Re: [R-es] Problemas usando python a través de reticulate in macos arm64

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Carlos.

Muy clara tu explicación.

Ahora voy a ver si puedo usar reticulate sin problema.

Manuel

On Fri, 8 Sep 2023 at 11:41 Carlos Ortega  wrote:

> Sí, eso es.
>
>- Puedes tener diferentes entornos de este tipo.
>- Lo normal es tener uno que es el que usas más frecuentemente.
>- Pero en algún momento, te puede interesar instalar una librería
>especial que exige una versión de Python diferente a la que tienes en ese
>otro entorno, entonces te creas un entorno nuevo experimental para esto.
>   - O vaya, si desarrollas algo y no quieres que se rompa tu código
>   si actualizas las librerías, te crearías otro entorno nuevo con las
>   librerías actualizadas para desarrollar nuevo código.
>   - Verás que esto de la compatibilidad entre librerías de Python es
>muy complicado de solucionar a veces.
>
> Gracias
> Carlos.
>
> El vie, 8 sept 2023 a las 19:35, Manuel Spínola ()
> escribió:
>
>> Muchas gracias Carlos,
>>
>> Pero entonces ese environmnet solo lo tengo que crear una única vez?
>>
>> Al hacerlo como me dijiste ahora puede ver la versión de conda y python
>> en la Terminal, cosa que antes no podía.
>>
>> Manuel
>>
>> El vie, 8 sept 2023 a las 11:21, Carlos Ortega ()
>> escribió:
>>
>>> Hola Manuel,
>>>
>>> Más o menos... Es más parecido a lo que hace "renv" en R.
>>> En un entorno de Python tienes un conjunto de librerías e incluso una
>>> versión de Python determinada específicas.
>>>
>>> En R, algunas librerías necesitan de Python y lo que hace reticulate es
>>> crear un entorno de estos donde instala las librerías de Python necesarias.
>>> Y lo que hace "reticulate" es convertir objetos de R a Python para que
>>> estas librerías lo procesen. Por ejemplo en la de "keras".
>>>
>>> Pero si te das cuenta, no es mucho más complicado de lo que haces en
>>> "reticulate" cuando dices "install_miniconda()". En la ayuda que te
>>> comenté, todo esto que hace RStudio por tí, lo tendrás que hacer tú. Pero
>>> vaya a efectos de instalación es correr un fichero .sh (shell) para que
>>> instale Miniconda. En la instalación de Miniconda te preguntará en el
>>> terminal donde poner las librerías, pero simplemente con decir "yes" a
>>> todo, lo instala en directorios por defecto.
>>>
>>> Gracias,
>>> Carlos Ortega
>>> www.qualityexcellence.es
>>>
>>> El vie, 8 sept 2023 a las 18:50, Manuel Spínola ()
>>> escribió:
>>>
>>>> Hola Carlos,
>>>>
>>>> Muchas gracias por tu ayuda.
>>>>
>>>> Estoy intentando eso, y aunque tengo mucha experiencia en R no soy tan
>>>> bueno en la parte de programación. De ahí mi primera pregunta, que es un
>>>> ambiente en python?  Sienpre se debe trabajar en un ambiente específico en
>>>> python? esto es parecido a un proyecto de RStudio?
>>>>
>>>> Manuel
>>>>
>>>> El vie, 8 sept 2023 a las 9:37, Carlos Ortega (<
>>>> c...@qualityexcellence.es>) escribió:
>>>>
>>>>> Hola Manuel,
>>>>>
>>>>> ¿ Has probado a seguir lo que te indicaba en la lista de R-Help?.
>>>>>
>>>>> Gracias,
>>>>> Carlos Ortega
>>>>> www.qualityexcellence.es
>>>>>
>>>>> El vie, 8 sept 2023 a las 17:25, Manuel Spínola ()
>>>>> escribió:
>>>>>
>>>>>> Hola,
>>>>>>
>>>>>> Carlos Ortega me sugirió seguir esta discusión en esta lista.
>>>>>>
>>>>>> library(reticulate)
>>>>>>
>>>>>> install_miniconda()
>>>>>>
>>>>>> Cuando escribo lo siguiente en la terminal:
>>>>>>
>>>>>> conda --version
>>>>>>
>>>>>> -bash: conda: command not found
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> Y RStudio me pide actualizar de la siguiente manera:
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> ==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
>>>>>>   current version: 23.3.1
>>>>>>   latest version: 23.7.3
>>>>>>
>>>>>>
>>>>>> Please update conda by running
>>>>>>
>>

Re: [R-es] Problemas usando python a través de reticulate in macos arm64

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Carlos,

Pero entonces ese environmnet solo lo tengo que crear una única vez?

Al hacerlo como me dijiste ahora puede ver la versión de conda y python en
la Terminal, cosa que antes no podía.

Manuel

El vie, 8 sept 2023 a las 11:21, Carlos Ortega ()
escribió:

> Hola Manuel,
>
> Más o menos... Es más parecido a lo que hace "renv" en R.
> En un entorno de Python tienes un conjunto de librerías e incluso una
> versión de Python determinada específicas.
>
> En R, algunas librerías necesitan de Python y lo que hace reticulate es
> crear un entorno de estos donde instala las librerías de Python necesarias.
> Y lo que hace "reticulate" es convertir objetos de R a Python para que
> estas librerías lo procesen. Por ejemplo en la de "keras".
>
> Pero si te das cuenta, no es mucho más complicado de lo que haces en
> "reticulate" cuando dices "install_miniconda()". En la ayuda que te
> comenté, todo esto que hace RStudio por tí, lo tendrás que hacer tú. Pero
> vaya a efectos de instalación es correr un fichero .sh (shell) para que
> instale Miniconda. En la instalación de Miniconda te preguntará en el
> terminal donde poner las librerías, pero simplemente con decir "yes" a
> todo, lo instala en directorios por defecto.
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El vie, 8 sept 2023 a las 18:50, Manuel Spínola ()
> escribió:
>
>> Hola Carlos,
>>
>> Muchas gracias por tu ayuda.
>>
>> Estoy intentando eso, y aunque tengo mucha experiencia en R no soy tan
>> bueno en la parte de programación. De ahí mi primera pregunta, que es un
>> ambiente en python?  Sienpre se debe trabajar en un ambiente específico en
>> python? esto es parecido a un proyecto de RStudio?
>>
>> Manuel
>>
>> El vie, 8 sept 2023 a las 9:37, Carlos Ortega ()
>> escribió:
>>
>>> Hola Manuel,
>>>
>>> ¿ Has probado a seguir lo que te indicaba en la lista de R-Help?.
>>>
>>> Gracias,
>>> Carlos Ortega
>>> www.qualityexcellence.es
>>>
>>> El vie, 8 sept 2023 a las 17:25, Manuel Spínola ()
>>> escribió:
>>>
>>>> Hola,
>>>>
>>>> Carlos Ortega me sugirió seguir esta discusión en esta lista.
>>>>
>>>> library(reticulate)
>>>>
>>>> install_miniconda()
>>>>
>>>> Cuando escribo lo siguiente en la terminal:
>>>>
>>>> conda --version
>>>>
>>>> -bash: conda: command not found
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> Y RStudio me pide actualizar de la siguiente manera:
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> ==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
>>>>   current version: 23.3.1
>>>>   latest version: 23.7.3
>>>>
>>>>
>>>> Please update conda by running
>>>>
>>>> $ conda update -n base -c conda-forge conda
>>>>
>>>> Or to minimize the number of packages updated during conda update use
>>>>
>>>>  conda install conda=23.7.3
>>>>
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> Escribí en la terminal:
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> conda update -n base -c conda-forge conda
>>>>
>>>> -bash: conda: command not found
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> Cómo puedo resolver esto?
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> --
>>>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>>>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>>>> Universidad Nacional
>>>> Apartado 1350-3000
>>>> Heredia
>>>> COSTA RICA
>>>> mspin...@una.cr 
>>>> mspinol...@gmail.com
>>>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>>>> Sitio web institucional: ICOMVIS
>>>> <http://www.icomvis.una.ac.cr/index.php/manuel>
>>>> Sitio web personal: Sitio personal <
>>>> https://mspinola-sitioweb.netlify.app>
>>>> Blog sobre Ciencia de Datos: Blog de Ciencia de Datos
>>>> <https://mspinola-ciencia-de-datos.netlify.app>
>>>>
>>>> [[alternative HTML version deleted]]
>>>>
>>>> ___
>>>> R-help-es mailing list
>>>> R-help-es@r-project.org
>>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>>
>>>
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&g

Re: [R-es] Problemas usando python a través de reticulate in macos arm64

[Manuel Spínola]

Hola Carlos,

Muchas gracias por tu ayuda.

Estoy intentando eso, y aunque tengo mucha experiencia en R no soy tan
bueno en la parte de programación. De ahí mi primera pregunta, que es un
ambiente en python?  Sienpre se debe trabajar en un ambiente específico en
python? esto es parecido a un proyecto de RStudio?

Manuel

El vie, 8 sept 2023 a las 9:37, Carlos Ortega ()
escribió:

> Hola Manuel,
>
> ¿ Has probado a seguir lo que te indicaba en la lista de R-Help?.
>
> Gracias,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El vie, 8 sept 2023 a las 17:25, Manuel Spínola ()
> escribió:
>
>> Hola,
>>
>> Carlos Ortega me sugirió seguir esta discusión en esta lista.
>>
>> library(reticulate)
>>
>> install_miniconda()
>>
>> Cuando escribo lo siguiente en la terminal:
>>
>> conda --version
>>
>> -bash: conda: command not found
>>
>>
>>
>> Y RStudio me pide actualizar de la siguiente manera:
>>
>>
>>
>> ==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
>>   current version: 23.3.1
>>   latest version: 23.7.3
>>
>>
>> Please update conda by running
>>
>> $ conda update -n base -c conda-forge conda
>>
>> Or to minimize the number of packages updated during conda update use
>>
>>  conda install conda=23.7.3
>>
>>
>>
>>
>> Escribí en la terminal:
>>
>>
>>
>> conda update -n base -c conda-forge conda
>>
>> -bash: conda: command not found
>>
>>
>>
>> Cómo puedo resolver esto?
>>
>>
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>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
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> Saludos,
> Carlos Ortega
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[R-es] Problemas usando python a través de reticulate in macos arm64

[Manuel Spínola]

Hola,

Carlos Ortega me sugirió seguir esta discusión en esta lista.

library(reticulate)

install_miniconda()

Cuando escribo lo siguiente en la terminal:

conda --version

-bash: conda: command not found



Y RStudio me pide actualizar de la siguiente manera:



==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 23.3.1
  latest version: 23.7.3


Please update conda by running

$ conda update -n base -c conda-forge conda

Or to minimize the number of packages updated during conda update use

 conda install conda=23.7.3




Escribí en la terminal:



conda update -n base -c conda-forge conda

-bash: conda: command not found



Cómo puedo resolver esto?



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Re: [R-es] scale_colour_viridis en ggplot2

[Manuel Spínola]

Hola Javier,

d = discrete
c  = continuous
b = binary

Manuel

On Wed, 31 May 2023 at 14:51 Javier Gómez Gonzalez 
wrote:

> Hola a todos:
>
> Alguién me podría explicar cuales son las diferencias entre las diferentes
> escalas de viridis en ggplot2, es decir en qué se diferencian
> scale-colour_viridis_d de scale_colour_viridis_c, scale_colour_viridis_b.
> Y cual es la diferencia entre scale-fiil-viridis_d de scale-fill_viridis_c
> y de scale_fill_viridis-b.
> He estado buscando la diferencia en internet y no he encontrado nada al
> respecto.
> El motivo de querer saber las diferencias es que necesito hacer una serie
> de gráficos para imprimirlos en blanco y negro.
>
> Gracias
>
>   Javier Gómez González
>
> [[alternative HTML version deleted]]
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Re: [R-es] Graficar una curva de tendencia potencial.

[Manuel Spínola]

Hola Jimmy,

Me queda la duda si la fórmula debe ir entre “single quote”.

Manuel

On Wed, 30 Sep 2020 at 16:48 Jimmy Erney Reyes Velasco <
jimmyreyesvela...@gmail.com> wrote:

> AF_E PS_E
>
> 90.838 2.206
>
> 83.139 1.751
>
> 134.272 3.710
>
> 84.043 2.076
>
> 105.184 2.788
>
> 157.249 3.783
>
> 50.280 1.027
>
> 96.973 2.355
>
> 123.582 3.398
>
> 60.417 1.236
>
> 123.501 3.315
>
> 90.128 1.566
>
> 193.783 5.167
>
> 116.036 2.994
>
> 100.289 2.216
>
> 56.943 1.106
>
> 102.272 2.692
>
> 145.579 3.810
>
> 53.105 1.202
>
> 127.212 3.061
>
> 102.838 2.383
>
> 126.352 2.723
>
> 13.661 0.190
>
> 164.352 4.870
>
> 159.945 4.160
>
> 54.382 0.884
>
> 128.253 3.598
>
> 181.208 4.767
>
> 145.118 3.779
>
> 65.993 1.147 Hola buenas tardes
>
> quiero graficar una curva de tendendia de un modelo potencial con estos
>
> datos.
>
> mi codigo es el siguiente:
>
>
>
> ggplot(modelos_Garcia,aes(x = AF_E,y = PS_E)) +
>
>   geom_point() +
>
>   stat_smooth(method = 'nls', formula = 'y~a*x^b', start = list(a =
>
> 1,b=1),se=TRUE)
>
>
>
> pero cuando ejecuto el código no me aparece la curva de tendencia
>
> ¿alguien sabe cómo podría hacerlo?.
>
> por otro lado me gustaría añadir la ecuación del modelo.
>
> agradezco mucho la información que puedan darme.
>
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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Re: [R-es] Gráfico barras 3 ejes

[Manuel Spínola]

Hola Andrés,

Quizá este enlace te sirva:

http://www.sthda.com/english/wiki/impressive-package-for-3d-and-4d-graph-r-software-and-data-visualization

Manuel





El mar., 4 ago. 2020 a las 11:10, Andrés Hirigoyen (<
andreshirigo...@gmail.com>) escribió:

> Buenas tardes, quisiera hacer un gráfico como el de la figura ¿alguna
> sugerencia? con ggplot2 no he podido.
> Muchas gracias  [image: Captura.JPG]
>
> --
> *Andrés Hirigoyen*
> * Prof. Ciencias Biológicas*
> *Ing. Agr. Forestal (MSc) *
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Re: [R-es] Mejor paquete machine learning

[Manuel Spínola]

Hola Jesús,

Tanto mlr3, caret o parsnip son muy buenas opciones.

Para complementarlos puedes usar DALEX e ingredients.

Manuel

El vie., 31 jul. 2020 a las 1:27, Jesús Para Fernández (<
j.para.fernan...@hotmail.com>) escribió:

> Buenas
>
> He visto el paquete mlr3, pero se que hay algun otro del estilo.
>
> Cuál usais vosotros y por qué?
>
> Un saludo
>
> Get Outlook for Android<https://aka.ms/ghei36>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
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Re: [R-es] Paquetes de R para análisis de encuestas y minería de texto

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Jorge.

