Hi Thomas, This is actually fixed on master already (Roger sent the patch in April: https://github.com/rdkit/rdkit/pull/3072) The fix was supposed to be in the 2020.03.2 release, and it's in the release notes, but it looks like I forgot to actually merge in the changes over onto the release branch.
I will make sure this makes it into the 2020.03.3 release, which I will hopefully do next week. Sorry about the inconvenience. -greg On Thu, May 14, 2020 at 5:49 PM <thomas....@boehringer-ingelheim.com> wrote: > Hi, > > > > I need to process a number of sd files containing peptides with rdkit. > Using the SDMolSupplier, I get the following error message when trying to > read in (some of) my peptides: > > > > **** > > Pre-condition Violation > > atom bookmark not found > > Violation occurred on line 195 in file > /home/conda/feedstock_root/build_artifacts/rdkit_1557999846784/work/Code/GraphMol/ROMol.cpp > > Failed Expression: d_atomBookmarks.count(mark) != 0 > > **** > > > > [17:10:58] Unexpected error hit on line 36 > > [17:10:58] ERROR: moving to the begining of the next molecule > > > > I traced this to “M SAP” records in my input file – is there a way to tell > rdkit to ignore these records? A temporary workaround is to preprocess the > sdfiles and remove these lines, but there might be a time I need this info, > so Im hesitant to throw it away. > > > > I have attached an example dipeptide, GA.sdf; following the code snippet I > used: > > > > from rdkit import Chem > > > > sdfile = '/home/foxt/AG.sdf' > > suppl = Chem.SDMolSupplier(sdfile) > > > > for mol in suppl: > > > > if mol is None: > > continue > > > > molblock = Chem.MolToMolBlock(mol) > > > > print(molblock) > > > > Any ideas? Is this a feature? Or is this sth simply not implemented? > > > > Best, > > Th. > > Mit freundlichen Grüßen / Kind regards, > Dr. Thomas Fox > > Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG > Medicinal Chemistry > Tel.: +49 (7351) 54-7585 > Fax: +49 (7351) 83-7585 > mailto:thomas....@boehringer-ingelheim.com > <thomas....@boehringer-ingelheim.com> > > Pflichtangaben finden Sie unter: > https://www.boehringer-ingelheim.de/unser-unternehmen/gesellschaften-in-deutschland > > Mandatory information can be found at: > https://www.boehringer-ingelheim.de/unser-unternehmen/gesellschaften-in-deutschland > > *Datenschutzhinweis*: Für bereits bestehende und neue > Geschäftsbeziehungen nutzen wir personenbezogene Daten und werden diese für > die Dauer unserer Geschäftsbeziehung aufbewahren. Während unserer > Geschäftsbeziehung erheben wir unter Umständen Kontaktdaten, Daten zur > Berufsqualifikation (Publikationen etc.). Einige Daten werden aus > öffentlichen Quellen und Internetseiten bezogen. Rechtsgrundlage: Artikel 6 > (1) b) und f) EU DS-GVO. Klicken Sie *hier > <https://www.boehringer-ingelheim.com/locations/europe>*, um weitere > Informationen auf der lokalen Unternehmensinternetseite des betreffenden > Landes über Datenschutz bei Boehringer Ingelheim und zu Ihren Rechten zu > erhalten. Bitte beachten Sie, dass zusätzliche Datenschutzhinweise gelten > können und alle diese Datenschutzhinweise von Zeit zu Zeit aktualisiert > werden können. > > *P**rivacy Notice*: We use personal data for current and future business > collaborations, and will retain such data for the duration of our business > relationship. During the course of our business relationship we may collect > contact data, data about professional qualifications (publications etc.). > Some of the data is sourced from public sources and websites. Legal basis: > Article 6 (1) b) and f) EU GDPR. Click *here > <https://www.boehringer-ingelheim.com/locations/europe>* for more > information on the local company website of the respective country about > data protection at Boehringer Ingelheim and your rights. Please note that > additional privacy notices may apply and that all these privacy notices > might be updated from time to time. > > Diese E-Mail ist vertraulich zu behandeln. Sie kann besonderem rechtlichem > Schutz unterliegen. Wenn Sie nicht der richtige Adressat sind, senden Sie > bitte diese E-Mail an den Absender zurück, löschen die eingegangene E-Mail > und geben den Inhalt der E-Mail nicht weiter. Jegliche unbefugte > Bearbeitung, Nutzung, Vervielfältigung oder Verbreitung ist verboten. / > This e-mail is confidential and may also be legally privileged. If you > are not the intended recipient please reply to sender, delete the e-mail > and do not disclose its contents to any person. Any unauthorized review, > use, disclosure, copying or distribution is strictly prohibited. > > _______________________________________________ > Rdkit-discuss mailing list > Rdkit-discuss@lists.sourceforge.net > https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/rdkit-discuss >
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