Salve,
sto studiando genomica e vorrei usare il pacchetto PyBedtools per lavorare
sui miei dati visto che PyBedtools può essere lanciato contro file con
diverse estensioni.
Questo è quello che ho messo prendendo il format trovato in alcune pagine
internet.
Ma non riesco a capire come farlo funzionare perchè non mi da un errore ma
si blocca subito, quando la mia analisi dovrebbe durare almeno 2 giorni di
processamento.
uso il seguente script:
#!usr/bin/python
from pybedtools import BedTool
snps = BedTool('allSNAP_hg19.bed')
genes = BedTool('chr1-y.tar.gz')
intergenic_snps = snps.intersect(genes)
nearby = genes.closest(intergenic_snps, d=True, stream=True)
for gene in nearby:
if int(gene[-1]) < 1000:
print gene.name
l'errore che mi da è:
Error message was:
It looks as though you have less than 3 columns at line: 1. Are you sure
your files are tab-delimited?ù
Potete aiutarmi? grazie per la disponibilità
Benni
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