Manuel

El sáb., 18 jul. 2020 a las 16:14, Jorge I Velez ()
escribió:

> Hola Manuel,
>
> Mira
>
> http://r-survey.r-forge.r-project.org/survey/index.html para la primera
> pregunta y
>
>- https://cran.r-project.org/web/views/NaturalLanguageProcessing.html
>- https://www.tidytextmining.com/
>- https://hub.packtpub.com/9-useful-r-packages-for-nlp-text-mining/
>
> para la segunda.
>
> Saludos,
> Jorge.-
>
>
>
> On Sat, Jul 18, 2020 at 4:46 PM Manuel Spínola 
> wrote:
>
>> Estimados miembros del grupo,
>>
>> Quería preguntarles por sugerencias de paquetes para:
>>
>> 1. Análisis de encuestas o cuestionarios
>> 2. Minería de texto
>>
>> Muchas gracias y slaudos
>>
>> Manuel Spínola
>>
>>
>> --
>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>> Universidad Nacional
>> Apartado 1350-3000
>> Heredia
>> COSTA RICA
>> mspin...@una.cr 
>> mspinol...@gmail.com
>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>> Personal website: Lobito de río <
>> https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
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Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>

[[alternative HTML version deleted]]

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[R-es] Paquetes de R para análisis de encuestas y minería de texto

[Manuel Spínola]

Estimados miembros del grupo,

Quería preguntarles por sugerencias de paquetes para:

1. Análisis de encuestas o cuestionarios
2. Minería de texto

Muchas gracias y slaudos

Manuel Spínola


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[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Geolocalización y representación temporal de casos con coordenadas X,Y (UTM) en mapa

[Manuel Spínola]

Hola María,

La mayoría de los paquetes de R que trabajan con datos espaciales permiten
mapear datos proyectados.

Pero si no eres más específica de al menos decirnos con que paquete estás
trabajando es muy difícil poder ayudarte.

Manuel

El dom., 26 abr. 2020 a las 5:01, María Ángeles Onieva (<
m.onieva.medi...@gmail.com>) escribió:

> Buenos días,
>
> Me gustaría representar los casos en un mapa que fuera interactivo en el
> sentido de que fueran apareciendo según fecha de aparición.
>
> Dispongo de las coordenadas X e Y, en proyección UTM y la fecha de
> aparición.
>
> La mayoría de tutoriales que encuentro por internet de R explican la
> representación con longitud y latitud.
>
> ¿Conocéis algún tutorial o guía donde se explique los paquetes y funciones
> para reprentar en proyección UTM? ¿y para la representación interactiva por
> fecha de aparición?
>
> Muchas gracias de antemano. Un saludo,
>
> --
>
> María Ángeles
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
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> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>


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Re: [R-es] Tareas interactivas en R

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Javier.

Voy a ver la información.

Manuel

El lun., 30 mar. 2020 a las 9:43, Javier Marcuzzi (<
javier.ruben.marcu...@gmail.com>) escribió:

> Estimado Manuel Spíndola
>
> No es justo R, pido disculpas por eso, hoy veo en una publicación española
> algo que puede servir para dar sus clases, no se más que eso.
>
> Link:
> https://www.genbeta.com/web/ensena-casa-google-unesco-lanzan-centro-recursos-educativos-para-profesores-alumnos
>
> Javier Rubén Marcuzzi
>
> El dom., 29 mar. 2020 a las 14:36, Manuel Spínola ()
> escribió:
>
>> Muchas gracias Emilio.
>>
>> Sí, yo cometí un error, veo exams puede usar Rmarkdown también.
>>
>> Manuel
>>
>> El dom., 29 mar. 2020 a las 9:11, Emilio L. Cano (> >)
>> escribió:
>>
>> > Manuel,
>> >
>> > No conozco learnr ni gradethis, pero simplemente como apunte decirte que
>> > con exams puedes utilizar Rmarkdown.
>> >
>> > Un saludo,
>> >
>> > Emilio L. Cano
>> > http://emilio.lcano.com
>> >
>> >
>> >
>> > > El 29 mar 2020, a las 15:52, Manuel Spínola 
>> > escribió:
>> > >
>> > > Hola miembros de la lista,
>> > >
>> > > Estoy buscando una manera de elaborar tareas o examenes interactivos
>> para
>> > > mis clases de estadística con R.
>> > >
>> > > He visto 2 paquetes muy interesantes que son, learnr y gradethis, pero
>> > > todavía no logro entender completamente su dinámica.
>> > >
>> > > Por lo que entiendo, en gradethis si el estudiante se equivoca tiene
>> la
>> > > posibilidad de reintentar hasta dar con la solución, lo cual no lo
>> hace
>> > muy
>> > > apropiado para una trea o examen que luego se debe calificar.
>> > >
>> > > Se que hay conexiones de R con moodel a traves de R/exams pero yo
>> quiero
>> > > mantenerme en el entorno de Rmarkdown.
>> > >
>> > > Desde ya, muchas gracias,
>> > >
>> > > Manuel
>> > >
>> > > --
>> > > *Manuel Spínola, Ph.D.*
>> > > Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
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>> > > Apartado 1350-3000
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Re: [R-es] Tareas interactivas en R

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Emilio.

Sí, yo cometí un error, veo exams puede usar Rmarkdown también.

Manuel

El dom., 29 mar. 2020 a las 9:11, Emilio L. Cano ()
escribió:

> Manuel,
>
> No conozco learnr ni gradethis, pero simplemente como apunte decirte que
> con exams puedes utilizar Rmarkdown.
>
> Un saludo,
>
> Emilio L. Cano
> http://emilio.lcano.com
>
>
>
> > El 29 mar 2020, a las 15:52, Manuel Spínola 
> escribió:
> >
> > Hola miembros de la lista,
> >
> > Estoy buscando una manera de elaborar tareas o examenes interactivos para
> > mis clases de estadística con R.
> >
> > He visto 2 paquetes muy interesantes que son, learnr y gradethis, pero
> > todavía no logro entender completamente su dinámica.
> >
> > Por lo que entiendo, en gradethis si el estudiante se equivoca tiene la
> > posibilidad de reintentar hasta dar con la solución, lo cual no lo hace
> muy
> > apropiado para una trea o examen que luego se debe calificar.
> >
> > Se que hay conexiones de R con moodel a traves de R/exams pero yo quiero
> > mantenerme en el entorno de Rmarkdown.
> >
> > Desde ya, muchas gracias,
> >
> > Manuel
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[R-es] Tareas interactivas en R

[Manuel Spínola]

Hola miembros de la lista,

Estoy buscando una manera de elaborar tareas o examenes interactivos para
mis clases de estadística con R.

He visto 2 paquetes muy interesantes que son, learnr y gradethis, pero
todavía no logro entender completamente su dinámica.

Por lo que entiendo, en gradethis si el estudiante se equivoca tiene la
posibilidad de reintentar hasta dar con la solución, lo cual no lo hace muy
apropiado para una trea o examen que luego se debe calificar.

Se que hay conexiones de R con moodel a traves de R/exams pero yo quiero
mantenerme en el entorno de Rmarkdown.

Desde ya, muchas gracias,

Manuel

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Re: [R-es] Coeficientes GLM binomial

[Manuel Spínola]

Hola Jaume,

Si entendí bien puedes usar la función plogis sobre los coeficientes del
modelo.

Para eso debes especificar los valores que tu quieras a las variables.

Manuel Spínola

On Thu, Nov 28, 2019 at 06:28 Jaume Tormo  wrote:

> Estimad@s errer@s
>
> He hecho este modelo glm
> m1.pile<-glm(ger~tem+pot+time+I(tem^2)+I(tem^2):pot
>  ,family="binomial"
>  ,data=long.PILE
>  )
> Que nos da la probabilidad de germinación de una semilla en función de tem
> (Temperatura), pot (Humedad del suelo) y time (Tiempo que la semilla pasa
> en esas condiciones).
> Ahora quiero, para diferentes tem, pot y time, predecir la probabilidad de
> germinación.
> Para eso uso:
> predict(m1.pile,newdata=data.frame(tem=15,pot=-0.3,time=3),type="response")
> Con esto me da valores de probabilidad de germinación lógicos y razonables.
>
> Por razones ajenas a mi voluntad, necesito poder hacer esto mismo usando
> los coeficientes del modelo.
> Extraigo los coeficientes mediante:
> x<-coefficients(m1.pile)
> y los destransformo por que el GLM los transforma al decirle que es
> binomial (es lo mismo que hace “response” en el predict()... creo)
> Coeficientes buenos <- exp(x)/(1+exp(x))
>
> Hasta aquí todo teóricamente correcto ¿No?
> Al reconstruir la formula del modelo con los coeficientes buenos me queda
> esto:
> 0,0006077 + 0,7043138*temp + 0,9962766*pot + 0,5060756*time +
> 0,4923288*temp^2 + 0,4997649*temp^2*pot
>
> Pero al calcular esta formula con unos valores concretos de temp, pot y
> time, no me da los mismos valores que el predict con el mismo imput de
> temp, pot y time.
>
> Mi pregunta es ¿Lo que hay especificado en el modelo se corresponde con
> esta fórmula que yo he escrito aquí? Esa podría ser una causa del error.
> Mi otra pregunta es ¿Está bien el proceso que he hecho?
>
> Muchas gracias.
>
> Jaume.
>
> Dr. Jaume Tormo.
> Area of Ecology
> Departament of Agrarian and Environmental Sciences
> Technological College. Agri-food and Environment
> University of Zaragoza, Spain
> 0034 974292678
> https://es.linkedin.com/in/jaumetormo
> https://acercad.wordpress.com/
>
>
>
> --
> Jaume Tormo.
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Re: [R-es] Criterio de clasificación en arboles

[Manuel Spínola]

Hola Ana,

Puedes explorar los paquetes:

party y partykit y la función ctree.

Manuel

El jue., 23 may. 2019 a las 4:45, Ana Jimenez Rebollo ()
escribió:

> Hola!
> Estoy tratando de estimar varios arboles de clasificación y me gustaría
> saber si alguien conoce alguna forma de especificar el criterio de
> clasificación (categorica): Gini, Chi2, entriopia. Para poder así, tener
> varios arboles con distinta metodología para compararlos entre sí. Por lo
> que he encontrado en el paquete "rpart" únicamente puedo seleccionar
> method="class" para este tipo de arboles.
>
> Muchas gracias de antemano,
> AJR.
>
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Re: [R-es] Parameterización de modelo mixto (multilevel)

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Javier.

Voy a tener en consideración tu comentario.

Manuel

El mar., 21 may. 2019 a las 15:58, Javier Marcuzzi (<
javier.ruben.marcu...@gmail.com>) escribió:

> Estimado Manuel Spíndola
>
> Hay un problema, si no le interesa el tiempo, no lo ingrese en el modelo,
> si lo ingresa piense en que desea, tiempo como tiempo (H:M:S...) o que
> llueva a las 12 hs, a las 15 hs, como si las 15hs son totalmente
> independientes de las 12 hs. En muchas oportunidades mirando algunos
> ejemplos ayuda a escribir el modelo, por lo menos en mi caso luego de
> muchos años siempre me baso en algo escrito por otro, porque puede ser que
> yo piense en algo y descarte inconscientemente un modelo más adecuado.
>
> Javier Rubén Marcuzzi
>
> El dom., 19 may. 2019 a las 10:04, Manuel Spínola ()
> escribió:
>
>> Estimados integrantes de la lista.
>>
>> Disculpas por posteo cruzado.
>>
>> Estoy ajustando un modelo con lmer (lm4).
>>
>> La variable respuesta es un índice (ADI) que se midió en 3 áreas
>> diferentes
>> en 4 estaciones climáticas diferentes, así mis efectos fijos son area y
>> estaciones climáticas.
>>
>> Cada área tiene 12 puntos de muestreo (Punto).
>>
>> En cada punto de muestreo el índice se midió repetidamente a diferentes
>> horas, diferentes días y diferentes meses dentro de cada área y estación,
>> pero no estoy interesado en la evolución del índice a través del tiempo.
>>
>> MI didea de parameterización son éstas:
>>
>> mod_adi_01 <- lmer(ADI ~  area + estacion + (1 | Punto/Mes/Dia/Hora), data
>> = df_02, REML = FALSE)
>>
>> mod_adi_02 <- lmer(ADI ~  area + estacion + (1 | Punto) + (1
>> |Mes/Dia/Hora), data = df_02, REML = FALSE)
>>
>> Hay un de estas 2 alternativas correcta, o ninguna de las 2 lo son?
>>
>> Muchas gracias,
>>
>> Manuel
>>
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[R-es] Parameterización de modelo mixto (multilevel)

[Manuel Spínola]

Estimados integrantes de la lista.

Disculpas por posteo cruzado.

Estoy ajustando un modelo con lmer (lm4).

La variable respuesta es un índice (ADI) que se midió en 3 áreas diferentes
en 4 estaciones climáticas diferentes, así mis efectos fijos son area y
estaciones climáticas.

Cada área tiene 12 puntos de muestreo (Punto).

En cada punto de muestreo el índice se midió repetidamente a diferentes
horas, diferentes días y diferentes meses dentro de cada área y estación,
pero no estoy interesado en la evolución del índice a través del tiempo.

MI didea de parameterización son éstas:

mod_adi_01 <- lmer(ADI ~  area + estacion + (1 | Punto/Mes/Dia/Hora), data
= df_02, REML = FALSE)

mod_adi_02 <- lmer(ADI ~  area + estacion + (1 | Punto) + (1
|Mes/Dia/Hora), data = df_02, REML = FALSE)

Hay un de estas 2 alternativas correcta, o ninguna de las 2 lo son?

Muchas gracias,

Manuel

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Re: [R-es] Duda error sintaxis

[Manuel Spínola]

Hola Paulina,

No me puse a explorar mucho sobre tu código, pero tu problema creo que es
el uso de pipes con ggplot2?  Ggplot2 no funciona con pipes.  Si eso es lo
que quieres tienes que hacer uso de paquetes que posibiliten el uso de
pipes con ggplot2.  Ha habido algunos intentos para que eso sea posible.

Manuel

<https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campaign=sig-email&utm_content=webmail&utm_term=icon>
Virus-free.
www.avast.com
<https://www.avast.com/sig-email?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campaign=sig-email&utm_content=webmail&utm_term=link>
<#DAB4FAD8-2DD7-40BB-A1B8-4E2AA1F9FDF2>

El sáb., 16 feb. 2019 a las 6:54, Paulina Jara Armijo (<
jara.armijo.paul...@gmail.com>) escribió:

>  Buenas tardes chicos, estoy intentando hacer un gráfico que resuma para
> cada dia de la semana la información de algunos distritos específicos de
> los que contiene mi variable, ejecuto esta sintaxis pero me da un error
>
> Error: Mapping should be created with `aes() or `aes_()`.
>
> Alguien me puede orientar sobre que estoy haciendo mal, llevo mucho rato
> atascada.
>  Muchas gracias
>
> df_nuevofinal %>% filter( District == "University" | District == "Boyer" |
> District == "Parc" | District == "Berri1") %>%
>   group_by(week_day) %>%  ggplot(df_nuevofinal,aes (x=week_day,
> y=District)) +
> geom_col()
>
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[R-es] Citar R en publicaciones

[Manuel Spínola]

Hola a todos,

Quería recibir sus sugerencias de como citar R en publicaciones.  Me
refiero a citarlo dentro del texto, por ejemplo,

Para el análisis de los datos utilicé el paquete "tal" ("autor, 2017") del


He visto que algunos usan el término "software estadístico", pero no croe
que sea estrictamente correcto.

Muchas gracias,

Manuel

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[R-es] Elaboración de preguntas de multiple opción con el paquete learnr pero que el formato no sea interactivo

[Manuel Spínola]

Hola a todos,

Estoy intentando utilizar el paquete learnr para elaborar preguntas de
multiple opción, pero el problema es que el paquete requiere que se
especifique que una de las respuestas sea la correcta y de esa manera la
persona que recibe el cuestionario puede ver cuál es la opción correcta,
aunque hay seleccionado la respuesta incorrecta.

