Hi, Xiu Hui, It should be fixed in https://gitlab.com/petsc/petsc/-/merge_requests/5140. Once the tests pass, it will be merged to petsc/release and petsc/main
Thanks for reporting. --Junchao Zhang On Sun, Apr 17, 2022 at 10:29 PM Junchao Zhang <[email protected]> wrote: > Hi, Xiu Hui, > I can reproduce the error. I need to read the code to understand why. > I'll report back once I have a fix. > Thanks. > --Junchao Zhang > > > On Sat, Apr 16, 2022 at 12:02 AM 459543524 <[email protected]> wrote: > >> Sir, I rewrite the code. >> The code do not include any domain concept. >> The code is simple allocate space, insert value, compress, set attribute, >> then convert the matrix type. >> It can help to reproduce the problem. >> Please take a look. >> As you suggested, I found that the problem comes from the line >> ``` >> MatSetBlockSize(....); >> ``` >> If this line is not used, every thing will be ok. >> Thanks for your time sir. >> >> ------------------------------ >> 徐辉，Xu Hui >> 清华大学航天航空学院博士研究生 >> PhD Candidate, School of Aerospace Engineering >> Tsinghua University >> Tel： 188-1152-7137 >> Mail：[email protected] >> >> >> >> >> ------------------ 原始邮件 ------------------ >> *发件人:* "Junchao Zhang" <[email protected]>; >> *发送时间:* 2022年4月15日(星期五) 晚上11:25 >> *收件人:* "459543524"<[email protected]>; >> *抄送:* "petsc-users"<[email protected]>; >> *主题:* Re: [petsc-users] Can not understand why convert matrix type from >> MPIAIJ to MATIS failed. >> >> Hi, Xu Hui, >> I ran a test with your matrix but met >> $ mpirun -n 4 ./ex0 -f test.mat >> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message >> -------------------------------------------------------------- >> [0]PETSC ERROR: Unexpected data in file >> [0]PETSC ERROR: Not a matrix object in file >> ... >> [0]PETSC ERROR: #4 main() at ex0.c:18 >> [0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries: >> [0]PETSC ERROR: -f test.mat >> [0]PETSC ERROR: -matload_block_size 2 >> >> I attach my test ex0.c. You can run at your side to make sure the matrix >> is OK. Then, could just put the test and matrix files in a tarball and >> send it back? >> I feel the problem might be related to -matload_block_size 2. But let's >> see. >> >> Thanks. >> --Junchao Zhang >> >> >> On Fri, Apr 15, 2022 at 2:43 AM 459543524 <[email protected]> wrote: >> >>> Sir, I already dump the matrix into binary file and attached in the >>> mail, and please have a look. >>> Thanks for your time. >>> >>> The follow code can be used to reproduce problem. >>> --------------------------------------------------------------- >>> std::string path = "......"; >>> PetscViewer viewer; >>> PetscViewerBinaryOpen(comm, path.c_str(), FILE_MODE_READ, &viewer); >>> Mat A; >>> MatCreate(comm,&A); >>> MatSetType(A,MATMPIAIJ); >>> MatLoad(A,viewer); >>> PetscViewerDestroy(&viewer); >>> MatView(A, PETSC_VIEWER_STDOUT_(MPI_COMM_WORLD)); >>> Mat J; >>> MatConvert(A, MATIS, MAT_INITIAL_MATRIX, &J); >>> --------------------------------------------------------------- >>> The result shown as follows: >>> --------------------------------------------------------------- >>> Mat Object: 4 MPI processes >>> type: mpiaij >>> row 0: (0, 168.75) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, >>> 0.) (7, 