: > Sir, I already dump the matrix into binary file and attached in the mail, > and please have a look. > Thanks for your time. > > The follow code can be used to reproduce problem. > --------------------------------------------------------------- > std::string path = "......"; > PetscViewer viewer; > PetscViewerBinaryOpen(comm, path.c_str(), FILE_MODE_READ, &viewer); > Mat A; > MatCreate(comm,&A); > MatSetType(A,MATMPIAIJ); > MatLoad(A,viewer); > PetscViewerDestroy(&viewer); > MatView(A, PETSC_VIEWER_STDOUT_(MPI_COMM_WORLD)); > Mat J; > MatConvert(A, MATIS, MAT_INITIAL_MATRIX, &J); > --------------------------------------------------------------- > The result shown as follows: > --------------------------------------------------------------- > Mat Object: 4 MPI processes > type: mpiaij > row 0: (0, 168.75) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.) > (7, 0.) > row 1: (0, 0.) (1, 168.75) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.) > (7, 0.) > row 2: (0, 0.) (1, 0.) (2, 168.75) (3, 0.) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.) > (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.) > row 3: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 168.75) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.) > (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.) > row 4: (0, 0.) (1, 0.) (4, 150.) (5, -25.) (6, -100.) (7, 25.) (16, > -25.) (17, 25.) (18, 0.) (19, -25.) > row 5: (0, 0.) (1, 0.) (4, -25.) (5, 150.) (6, 25.) (7, -50.) (16, > 0.) (17, -50.) (18, -25.) (19, 0.) > row 6: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, -100.) (5, 25.) (6, > 300.) (7, -50.) (12, -100.) (13, 25.) (18, -50.) (19, 25.) (24, 0.) > (25, -25.) > row 7: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 25.) (5, -50.) (6, -50.) > (7, 300.) (12, 25.) (13, -50.) (18, 25.) (19, -100.) (24, -25.) (25, > 0.) > row 8: (2, 0.) (3, 0.) (8, 150.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 0.) > (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.) > row 9: (2, 0.) (3, 0.) (8, 0.) (9, 150.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 0.) > (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.) > row 10: (8, 0.) (9, 0.) (10, 150.) (11, 0.) (14, 0.) (15, 0.) > row 11: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 150.) (14, 0.) (15, 0.) > row 12: (2, 0.) (3, 0.) (6, -100.) (7, 25.) (8, 0.) (9, 0.) (12, > 300.) (13, -50.) (14, -100.) (15, 25.) (24, -50.) (25, 25.) (26, 0.) > (27, -25.) > row 13: (2, 0.) (3, 0.) (6, 25.) (7, -50.) (8, 0.) (9, 0.) (12, > -50.) (13, 300.) (14, 25.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -100.) (26, > -25.) (27, 0.) > row 14: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, -100.) (13, 25.) (14, > 150.) (15, -25.) (26, -25.) (27, 0.) > row 15: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 25.) (13, -50.) (14, > -25.) (15, 150.) (26, 25.) (27, -50.) > row 16: (4, -25.) (5, 0.) (16, 150.) (17, -25.) (18, -100.) (19, > 25.) (20, -25.) (21, 25.) (22, 0.) (23, -25.) > row 17: (4, 25.) (5, -50.) (16, -25.) (17, 150.) (18, 25.) (19, > -50.) (20, 0.) (21, -50.) (22, -25.) (23, 0.) > row 18: (4, 0.) (5, -25.) (6, -50.) (7, 25.) (16, -100.) (17, 25.) > (18, 300.) (19, -50.) (22, -50.) (23, 25.) (24, -100.) (25, 25.) (28, > 0.) (29, -25.) > row 19: (4, -25.) (5, 0.) (6, 25.) (7, -100.) (16, 25.) (17, -50.) > (18, -50.) (19, 300.) (22, 25.) (23, -100.) (24, 25.) (25, -50.) (28, > -25.) (29, 