Lo que en realidad quiero es que el "template" de learnr no sea interactivo
(https://rstudio.github.io/learnr/#questions).

Hay alguna forma de hacer que el "template" de learnr no sea interactivo o
hay algún paquete que permita hacer preguntas de multiple opción al estilo
learnr?

Saludos,


Manuel

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Re: [R-es] Incluir símbolo matemático en data frame

[Manuel Spínola]

Siguiendo la recomendación de Jesús encontré la solución:

columna1 <- c("a", "b", "c")
columna2 <- c("\u2265 0.3", 0.5, 0.8)
columna3 <- c("\u2265 0.3", 0.6, 0.9)

cuadro <- data.frame(columna1, columna2, columna3)

kable(cuadro)

El 9 de octubre de 2017, 9:26, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Prueba con un paste0, que es para "pegar" strings.
>
> paste0("cadena1","cadena2",variable)
>
>
> --
> *De:* Manuel Spínola 
> *Enviado:* lunes, 9 de octubre de 2017 17:22
> *Para:* Jesús Para Fernández
> *Cc:* Carlos Ortega; R
>
> *Asunto:* Re: [R-es] Incluir símbolo matemático en data frame
>
> Muchas gracias Jesús,
>
> Por lo que veo hay que hacer una columna diferente para los símbolos, tal
> como sugiere Carlos.  No hay forma de ubicarlos en el mismo string,
> acompañando al número?
>
> Manuel
>
> El 9 de octubre de 2017, 8:52, Jesús Para Fernández <
> j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:
>
>> Con
>>
>> print("\u2265")
>>
>>
>> lo consigues.
>>
>> Aqui tienes toda la lista:
>> https://www.w3schools.com/charsets/ref_utf_math.asp
>> HTML Unicode UTF-8 - W3Schools
>> <https://www.w3schools.com/charsets/ref_utf_math.asp>
>> Well organized and easy to understand Web building tutorials with lots of
>> examples of how to use HTML, CSS, JavaScript, SQL, PHP, and XML.
>> www.w3schools.com
>>
>>
>>
>> --
>> *De:* R-help-es  en nombre de Manuel
>> Spínola 
>> *Enviado:* lunes, 9 de octubre de 2017 14:59
>> *Para:* Carlos Ortega
>> *Cc:* R
>> *Asunto:* Re: [R-es] Incluir símbolo matemático en data frame
>>
>> Muchas gracias Carlos.
>>
>> Pero eso haría que el signo se muestre tal como se deba mostrar , es
>> decir:
>> ≤
>>
>> Manuel
>>
>> El 9 de octubre de 2017, 1:46, Carlos Ortega 
>> escribió:
>>
>> > Puedes incluir estos signos en una columna nueva antes de cada una de
>> las
>> > columnas numéricas.
>> > Que el data.frame tuviera esta pinta...
>> >
>> > Signo_1, Col_1, Signo_2, Col_2, Signo_3, Col_3
>> > "<=", 0.3, ">=", 0.5, "==", 0.8
>> > ">=", 0.8, "<", 0.9, ">", 1
>> > ....
>> >
>> > Gracias,
>> > Carlos.
>> >
>> > El 9 de octubre de 2017, 4:02, Manuel Spínola 
>> > escribió:
>> >
>> >> Estimados miembros de la lista,
>> >>
>> >> Cómo se puede incluir. por ejemplo, el símbolo de menor o igual en un
>> >> data.frame para luego hacer un cuadro (table con kable in rmarkadown)?
>> >>
>> >> columna1 <- c("a", "b", "c")
>> >> columna2 <- c(<= 0.3, 0.5, 0.8)
>> >> columna3 <- c(>=0.5, 0.6, 0.9)
>> >>
>> >> cuadro <- data.frame(columna1, columna2, columna3)
>> >>
>> >> kable(cuadro)
>> >>
>> >> Manuel
>> >>
>> >> --
>> >> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>> >> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>> >> Universidad Nacional
>> >> Apartado 1350-3000
>> >> Heredia
>> >> COSTA RICA
>> >> mspin...@una.cr 
>> >> mspinol...@gmail.com
>> >> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>> >> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site
>> >> /lobitoderio/>
>> >> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>> >>
>> >> [[alternative HTML version deleted]]
>> >>
>> >> ___
>> >> R-help-es mailing list
>> >> R-help-es@r-project.org
>> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> >>
>> >
>> >
>> >
>> > --
>> > Saludos,
>> > Carlos Ortega
>> > www.qualityexcellence.es
>> >
>>
>>
>>
>> --
>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
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>> Heredia
>> COSTA RICA
>> mspin...@una.cr 
>> mspinol...@gmail.com
>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site
>> /lobitoderio/>
>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___
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> --
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> Teléfono: (506) 8706 - 4662
> Personal website: Lobito de río
> <https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
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Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>

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Re: [R-es] Incluir símbolo matemático en data frame

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Jesús,

Por lo que veo hay que hacer una columna diferente para los símbolos, tal
como sugiere Carlos.  No hay forma de ubicarlos en el mismo string,
acompañando al número?

Manuel

El 9 de octubre de 2017, 8:52, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Con
>
> print("\u2265")
>
>
> lo consigues.
>
> Aqui tienes toda la lista:
> https://www.w3schools.com/charsets/ref_utf_math.asp
> HTML Unicode UTF-8 - W3Schools
> <https://www.w3schools.com/charsets/ref_utf_math.asp>
> Well organized and easy to understand Web building tutorials with lots of
> examples of how to use HTML, CSS, JavaScript, SQL, PHP, and XML.
> www.w3schools.com
>
>
>
> ------
> *De:* R-help-es  en nombre de Manuel
> Spínola 
> *Enviado:* lunes, 9 de octubre de 2017 14:59
> *Para:* Carlos Ortega
> *Cc:* R
> *Asunto:* Re: [R-es] Incluir símbolo matemático en data frame
>
> Muchas gracias Carlos.
>
> Pero eso haría que el signo se muestre tal como se deba mostrar , es decir:
> ≤
>
> Manuel
>
> El 9 de octubre de 2017, 1:46, Carlos Ortega 
> escribió:
>
> > Puedes incluir estos signos en una columna nueva antes de cada una de las
> > columnas numéricas.
> > Que el data.frame tuviera esta pinta...
> >
> > Signo_1, Col_1, Signo_2, Col_2, Signo_3, Col_3
> > "<=", 0.3, ">=", 0.5, "==", 0.8
> > ">=", 0.8, "<", 0.9, ">", 1
> > 
> >
> > Gracias,
> > Carlos.
> >
> > El 9 de octubre de 2017, 4:02, Manuel Spínola 
> > escribió:
> >
> >> Estimados miembros de la lista,
> >>
> >> Cómo se puede incluir. por ejemplo, el símbolo de menor o igual en un
> >> data.frame para luego hacer un cuadro (table con kable in rmarkadown)?
> >>
> >> columna1 <- c("a", "b", "c")
> >> columna2 <- c(<= 0.3, 0.5, 0.8)
> >> columna3 <- c(>=0.5, 0.6, 0.9)
> >>
> >> cuadro <- data.frame(columna1, columna2, columna3)
> >>
> >> kable(cuadro)
> >>
> >> Manuel
> >>
> >> --
> >> *Manuel Spínola, Ph.D.*
> >> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
> >> Universidad Nacional
> >> Apartado 1350-3000
> >> Heredia
> >> COSTA RICA
> >> mspin...@una.cr 
> >> mspinol...@gmail.com
> >> Teléfono: (506) 8706 - 4662
> >> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site
> >> /lobitoderio/>
> >> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
> >>
> >> [[alternative HTML version deleted]]
> >>
> >> ___
> >> R-help-es mailing list
> >> R-help-es@r-project.org
> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >>
> >
> >
> >
> > --
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
> >
>
>
>
> --
> *Manuel Spínola, Ph.D.*
> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
> Universidad Nacional
> Apartado 1350-3000
> Heredia
> COSTA RICA
> mspin...@una.cr 
> mspinol...@gmail.com
> Teléfono: (506) 8706 - 4662
> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/
> site/lobitoderio/>
> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
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> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Incluir símbolo matemático en data frame

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Carlos.

Pero eso haría que el signo se muestre tal como se deba mostrar , es decir:
≤

Manuel

El 9 de octubre de 2017, 1:46, Carlos Ortega 
escribió:

> Puedes incluir estos signos en una columna nueva antes de cada una de las
> columnas numéricas.
> Que el data.frame tuviera esta pinta...
>
> Signo_1, Col_1, Signo_2, Col_2, Signo_3, Col_3
> "<=", 0.3, ">=", 0.5, "==", 0.8
> ">=", 0.8, "<", 0.9, ">", 1
> 
>
> Gracias,
> Carlos.
>
> El 9 de octubre de 2017, 4:02, Manuel Spínola 
> escribió:
>
>> Estimados miembros de la lista,
>>
>> Cómo se puede incluir. por ejemplo, el símbolo de menor o igual en un
>> data.frame para luego hacer un cuadro (table con kable in rmarkadown)?
>>
>> columna1 <- c("a", "b", "c")
>> columna2 <- c(<= 0.3, 0.5, 0.8)
>> columna3 <- c(>=0.5, 0.6, 0.9)
>>
>> cuadro <- data.frame(columna1, columna2, columna3)
>>
>> kable(cuadro)
>>
>> Manuel
>>
>> --
>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
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>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site
>> /lobitoderio/>
>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
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>>
>
>
>
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> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>



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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

[R-es] Incluir símbolo matemático en data frame

[Manuel Spínola]

Estimados miembros de la lista,

Cómo se puede incluir. por ejemplo, el símbolo de menor o igual en un
data.frame para luego hacer un cuadro (table con kable in rmarkadown)?

columna1 <- c("a", "b", "c")
columna2 <- c(<= 0.3, 0.5, 0.8)
columna3 <- c(>=0.5, 0.6, 0.9)

cuadro <- data.frame(columna1, columna2, columna3)

kable(cuadro)

Manuel

-- 
*Manuel Spínola, Ph.D.*
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspin...@una.cr 
mspinol...@gmail.com
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>

[[alternative HTML version deleted]]

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Re: [R-es] Minería de testo en R

[Manuel Spínola]

Jajajaja, por lo menos.



El 3 de octubre de 2017, 3:08, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> A la hoguera 😊
> --
> *De:* R-help-es  en nombre de Manuel
> Spínola 
> *Enviado:* lunes, 2 de octubre de 2017 13:47
> *Para:* Carlos Ortega
> *Cc:* R
> *Asunto:* Re: [R-es] Minería de testo en R
>
> Pido disculpas por el error ortográfico en el subject, no me di cuenta.
>
> Manuel
>
> El 2 de octubre de 2017, 5:46, Manuel Spínola 
> escribió:
>
> > Muchas gracias Carlos.
> >
> > Manuel
> >
> > El 2 de octubre de 2017, 1:42, Carlos Ortega 
> > escribió:
> >
> >> Hola,
> >>
> >> Hay una adaptación específica a R de una solución comercial, pero que se
> >> puede usar hasta cierto número de llamdas: pdftools
> >>
> >> https://cloud.r-project.org/web/packages/pdftools/index.html
> >>
> >> Saludos,
> >> Carlos Ortega
> >> www.qualityexcellence.es
> >>
> >> El 2 de octubre de 2017, 9:22, Isidro Hidalgo Arellano <
> ihida...@jccm.es>
> >> escribió:
> >>
> >>> Yo he utilizado "tm" para tratar PDF de forma masiva, pero hay que
> tener
> >>> mucho cuidado con los PDF, porque lo que aparentemente es homogéneo
> >>> (visualmente ves todos los documentos igual), resulta que no lo es, y
> te
> >>> encuentras "saltos" de página, códigos de cabeceras de tabla, etc.
> >>> Colocados
> >>> de forma diferente según el ejemplar de PDF.
> >>> Si quieres algo que no falle, tendrás que trabajarlo bastante para no
> >>> dejar
> >>> margen de error (contemplando toda la casuística que puedas encontrar
> >>> por el
> >>> camino). En fin, perdona el rollo...
> >>> Suerte.
> >>>
> >>>
> >>> Isidro Hidalgo Arellano
> >>> Observatorio del Mercado de Trabajo
> >>> Consejería de Economía, Empresas y Empleo
> >>> http://www.castillalamancha.es/
> >>>
> >>>
> >>>
> >>> -Mensaje original-
> >>> De: R-help-es [mailto:r-help-es-boun...@r-project.org
> ] En nombre de
> >>> Manuel
> >>> Spínola
> >>> Enviado el: viernes, 29 de septiembre de 2017 16:47
> >>> Para: R 
> >>> Asunto: [R-es] Minería de testo en R
> >>>
> >>> Estimados miembros del grupo,
> >>>
> >>> Estoy buscando paquetes de R que permitan hacer minería de textos de
> >>> archivos PDF o Word que tengan una estructura tabular (cuadros) de
> >>> resultado
> >>> de talleres de trabajo donde se tratan diferentes ejes temáticos.
> >>>
> >>> Especifico esto porque he visto que algunos paquetes analizan
> >>> directamente
> >>> texto de libros, tweets u otras fuentes donde no hay una estructura
> como
> >>> cuadros en el texto que se quiere analizar.
> >>>
> >>> Desde ya muchas gracias por la ayuda.
> >>>
> >>> Saludos,
> >>>
> >>> Manuel
> >>>
> >>> --
> >>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
> >>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
> >>> Universidad Nacional Apartado 1350-3000 Heredia COSTA RICA
> >>> mspin...@una.cr
> >>>  mspinol...@gmail.com
> >>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
> >>> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site
> >>> /lobitoderio/>
> >>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
> >>>
> >>> [[alternative HTML version deleted]]
> >>>
> >>> ___
> >>> R-help-es mailing list
> >>> R-help-es@r-project.org
> >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >>>
> >>> ___
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> >>> R-help-es@r-project.org
> >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >>>
> >>
> >>
> >>
> >> --
> >> Saludos,
> >> Carlos Ortega
> >> www.qualityexcellence.es
> >>
> >
> >
> >
> > --
> > *Manuel Spínola, Ph.D.*
> > Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
> > Universidad Nacional
> > A

[R-es] Fwd: Minería de texto en R

[Manuel Spínola]

-- Mensaje reenviado --
De: Manuel Spínola 
Fecha: 2 de octubre de 2017, 5:47
Asunto: Re: [R-es] Minería de testo en R
Para: Carlos Ortega 
Cc: Isidro Hidalgo Arellano , R 


Pido disculpas por el error ortográfico en el subject, no me di cuenta.