0.) >>> row 1: (0, 0.) (1, 168.75) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, >>> 0.) (7, 0.) >>> row 2: (0, 0.) (1, 0.) (2, 168.75) (3, 0.) (6, 0.) (7, 0.) (8, >>> 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.) >>> row 3: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 168.75) (6, 0.) (7, 0.) (8, >>> 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.) >>> row 4: (0, 0.) (1, 0.) (4, 150.) (5, -25.) (6, -100.) (7, 25.) >>> (16, -25.) (17, 25.) (18, 0.) (19, -25.) >>> row 5: (0, 0.) (1, 0.) (4, -25.) (5, 150.) (6, 25.) (7, -50.) (16, >>> 0.) (17, -50.) (18, -25.) (19, 0.) >>> row 6: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, -100.) (5, 25.) (6, >>> 300.) (7, -50.) (12, -100.) (13, 25.) (18, -50.) (19, 25.) (24, 0.) >>> (25, -25.) >>> row 7: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 25.) (5, -50.) (6, >>> -50.) (7, 300.) (12, 25.) (13, -50.) (18, 25.) (19, -100.) (24, >>> -25.) (25, 0.) >>> row 8: (2, 0.) (3, 0.) (8, 150.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, >>> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.) >>> row 9: (2, 0.) (3, 0.) (8, 0.) (9, 150.) (10, 0.) (11, 0.) (12, >>> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.) >>> row 10: (8, 0.) (9, 0.) (10, 150.) (11, 0.) (14, 0.) (15, 0.) >>> row 11: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 150.) (14, 0.) (15, 0.) >>> row 12: (2, 0.) (3, 0.) (6, -100.) (7, 25.) (8, 0.) (9, 0.) (12, >>> 300.) (13, -50.) (14, -100.) (15, 25.) (24, -50.) (25, 25.) (26, 0.) >>> (27, -25.) >>> row 13: (2, 0.) (3, 0.) (6, 25.) (7, -50.) (8, 0.) (9, 0.) (12, >>> -50.) (13, 300.) (14, 25.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -100.) (26, >>> -25.) (27, 0.) >>> row 14: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, -100.) (13, 25.) >>> (14, 150.) (15, -25.) (26, -25.) (27, 0.) >>> row 15: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 25.) (13, -50.) >>> (14, -25.) (15, 150.) (26, 25.) (27, -50.) >>> row 16: (4, -25.) (5, 0.) (16, 150.) (17, -25.) (18, -100.) (19, >>> 25.) (20, -25.) (21, 25.) (22, 0.) (23, -25.) >>> row 17: (4, 25.) (5, -50.) (16, -25.) (17, 150.) (18, 25.) (19, >>> -50.) (20, 0.) (21, -50.) (22, -25.) (23, 0.) >>> row 18: (4, 0.) (5, -25.) (6, -50.) (7, 25.) (16, -100.) (17, 25.) >>> (18, 300.) (19, -50.) (22, -50.) (23, 25.) (24, -100.) (25, 25.) (28, >>> 0.) (29, -25.) >>> row 19: (4, -25.) (5, 0.) (6, 25.) (7, -100.) (16, 25.) (17, -50.) >>> (18, -50.) (19, 300.) (22, 25.) (23, -100.) (24, 25.) (25, -50.) (28, >>> -25.) (29, 0.) >>> row 20: (16, -25.) (17, 0.) (20, 75.) (21, -25.) (22, -50.) (23, >>> 25.) >>> row 21: (16, 25.) (17, -50.) (20, -25.) (21, 75.) (22, 0.) (23, >>> -25.) >>> row 22: (16, 0.) (17, -25.) (18, -50.) (19, 25.) (20, -50.) (21, >>> 0.) (22, 150.) (23, -25.) (28, -50.) (29, 25.) >>> row 23: (16, -25.) (17, 0.) (18, 25.) (19, -100.) (20, 25.) (21, >>> -25.) (22, -25.) (23, 150.) (28, 0.) (29, -25.) >>> row 24: (6, 0.) (7, -25.) (12, -50.) (13, 25.) (18, -100.) (19, >>> 25.) (24, 300.) (25, -50.) (26, -100.) (27, 25.) (28, -50.) (29, >>> 25.) (30, 0.) (31, -25.) >>> row 25: (6, -25.) (7, 0.) (12, 25.) (13, -100.) (18, 25.) (19, >>> -50.) (24, -50.) (25, 300.) (26, 25.) (27, -50.) (28, 25.) (29, >>> -100.) (30, -25.) (31, 