Author: bugman
Date: Thu Jan 22 15:45:25 2015
New Revision: 27263
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Log:
Annotated the BLOSUM62 substitution matrix with the amino acid codes for easy
reading.
Modified:
trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py
Modified: trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py
URL:
http://svn.gna.org/viewcvs/relax/trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py?rev=27263&r1=27262&r2=27263&view=diff
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--- trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py (original)
+++ trunk/lib/sequence_alignment/substitution_matrices.py Thu Jan 22
15:45:25 2015
@@ -28,28 +28,29 @@
BLOSUM62_SEQ = 'ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*'
BLOSUM62 = array([
- [ 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
-2, 0, -2, -1, 0, -4],
- [-1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
-2, -3, -1, 0, -1, -4],
- [-2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4,
-2, -3, 3, 0, -1, -4],
- [-2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
-3, -3, 4, 1, -1, -4],
- [ 0, -3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,
-2, -1, -3, -3, -2, -4],
- [-1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2,
-1, -2, 0, 3, -1, -4],
- [-1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3,
-2, -2, 1, 4, -1, -4],
- [ 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
-3, -3, -1, -2, -1, -4],
- [-2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
2, -3, 0, 0, -1, -4],
- [-1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
-1, 3, -3, -3, -1, -4],
- [-1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
-1, 1, -4, -3, -1, -4],
- [-1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
-2, -2, 0, 1, -1, -4],
- [-1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
-1, 1, -3, -1, -1, -4],
- [-2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
3, -1, -3, -3, -1, -4],
- [-1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1, -4,
-3, -2, -2, -1, -2, -4],
- [ 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3,
-2, -2, 0, 0, 0, -4],
- [ 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
-2, 0, -1, -1, 0, -4],
- [-3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2, 11,
2, -3, -4, -3, -2, -4],
- [-2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,
7, -1, -3, -2, -1, -4],
- [ 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
-1, 4, -3, -2, -1, -4],
- [-2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
-3, -3, 4, 1, -1, -4],
- [-1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
-2, -2, 1, 4, -1, -4],
- [ 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,
-1, -1, -1, -1, -1, -4],
- [-4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
-4, -4, -4, -4, -4, 1]
+ # A, R, N, D, C, Q, E, G, H, I, L, K, M, F, P, S, T, W,
Y, V, B, Z, X, *
+ [ 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,
-2, 0, -2, -1, 0, -4], # A
+ [-1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3,
-2, -3, -1, 0, -1, -4], # R
+ [-2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4,
-2, -3, 3, 0, -1, -4], # N
+ [-2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,
-3, -3, 4, 1, -1, -4], # D
+ [ 0, -3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,
-2, -1, -3, -3, -2, -4], # C
+ [-1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2,
-1, -2, 0, 3, -1, -4], # Q
+ [-1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3,
-2, -2, 1, 4, -1, -4], # E
+ [ 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,
-3, -3, -1, -2, -1, -4], # G
+ [-2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2,
2, -3, 0, 0, -1, -4], # H
+ [-1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,
-1, 3, -3, -3, -1, -4], # I
+ [-1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,
-1, 1, -4, -3, -1, -4], # L
+ [-1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
-2, -2, 0, 1, -1, -4], # K
+ [-1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,
-1, 1, -3, -1, -1, -4], # M
+ [-2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1,
3, -1, -3, -3, -1, -4], # F
+ [-1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1, -4,
-3, -2, -2, -1, -2, -4], # P
+ [ 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3,
-2, -2, 0, 0, 0, -4], # S
+ [ 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,
-2, 0, -1, -1, 0, -4], # T
+ [-3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2, 11,
2, -3, -4, -3, -2, -4], # W
+ [-2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,
7, -1, -3, -2, -1, -4], # Y
+ [ 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,
-1, 4, -3, -2, -1, -4], # V
+ [-2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4,
-3, -3, 4, 1, -1, -4], # B
+ [-1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3,
-2, -2, 1, 4, -1, -4], # Z
+ [ 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,
-1, -1, -1, -1, -1, -4], # X
+ [-4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
-4, -4, -4, -4, -4, 1] # *
], int16)
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