Obrigado pela ajuda Emmanuel, realmente as somas de quadrados foram bem 
diferentes das que eu obtive no CMR que enviei.
Então a função aov() não deve ser utilizada quando temos dados desbalanceados?
Att.
Tiago.

Date: Mon, 26 Nov 2012 04:59:32 -0800
From: [email protected]
To: [email protected]
Subject: Re: [R-br] Fatorial com parcelas perdidas


# install.pakages("easyanova")
require(easyanova)
resultado=ea2(dados)
resultado
names(resultado)

        De: tiago souza marçal <[email protected]>
 Para: [email protected] 
 Enviadas: Domingo, 25 de Novembro de 2012 20:07
 Assunto: [R-br] Fatorial com parcelas perdidas
   




Prezados, 
gostaria de saber se no caso de parcelas perdidas é só substituir o valor 
perdido par NA e usar a função aov() como no exemplo abaixo.
fator1<-c(rep("A",12),rep("B",12))  
fator2<-c(rep("C",4),rep("D",4),rep("E",4),rep("C",4),rep("D",4),rep("E",4))
resposta<-c(39.03794, 30.19444, 32.57167, 34.87484, NA ,37.15130, 39.67066, 
32.34696, 19.96688, 63.33362, 43.74447, 
47.39147, 37.37704, NA, 29.35858, 28.76528, 16.092950, 21.080503, 16.906132, 
12.345620, 26.475927, 23.639545, 23.890539,
 NA)
dados<-data.frame(fator1,fator2,resposta)
anova<-aov(resposta~fator1*fator2)
summary(anova)

Existe algum pacote que realiza testes de comparação múltipla para dados 
desbalanciados.  
Att.
Tiago.

                                          

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