0.) >>> row 26: (12, 0.) (13, -25.) (14, -25.) (15, 25.) (24, -100.) (25, >>> 25.) (26, 150.) (27, -25.) (30, -25.) (31, 0.) >>> row 27: (12, -25.) (13, 0.) (14, 0.) (15, -50.) (24, 25.) (25, >>> -50.) (26, -25.) (27, 150.) (30, 25.) (31, -50.) >>> row 28: (18, 0.) (19, -25.) (22, -50.) (23, 0.) (24, -50.) (25, >>> 25.) (28, 150.) (29, -25.) (30, -50.) (31, 25.) >>> row 29: (18, -25.) (19, 0.) (22, 25.) (23, -25.) (24, 25.) (25, >>> -100.) (28, -25.) (29, 150.) (30, 0.) (31, -25.) >>> row 30: (24, 0.) (25, -25.) (26, -25.) (27, 25.) (28, -50.) (29, >>> 0.) (30, 75.) (31, 0.) >>> row 31: (24, -25.) (25, 0.) (26, 0.) (27, -50.) (28, 25.) (29, >>> -25.) (30, 0.) (31, 75.) >>> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message >>> -------------------------------------------------------------- >>> [0]PETSC ERROR: Argument out of range >>> [0]PETSC ERROR: Scatter indices in ix are out of range >>> [0]PETSC ERROR: See https://petsc.org/release/faq/ for trouble shooting. >>> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.4, Sep 01, 2021 >>> [0]PETSC ERROR: Unknown Name on a named xuhui-Office by xuhui Fri Apr >>> 15 15:40:00 2022 >>> [0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc/debug_int64 >>> --download-mumps --download-scalapack --download-superlu_dist >>> --download-parmetis --download-metis --with-64-bit-indices=1 >>> [0]PETSC ERROR: #1 VecScatterCreate() at >>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/vec/is/sf/interface/vscat.c:767 >>> [0]PETSC ERROR: #2 MatISSetUpScatters_Private() at >>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2403 >>> [0]PETSC ERROR: #3 MatSetLocalToGlobalMapping_IS() at >>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2501 >>> [0]PETSC ERROR: #4 MatSetLocalToGlobalMapping() at >>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:2093 >>> [0]PETSC ERROR: #5 MatConvert_XAIJ_IS() at >>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:651 >>> [0]PETSC ERROR: #6 MatConvert() at >>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:4439 >>> ^C[mpiexec@xuhui-Office] Sending Ctrl-C to processes as requested >>> >>> --------------------------------------------------------------- >>> ------------------------------ >>> 徐辉，Xu Hui >>> 清华大学航天航空学院博士研究生 >>> PhD Candidate, School of Aerospace Engineering >>> Tsinghua University >>> Tel： 188-1152-7137 >>> Mail：[email protected] >>> >>> >>> >>> >>> ------------------ 原始邮件 ------------------ >>> *发件人:* "Junchao Zhang" <[email protected]>; >>> *发送时间:* 2022年4月15日(星期五) 上午6:31 >>> *收件人:* "459543524"<[email protected]>; >>> *抄送:* "petsc-users"<[email protected]>; >>> *主题:* Re: [petsc-users] Can not understand why convert matrix type from >>> MPIAIJ to MATIS failed. >>> >>> Since you already have the test matrix, could you add "-mat_view binary" >>> to dump the matrix and send us the binaryoutput.