Manuel

El 2 de octubre de 2017, 5:46, Manuel Spínola 
escribió:

> Muchas gracias Carlos.
>
> Manuel
>
> El 2 de octubre de 2017, 1:42, Carlos Ortega 
> escribió:
>
>> Hola,
>>
>> Hay una adaptación específica a R de una solución comercial, pero que se
>> puede usar hasta cierto número de llamdas: pdftools
>>
>> https://cloud.r-project.org/web/packages/pdftools/index.html
>>
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>> El 2 de octubre de 2017, 9:22, Isidro Hidalgo Arellano 
>> escribió:
>>
>>> Yo he utilizado "tm" para tratar PDF de forma masiva, pero hay que tener
>>> mucho cuidado con los PDF, porque lo que aparentemente es homogéneo
>>> (visualmente ves todos los documentos igual), resulta que no lo es, y te
>>> encuentras "saltos" de página, códigos de cabeceras de tabla, etc.
>>> Colocados
>>> de forma diferente según el ejemplar de PDF.
>>> Si quieres algo que no falle, tendrás que trabajarlo bastante para no
>>> dejar
>>> margen de error (contemplando toda la casuística que puedas encontrar
>>> por el
>>> camino). En fin, perdona el rollo...
>>> Suerte.
>>>
>>>
>>> Isidro Hidalgo Arellano
>>> Observatorio del Mercado de Trabajo
>>> Consejería de Economía, Empresas y Empleo
>>> http://www.castillalamancha.es/
>>>
>>>
>>>
>>> -Mensaje original-
>>> De: R-help-es [mailto:r-help-es-boun...@r-project.org] En nombre de
>>> Manuel
>>> Spínola
>>> Enviado el: viernes, 29 de septiembre de 2017 16:47
>>> Para: R 
>>> Asunto: [R-es] Minería de testo en R
>>>
>>> Estimados miembros del grupo,
>>>
>>> Estoy buscando paquetes de R que permitan hacer minería de textos de
>>> archivos PDF o Word que tengan una estructura tabular (cuadros) de
>>> resultado
>>> de talleres de trabajo donde se tratan diferentes ejes temáticos.
>>>
>>> Especifico esto porque he visto que algunos paquetes analizan
>>> directamente
>>> texto de libros, tweets u otras fuentes donde no hay una estructura como
>>> cuadros en el texto que se quiere analizar.
>>>
>>> Desde ya muchas gracias por la ayuda.
>>>
>>> Saludos,
>>>
>>> Manuel
>>>
>>> --
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>>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>>> Universidad Nacional Apartado 1350-3000 Heredia COSTA RICA
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>>> /lobitoderio/>
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>>>
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>> Saludos,
>> Carlos Ortega
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> Heredia
> COSTA RICA
> mspin...@una.cr 
> mspinol...@gmail.com
> Teléfono: (506) 8706 - 4662
> Personal website: Lobito de río
> <https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>



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Re: [R-es] Minería de texto en R

[Manuel Spínola]

El 29 de septiembre de 2017, 8:47, Manuel Spínola 
escribió:

> Estimados miembros del grupo,
>
> Estoy buscando paquetes de R que permitan hacer minería de textos de
> archivos PDF o Word que tengan una estructura tabular (cuadros) de
> resultado de talleres de trabajo donde se tratan diferentes ejes temáticos.
>
> Especifico esto porque he visto que algunos paquetes analizan directamente
> texto de libros, tweets u otras fuentes donde no hay una estructura como
> cuadros en el texto que se quiere analizar.
>
> Desde ya muchas gracias por la ayuda.
>
> Saludos,
>
> Manuel
>
> --
> *Manuel Spínola, Ph.D.*
> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
> Universidad Nacional
> Apartado 1350-3000
> Heredia
> COSTA RICA
> mspin...@una.cr 
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> Teléfono: (506) 8706 - 4662
> Personal website: Lobito de río
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> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>



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Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>

[[alternative HTML version deleted]]

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R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Minería de texto en R

[Manuel Spínola]

El 2 de octubre de 2017, 5:47, Manuel Spínola 
escribió:

> Pido disculpas por el error ortográfico en el subject, no me di cuenta.
>
> Manuel
>
> El 2 de octubre de 2017, 5:46, Manuel Spínola 
> escribió:
>
>> Muchas gracias Carlos.
>>
>> Manuel
>>
>> El 2 de octubre de 2017, 1:42, Carlos Ortega 
>> escribió:
>>
>>> Hola,
>>>
>>> Hay una adaptación específica a R de una solución comercial, pero que se
>>> puede usar hasta cierto número de llamdas: pdftools
>>>
>>> https://cloud.r-project.org/web/packages/pdftools/index.html
>>>
>>> Saludos,
>>> Carlos Ortega
>>> www.qualityexcellence.es
>>>
>>> El 2 de octubre de 2017, 9:22, Isidro Hidalgo Arellano >> > escribió:
>>>
>>>> Yo he utilizado "tm" para tratar PDF de forma masiva, pero hay que tener
>>>> mucho cuidado con los PDF, porque lo que aparentemente es homogéneo
>>>> (visualmente ves todos los documentos igual), resulta que no lo es, y te
>>>> encuentras "saltos" de página, códigos de cabeceras de tabla, etc.
>>>> Colocados
>>>> de forma diferente según el ejemplar de PDF.
>>>> Si quieres algo que no falle, tendrás que trabajarlo bastante para no
>>>> dejar
>>>> margen de error (contemplando toda la casuística que puedas encontrar
>>>> por el
>>>> camino). En fin, perdona el rollo...
>>>> Suerte.
>>>>
>>>>
>>>> Isidro Hidalgo Arellano
>>>> Observatorio del Mercado de Trabajo
>>>> Consejería de Economía, Empresas y Empleo
>>>> http://www.castillalamancha.es/
>>>>
>>>>
>>>>
>>>> -Mensaje original-
>>>> De: R-help-es [mailto:r-help-es-boun...@r-project.org] En nombre de
>>>> Manuel
>>>> Spínola
>>>> Enviado el: viernes, 29 de septiembre de 2017 16:47
>>>> Para: R 
>>>> Asunto: [R-es] Minería de testo en R
>>>>
>>>> Estimados miembros del grupo,
>>>>
>>>> Estoy buscando paquetes de R que permitan hacer minería de textos de
>>>> archivos PDF o Word que tengan una estructura tabular (cuadros) de
>>>> resultado
>>>> de talleres de trabajo donde se tratan diferentes ejes temáticos.
>>>>
>>>> Especifico esto porque he visto que algunos paquetes analizan
>>>> directamente
>>>> texto de libros, tweets u otras fuentes donde no hay una estructura como
>>>> cuadros en el texto que se quiere analizar.
>>>>
>>>> Desde ya muchas gracias por la ayuda.
>>>>
>>>> Saludos,
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>>>> Manuel
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>>>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>>>> Universidad Nacional Apartado 1350-3000 Heredia COSTA RICA
>>>> mspin...@una.cr
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>>>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>>>> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site
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>>> Saludos,
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Re: [R-es] Minería de testo en R

[Manuel Spínola]

Pido disculpas por el error ortográfico en el subject, no me di cuenta.

Manuel

El 2 de octubre de 2017, 5:46, Manuel Spínola 
escribió:

> Muchas gracias Carlos.
>
> Manuel
>
> El 2 de octubre de 2017, 1:42, Carlos Ortega 
> escribió:
>
>> Hola,
>>
>> Hay una adaptación específica a R de una solución comercial, pero que se
>> puede usar hasta cierto número de llamdas: pdftools
>>
>> https://cloud.r-project.org/web/packages/pdftools/index.html
>>
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>> El 2 de octubre de 2017, 9:22, Isidro Hidalgo Arellano 
>> escribió:
>>
>>> Yo he utilizado "tm" para tratar PDF de forma masiva, pero hay que tener
>>> mucho cuidado con los PDF, porque lo que aparentemente es homogéneo
>>> (visualmente ves todos los documentos igual), resulta que no lo es, y te
>>> encuentras "saltos" de página, códigos de cabeceras de tabla, etc.
>>> Colocados
>>> de forma diferente según el ejemplar de PDF.
>>> Si quieres algo que no falle, tendrás que trabajarlo bastante para no
>>> dejar
>>> margen de error (contemplando toda la casuística que puedas encontrar
>>> por el
>>> camino). En fin, perdona el rollo...
>>> Suerte.
>>>
>>>
>>> Isidro Hidalgo Arellano
>>> Observatorio del Mercado de Trabajo
>>> Consejería de Economía, Empresas y Empleo
>>> http://www.castillalamancha.es/
>>>
>>>
>>>
>>> -Mensaje original-
>>> De: R-help-es [mailto:r-help-es-boun...@r-project.org] En nombre de
>>> Manuel
>>> Spínola
>>> Enviado el: viernes, 29 de septiembre de 2017 16:47
>>> Para: R 
>>> Asunto: [R-es] Minería de testo en R
>>>
>>> Estimados miembros del grupo,
>>>
>>> Estoy buscando paquetes de R que permitan hacer minería de textos de
>>> archivos PDF o Word que tengan una estructura tabular (cuadros) de
>>> resultado
>>> de talleres de trabajo donde se tratan diferentes ejes temáticos.
>>>
>>> Especifico esto porque he visto que algunos paquetes analizan
>>> directamente
>>> texto de libros, tweets u otras fuentes donde no hay una estructura como
>>> cuadros en el texto que se quiere analizar.
>>>
>>> Desde ya muchas gracias por la ayuda.
>>>
>>> Saludos,
>>>
>>> Manuel
>>>
>>> --
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>>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>>> Universidad Nacional Apartado 1350-3000 Heredia COSTA RICA
>>> mspin...@una.cr
>>>  mspinol...@gmail.com
>>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>>> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site
>>> /lobitoderio/>
>>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>>>
>>> [[alternative HTML version deleted]]
>>>
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>>>
>>
>>
>>
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>> Carlos Ortega
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Re: [R-es] Minería de testo en R

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Carlos.

Manuel

El 2 de octubre de 2017, 1:42, Carlos Ortega 
escribió:

> Hola,
>
> Hay una adaptación específica a R de una solución comercial, pero que se
> puede usar hasta cierto número de llamdas: pdftools
>
> https://cloud.r-project.org/web/packages/pdftools/index.html
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 2 de octubre de 2017, 9:22, Isidro Hidalgo Arellano 
> escribió:
>
>> Yo he utilizado "tm" para tratar PDF de forma masiva, pero hay que tener
>> mucho cuidado con los PDF, porque lo que aparentemente es homogéneo
>> (visualmente ves todos los documentos igual), resulta que no lo es, y te
>> encuentras "saltos" de página, códigos de cabeceras de tabla, etc.
>> Colocados
>> de forma diferente según el ejemplar de PDF.
>> Si quieres algo que no falle, tendrás que trabajarlo bastante para no
>> dejar
>> margen de error (contemplando toda la casuística que puedas encontrar por
>> el
>> camino). En fin, perdona el rollo...
>> Suerte.
>>
>>
>> Isidro Hidalgo Arellano
>> Observatorio del Mercado de Trabajo
>> Consejería de Economía, Empresas y Empleo
>> http://www.castillalamancha.es/
>>
>>
>>
>> -Mensaje original-
>> De: R-help-es [mailto:r-help-es-boun...@r-project.org] En nombre de
>> Manuel
>> Spínola
>> Enviado el: viernes, 29 de septiembre de 2017 16:47
>> Para: R 
>> Asunto: [R-es] Minería de testo en R
>>
>> Estimados miembros del grupo,
>>
>> Estoy buscando paquetes de R que permitan hacer minería de textos de
>> archivos PDF o Word que tengan una estructura tabular (cuadros) de
>> resultado
>> de talleres de trabajo donde se tratan diferentes ejes temáticos.
>>
>> Especifico esto porque he visto que algunos paquetes analizan directamente
>> texto de libros, tweets u otras fuentes donde no hay una estructura como
>> cuadros en el texto que se quiere analizar.
>>
>> Desde ya muchas gracias por la ayuda.
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Re: [R-es] Minería de testo en R

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Isidro.  Recién me doy cuenta del error ortográfico en el
subject, test en lugar de texto.

Manuel

El 2 de octubre de 2017, 1:22, Isidro Hidalgo Arellano 
escribió:

> Yo he utilizado "tm" para tratar PDF de forma masiva, pero hay que tener
> mucho cuidado con los PDF, porque lo que aparentemente es homogéneo
> (visualmente ves todos los documentos igual), resulta que no lo es, y te
> encuentras "saltos" de página, códigos de cabeceras de tabla, etc.
> Colocados
> de forma diferente según el ejemplar de PDF.
> Si quieres algo que no falle, tendrás que trabajarlo bastante para no dejar
> margen de error (contemplando toda la casuística que puedas encontrar por
> el
> camino). En fin, perdona el rollo...
> Suerte.
>
>
> Isidro Hidalgo Arellano
> Observatorio del Mercado de Trabajo
> Consejería de Economía, Empresas y Empleo
> http://www.castillalamancha.es/
>
>
>
> -Mensaje original-----
> De: R-help-es [mailto:r-help-es-boun...@r-project.org] En nombre de Manuel
> Spínola
> Enviado el: viernes, 29 de septiembre de 2017 16:47
> Para: R 
> Asunto: [R-es] Minería de testo en R
>
> Estimados miembros del grupo,
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> Estoy buscando paquetes de R que permitan hacer minería de textos de
> archivos PDF o Word que tengan una estructura tabular (cuadros) de
> resultado
> de talleres de trabajo donde se tratan diferentes ejes temáticos.
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> Especifico esto porque he visto que algunos paquetes analizan directamente
> texto de libros, tweets u otras fuentes donde no hay una estructura como
> cuadros en el texto que se quiere analizar.
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> Desde ya muchas gracias por la ayuda.
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> Saludos,
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> Manuel
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[R-es] Minería de testo en R

[Manuel Spínola]

Estimados miembros del grupo,

Estoy buscando paquetes de R que permitan hacer minería de textos de
archivos PDF o Word que tengan una estructura tabular (cuadros) de
resultado de talleres de trabajo donde se tratan diferentes ejes temáticos.

Especifico esto porque he visto que algunos paquetes analizan directamente
texto de libros, tweets u otras fuentes donde no hay una estructura como
cuadros en el texto que se quiere analizar.

Desde ya muchas gracias por la ayuda.

Saludos,

Manuel

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[R-es] Paquetes de R para elaborar y analizar encuestas

[Manuel Spínola]

Estimados miembros de la lista,

Hace no mucho tiempo, creo que Carlos Ortega, envió una lista de paquetes
para elaborar y analizar encuestas en R.  Alguien me puede reenviar ese
correo o realizar sugerencias de paquetes con esta capacidad.