0.) > row 20: (16, -25.) (17, 0.) (20, 75.) (21, -25.) (22, -50.) (23, 25.) > row 21: (16, 25.) (17, -50.) (20, -25.) (21, 75.) (22, 0.) (23, -25.) > row 22: (16, 0.) (17, -25.) (18, -50.) (19, 25.) (20, -50.) (21, 0.) > (22, 150.) (23, -25.) (28, -50.) (29, 25.) > row 23: (16, -25.) (17, 0.) (18, 25.) (19, -100.) (20, 25.) (21, > -25.) (22, -25.) (23, 150.) (28, 0.) (29, -25.) > row 24: (6, 0.) (7, -25.) (12, -50.) (13, 25.) (18, -100.) (19, 25.) > (24, 300.) (25, -50.) (26, -100.) (27, 25.) (28, -50.) (29, 25.) (30, > 0.) (31, -25.) > row 25: (6, -25.) (7, 0.) (12, 25.) (13, -100.) (18, 25.) (19, -50.) > (24, -50.) (25, 300.) (26, 25.) (27, -50.) (28, 25.) (29, -100.) (30, > -25.) (31, 0.) > row 26: (12, 0.) (13, -25.) (14, -25.) (15, 25.) (24, -100.) (25, > 25.) (26, 150.) (27, -25.) (30, -25.) (31, 0.) > row 27: (12, -25.) (13, 0.) (14, 0.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -50.) > (26, -25.) (27, 150.) (30, 25.) (31, -50.) > row 28: (18, 0.) (19, -25.) (22, -50.) (23, 0.) (24, -50.) (25, 25.) > (28, 150.) (29, -25.) (30, -50.) (31, 25.) > row 29: (18, -25.) (19, 0.) (22, 25.) (23, -25.) (24, 25.) (25, > -100.) (28, -25.) (29, 150.) (30, 0.) (31, -25.) > row 30: (24, 0.) (25, -25.) (26, -25.) (27, 25.) (28, -50.) (29, 0.) > (30, 75.) (31, 0.) > row 31: (24, -25.) (25, 0.) (26, 0.) (27, -50.) (28, 25.) (29, -25.) > (30, 0.) (31, 75.) > [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message > -------------------------------------------------------------- > [0]PETSC ERROR: Argument out of range > [0]PETSC ERROR: Scatter indices in ix are out of range > [0]PETSC ERROR: See https://petsc.org/release/faq/ for trouble shooting. > [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.4, Sep 01, 2021 > [0]PETSC ERROR: Unknown Name on a named xuhui-Office by xuhui Fri Apr 15 > 15:40:00 2022 > [0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc/debug_int64 > --download-mumps --download-scalapack --download-superlu_dist > --download-parmetis --download-metis --with-64-bit-indices=1 > [0]PETSC ERROR: #1 VecScatterCreate() at > /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/vec/is/sf/interface/vscat.c:767 > [0]PETSC ERROR: #2 MatISSetUpScatters_Private() at > /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2403 > [0]PETSC ERROR: #3 MatSetLocalToGlobalMapping_IS() at > /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2501 > [0]PETSC ERROR: #4 MatSetLocalToGlobalMapping() at > /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:2093 > [0]PETSC ERROR: #5 MatConvert_XAIJ_IS() at > /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:651 > [0]PETSC ERROR: #6 MatConvert() at > /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:4439 > ^C[mpiexec@xuhui-Office] Sending Ctrl-C to processes as requested > > --------------------------------------------------------------- > ------------------------------ > 徐辉，Xu Hui > 清华大学航天航空学院博士研究生 > PhD Candidate, School of Aerospace Engineering > Tsinghua University > Tel： 188-1152-7137 > Mail：[email protected] > > > > > ------------------ 原始邮件 ------------------ > *发件人:* "Junchao Zhang" <[email protected]>; > *发送时间:* 2022年4月15日(星期五) 上午6:31 > *收件人:* "459543524"<[email protected]>; > *抄送:* "petsc-users"<[email protected]>; > *主题:* Re: [petsc-users] Can not understand why convert matrix type from > MPIAIJ to MATIS failed. > > Since you already have the test matrix, could you add "-mat_view binary" > to dump the matrix and send us the binaryoutput.