* files for reproduce? >>> >>> --Junchao Zhang >>> >>> >>> On Thu, Apr 14, 2022 at 10:09 AM 459543524 via petsc-users < >>> [email protected]> wrote: >>> >>>> Sir, I can not understand why my convert from MPIAIJ to MATIS failed. >>>> >>>> I already have a matrix A, create by follow commands >>>> --------------------------------------------------------------------- >>>> Mat A; >>>> MatCreateAIJ(...) >>>> MatSetValues(...) >>>> MatAssemblyBegin(A, MAT_FINAL_ASSEMBLY); >>>> MatAssemblyEnd(A, MAT_FINAL_ASSEMBLY); >>>> --------------------------------------------------------------------- >>>> I want convert the matrix A to MATIS type for future BDDC operation, as >>>> advised by ex 72. >>>> --------------------------------------------------------------------- >>>> Mat J; >>>> MatConvert(A, MATIS, MAT_INITIAL_MATRIX, &J); >>>> --------------------------------------------------------------------- >>>> >>>> The command failed with the stacktrace >>>> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message >>>> -------------------------------------------------------------- >>>> [0]PETSC ERROR: Argument out of range >>>> [0]PETSC ERROR: Scatter indices in ix are out of range >>>> [0]PETSC ERROR: See https://petsc.org/release/faq/ for trouble >>>> shooting. >>>> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.15.4, Sep 01, 2021 >>>> [0]PETSC ERROR: Unknown Name on a named xuhui-Office by xuhui Thu Apr >>>> 14 23:06:08 2022 >>>> [0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc/debug_int64 >>>> --download-mumps --download-scalapack --download-superlu_dist >>>> --download-parmetis --download-metis --with-64-bit-indices=1 >>>> [0]PETSC ERROR: #1 VecScatterCreate() at >>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/vec/is/sf/interface/vscat.c:767 >>>> [0]PETSC ERROR: #2 MatISSetUpScatters_Private() at >>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2403 >>>> [0]PETSC ERROR: #3 MatSetLocalToGlobalMapping_IS() at >>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:2501 >>>> [0]PETSC ERROR: #4 MatSetLocalToGlobalMapping() at >>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:2093 >>>> [0]PETSC ERROR: #5 MatConvert_XAIJ_IS() at >>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/impls/is/matis.c:651 >>>> [0]PETSC ERROR: #6 MatConvert() at >>>> /home/xuhui/Temp/petsc-3.15.4/src/mat/interface/matrix.c:4439 >>>> ^C[mpiexec@xuhui-Office] Sending Ctrl-C to processes as requested >>>> >>>> >>>> I have no idea why this happen. Thanks for your time. >>>> >>>> >>>> Further information: >>>> The matrix A is distributed on 4 processes. >>>> We can view the matrix as follows: >>>> >>>> Mat Object: 4 MPI processes >>>> type: mpiaij >>>> row 0: (0, 168.75) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, >>>> 0.) (7, 0.) >>>> row 1: (0, 0.) (1, 168.75) (2, 0.) (3, 0.) (4, 0.) (5, 0.) (6, >>>> 0.) (7, 0.) >>>> row 2: (0, 0.) (1, 0.) (2, 168.75) (3, 0.) (6, 0.) (7, 0.) (8, >>>> 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.) >>>> row 3: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 168.75) (6, 0.) (7, 0.) (8, >>>> 0.) (9, 0.) (12, 0.) (13, 0.) >>>> row 4: (0, 0.) (1, 0.) (4, 150.) (5, -25.) (6, -100.) (7, 25.) >>>> (16, -25.) (17, 25.) (18, 0.) (19, -25.) >>>> row 5: (0, 0.) (1, 0.) (4, -25.) (5, 150.) (6, 25.) (7, -50.) >>>> (16, 0.) (17, -50.) (18, -25.) (19, 0.) >>>> row 6: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, -100.) (5, 25.) (6, >>>> 300.) (7, -50.) (12, -100.) (13, 25.) (18, -50.) (19, 25.) (24, 0.) >>>> (25, -25.) >>>> row 7: (0, 0.) (1, 0.) (2, 0.) (3, 0.) (4, 25.) (5, -50.) (6, >>>> -50.) (7, 300.) (12, 25.) (13, -50.) (18, 25.) (19, -100.) (24, >>>> -25.) (25, 0.) >>>> row 8: (2, 0.) (3, 0.) (8, 150.