Manuel

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Re: [R-es] CV en R

[Manuel Spínola]

> Para:  mailto:r-help-es@r-project.org> r-help-es@r-project.org>
> <mailto:r-help-es@r-project.org> r-help-es@r-project.org
>
> Asunto: [R-es] CV en R
>
> Buenas,
>
>
> Estoy haciendo modelos y comparando cual es mejor. Para ello, uso CV de 10
> folds.
>
>
> Por ejemplo, hago la comparativa entre un svm y un randomForest para una
> serie de datos, por ello hago:
>
>
> midataset<-import.....
>
>
> #datos es un dataframe de 1500 filas y 15 variables
>
>
> for(i in 1:10){
>
> numeros<-sample(1:1500,1500*0.7)
>
> train<-datos[numeros,]
>
> test<-datos[-numeros,]
>
>
> #modeloRF
>
> modelo.rf<-randomForest(respuesta~,train)
>
> prediccion<-predict(modelo.rf,test)
>
> fp<-table(prediccion,test$respuesta)[2,1]
> fn<-table(prediccion,test$respuesta)[1,2]
> error<-(fp+fn)/nrow(train.balanceado)
> resultado<-rbind(resultado,data.frame(error=error,modelo="rf"))
>
> #modelo SVM
>
>
> modelo.svm<-svm(respuesta~,train)
>
> prediccion<-predict(modelo.svm,test)
>
> fp<-table(prediccion,test$respuesta)[2,1]
> fn<-table(prediccion,test$respuesta)[1,2]
> error<-(fp+fn)/nrow(train.balanceado)
> resultado<-rbind(resultado,data.frame(error=error,modelo="svm"))
>
> }
>
>
> Mi pregunta es la siguiente. Si el modelo de RF es mejor, como me quedo con
> el modelo final? Tengo que crear el modelo de nuevo, sin tener en cuenta el
> train?
>
>
> modelo.final<-randomForest(respuesta~.,datos)
>
>
> Gracias
>
>
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
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>  mailto:R-help-es@r-project.org> R-help-es@r-project.org>
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>  < <https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es>
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es>
>
>  <https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es>
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
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Re: [R-es] Interfaz gráfica para docencia

[Manuel Spínola]

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> > Un Saludo,
> > --
> > Miguel Ángel Rodríguez Muíños
> > Asesoramento en Informática
> > Dirección Xeral de Saúde Pública
> > Consellería de Sanidade
> > Xunta de Galicia
> > http://dxsp.sergas.es
> >
> >
> >
> >
> > 
> >
> > Nota: A información contida nesta mensaxe e os seus posibles documentos
> > adxuntos é privada e confidencial e está dirixida únicamente ó seu
> > destinatario/a. Se vostede non é o/a destinatario/a orixinal desta
> mensaxe,
> > por favor elimínea. A distribución ou copia desta mensaxe non está
> > autorizada.
> >
> > Nota: La información contenida en este mensaje y sus posibles documentos
> > adjuntos es privada y confidencial y está dirigida únicamente a su
> > destinatario/a. Si usted no es el/la destinatario/a original de este
> > mensaje, por favor elimínelo. La distribución o copia de este mensaje no
> > está autorizada.
> >
> > See more languages: http://www.sergas.es/aviso-confidencialidad
> >
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Re: [R-es] Alternativa a RStudio

[Manuel Spínola]

Y qué tal Jupyter Notebooks para R (y Python)

Manuel Spínola

El 26 de marzo de 2017, 6:38, Fernando Macedo  escribió:

> Solo entendí bien lo de no usar el mouse jejeje. De echo es algo que yo
> me estoy acostumbrando bastante, a no tener que agarrar el mouse para
> todo, me resulta más fácil y rápido hacer las cosas sin sacar las manos
> del teclado.
> Por lo que vi no es muy sencillo el tema de entrarle al emacs, y como no
> ando con tiempo excedente para dedicarle tendré que dejarlo para más
> adelante o dedicarle algún ratito libre para probarlo.
> Por lo que vi algo que piden es un plugin para Python, lo han
> implementado ya?
>
> Saludos y gracias!
>
> Fernando Macedo
>
> El 26/03/17 a las 04:50, Fernando Arce escribió:
>
> > Hola de nuevo (acabo de regresar del campo, de ahi la tardanza):
> >
> > No es sencillo. A Bill Venables, conocido sobre todo por su obra
> > Venables & Ripley, se le atribuye la siguiente frase: "los primeros
> > cinco anos con emacs son los peores, despues, es simplemente dificil".
> >
> > No conozco ningun tutorial ni nada realmente "amigable" como
> > introduccion, salvo quizas el libro "mastering emacs" que me parece
> > bastante util, aunque siempre hay que leer mucho antes de empezar
> > propiamente dicho. El autor tiene un blog bastante interesante:
> > https://www.masteringemacs.org/ (y el libro suele andar por la
> > "tienda" google)
> >
> > Ahora bien, ese manual, y la mayoria de informacion que puedas
> > encontrar no tiene mucho que ver con el uso de R en emacs (via ess),
> > aunque ayuda mucho a sentirse a gusto en el "infierno" de emacs.
> >
> > El manual no es para nada amigable:
> > http://ess.r-project.org/ess.pdf
> >
> > y esta introduccion, no demasiado amigable tampoco:
> > http://pj.freefaculty.org/guides/Rcourse/emacs-ess/emacs-ess.pdf
> >
> >
> > Yo realmente no tengo nada contra los botones ni nada de eso, pero me
> > he acostumbrado bastante a manejarme con el teclado, en mi caso, por
> > ejemplo, te pongo una situacion recurrente de mi trabajo:
> >
> >
> > si estoy escribiendo una funcion y la quiero probar, suelo tener tres
> > ventanas abiertas minimo (en emacs una ventana no es lo mismo que en
> > otros programas... tiene un lenguaje muy caprichoso), en una la
> > funcion que estoy testeando, en otra el codigo para probarla, y en
> > otra una sesion de R
> >
> > Supongamos que cambio algo en la funcion durante su desarrollo, los
> > pasos serian, empezando en el script que contiene la funcion, los
> > siguientes, una vez cambiada: C-c-f (recargo la funcion), C-, (vuelvo
> > al script donde estoy haciendo las pruebas), C-c-j (mando el codigo
> > que prueba su funcionamiento). Si la funcion genera un mensaje de
> > error, presiono Alt-g p y me lleva directamente a la linea que ha
> > generado el error dentro de la funcion y la corrijo (si se como,
> > claro) y vuelta a empezar... Si la funcion esta bien, pues C-x-s o C-x
> > s dependiendo de en que buffer me encuentre, y si no lo he hecho
> > antes, vuelvo a el buffer de la funcion (en mi caso via C-.) y con
> > C-c-o-o genero o actualizo un esqueleto de roxygen para escribir la
> > ayuda de la misma [C- significa presionar Control y manteniendolo
> > apretado, las siguientes letras, si no hay - es que se suelta el Ctrl,
> > esa seria la diferencia entre C-x-s y C-x s, en el segundo caso tras
> > la x se suelta antes de apretar la s]
> >
> > Es dificil escribir de manera amigable una introduccion para eso (si
> > es que es posible). Aunque lo cierto es que todo eso se puede hacer
> > con clicks de raton desde el menu, pero bastante mas lento y no se
> > como sera la experiencia de usuario.
> >
> > Ignorando el tema de los atajos de teclado, un uso bastante recurrente
> > que hago yo es el tener diferentes sesiones de R abiertas en la misma
> > sesion de trabajo, y varias sesiones de emacs normalmente, una por
> > cada proyecto, en diferentes workspaces del escritorio. Si trabajo con
> > un mismo script puedo hacerlo en diferentes sesiones de R sin tener
> > que abrirlo mas de una vez (con el problema de que version guardar
> > despues)
> >
> > No se si te ayuda algo o no...
> >
> > Saludos
> >
> > Fer
> >
> >
> > El Jueves 23 de marzo de 2017 23:42, Fernando Macedo
> >  escribió:
> >
> >
> > Buenas Fernando, podrías recomendar alguna lectura/tutorial/web para
> > alguien que siempre escucho hablar de las bondades del emacs pero nunca
>

Re: [R-es] Modelos con datos normalizaddos

[Manuel Spínola]

Entiendo. Pero eso no es un requerimiento necesario de un tipo específico
de modelos.

Manuel



El 17 de febrero de 2017, 12:51, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Buenas
>
>
>
> No me refiero a eso
>
>
>
> Me refiero a usar el scale, para que los datos tengan todos la misma
> escala,
>
>
>
> Enviado desde Correo <https://go.microsoft.com/fwlink/?LinkId=550986>
> para Windows 10
>
>
>
> *De: *Manuel Spínola 
> *Enviado: *viernes, 17 de febrero de 2017 19:20
> *Para: *Jesús Para Fernández 
> *CC: *r-help-es@r-project.org
>
> *Asunto: *Re: [R-es] Modelos con datos normalizaddos
>
>
> Todo depende del contexto en el que estés modelando y a lo que te refieres
> con normalizar.
>
> Si tu objetivo es lograr que las variables tengan una distribución normal,
> en mi experiencia, y reconociendo que no soy estadístico, los modelos
> lineales generales deben cumplir el supuesto de normalidad de los
> residuales, pero eso no significa que las variables respuesta y
> explicativas deban tener una distribución normal.
>
>
> El 17 de febrero de 2017, 12:07, Jesús Para Fernández <
> j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:
>
>> OK, para arboles no, pero para otro tipo de modelos como un modelo lineal
>> si no?
>>
>>
>> O para uqe tipo de modelos tengo que normalizar los datos???
>>
>>
>> --
>> *De:* Manuel Spínola 
>> *Enviado:* viernes, 17 de febrero de 2017 19:06
>> *Para:* Jesús Para Fernández
>> *Cc:* r-help-es@r-project.org
>> *Asunto:* Re: [R-es] Modelos con datos normalizaddos
>>
>> Hola Jesús,
>>
>> No tienes que normalizar los datos para realizar el árbol de
>> clasificación.
>>
>> Manuel
>>
>> El 17 de febrero de 2017, 11:14, Jesús Para Fernández <
>> j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:
>>
>>> Buenas,
>>>
>>> Estoy creando unos modelos donde necesito normalizar los datos antes de
>>> crear el modelo. Estoy haciendo árboles de clasifciacion, pero me surge la
>>> duda de saber como tengo que hacer, pues cuando muestro el arbol me sale
>>> con lo svalores normalizados,  pero me gustaria uqe el arbol diera ya
>>> directamente las conclusiones con los datos no normalizados.
>>>
>>>
>>> Lo que hago yo ahora  es desnormalizar los datos que me han saludoc omo
>>> conclusiones, poner el texto sobre el arbol con el powerpoint y luego hacer
>>> una captura de pantalla, para tener ya como imagen el arbol final, pero es
>>> bastante laborioso para el poco valor que aporta y estoy seguro que se
>>> puede hacer mejor
>>>
>>>
>>> Gracias11
>>>
>>> Jesús
>>>
>>> [[alternative HTML version deleted]]
>>>
>>>
>>> ___
>>> R-help-es mailing list
>>> R-help-es@r-project.org
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>
>>
>>
>>
>> --
>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>> Universidad Nacional
>> Apartado 1350-3000
>> Heredia
>> COSTA RICA
>> mspin...@una.cr 
>> mspinol...@gmail.com
>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>> Personal website: Lobito de río
>> <https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>>
>
>
>
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> *Manuel Spínola, Ph.D.*
> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
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> mspin...@una.cr 
> mspinol...@gmail.com
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Re: [R-es] Modelos con datos normalizaddos

[Manuel Spínola]

Todo depende del contexto en el que estés modelando y a lo que te refieres
con normalizar.

Si tu objetivo es lograr que las variables tengan una distribución normal,
en mi experiencia, y reconociendo que no soy estadístico, los modelos
lineales generales deben cumplir el supuesto de normalidad de los
residuales, pero eso no significa que las variables respuesta y
explicativas deban tener una distribución normal.


El 17 de febrero de 2017, 12:07, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> OK, para arboles no, pero para otro tipo de modelos como un modelo lineal
> si no?
>
>
> O para uqe tipo de modelos tengo que normalizar los datos???
>
>
> ----------
> *De:* Manuel Spínola 
> *Enviado:* viernes, 17 de febrero de 2017 19:06
> *Para:* Jesús Para Fernández
> *Cc:* r-help-es@r-project.org
> *Asunto:* Re: [R-es] Modelos con datos normalizaddos
>
> Hola Jesús,
>
> No tienes que normalizar los datos para realizar el árbol de clasificación.
>
> Manuel
>
> El 17 de febrero de 2017, 11:14, Jesús Para Fernández <
> j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:
>
>> Buenas,
>>
>> Estoy creando unos modelos donde necesito normalizar los datos antes de
>> crear el modelo. Estoy haciendo árboles de clasifciacion, pero me surge la
>> duda de saber como tengo que hacer, pues cuando muestro el arbol me sale
>> con lo svalores normalizados,  pero me gustaria uqe el arbol diera ya
>> directamente las conclusiones con los datos no normalizados.
>>
>>
>> Lo que hago yo ahora  es desnormalizar los datos que me han saludoc omo
>> conclusiones, poner el texto sobre el arbol con el powerpoint y luego hacer
>> una captura de pantalla, para tener ya como imagen el arbol final, pero es
>> bastante laborioso para el poco valor que aporta y estoy seguro que se
>> puede hacer mejor
>>
>>
>> Gracias11
>>
>> Jesús
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
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Re: [R-es] Modelos con datos normalizaddos

[Manuel Spínola]

Hola Jesús,

No tienes que normalizar los datos para realizar el árbol de clasificación.

Manuel

El 17 de febrero de 2017, 11:14, Jesús Para Fernández <
j.para.fernan...@hotmail.com> escribió:

> Buenas,
>
> Estoy creando unos modelos donde necesito normalizar los datos antes de
> crear el modelo. Estoy haciendo árboles de clasifciacion, pero me surge la
> duda de saber como tengo que hacer, pues cuando muestro el arbol me sale
> con lo svalores normalizados,  pero me gustaria uqe el arbol diera ya
> directamente las conclusiones con los datos no normalizados.
>
>
> Lo que hago yo ahora  es desnormalizar los datos que me han saludoc omo
> conclusiones, poner el texto sobre el arbol con el powerpoint y luego hacer
> una captura de pantalla, para tener ya como imagen el arbol final, pero es
> bastante laborioso para el poco valor que aporta y estoy seguro que se
> puede hacer mejor
>
>
> Gracias11
>
> Jesús
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Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

[Manuel Spínola]

 alguna posible solución?
>
> Desde ya muchas gracias.
>
> Saludos, Luis
>
>
> > library(Rcmdr)
> Loading required package: RcmdrMisc
> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck
> = vI[[j]]) :
>   there is no package called 'data.table'
> Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded
>
> [[alternative HTML version deleted]]
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>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/>
>
>
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> Saludos,
> Carlos Ortega
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>
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Re: [R-es] procesar MODELOS DIGITALES DE TERRENO (DEM)

[Manuel Spínola]

Hola Javier,

Depende de lo que quieras hacer, pero puede que RSAGA te sea de utilidad.

https://cran.r-project.org/web/packages/RSAGA/vignettes/RSAGA-landslides.pdf

Manuel

El 9 de diciembre de 2016, 18:00, javier valdes 
escribió:

> Hola.
> Mira la verdad es que no era eso precisamente. Tengo entendido que existe
> un paquete "raster" y " gdal" , al parecer, esos son la clave, sin embargo,
> no he encontrado muchos ejemplos o experiencia de uso.
> A ver si aparece algún colega que trabajó con esos paquetes.
> Saludos a todos.
>
> Enviado desde mi iPhone
>
> > El 09-12-2016, a las 19:17, Carlos Ortega 
> escribió:
> >
> > Hola,
> >
> > ¿Es esto?
> >
> > https://rpubs.com/mharris/GoogleAPI
> >
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
> >
> > El 8 de diciembre de 2016, 23:52, javier valdes 
> > escribió:
> >
> >> ESTIMADOS:
> >> Estoy en busqueda de de paquetes que esten orientados al procesamiento
> de
> >> modelos digitales de terreno (DEM). Ideal seria tener ejemplos de
> >> aplicaciones en esta area.
> >> Saludos a todos.
> >
> >
> >
> > --
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
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Re: [R-es] Mapear

[Manuel Spínola]

Hola Jose,

Creo que en tu caso también pueden funcionar spRbind y spCbind del paquete
maptools.

Manuel



El 15 de noviembre de 2016, 12:34, jose villarreal 
escribió:

> Hola a todos, estoy tratando de mapear en R-studio por primera vez pero
> tengo dos problemas, primero se como puedo cargar la base de datos con la
> variable de mi interes y segundo ya conseguí leer el shape file de mi pais
> pero no se como realizar el match entre estos dos.
> Saludos y de antemano muchas gracias.
>
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Re: [R-es] Modelo mixto en R

[Manuel Spínola]

Exacto, no tienen características particulares.

