Se existirem mais de uma linha referente ao mesmo gene é preciso agregar os valores de alguma forma. Usar a média ou o valor máximo. Precisa ver o que foi utilizado para a contagem. Geralmente os algoritmos de contagem utilizam a nomenclatura do Ensembl que vem dos arguis GTF. Neste caos, foi feito a conversão para o HUGO symbol. Isso acontece mesmo.
Daniel > On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> > wrote: > > Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, mas a importação dos seus > dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR". > > Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (rownames), tanto > se fosse usada o parâmetro row.names=1 na chamada a read.csv() ou se a > vírgula inicial da primeira linha do arq CSV fosse retirada... > > HTH > > On Thu, Aug 4, 2022 at 10:52 AM Michele Claire Breton por (R-br) > <r-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br>> wrote: > Caríssimos(as) utilizadores(as) do R, > > Estou em outro nível de problema. > Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte: > > dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv") > head(dados) > class(dados) > > [1] "data.frame" > > geneLength <- rowMeans(dados) > Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric > > dadoslog2cpm <- convertCounts(dados, > unit = "cpm", > log = TRUE, > normalize = "tmm") > Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M > Samples. All columns must be numeric. > > Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês > podem me ajudar, por favor? > > Obrigada, > > Michele > -- > ------------------------------------------------------------------------ > Dra. Michele Claire Breton > Researcher in Bioinformatics > PhD in Cellular and Molecular Biology > CICS - Health Sciences Research Center > Faculty of Health Sciences > University of Beira Interior > Covilhã - Castelo Branco - Portugal > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br <mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia > <http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível. > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código > mínimo reproduzível.
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