# Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

```Estimado Manuel,

muchas gracias por responder también.```
```

Aqui están los ejemplos del libro "Tree diversity analysis” que yo estaba
siguiendo. La version actualizada del paquete BiodiversityR actualizo el
parámetro method. Entonces method=s ahora es method= pooled.

To calculate the total species richness for separate sites:

Diversity.2 <-  diversityresult(dune, index=’richness’,
method=’s’)

Diversity.2
summary(Diversity.2)
Diversity.3 <- diversityresult(dune[1:2,], index=’richness’)
Diversity.3

To compare the total number of species for various subsets of data:

Diversity.4 <- diversitycomp(dune, y=dune.env,
factor1=’Management’, index=’richness’ ,method=’all’)

Diversity.4

To calculate a sample-based species accumulation curve

Accum.1 <- accumresult(dune, method=’exact’)
Accum.1
accumplot(Accum.1)
Accum.2 <- accumresult(dune, method=’random’,

permutations=1000)
Accum.2

accumplot(Accum.2)

Aqui esta la version aculizada del parametro method:

Method of calculating the diversity statistics: "pooled" calculates the
diversity of the entire community (all sites pooled), "each site" calculates
diversity for each site separetly, "mean" calculates the average diversity of
the sites, "sd" calculates the standard deviation of the diversity of the
sites, whereas "jackknife" calculates the jackknifed diversity for the entire
data frame.

El 16 feb. 2017, a las 00:24, Manuel Spínola
<mspinol...@gmail.com<mailto:mspinol...@gmail.com>> escribió:

Hola Luis,

Pero son tus argumentos correctos? Yo no veo un método "s".

diversitycomp(x, y = NULL,
factor1 = NULL ,factor2 = NULL,
index=c("Shannon", "Simpson", "inverseSimpson", "Logalpha", "Berger",
"richness", "abundance", "Jevenness", "Eevenness",
"jack1", "jack2", "chao", "boot"),
method=c("pooled", "mean", "sd", "jackknife"),
sortit=FALSE, digits=8)

El 15 de febrero de 2017, 11:52, Luis E
<luisesp...@hotmail.com<mailto:luisesp...@hotmail.com>> escribió:

Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta funcionando.

Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El script
esta correcto, pero no se porque me tira error.

> fase<-diversitycomp(biobsp,
> y=biopcat,factor1="Fase",index="richness",method=“s")
Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index =
"richness",  :
choose an accepted method, not method: s

Gracias a ambos por su ayuda.

Saludos, Luis

El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega
<c...@qualityexcellence.es<mailto:c...@qualityexcellence.es><mailto:c...@qualityexcellence.es<mailto:c...@qualityexcellence.es>>>
escribió:

Ya...
El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería de
desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
¿Tienes instalado el Xcode?.

Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta
aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el
paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir
"Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de "Comprado"
te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala e instálala...

Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican todas
las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador de "R"
donde buscar los compiladores necesarios.

Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...

Saludos,
Carlos Ortega

2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E
<luisesp...@hotmail.com<mailto:luisesp...@hotmail.com><mailto:luisesp...@hotmail.com<mailto:luisesp...@hotmail.com>>>:
Gracias Carlos,

ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo
puede instalar

Aqui mando la salida:

> install.packages("data.table")

There is a binary version available but the source version is later:
binary source needs_compilation
data.table 1.10.0 1.10.4              TRUE

Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source package 'data.table'

probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
==================================================

Durante la inicializaci'on - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
* installing *source* package 'data.table' ...
** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
xcrun: error: invalid active developer path
(/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at:
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package 'data.table'
* removing
'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table'
Warning in install.packages :
installation of package 'data.table' had non-zero exit status

El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega
<c...@qualityexcellence.es<mailto:c...@qualityexcellence.es><mailto:c...@qualityexcellence.es<mailto:c...@qualityexcellence.es>>>
escribió:

El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete
"data.table"....
Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/><http://www.qualityexcellence.es/>

El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E
<luisesp...@hotmail.com<mailto:luisesp...@hotmail.com><mailto:luisesp...@hotmail.com<mailto:luisesp...@hotmail.com>>>
escribió:

Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y  Rstudio, no
puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete BiodiversityR.

Alguien tiene alguna posible solución?

Desde ya muchas gracias.

Saludos, Luis

> library(Rcmdr)
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck =
vI[[j]]) :
there is no package called 'data.table'
Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded

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