* files for reproduce? > > --Junchao Zhang > > > On Thu, Apr 14, 2022 at 10:09 AM 459543524 via petsc-users < > [email protected]> wrote: > >> Sir, I can not understand why my convert from MPIAIJ to MATIS failed. >> >> I already have a matrix A, create by follow commands >> --------------------------------------------------------------------- >> Mat A; >> MatCreateAIJ(...) >> MatSetValues(...) >> MatAssemblyBegin(A, MAT_FINAL_ASSEMBLY); >> MatAssemblyEnd(A, MAT_FINAL_ASSEMBLY); >> --------------------------------------------------------------------- >> I want convert the matrix A to MATIS type for future BDDC operation, as >> advised by ex 72. >> --------------------------------------------------------------------- >> Mat J; >> MatConvert(A, MATIS, MAT_INITIAL_MATRIX, &J); >> --------------------------------------------------------------------- >> >> The command failed with the stacktrace >> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message >> -------------------------------------------------------------- >> [0]PETSC ERROR: Argument out of range >> [0]PETSC ERROR: Scatter indices in ix are out of range >> [0]PETSC ERROR: See https://petsc.org/release/faq/ for trouble shooting. >> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.4, Sep 01, 2021 >> [0]PETSC ERROR: Unknown Name on a named xuhui-Office by xuhui Thu Apr 14 >> 23:06:08 2022 >> [0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc/debug_int64 >> --download-mumps --download-scalapack --download-superlu_dist >> --download-parmetis --download-metis --with-64-bit-indices=1 >> [0]PETSC ERROR: #1 VecScatterCreate() at >> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/vec/is/sf/interface/vscat.c:767 >> [0]PETSC ERROR: #2 MatISSetUpScatters_Private() at >> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2403 >> [0]PETSC ERROR: #3 MatSetLocalToGlobalMapping_IS() at >> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2501 >> [0]PETSC ERROR: #4 MatSetLocalToGlobalMapping() at >> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:2093 >> [0]PETSC ERROR: #5 MatConvert_XAIJ_IS() at >> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:651 >> [0]PETSC ERROR: #6 MatConvert() at >> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:4439 >> ^C[mpiexec@xuhui-Office] Sending Ctrl-C to processes as requested >> >> >> I have no idea why this happen. Thanks for your time. >> >> >> Further information: >> The matrix A is distributed on 4 processes. >> We can view the matrix as follows: >> >> Mat Object: 4 MPI processes >> type: mpiaij >> row 0: (0, 168.75) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.) >> (7, 0.) >> row 1: (0, 0.) (1, 168.75) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, 0.) >> (7, 0.) >> row 2: (0, 0.) (1, 0.) (2, 168.75) (3, 0.) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.) >> (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.) >> row 3: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 168.75) (6, 0.) (7, 0.) (8, 0.) >> (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.) >> row 4: (0, 0.) (1, 0.) (4, 150.) (5, -25.) (6, -100.) (7, 25.) (16, >> -25.) (17, 25.) (18, 0.) (19, -25.) >> row 5: (0, 0.) (1, 0.) (4, -25.) (5, 150.) (6, 25.) (7, -50.) (16, >> 0.) (17, -50.) (18, -25.) (19, 0.) >> row 6: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, -100.) (5, 25.) (6, >> 300.) (7, -50.) (12, -100.) (13, 25.) (18, -50.) (19, 25.) (24, 0.) >> (25, -25.) >> row 7: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 25.) (5, -50.) (6, >> -50.) (7, 300.) (12, 25.) (13, -50.) (18, 25.) (19, -100.) (24, >> -25.) (25, 0.) >> row 8: (2, 0.) (3, 0.) (8, 150.