Hola, El índice de "Bray-Curtis" para la medida de distancias entre clústers lo tienes implementado en el paquete "*vegan*" en la función "*vegdist()*". https://cloud.r-project.org/web/packages/vegan/index.html
Gracias, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El sáb., 8 jun. 2019 a las 17:21, Fernando Archuby (<[email protected]>) escribió: > Buenos días/tardes/noches. > > Estoy analizando datos de conteos de especies por muestra (paleontología, > pero es similar a un estudio de comunidades actules). Mi matriz consiste en > 112 muestras y 113 especies. Probé diferentes estrategias para armar > clusters con significado (paleo) biológico. Las dos opciones que me quedé > son la distancia Chord y Bray-Curtis (sobre el log x+1 de las > proporciones), en los dos casos con UPGMA. Bien, me encontré con un > problema al querer evaluar la relevancia (significación) de los clusters > con el paquete pvclust(), que hace un remuestreo con diferentes tamaños > muestrales y calcula una especie de probabilidad de significación de cada > cluster (nodo). Bien, pude hacerlo, siguiendo instrucciones de Borcard et > al (2018) para el caso de Chord pero no Bray-Curtis. No me doy cuenta de > cómo especificar el método de cálculo de la matriz de distancia > (disimilitud)....En pvclust() se debe especificar el método de cálculo de > las distancias (dist.method) pero entre las opciones no encuentro cómo > calcular la distancia de Bray-Curtis. Díganme qué otra info puedo darles > para ampliar. Y muchas gracias! > > http://127.0.0.1:30722/library/pvclust/html/pvclust.html > > Borcard, D., Gillet, F., & Legendre, P. (2018). Numerical Ecology with R. > https://doi.org/10.1007/978-3-319-71404-2 > > Saludos, > > Fernando. > > > -- > > *Dr. Fernando M. Archuby* > CONICET-UNLP > Teléfono Personal: +54-221-15-6129667. > [email protected] > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > [email protected] > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list [email protected] https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