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, >>>> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.) >>>> row 9: (2, 0.) (3, 0.) (8, 0.) (9, 150.) (10, 0.) (11, 0.) (12, >>>> 0.) (13, 0.) (14, 0.) (15, 0.) >>>> row 10: (8, 0.) (9, 0.) (10, 150.) (11, 0.) (14, 0.) (15, 0.) >>>> row 11: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 150.) (14, 0.) (15, 0.) >>>> row 12: (2, 0.) (3, 0.) (6, -100.) (7, 25.) (8, 0.) (9, 0.) (12, >>>> 300.) (13, -50.) (14, -100.) (15, 25.) (24, -50.) (25, 25.) (26, 0.) >>>> (27, -25.) >>>> row 13: (2, 0.) (3, 0.) (6, 25.) (7, -50.) (8, 0.) (9, 0.) (12, >>>> -50.) (13, 300.) (14, 25.) (15, -50.) (24, 25.) (25, -100.) (26, >>>> -25.) (27, 0.) >>>> row 14: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, -100.) (13, 25.) >>>> (14, 150.) (15, -25.) (26, -25.) (27, 0.) >>>> row 15: (8, 0.) (9, 0.) (10, 0.) (11, 0.) (12, 25.) (13, -50.) >>>> (14, -25.) (15, 150.) (26, 25.) (27, -50.) >>>> row 16: (4, -25.) (5, 0.) (16, 150.) (17, -25.) (18, -100.) (19, >>>> 25.) (20, -25.) (21, 25.) (22, 0.) (23, -25.) >>>> row 17: (4, 25.) (5, -50.) (16, -25.) (17, 150.) (18, 25.) (19, >>>> -50.) (20, 0.) (21, -50.) (22, -25.) (23, 0.) >>>> row 18: (4, 0.) (5, -25.) (6, -50.) (7, 25.) (16, -100.) (17, >>>> 25.) (18, 300.) (19, -50.) (22, -50.) (23, 25.) (24, -100.) (25, >>>> 25.) (28, 0.) (29, -25.) >>>> row 19: (4, -25.) (5, 0.) (6, 25.) (7, -100.) (16, 25.) (17, >>>> -50.) (18, -50.) (19, 300.) (22, 25.) (23, -100.) (24, 25.) (25, >>>> -50.) (28, -25.) (29, 0.) >>>> row 20: (16, -25.) (17, 0.) (20, 75.) (21, -25.) (22, -50.) (23, >>>> 25.) >>>> row 21: (16, 25.) (17, -50.) (20, -25.) (21, 75.) (22, 0.) (23, >>>> -25.) >>>> row 22: (16, 0.) (17, -25.) (18, -50.) (19, 25.) (20, -50.) (21, >>>> 0.) (22, 150.) (23, -25.) (28, -50.) (29, 25.) >>>> row 23: (16, -25.) (17, 0.) (18, 25.) (19, -100.) (20, 25.) (21, >>>> -25.) (22, -25.) (23, 150.) (28, 0.) (29, -25.) >>>> row 24: (6, 0.) (7, -25.) (12, -50.) (13, 25.) (18, -100.) (19, >>>> 25.) (24, 300.) (25, -50.) (26, -100.) (27, 25.) (28, -50.) (29, >>>> 25.) (30, 0.) (31, -25.) >>>> row 25: (6, -25.) (7, 0.) (12, 25.) (13, -100.) (18, 25.) (19, >>>> -50.) (24, -50.) (25, 300.) (26, 25.) (27, -50.) (28, 25.) (29, >>>> -100.) (30, -25.) (31, 0.) >>>> row 26: (12, 0.) (13, -25.) (14, -25.) (15, 25.) (24, -100.) (25, >>>> 25.) (26, 150.) (27, -25.) (30, -25.) (31, 0.) >>>> row 27: (12, -25.) (13, 0.) (14, 0.) (15, -50.) (24, 25.) (25, >>>> -50.) (26, -25.) (27, 150.) (30, 25.) (31, -50.) >>>> row 28: (18, 0.) (19, -25.) (22, -50.) (23, 0.) (24, -50.) (25, >>>> 25.) (28, 150.) (29, -25.) (30, -50.) (31, 25.) >>>> row 29: (18, -25.) (19, 0.) (22, 25.) (23, -25.) (24, 25.) (25, >>>> -100.) (28, -25.) (29, 150.) (30, 0.) (31, -25.) >>>> row 30: (24, 0.) (25, -25.) (26, -25.) (27, 25.) (28, -50.) (29, >>>> 0.) (30, 75.) (31, 0.) >>>> row 31: (24, -25.) (25, 0.) (26, 0.) (27, -50.) (28, 25.) (29, >>>> -25.) (30, 0.) (31, 75.) >>>> >>>> >>>> ------------------------------ >>>> 徐辉，Xu Hui >>>> 清华大学航天航空学院博士研究生 >>>> PhD Candidate, School of Aerospace Engineering >>>> Tsinghua University >>>> Tel： 188-1152-7137 >>>> Mail：[email protected] >>>> >>>> >>>> >>>
