Hi, I need to process a number of sd files containing peptides with rdkit. Using the SDMolSupplier, I get the following error message when trying to read in (some of) my peptides:
****
Pre-condition Violation
atom bookmark not found
Violation occurred on line 195 in file
/home/conda/feedstock_root/build_artifacts/rdkit_1557999846784/work/Code/GraphMol/ROMol.cpp
Failed Expression: d_atomBookmarks.count(mark) != 0
****
[17:10:58] Unexpected error hit on line 36
[17:10:58] ERROR: moving to the begining of the next molecule
I traced this to "M SAP" records in my input file - is there a way to tell
rdkit to ignore these records? A temporary workaround is to preprocess the
sdfiles and remove these lines, but there might be a time I need this info, so
Im hesitant to throw it away.
I have attached an example dipeptide, GA.sdf; following the code snippet I used:
from rdkit import Chem
sdfile = '/home/foxt/AG.sdf'
suppl = Chem.SDMolSupplier(sdfile)
for mol in suppl:
if mol is None:
continue
molblock = Chem.MolToMolBlock(mol)
print(molblock)
Any ideas? Is this a feature? Or is this sth simply not implemented?
Best,
Th.
Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
Dr. Thomas Fox
Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG
Medicinal Chemistry
Tel.: +49 (7351) 54-7585
Fax: +49 (7351) 83-7585
mailto:thomas....@boehringer-ingelheim.com
Pflichtangaben finden Sie unter:
https://www.boehringer-ingelheim.de/unser-unternehmen/gesellschaften-in-deutschland
Mandatory information can be found at:
https://www.boehringer-ingelheim.de/unser-unternehmen/gesellschaften-in-deutschland
Datenschutzhinweis: Für bereits bestehende und neue Geschäftsbeziehungen nutzen
wir personenbezogene Daten und werden diese für die Dauer unserer
Geschäftsbeziehung aufbewahren. Während unserer Geschäftsbeziehung erheben wir
unter Umständen Kontaktdaten, Daten zur Berufsqualifikation (Publikationen
etc.). Einige Daten werden aus öffentlichen Quellen und Internetseiten bezogen.
Rechtsgrundlage: Artikel 6 (1) b) und f) EU DS-GVO. Klicken Sie
hier<https://www.boehringer-ingelheim.com/locations/europe>, um weitere
Informationen auf der lokalen Unternehmensinternetseite des betreffenden Landes
über Datenschutz bei Boehringer Ingelheim und zu Ihren Rechten zu erhalten.
Bitte beachten Sie, dass zusätzliche Datenschutzhinweise gelten können und alle
diese Datenschutzhinweise von Zeit zu Zeit aktualisiert werden können.
Privacy Notice: We use personal data for current and future business
collaborations, and will retain such data for the duration of our business
relationship. During the course of our business relationship we may collect
contact data, data about professional qualifications (publications etc.). Some
of the data is sourced from public sources and websites. Legal basis: Article 6
(1) b) and f) EU GDPR. Click
here<https://www.boehringer-ingelheim.com/locations/europe> for more
information on the local company website of the respective country about data
protection at Boehringer Ingelheim and your rights. Please note that additional
privacy notices may apply and that all these privacy notices might be updated
from time to time.
Diese E-Mail ist vertraulich zu behandeln. Sie kann besonderem rechtlichem
Schutz unterliegen. Wenn Sie nicht der richtige Adressat sind, senden Sie bitte
diese E-Mail an den Absender zurück, löschen die eingegangene E-Mail und geben
den Inhalt der E-Mail nicht weiter. Jegliche unbefugte Bearbeitung, Nutzung,
Vervielfältigung oder Verbreitung ist verboten. / This e-mail is confidential
and may also be legally privileged. If you are not the intended recipient
please reply to sender, delete the e-mail and do not disclose its contents to
any person. Any unauthorized review, use, disclosure, copying or distribution
is strictly prohibited.
AG.sdf
Description: AG.sdf
_______________________________________________ Rdkit-discuss mailing list Rdkit-discuss@lists.sourceforge.net https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/rdkit-discuss