Manuel

El 2 de noviembre de 2016, 4:23, Olivier Nuñez  escribió:

> Una ultima pregunta:
> supongo que las subparcelas A, B, C y D no tienen caracteristicas
> particulares.
> Es decir, que las letras A,B,C y D no se refieren por ejemplo a una cierta
> composición del suelo o algo parecido.
> Son letras para distinguirlas y nada más. Es así?
>
>
> ----------
> *De: *"Manuel Spínola" 
> *Para: *"Olivier Nuñez" 
> *CC: *"R" 
> *Enviados: *Martes, 1 de Noviembre 2016 13:53:01
> *Asunto: *Re: [R-es] Modelo mixto en R
>
> Hola Olivier,
> Adjunto los datos.
>
> Manuel
>
> El 31 de octubre de 2016, 3:29, Olivier Nuñez  escribió:
>
>> Manuel,
>>
>> no estoy seguro de entender el diseño.
>> Cada parcela recibe los 4 tratamientos (un tratamiento por subparcela de
>> una misma parcela)?
>> Las "ocasiones" (supongo que instantes) son los mismos para cada
>> parcela*tratamiento?
>> Si mandas un ejemplo de base de datos igual ayudaría a entender el
>> diseño
>> Un saludo. Olivier
>>
>>
>> - Mensaje original -
>> De: "Manuel Spínola" 
>> Para: "R" 
>> Enviados: Sábado, 29 de Octubre 2016 14:56:02
>> Asunto: [R-es] Modelo mixto en R
>>
>> Hola quisiera saber como parameterizar el siguiente diseño con lme4.
>>
>> Tengo 4 tratamientos, con 4 parcelas cada uno, divididas a su vez en 4
>> subparcelas, y se han tomado 5 medidas repetidas (5 ocasiones) y se quiere
>> ver el cambio en la variable respuesta producido por los tratamientos a
>> través de las 5 ocasiones.
>>
>> Mi intento con lmer es el siguiente:
>>
>> mod <- lmer(variable respuesta ~ ocasión * tratamiento + (ocasión |
>> parcela/subparcela)
>>
>> Es correcta esta forma de parameterización del diseño planteado?
>>
>> Saludos,
>>
>> Manuel Spínola
>>
>>
>>
>> --
>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>> Universidad Nacional
>> Apartado 1350-3000
>> Heredia
>> COSTA RICA
>> mspin...@una.cr 
>> mspinol...@gmail.com
>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/
>> site/lobitoderio/>
>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
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Re: [R-es] Modelo mixto en R

[Manuel Spínola]

Hola Olivier,

Adjunto los datos.

Manuel

El 31 de octubre de 2016, 3:29, Olivier Nuñez  escribió:

> Manuel,
>
> no estoy seguro de entender el diseño.
> Cada parcela recibe los 4 tratamientos (un tratamiento por subparcela de
> una misma parcela)?
> Las "ocasiones" (supongo que instantes) son los mismos para cada
> parcela*tratamiento?
> Si mandas un ejemplo de base de datos igual ayudaría a entender el
> diseño
> Un saludo. Olivier
>
>
> - Mensaje original -
> De: "Manuel Spínola" 
> Para: "R" 
> Enviados: Sábado, 29 de Octubre 2016 14:56:02
> Asunto: [R-es] Modelo mixto en R
>
> Hola quisiera saber como parameterizar el siguiente diseño con lme4.
>
> Tengo 4 tratamientos, con 4 parcelas cada uno, divididas a su vez en 4
> subparcelas, y se han tomado 5 medidas repetidas (5 ocasiones) y se quiere
> ver el cambio en la variable respuesta producido por los tratamientos a
> través de las 5 ocasiones.
>
> Mi intento con lmer es el siguiente:
>
> mod <- lmer(variable respuesta ~ ocasión * tratamiento + (ocasión |
> parcela/subparcela)
>
> Es correcta esta forma de parameterización del diseño planteado?
>
> Saludos,
>
> Manuel Spínola
>
>
>
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colecta,trat,idplot,idcuadr,perc.litter.rem
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1,N,1,C,72.71
1,N,1,A,73.5
1,N,1,B,73.04
1,C,2,D,73
1,C,2,A,76
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1,NP,3,B,73.69
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1,P,4,D,71.57
1,NP,5,D,69.86
1,NP,5,C,77.76
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1,C,7,D,72
1,C,8,B,73
1,C,8,D,75
1,C,8,A,75
1,C,8,C,71
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1,P,9,B,80.66
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1,N,10,C,74.86
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1,N,13,B,72.43
1,N,13,C,71.7
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1,N,13,A,77.51
1,P,15,C,77.86
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1,P,15,A,78.16
1,P,15,B,74.31
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1,NP,23,B,73.21
1,NP,23,C,72.02
1,NP,23,A,73.88
1,NP,23,D,80.35
1,C,24,C,75
1,C,24,A,84
1,C,24,D,74
1,C,24,B,71
2,N,1,A,56.63
2,N,1,D,61.38
2,N,1,B,63.29
2,C,2,B,54
2,C,2,A,59
2,C,2,D,56
2,C,2,C,62
2,NP,3,C,57.39
2,NP,3,A,52.24
2,NP,3,D,59.13
2,NP,3,B,47.2
2,P,4,B,54.35
2,P,4,A,58.65
2,P,4,D,52.44
2,P,4,C,60.98
2,NP,5,B,60.66
2,NP,5,C,59.39
2,NP,5,D,49.79
2,NP,5,A,51.65
2,C,7,D,60
2,C,7,A,66
2,C,7,C,63
2,C,7,B,60
2,C,8,B,62
2,C,8,C,52
2,C,8,D,54
2,C,8,A,58
2,P,9,B,8.87
2,P,9,C,57.8
2,P,9,D,54.2
2,P,9,A,49.56
2,N,10,B,52.93
2,N,10,C,56.5
2,N,10,D,51.44
2,N,10,A,56.65
2,N,12,B,59.71
2,N,12,A,64.71
2,N,12,D,29.71
2,N,12,C,55.27
2,N,13,C,52.83
2,N,13,D,55.52
2,N,13,A,63.58
2,N,13,B,55.99
2,P,15,D,61.16
2,P,15,A,62.95
2,P,15,B,62.16
2,P,15,C,54.03
2,NP,18,A,63.52
2,NP,18,C,50.51
2,NP,18,D,59.57
2,NP,18,B,51
2,P,21,B,54.02
2,P,21,C,56.4
2,P,21,A,49.86
2,P,21,D,60.26
2,NP,23,B,61.23
2,NP,23,D,54.61
2,NP,23,C,59.31
2,NP,23,A,52.88
2,C,24,A,62
2,C,24,C,57
2,C,24,D,60
2,C,24,B,44
3,C,2,D,49
3,C,2,B,47
3,C,2,A,55
3,C,2,C,36
3,NP,3,B,50.36
3,NP,3,A,44.03
3,NP,3,D,50.43
3,NP,3,C,45.69
3,P,4,D,50.14
3,P,4,B,76.51
3,P,4,C,32.9
3,P,4,A,35.65
3,NP,5,B,49.64
3,NP,5,D,63.81
3,NP,5,A,39.88
3,NP,5,C,45.91
3,C,7,B,62
3,C,7,C,46
3,C,7,A,55
3,C,7,D,50
3,C,8,C,43
3,C,8,D,46
3,C,8,A,52
3,C,8,C,38.96
3,P,9,C,40.4
3,P,9,B,45.04
3,P,9,D,37.9
3,P,9,A,46.97
3,N,10,C,50.87
3,N,10,D,49.42
3,N,10,A,54.26
3,N,10,B,44.65
3,N,12,A,73.94
3,N,12,C,50.07
3,N,12,B,18.71
3,N,12,D,37.34
3,N,13,B,50.15
3,N,13,C,6.45
3,N,13,A,51.37
3,N,13,D,44.3
3,P,15,C,49.5
3,P,15,D,49.36
3,P,15,A,65.29
3,P,15,B,44.12
3,NP,18,D,59.37
3,NP,18,A,53.02
3,NP,18,C,41.58
3,NP,18,B,14.45
3,P,21,C,43.97
3,P,21,B,45.61
3,P,21,D,38.25
3,P,21,A,52.18
3,NP,23,C,44.27
3,NP,23,A,45.89
3,NP,23,B,52.53
3,NP,23,D,69.14
3,C,24,D,46
3,C,24,A,11
3,C,24,C,58
3,

Re: [R-es] Modelo mixto en R

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Olivier,

Voy a preparar el set de datos y lo envío, pero una rápida respuesta es que
cada tratamiento tiene 4 parcelas y as u vez cada una de las 4 parcelas por
tratamiento se subdivide en 4 subparcelas.  Cada tratamiento tiene 16
observaciones en un momento determinado (por ejemplo la primera semana) y
16 observaciones en la segunda semana y así hasta 5 semanas.

Manuel

El 31 de octubre de 2016, 3:29, Olivier Nuñez  escribió:

> Manuel,
>
> no estoy seguro de entender el diseño.
> Cada parcela recibe los 4 tratamientos (un tratamiento por subparcela de
> una misma parcela)?
> Las "ocasiones" (supongo que instantes) son los mismos para cada
> parcela*tratamiento?
> Si mandas un ejemplo de base de datos igual ayudaría a entender el
> diseño
> Un saludo. Olivier
>
>
> - Mensaje original -
> De: "Manuel Spínola" 
> Para: "R" 
> Enviados: Sábado, 29 de Octubre 2016 14:56:02
> Asunto: [R-es] Modelo mixto en R
>
> Hola quisiera saber como parameterizar el siguiente diseño con lme4.
>
> Tengo 4 tratamientos, con 4 parcelas cada uno, divididas a su vez en 4
> subparcelas, y se han tomado 5 medidas repetidas (5 ocasiones) y se quiere
> ver el cambio en la variable respuesta producido por los tratamientos a
> través de las 5 ocasiones.
>
> Mi intento con lmer es el siguiente:
>
> mod <- lmer(variable respuesta ~ ocasión * tratamiento + (ocasión |
> parcela/subparcela)
>
> Es correcta esta forma de parameterización del diseño planteado?
>
> Saludos,
>
> Manuel Spínola
>
>
>
> --
> *Manuel Spínola, Ph.D.*
> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
> Universidad Nacional
> Apartado 1350-3000
> Heredia
> COSTA RICA
> mspin...@una.cr 
> mspinol...@gmail.com
> Teléfono: (506) 8706 - 4662
> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/
> site/lobitoderio/>
> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
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> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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[R-es] Modelo mixto en R

[Manuel Spínola]

Hola quisiera saber como parameterizar el siguiente diseño con lme4.

Tengo 4 tratamientos, con 4 parcelas cada uno, divididas a su vez en 4
subparcelas, y se han tomado 5 medidas repetidas (5 ocasiones) y se quiere
ver el cambio en la variable respuesta producido por los tratamientos a
través de las 5 ocasiones.

Mi intento con lmer es el siguiente:

mod <- lmer(variable respuesta ~ ocasión * tratamiento + (ocasión |
parcela/subparcela)

Es correcta esta forma de parameterización del diseño planteado?

Saludos,

Manuel Spínola



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[R-es] Sobre rdocumentation

[Manuel Spínola]

Estimados miembros de la lista.

Estoy intentando usar rdocumentation pero no puedo comprender como funciona.

Tengo 2 preguntas especificas:

1. Cuando quiero utilizar www.rdocumentation.org desde un Internet browser
como Chrome, por ejemplo, correr el ejemplo de la función kde.points del
paquete GISTools, las primeras 2 líneas de la corrida dicen lo siguiente:

DataCamp encountered the following error during init:
Error: Fail because of runtime error: there is no package called 'GISTools'

Yo pensé que rdocumentation podía correr cualquier función de cualquier
paquete.

2. Cuando intento utilizar rdocumentation desde RStudio

library(rdocumentation)

El panel de Help no se despliega correctamente

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[R-es] Problemas con RStudio Notebook

[Manuel Spínola]

Hola,

Estoy usando Notebook, la nueva capacidad que tiene RStudio en la versión
preview.   No se si alguien tiene alguna experiencia con ella.

El problema es que cuando trato de utilizarla en versión expandida, es
decir, cuando acciono "Show in new window", no me corre el script.

Agradecería alguna orientación para solucionar el problema.

Manuel

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Re: [R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Carlos.

Si incluí una versión en inglés de mi pregunta en Stackoverflow.  Veamos
que responden.

Manuel

El 30 de agosto de 2016, 2:25, Carlos Ortega 
escribió:

> Hola,
>
> Obtengo el mismo resultado que tú.
> En las ayudas no da ninguna indicación de que esa sea la forma, pero si te
> funciona...
>
> Yo lo reportaría: https://github.com/yihui/knitr/issues
>
> Ya he visto que has incluido la pregunta en stackoverflow.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 30 de agosto de 2016, 2:54, Manuel Spínola 
> escribió:
>
>> Muchas gracias Carlos.
>>
>> Tengo las mismas versiones pero no logro separar los chunks cuando uso
>> #+, pero si lo logro cuando uso #".  Mi script es spin("prueba.R", knit =
>> FALSE) y si me hace un Rmd.
>>
>> #+
>> a = c(1,2,3)
>> #+
>> mean(a)
>>
>> Ejecuto,
>>
>> > spin("prueba.R", knit = FALSE)
>>
>> y obtengo un prueba.Rmd
>>
>> ```{r }
>> a = c(1,2,3)
>> ```{r }
>> mean(a)
>> ```
>>
>> Pero si escribo:
>>
>> #'
>> a = c(1,2,3)
>> #'
>> mean(a)
>>
>> Ejecucto,
>>
>> > spin("prueba.R", knit = FALSE)
>>
>> Obtengo,
>>
>> ```{r }
>> a = c(1,2,3)
>> ```
>>
>>
>> ```{r }
>> mean(a)
>> ```
>>
>>
>> El 29 de agosto de 2016, 17:45, Carlos Ortega 
>> escribió:
>>
>>> Hola,
>>>
>>> A mí me quedan separadas (en el .md), junto con los resultados.
>>> A mi *no* me genera un ".Rmd" si no un ".md", además de un ".html".
>>>
>>> En tu caso, tampoco parece que se generen los resultados de cada chunk,
>>> ¿es así?...
>>>
>>> Incluyo también las dos líneas que te comentaba que había incluido de tu
>>> ejemplo, que también aparecen separadas:
>>>
>>>
>>> And you can also write two chunks successively like this:
>>>
>>>
>>> ```r
>>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>>> ```
>>>
>>> ```
>>> ## [1] 2.818373
>>> ```
>>>
>>> ```r
>>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>> ```
>>>
>>> ```
>>> ## [1] 2.631026
>>> ```
>>>
>>> ```r
>>> data(cars)
>>> ```
>>>
>>> ```r
>>> cars
>>> ```
>>>
>>> ```
>>> ##speed dist
>>> ## 1  42
>>> ## 2  4   10
>>> ## 3  74
>>> ## 4
>>>
>>>
>>> No sé si entonces tiene que ver con la versión de "R" o la versión de
>>> rmarkdown.
>>> Yo tengo la versión
>>>
>>> > version
>>>_
>>> platform   x86_64-apple-darwin13.4.0
>>> arch   x86_64
>>> os darwin13.4.0
>>> system x86_64, darwin13.4.0
>>> status
>>> major  3
>>> minor  3.1
>>> year   2016
>>> month  06
>>> day21
>>> svn rev70800
>>> language   R
>>> version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
>>> nickname   Bug in Your Hair
>>>
>>>
>>> Y para rmarkdown tengo la versión 1.0.
>>>
>>> Saludos,
>>> Carlos Ortega
>>> www.qualityexcellence.es
>>>
>>>
>>>
>>> El 29 de agosto de 2016, 14:58, Manuel Spínola 
>>> escribió:
>>>
>>>> Muchas gracias Carlos.
>>>>
>>>> Tengo la versión de knitr 1.14
>>>>
>>>> Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks
>>>> diferentes.  Parece que para separar chunks se debe incluir #'
>>>>
>>>> Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo:
>>>>
>>>> #+ test-chisq5
>>>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>>>> #+ test-chisq4
>>>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>>>
>>>> Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk):
>>>>
>>>> ```{r test-chisq5}
>>>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>>>> ```{r test-chisq4}
>>>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>>> ```
>>>> Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks
>>>> independientes):
>&g

Re: [R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Carlos.

