Buenos días/tardes/noches. Estoy analizando datos de conteos de especies por muestra (paleontología, pero es similar a un estudio de comunidades actules). Mi matriz consiste en 112 muestras y 113 especies. Probé diferentes estrategias para armar clusters con significado (paleo) biológico. Las dos opciones que me quedé son la distancia Chord y Bray-Curtis (sobre el log x+1 de las proporciones), en los dos casos con UPGMA. Bien, me encontré con un problema al querer evaluar la relevancia (significación) de los clusters con el paquete pvclust(), que hace un remuestreo con diferentes tamaños muestrales y calcula una especie de probabilidad de significación de cada cluster (nodo). Bien, pude hacerlo, siguiendo instrucciones de Borcard et al (2018) para el caso de Chord pero no Bray-Curtis. No me doy cuenta de cómo especificar el método de cálculo de la matriz de distancia (disimilitud)....En pvclust() se debe especificar el método de cálculo de las distancias (dist.method) pero entre las opciones no encuentro cómo calcular la distancia de Bray-Curtis. Díganme qué otra info puedo darles para ampliar. Y muchas gracias!
http://127.0.0.1:30722/library/pvclust/html/pvclust.html Borcard, D., Gillet, F., & Legendre, P. (2018). Numerical Ecology with R. https://doi.org/10.1007/978-3-319-71404-2 Saludos, Fernando. -- *Dr. Fernando M. Archuby* CONICET-UNLP Teléfono Personal: +54-221-15-6129667. farch...@gmail.com [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es