Tengo un servidor con Ubuntu server 16.04 con 2 instancias de Postgresql 9.4.14 
producción y 9.5 beta1 para pruebas.

Estamos por actualizar a la version 9.6, para esto voy a instalar esta versión, 
no tenemos nada especial en la configuración del servidor 9.4.14 de producción, 
por lo que estoy pensando en hacer un backup y restaurarlo en la versión 9.6, 
ya he realizado pruebas y no tengo ningún inconveniente.


Luego de terminada la restauración, me gustaría tener inactiva las versiones 
9.4.14 y 9.5, para después de un par de días en producción la versión 9.6 y no 
tener problemas, des instalar las versiones sin uso.

Cual es la manera de desactivar y activar selectiva mente las instancias de 
postgres?

Al tener varias instancias de postgres al entrar al psql entra por default a la 
primera versión 9.4
Para poderme cambiar de instancias modifico el archivo 
/etc/postgresql-common/user_clusters, poniendo primero la instancia a la cual 
quiero entrar 
#USER    GROUP    VERSION    CLUSTER    DATABASE
*        *        9.4        main        *
*        *        9.6        main        *

Existe algún comando para evitar tener que estar cambiando de este archivo?

Intenten con el comando, sin resultados 
template1 postgres -h localhost -o 5433 --cluster "9.6/main"


Cual es la mejor manera de eliminar las instancias de postgres sin uso?

Eliminar posgres y sus paquetes dependientes
sudo apt-get remove --auto-remove postgresql-9.4

y luego eliminar toda la configuracion de postgres y sus paquetes dependientes.
sudo apt-get purge --auto-remove postgresql-9.4

Todo esto sin afectar la instancia 9.6.

Espero puedan ayudarme.

Saludos
Mauricio

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