Tengo las mismas versiones pero no logro separar los chunks cuando uso #+,
pero si lo logro cuando uso #".  Mi script es spin("prueba.R", knit =
FALSE) y si me hace un Rmd.

#+
a = c(1,2,3)
#+
mean(a)

Ejecuto,

> spin("prueba.R", knit = FALSE)

y obtengo un prueba.Rmd

```{r }
a = c(1,2,3)
```{r }
mean(a)
```

Pero si escribo:

#'
a = c(1,2,3)
#'
mean(a)

Ejecucto,

> spin("prueba.R", knit = FALSE)

Obtengo,

```{r }
a = c(1,2,3)
```


```{r }
mean(a)
```


El 29 de agosto de 2016, 17:45, Carlos Ortega 
escribió:

> Hola,
>
> A mí me quedan separadas (en el .md), junto con los resultados.
> A mi *no* me genera un ".Rmd" si no un ".md", además de un ".html".
>
> En tu caso, tampoco parece que se generen los resultados de cada chunk,
> ¿es así?...
>
> Incluyo también las dos líneas que te comentaba que había incluido de tu
> ejemplo, que también aparecen separadas:
>
>
> And you can also write two chunks successively like this:
>
>
> ```r
> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
> ```
>
> ```
> ## [1] 2.818373
> ```
>
> ```r
> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
> ```
>
> ```
> ## [1] 2.631026
> ```
>
> ```r
> data(cars)
> ```
>
> ```r
> cars
> ```
>
> ```
> ##speed dist
> ## 1  42
> ## 2  4   10
> ## 3  74
> ## 4
>
>
> No sé si entonces tiene que ver con la versión de "R" o la versión de
> rmarkdown.
> Yo tengo la versión
>
> > version
>_
> platform   x86_64-apple-darwin13.4.0
> arch   x86_64
> os darwin13.4.0
> system x86_64, darwin13.4.0
> status
> major  3
> minor  3.1
> year   2016
> month  06
> day        21
> svn rev70800
> language   R
> version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
> nickname   Bug in Your Hair
>
>
> Y para rmarkdown tengo la versión 1.0.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
>
> El 29 de agosto de 2016, 14:58, Manuel Spínola 
> escribió:
>
>> Muchas gracias Carlos.
>>
>> Tengo la versión de knitr 1.14
>>
>> Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks
>> diferentes.  Parece que para separar chunks se debe incluir #'
>>
>> Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo:
>>
>> #+ test-chisq5
>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>> #+ test-chisq4
>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>
>> Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk):
>>
>> ```{r test-chisq5}
>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>> ```{r test-chisq4}
>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>> ```
>> Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks
>> independientes):
>>
>> ```{r test-chisq5}
>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>> ```
>>
>> ```{r test-chisq4}
>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>> ```
>>
>> El 29 de agosto de 2016, 3:42, Carlos Ortega 
>> escribió:
>>
>>> Hola,
>>>
>>> ¿Qué versión estás usando de knitr?.
>>>
>>>
>>> He probado spin() sobre este script:
>>> https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R
>>>
>>> Y ha funcionado perfectamente.
>>>
>>> En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y "cars" y tanto en
>>> el html y como en el .md los chunks salen separados
>>>
>>> La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14.
>>>
>>> Saludos,
>>> Carlos Ortega
>>> www.qualityexcellence.es
>>>
>>>
>>>
>>> El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola 
>>> escribió:
>>>
>>>> Estimados miembros de la lista,
>>>>
>>>> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo
>>>> entender
>>>> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el
>>>> inicio de
>>>> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk.
>>>> En
>>>> el ejemplo abajo
>>>>
>>>> #+
>>>> data(cars)
>>>>
>>>> #+
>>>> cars
>>>>
>>>> No los separa como 2 chunks diferentes
>>>>
>>>> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
>>>> -
>&

Re: [R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Carlos.

Tengo la versión de knitr 1.14

Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks
diferentes.  Parece que para separar chunks se debe incluir #'

Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo:

#+ test-chisq5
sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
#+ test-chisq4
sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now

Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk):

```{r test-chisq5}
sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
```{r test-chisq4}
sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
```
Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks
independientes):

```{r test-chisq5}
sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
```

```{r test-chisq4}
sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
```

El 29 de agosto de 2016, 3:42, Carlos Ortega 
escribió:

> Hola,
>
> ¿Qué versión estás usando de knitr?.
>
>
> He probado spin() sobre este script:
> https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R
>
> Y ha funcionado perfectamente.
>
> En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y "cars" y tanto en el
> html y como en el .md los chunks salen separados
>
> La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
>
> El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola 
> escribió:
>
>> Estimados miembros de la lista,
>>
>> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo entender
>> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el inicio
>> de
>> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk.  En
>> el ejemplo abajo
>>
>> #+
>> data(cars)
>>
>> #+
>> cars
>>
>> No los separa como 2 chunks diferentes
>>
>> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
>> -
>>
>> #' Traer datos
>>
>> #+
>> data(cars)
>>
>> #+
>> cars
>>
>> #' Gráfico
>>
>> #+
>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>
>> --
>>
>> El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,
>>
>> Traer datos
>>
>> ```{r }
>> data(cars)
>>
>> ```{r }
>> cars
>> ```
>>
>> Gráfico
>>
>> ```{r }
>> plot(cars$speed, cars$dist)
>> ```
>>
>> Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2 chunks
>> diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.
>>
>>
>>
>> --
>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>> Universidad Nacional
>> Apartado 1350-3000
>> Heredia
>> COSTA RICA
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[R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr

[Manuel Spínola]

Estimados miembros de la lista,

Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo entender
por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el inicio de
un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk.  En
el ejemplo abajo

#+
data(cars)

#+
cars

No los separa como 2 chunks diferentes

Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
-

#' Traer datos

#+
data(cars)

#+
cars

#' Gráfico

#+
plot(cars$speed, cars$dist)

--

El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,

Traer datos

```{r }
data(cars)