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, >> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.) >> row 9: (2, 0.) (3, 0.) (8, 0.) (9, 150.) (10, 0.) (11, 0.) (12, >> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.) >> row 10: (8, 0.) (9, 0.) (10, 150.) (11, 0.) (14, 0.) (15, 0.) >> row 11: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 150.) (14, 0.) (15, 0.) >> row 12: (2, 0.) (3, 0.) (6, -100.) (7, 25.) (8, 0.) (9, 0.) (12, >> 300.) (13, -50.) (14, -100.) (15, 25.) (24, -50.) (25, 25.) (26, 0.) >> (27, -25.) >> row 13: (2, 0.) (3, 0.) (6, 25.) (7, -50.) (8, 0.) (9, 0.) (12, >> -50.) (13, 300.) (14, 25.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -100.) (26, >> -25.) (27, 0.) >> row 14: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, -100.) (13, 25.) >> (14, 150.) (15, -25.) (26, -25.) (27, 0.) >> row 15: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 25.) (13, -50.) (14, >> -25.) (15, 150.) (26, 25.) (27, -50.) >> row 16: (4, -25.) (5, 0.) (16, 150.) (17, -25.) (18, -100.) (19, >> 25.) (20, -25.) (21, 25.) (22, 0.) (23, -25.) >> row 17: (4, 25.) (5, -50.) (16, -25.) (17, 150.) (18, 25.) (19, >> -50.) (20, 0.) (21, -50.) (22, -25.) (23, 0.) >> row 18: (4, 0.) (5, -25.) (6, -50.) (7, 25.) (16, -100.) (17, 25.) >> (18, 300.) (19, -50.) (22, -50.) (23, 25.) (24, -100.) (25, 25.) (28, >> 0.) (29, -25.) >> row 19: (4, -25.) (5, 0.) (6, 25.) (7, -100.) (16, 25.) (17, -50.) >> (18, -50.) (19, 300.) (22, 25.) (23, -100.) (24, 25.) (25, -50.) (28, >> -25.) (29, 0.) >> row 20: (16, -25.) (17, 0.) (20, 75.) (21, -25.) (22, -50.) (23, >> 25.) >> row 21: (16, 25.) (17, -50.) (20, -25.) (21, 75.) (22, 0.) (23, >> -25.) >> row 22: (16, 0.) (17, -25.) (18, -50.) (19, 25.) (20, -50.) (21, >> 0.) (22, 150.) (23, -25.) (28, -50.) (29, 25.) >> row 23: (16, -25.) (17, 0.) (18, 25.) (19, -100.) (20, 25.) (21, >> -25.) (22, -25.) (23, 150.) (28, 0.) (29, -25.) >> row 24: (6, 0.) (7, -25.) (12, -50.) (13, 25.) (18, -100.) (19, >> 25.) (24, 300.) (25, -50.) (26, -100.) (27, 25.) (28, -50.) (29, >> 25.) (30, 0.) (31, -25.) >> row 25: (6, -25.) (7, 0.) (12, 25.) (13, -100.) (18, 25.) (19, >> -50.) (24, -50.) (25, 300.) (26, 25.) (27, -50.) (28, 25.) (29, >> -100.) (30, -25.) (31, 0.) >> row 26: (12, 0.) (13, -25.) (14, -25.) (15, 25.) (24, -100.) (25, >> 25.) (26, 150.) (27, -25.) (30, -25.) (31, 0.) >> row 27: (12, -25.) (13, 0.) (14, 0.) (15, -50.) (24, 25.) (25, >> -50.) (26, -25.) (27, 150.) (30, 25.) (31, -50.) >> row 28: (18, 0.) (19, -25.) (22, -50.) (23, 0.) (24, -50.) (25, >> 25.) (28, 150.) (29, -25.) (30, -50.) (31, 25.) >> row 29: (18, -25.) (19, 0.) (22, 25.) (23, -25.) (24, 25.) (25, >> -100.) (28, -25.) (29, 150.) (30, 0.) (31, -25.) >> row 30: (24, 0.) (25, -25.) (26, -25.) (27, 25.) (28, -50.) (29, >> 0.) (30, 75.) (31, 0.) >> row 31: (24, -25.) (25, 0.) (26, 0.) (27, -50.) (28, 25.) (29, >> -25.) (30, 0.) (31, 75.) >> >> >> ------------------------------ >> 徐辉，Xu Hui >> 清华大学航天航空学院博士研究生 >> PhD Candidate, School of Aerospace Engineering >> Tsinghua University >> Tel： 188-1152-7137 >> Mail：[email protected] >> >> >> >
ex0.c
Description: Binary data
