Dejo un PDF es el típico post. Ayuda haganlo por mi o como se hace envíen códigos. On Mar 11, 2014 7:02 AM, "Hernán Foffani" <hfoff...@gmail.com> wrote:
> > > Hola! > > > > Tengo que hacer un mini proyecto escrito en python y la verdad que no sé > ni como empezar. El proyecto consiste en en calcular el momento hidrofóbico > de una proteína, que puede ser por regiones (por estructura secundaria o > por ventanas de n-residuos). Una vez calculado, se podría mirar si existe > una relacion entre el lugar de unión a otras proteínas y su momento > hidrofóbico en esa región (adjunto un artículo que explica mejor en que > consiste el momento hidrofóbico). > > > > Entiendo que lo que debemos hacer es que a partir de un archivo pdb, > mirar la estructura primaria i secundaria (dependiendo de si es hélice o > lámina) i combinar ambos datos para ver que región de la proteína tendra > una parte hidrofóbica. El artículo adjuntado da un numero conscenso de las > hidrofobicidades de cada aminoácido. > > > > La verdad es que no sé como realizar esto mediante un script de > python... Espero que me puedan ayudar. > > Muchísimas gracias por su atención! > > > > No das muchos datos la verdad, jeje... > Intuyendo un poco: > Imagino que por archivo PDB te refieres al Protein Data Bank file format. > Si es así, BioPython tiene unas clases que hacen parsing de ese formato lo > que te puede servir de ayuda. En cualquier caso por lo que veo el formato > tampoco es complicado: son registros ASCII de ancho fijo, al igual que las > columnas. > Leyendo el adjunto que enviaste, parece muy bonito aunque me falta algún > conocimiento para entenderlo del todo (vamos, Biología I, II, III, > Bioquímica I, II, III jeje). Las fórmulas sí se entienden. Así a ciegas, > calcular el momento parece sencillo si tienes todos los datos de entrada. > En python la fórmula 1 la implementas con dos bucles. > > El problema se complica mas si quieres hacer predicciones o > clasificaciones. La [1] devuelve un vector y eso es mas difícil de modelar. > Si esas moléculas (o lo que sean) son todas periódicas usa la fórmula [2]. > Ahí, si no me equivoco mu ¿es un escalar no?. > > Una vez que tienes los datos en una tabla (los de entrada + el momento > calculado) puedes hacer los análisis que quieras usando los paquete > estándar de Python para data analysis. > > -H. > > > > _______________________________________________ > Python-es mailing list > Python-es@python.org > https://mail.python.org/mailman/listinfo/python-es > FAQ: http://python-es-faq.wikidot.com/ >
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