> Hola! > > Tengo que hacer un mini proyecto escrito en python y la verdad que no sé ni > como empezar. El proyecto consiste en en calcular el momento hidrofóbico de > una proteína, que puede ser por regiones (por estructura secundaria o por > ventanas de n-residuos). Una vez calculado, se podría mirar si existe una > relacion entre el lugar de unión a otras proteínas y su momento hidrofóbico > en esa región (adjunto un artículo que explica mejor en que consiste el > momento hidrofóbico). > > Entiendo que lo que debemos hacer es que a partir de un archivo pdb, mirar la > estructura primaria i secundaria (dependiendo de si es hélice o lámina) i > combinar ambos datos para ver que región de la proteína tendra una parte > hidrofóbica. El artículo adjuntado da un numero conscenso de las > hidrofobicidades de cada aminoácido. > > La verdad es que no sé como realizar esto mediante un script de python... > Espero que me puedan ayudar. > Muchísimas gracias por su atención! >
No das muchos datos la verdad, jeje… Intuyendo un poco: Imagino que por archivo PDB te refieres al Protein Data Bank file format. Si es así, BioPython tiene unas clases que hacen parsing de ese formato lo que te puede servir de ayuda. En cualquier caso por lo que veo el formato tampoco es complicado: son registros ASCII de ancho fijo, al igual que las columnas. Leyendo el adjunto que enviaste, parece muy bonito aunque me falta algún conocimiento para entenderlo del todo (vamos, Biología I, II, III, Bioquímica I, II, III jeje). Las fórmulas sí se entienden. Así a ciegas, calcular el momento parece sencillo si tienes todos los datos de entrada. En python la fórmula 1 la implementas con dos bucles. El problema se complica mas si quieres hacer predicciones o clasificaciones. La [1] devuelve un vector y eso es mas difícil de modelar. Si esas moléculas (o lo que sean) son todas periódicas usa la fórmula [2]. Ahí, si no me equivoco mu ¿es un escalar no?. Una vez que tienes los datos en una tabla (los de entrada + el momento calculado) puedes hacer los análisis que quieras usando los paquete estándar de Python para data analysis. -H. _______________________________________________ Python-es mailing list Python-es@python.org https://mail.python.org/mailman/listinfo/python-es FAQ: http://python-es-faq.wikidot.com/