```{r }
cars
```

Gráfico

```{r }
plot(cars$speed, cars$dist)
```

Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2 chunks
diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.



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Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Pedro.

Entiendo.  Pero tengo otro caso en el que la diferencia es estadísticamente
significativa, pero como son 5 grupos como podría ver cuales grupos son los
diferentes con survdiff. Por otro lado,  no quiero ver significancia
estadística sino  que prefiero evaluar tamaño del efecto no estandarizado.

Además, survdiff da muchos intervalos de confianza.  Cuáles son los que se
está comparando?

Por ejemplo: para un grupo hay 6 intervalos de confianza:

tratamiento=saran
 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
   60 18   20.889  0.0741   0.75491.000
  131 16   10.833  0.0878   0.67781.000
  192 15   20.722  0.1056   0.54230.962
  252 13   40.500  0.1179   0.31500.794
  303  9   30.333  0.   0.17340.641
  379  6   30.167  0.0878   0.05930.468


Manuel

El 11 de agosto de 2016, 9:45, Pedro Concejero Cerezo <
pedro.concejerocer...@telefonica.com> escribió:

> Hola, Manuel,
> No entiendo tu pregunta (la repito aqui para que sea mas explicito):
>
> hay alguna forma de comparar la probabilidad de
> supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
> chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
> las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
> supervivencia entre grupos al final del estudio.
>
>
> Con survdiff (log-rank test) *ya* estas haciendo la comparacion de
> supervivencias entre los grupos, y el resultado es que no hay diferencias
> significativas.
> Esto se ve tambien en el solapamiento entre los intervalos de confianza
> para los diferentes grupos. Cuando dices que quieres comparar la
> probabilidad de supervivencia estas diciendo lo mismo que si quieres
> comparar las curvas de supervivencia. Estas curvas son una representacion
> de la probabilidad de supervivencia a lo largo del tiempo. Es lo mismo.
>
> Hay alternativas al log-rank test
> https://www.google.es/search?q=compare+survival+curves
>
> Pero quizas tienes que pensar cual es la pregunta a la que quieres
> responder antes de entrar en detalles mucho mas tecnicos.
>
> El 11/08/2016 a las 15:53, r-help-es-requ...@r-project.org escribió:
>
> [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R
>
>
>
> --
>
>
>
>
>
> *Pedro Concejero E-mail: pedro.concejerocer...@telefonica.com
>  skype: pedro.concejero twitter
> @ConcejeroPedro <https://twitter.com/ConcejeroPedro> linkedin
> pedroconcejero <http://www.linkedin.com/in/pedroconcejero/es> Entusiasta R,
> me encontraréis aquí gRupo R madRid
> <http://madrid.r-es.org/?s=concejero&searchsubmit.x=21&searchsubmit.y=13>*
>
> --
>
> Este mensaje y sus adjuntos se dirigen exclusivamente a su destinatario,
> puede contener información privilegiada o confidencial y es para uso
> exclusivo de la persona o entidad de destino. Si no es usted. el
> destinatario indicado, queda notificado de que la lectura, utilización,
> divulgación y/o copia sin autorización puede estar prohibida en virtud de
> la legislación vigente. Si ha recibido este mensaje por error, le rogamos
> que nos lo comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su
> destrucción.
>
> The information contained in this transmission is privileged and
> confidential information intended only for the use of the individual or
> entity named above. If the reader of this message is not the intended
> recipient, you are hereby notified that any dissemination, distribution or
> copying of this communication is strictly prohibited. If you have received
> this transmission in error, do not read it. Please immediately reply to the
> sender that you have received this communication in error and then delete
> it.
>
> Esta mensagem e seus anexos se dirigem exclusivamente ao seu destinatário,
> pode conter informação privilegiada ou confidencial e é para uso exclusivo
> da pessoa ou entidade de destino. Se não é vossa senhoria o destinatário
> indicado, fica notificado de que a leitura, utilização, divulgação e/ou
> cópia sem autorização pode estar proibida em virtude da legislação vigente.
> Se recebeu esta mensagem por erro, rogamos-lhe que nos o comunique
> imediatamente por esta mesma via e proceda a sua destruição
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Re: [R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Javier y Carlos.

multcomp es lo que estaba buscando.

Manuel

El 11 de agosto de 2016, 7:50, Carlos Ortega 
escribió:

> Hola,
>
> Puedes mirar esto:
>
> https://cloud.r-project.org/web/packages/multcomp/index.html
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 11 de agosto de 2016, 14:49, Manuel Spínola 
> escribió:
>
>> Estimados miembros de la lista,
>>
>> Estoy haciendo una análisis de supervivencia con R.  Adjunto mis datos.
>> Quiero analizar la supervivencia de 5 grupos diferentes y compararla. Para
>> ello estoy utilizando el paquete survival.
>>
>>
>> > s = Surv(c$tiempo, c$estado)
>> > f = survfit(s ~ tratamiento, data = c)
>> > d = survdiff(s ~ tratamiento, data = c)
>> > d
>> Call:
>> survdiff(formula = s ~ tratamiento, data = c)
>>
>> N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
>> tratamiento=h+s18   15 12.00.74991.1362
>> tratamiento=hojas  17   10 14.41.33652.1327
>> tratamiento=lombri 15   11 11.30.01040.0156
>> tratamiento=saran  18   15 13.90.08010.1254
>> tratamiento=sin30   23 22.30.02020.0369
>>
>>  Chisq= 2.8  on 4 degrees of freedom, p= 0.59
>>
>>
>> Mi pregunta es hay alguna forma de comparar la probabilidad de
>> supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
>> chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es
>> comparar
>> las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
>> supervivencia entre grupos al final del estudio.
>>
>> Por ejemplo, estas son las probabilidades de supervivencia de cada grupo
>> al
>> final de 379 dás.
>>
>> Grupo 1: 0.167  95% CI: 0.0593 - 0.468
>> Grupo 2: 0
>> Grupo 3: 0.267 95% CI:  0.115 - 0.617
>> Grupo 4: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468
>> Grupo 5: 0.233 95%CI: 0.122 - 0.446
>>
>> Como comparar esas probabilidades de supervivencia?
>>
>> Muchas gracias,
>>
>> Manuel
>>
>>
>>
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[R-es] Comparación de probabilidades de supervivencia en R

[Manuel Spínola]

Estimados miembros de la lista,

Estoy haciendo una análisis de supervivencia con R.  Adjunto mis datos.
Quiero analizar la supervivencia de 5 grupos diferentes y compararla. Para
ello estoy utilizando el paquete survival.


> s = Surv(c$tiempo, c$estado)
> f = survfit(s ~ tratamiento, data = c)
> d = survdiff(s ~ tratamiento, data = c)
> d
Call:
survdiff(formula = s ~ tratamiento, data = c)

N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
tratamiento=h+s18   15 12.00.74991.1362
tratamiento=hojas  17   10 14.41.33652.1327
tratamiento=lombri 15   11 11.30.01040.0156
tratamiento=saran  18   15 13.90.08010.1254
tratamiento=sin30   23 22.30.02020.0369

 Chisq= 2.8  on 4 degrees of freedom, p= 0.59


Mi pregunta es hay alguna forma de comparar la probabilidad de
supervivencias (en este caso anual) entre grupos sin utilizar un
chi-cuadrado y un valor de P. Entiendo que lo que hace survdiff es comparar
las curvas de supervivencia, pero yo quiero comparar la probabilidad de
supervivencia entre grupos al final del estudio.

Por ejemplo, estas son las probabilidades de supervivencia de cada grupo al
final de 379 dás.

Grupo 1: 0.167  95% CI: 0.0593 - 0.468
Grupo 2: 0
Grupo 3: 0.267 95% CI:  0.115 - 0.617
Grupo 4: 0.167 95% CI: 0.0593 - 0.468
Grupo 5: 0.233 95%CI: 0.122 - 0.446

Como comparar esas probabilidades de supervivencia?

Muchas gracias,

Manuel



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Re: [R-es] Exportar datos en formato de Excel

[Manuel Spínola]

Hola,

Yo estoy usando la librería rio y la función export es muy práctica.

Manuel Spínola

El 26 de julio de 2016, 8:39, Mauricio Monsalvo 
escribió:

> Hola.
> En mi caso, no he podido resolver los problemas con el Java para usar
> XLConnect, que en los papeles me parece el mejor. Supongo que algo de la
> arquitectura del sistema o bien de la relación entre el Java, el R y el
> RStudio.
> Así que utilizo
> library(openxlsx)
> write.xlsx(datos, file = "EDA1.xlsx") #donde datos es el objeto que quiero
> guardar.
> Requiere instalar el RTools, según tipo y arquitectura del sistema
> operativo que utilices para que camine (para Win:
> https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/). Es importante que RTools
> se instale en el path que pone por defecto (ni idea por qué, pero me pasó
> que lo instalé en otro Dir y nunca anduvo). También es posible que debas
> ejecutar este comando en la consola:
> Sys.setenv(R_ZIPCMD= "C:/Rtools/bin/zip") #Por el RTools
> Saludos.
>
>
> El 26 de julio de 2016, 8:49, Javier Martínez-López <
> javi.martinez.lo...@gmail.com> escribió:
>
> > que raro... se te ha instalado bien la librería? tiene pinta de un
> problema
> > de JAVA pero no sé cuál...
> >
> > 2016-07-26 13:46 GMT+02:00 Alexa Aristizabal <
> > alexa.aristizaba...@gmail.com>
> > :
> >
> > > Hola Javier, de antemano muchas gracias por tu ayuda! :)
> > >
> > > He intentado replicar tu script pero sale el siguiente error:
> > >
> > > Error in .jarray(v) :
> > >   Java Exception  failed>.jarray(v) > > object of class "jobjRef">
> > > > saveWorkbook(exc)
> > > Error in .jcheck() :
> > >   Java Exception  > > failed>.jcall("RJavaTools", "Z", "hasMethod", .jcast(x,
> > > "java/lang/Object"), name)
> > >
> > > El 26 de julio de 2016, 13:25, Javier Martínez-López <
> > > javier.marti...@bc3research.org> escribió:
> > >
> > >> Yo utilizo este script, done 'DataFrame' es el df que quieres guardar:
> > >>
> > >> library(XLConnect)
> > >>
> > >> fileXls <- "newFile.xlsx"
> > >> unlink(fileXls, recursive = FALSE, force = FALSE)
> > >> exc <- loadWorkbook(fileXls, create = TRUE)
> > >> createSheet(exc,'Data')
> > >> saveWorkbook(exc)
> > >> writeWorksheet(exc, DataFrame, sheet = "Data", startRow = 1, startCol
> =
> > 1)
> > >> saveWorkbook(exc)
> > >>
> > >> Saludos,
> > >>
> > >> Javier
> > >>
> > >> 2016-07-26 12:52 GMT+02:00 Isidro Hidalgo Arellano  >:
> > >>
> > >>> Te recomiendo el paquete "openxlsx". Verás que es muy sencillo de
> > >>> utilizar.
> > >>> En la página "
> > >>> https://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/index.html";
> > >>> tienes las vignettes, los ejemplos son instantáneos:
> > >>>
> > >>>
> >
> https://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/vignettes/Introduction.pdf
> > >>> Un saludo
> > >>>
> > >>> Isidro Hidalgo Arellano
> > >>> Observatorio del Mercado de Trabajo
> > >>> Consejería de Economía, Empresas y Empleo
> > >>> http://www.castillalamancha.es/
> > >>>
> > >>>
> > >>>
> > >>> -Mensaje original-
> > >>> De: R-help-es [mailto:r-help-es-boun...@r-project.org] En nombre de
> > >>> Alexa
> > >>> Aristizabal
> > >>> Enviado el: martes, 26 de julio de 2016 12:22
> > >>> Para: r-help-es@r-project.org
> > >>> Asunto: [R-es] Exportar datos en formato de Excel
> > >>>
> > >>> Buenos días a todos!
> > >>>
> > >>> Estoy trabajando con una base de datos que directamente he descargado
> > de
> > >>> internet y después de prepararla un poco necesito exportarla a Excel
> he
> > >>> intentando con las dos opciones que mencionaré al final pero ninguna
> > >>> funciona, de qué otra manera puedo exportar esos datos a Excel...
> > muchas
> > >>> gracias por su ayuda y pronta respuesta!
> > >>>
> > >>> 1)
> > >>>
> > >>> library(xlsx)
> > >>> library(rJava)
> > >>> library(xlsxjars)
> > >&g

Re: [R-es] un solo un favor

[Manuel Spínola]

Hola Mauricio,

No entiendo 2 cosas en tu código:

1. Por qué proyectas el mismo objeto:

> study_area_UTM <- spTransform(study_area, CRS("+proj=utm +zone=19
+datum=WGS84"))

> study_area_UTM <- spTransform(study_area_UTM, CRS(
+ paste("+x_0=-200.0 +y_0=-50.0 +ellps=GRS80 +units=us-ft
+no_defs")))

2. Por qué usas "paste" (creo que no deberías usarlo).

Manuel Spínola

El 20 de julio de 2016, 10:43, Mauricio Mardones Inostroza <
mauricio.mardo...@ifop.cl> escribió:

> Hola a todos
> Esta es mi primera pregunta en el grupo, y es sencilla pero me tiene
> atascado. Estoy tratando de cortar mi mapa de (poner limites en UTM)  en un
> lugar definido como mi area de estudio (en este caso el sur de chile). Pero
> creo no estar usando bien la función CRS ponendo bien los limites
> requeridos.
>
>
> > study_area <- readRDS("CHL_adm0.rds")
> > study_area_UTM <- spTransform(study_area, CRS("+proj=utm +zone=19
> +datum=WGS84"))
> > study_area_UTM <- spTransform(study_area_UTM, CRS(
> + paste("+x_0=-200.0 +y_0=-50.0 +ellps=GRS80 +units=us-ft
> +no_defs")))
> Error in spTransform(study_area_UTM, CRS(paste("+x_0=-200.0
> +y_0=-50.0 +ellps=GRS80 +units=us-ft +no_defs"))) :
>   error in evaluating the argument 'CRSobj' in selecting a method for
> function 'spTransform': Error in CRS(paste("+x_0=-200.0 +y_0=-50.0
> +ellps=GRS80 +units=us-ft +no_defs")) :
>   projection not named
>
>
>
> Espero me puedan ayudar.
>
> Saludos
> --
>
> *Mauricio Mardones Inostroza*
>
> Investigador Departamento Evaluación de Recursos
> Instituto de Fomento Pesquero - IFOP
> Valparaíso - Chile
> +56-32-21514 42
>
> www.ifop.cl
>
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Re: [R-es] consulta graficas para GLM

[Manuel Spínola]

O puedes usar el paquete visreg.

Manuel

El 6 de agosto de 2015, 3:55, Jose Luis Cañadas Reche <
canadasre...@gmail.com> escribió:

> Supongo que si quieres hacer el gráfico 1, puedes hacer esto.
>
> efectos <- Effect(c("Presa", "Exposición1"), glm6 )
>
> plot(efectos)
>
>
> El 06/08/15 a las 09:09, Luis Fernando García escribió:
> > Estimados amigos y expertos del R,
> >
> > Les escribo para hacerles una pregunta que parece un poco sencilla
> > pero me ha costado mucho. Estoy tratando de graficar los datos
> > correspondientes a tasas de consumo de algunos organismos cuando están
> > expuestos o no expuestos a un químico sobre tres tipos de presa. Por
> > definición, debía ajustar los datos a un glm con distribución gama.
> >
> > Las gráficas pueden ser 1) dos gráficos correspondientes a expuesto o
> > no expuesto ( representado con 0 y 1)  y cada uno con tres líneas
> > (correspondientes a tres presas) o 2) realizar tres gráficos
> > (correspondientes a cada tipo de presa), con dos líneas (expuesto vs
> > no expuesto).  Las líneas deberían ser generadas empleando la función
> > predict.
> >
> > Para graficar estaba pensando dividir los datos con subset y ajustar
> > un modelo para poder graficar cada línea pero no se si sea válido.  La
> > otra opción es graficar los datos como les mencioné anteriormente a
> > partir del primer modelo, pero no he encontrado nada de información al
> > respecto. Si alguno pudiera proveerme alguna colaboración o sabe donde
> > puedo encontrar información sobre como hacer este tipo de gráfico
> > estaría muy agradecido.
> >
> > Saludos!
> >
> >
> > PS: Adjunto el set de datos porque es muy largo
> >
> >
> >
> > #Este es el script
> >
> > todoslosdatos = read.table("TODOS POLIOSTOMA.txt", header=T)
> >
> > Exposición1=factor(todoslosdatos$Exposición)
> >
> > str(todoslosdatos)
> >
> > attach(todoslosdatos)
> >
> > names(todoslosdatos)
> >
> > glm6=glm(Consumo1 ~ I(1/Densidad) +Exposición1 + Presa, family = Gamma)
> >
> > summary(glm6)
> >
> > par(mfrow=c(2,2))
> >
> > plot(glm6)
> >
> > anova(glm6,test="Chisq")
> >
> > summary(glm6)
> >
> > library(multcomp)
> >
> > compexp <- glht(glm6, mcp(Exposición1 = "Tukey", covariate_average =
> > TRUE))
> >
> > summary(compexp)
> >
> > plot(Densidad,Consumo1,type="n")
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> > ___
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>
>
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Re: [R-es] FW: Error seleccionando modelos por el AIC

[Manuel Spínola]

Hola Javier,

La función AICctab del paquete bbmle (Ben Bolker) creo que si funciona para
modelos lmer.

Saludos,

Manuel

El 30 de enero de 2015, 3:36, javier bueno enciso 
escribió:

>
>
> Hola Jorge
> Sí, lo que quiero hacer es una tabla en la que de cada modelo posible
> obtenga el AICc, el incremento de AICc  y el AICc weight. Sé que dichos
> valores te los da la función aictab() y además te ordena los modelos, pero
> si con lmer dicha función no funciona, quizás la idea que me sugieres de
> usar str(objetolmer) es la más práctica. ¿Pero me podrías explicar mejor de
> que se trata, quizás con un ejemplo sencillo?
> Muchas gracias.
>
> From: jorgeivanve...@gmail.com
> Date: Fri, 30 Jan 2015 10:30:33 +1100
> Subject: Re: [R-es] Error seleccionando modelos por el AIC
> To: jbuenoenc...@hotmail.com
> CC: r-help-es@r-project.org
>
> Hola Javier,
> La ayuda de ?aictabe establece que la implementacion del AIC no funciona
> para objetos de clase "lmer" (a la que pertenecen los modelos ajustados).
> De ahi el error.
> La idea es simplemente comparar los modelos basados en el AIC?  O tienes
> pensado algo mas?  Si es lo primero, los objetos lmer contienen el AIC --
> es solo cuestion de usar str(objetolmer), ubicar la entrada correspondiente
> y  extraerla.   Si es lo segundo, ahi tendrias tu que ayudarnos con un poco
> mas de informacion.
> Saludos cordiales, Jorge.-
>
>
> On Fri, Jan 30, 2015 at 6:37 AM, javier bueno enciso <
> jbuenoenc...@hotmail.com> wrote:
> Hola, os escribo por un error que me sale al tratar de hacer una tabla de
> selección de modelos según AIC, con la función aictab() del paquete
> AICcmodavg.
>
> Os copio aquí el script que utilizo:
>
>
>
> m1<- lmer(ldate~A+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m2<-lmer(ldate~B+(1|zona/area),  data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m3<-lmer(ldate~A*B+(1|zona/area),data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m4<-lmer(ldate~A+B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m5<-lmer(ldate~A+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m6<-lmer(ldate~B+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m7<-lmer(ldate~A+B+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
>
>
> ## library("AICcmodavg", lib.loc="~/R/win-library/3.1")
>
> modList <- list(glm1, glm2, glm3, glm4, glm5, glm6, glm7)
>
> Modnames<- c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7")
>
>
>
> aictab(cand.set= modList, modnames= Modnames)
>
>
>
> El error es el siguiente:
>
> Error in aictab.default(cand.set = modList, modnames = ModNames) :
>
> Function not yet defined for this object classHe buscado por internet pero
> no consigo solucionarlo, cualquier ayuda sería de gran utilidad.
>
>
>
> Muchas gracias.
>
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
>
>
>
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Re: [R-es] Como controlar la altura de "colorkey" en levelplot de RatserVis

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Oscar. Funcionó!

No se como abrir un issue, pero lo voy a intentar.


Manuel


El 10 de junio de 2014, 11:53, Oscar Perpiñan 
escribió:

> Hola,
>
> > Estoy utilizando la función levelplot del paquete rasterVis para graficar
> > un raster y quiero controlar la altura de la referencia de color
> (colorkey)
> > del mapa, pero cuando cambio valores en el argumento "height" no parece
> > provocar cambios.  Alguna idea de por qué no está funcionando?
>
> Estás utilizando un Raster* con datos categóricos. Para este tipo la
> función levelplot construye una leyenda con una altura fijada a partir
> del número de categorías. La forma en la que lo he codificado impide
> que el usuario pueda modificar el valor de "height". Lo corregiré (te
> agradecería, si te es sencillo, que abrieras una "issue" en el
> repositorio github: https://github.com/oscarperpinan/rastervis/issues
>
> Mientras lo corrijo puedes modificar la leyenda a posteriori:
>
> p <- levelplot(r)
> p$legend$right$args$key$height <- 1
> p
>
> Saludos.
>
> Oscar.
>



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[R-es] Como controlar la altura de "colorkey" en levelplot de RatserVis

[Manuel Spínola]

Hola miembros de la lista,

Estoy utilizando la función levelplot del paquete rasterVis para graficar
un raster y quiero controlar la altura de la referencia de color (colorkey)
del mapa, pero cuando cambio valores en el argumento "height" no parece
provocar cambios.  Alguna idea de por qué no está funcionando?

> cobertura
class   : RasterLayer
dimensions  : 780, 1296, 1010880  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 30, 30  (x, y)
extent  : 530156.6, 569036.6, 1092167, 1115567  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=tmerc +lat_0=0 +lon_0=-84 +k=0. +x_0=50 +y_0=0
+datum=WGS84 +units=m +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0
data source :
C:\Users\Manuel\Documents\Documentos_personales\Proyectos_en_R\Panthera\cobertura.tif
names   : cobertura
values  : 1, 11  (min, max)
attributes  :
   ID  cobertura
 from:  1 Bosque
 to  : 11 Vegetación anegada


levelplot(cobertura, margin = F, colorkey=list(space="right", height =
.75), col.regions = terrain.colors(11))

Saludos,

Manuel

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Re: [R-es] Discrepancia entre Ord_plot y distplot del paquete vcd

[Manuel Spínola]

Muchas gracias Rubén.

Manuel


El 2 de junio de 2014, 3:22, rubenfcasal  escribió:

>  Hola Manuel,
>
> No sé los detalles de esas funciones para estudiar la bondad del
> ajuste de distribuciones pero lo que comentas es perfectamente normal.
> Tienes una muestra bastante pequeña y muchas distribuciones pueden
> ajustarse bien a esos datos, p.e. las aceptarías como hipótesis nula en un
> contraste.
>  Por tanto puede ocurrir que con distintos criterios (gráficos o
> numéricos) aparentemente distintas distribuciones se ajusten mejor a los
> datos. Tienes que tener claro lo que estas haciendo por ejemplo al hacer un
> determinado contraste de hipótesis (y conocer las limitaciones de los
> distintos métodos).
> Si quieres emplear métodos estándar puedes probar la función fitdistr
> del paquete MASS o el paquete fitdistrplus.
>
> Un saludo,
> Rubén Fernández Casal.
>
> El 29/05/2014 20:06, Manuel Spínola escribió:
>
> Estimados miembros de la lista.
>
> Estoy usando 2 funciones del paquete vcd y obtengo resultados que parecen
> discrepar entre ambas funciones.
>
>
>  dput(peces)
>
>  c(26L, 63L, 1L, 21L, 20L, 50L, 0L, 104L, 19L, 0L, 8L, 32L, 0L,
> 24L, 5L, 2L, 0L, 36L, 0L, 5L, 27L, 1L, 13L, 24L, 15L, 25L, 23L,
> 5L, 37L, 26L, 29L, 14L, 15L)
>
> La función Ord_plot me dice que la mejor distribución para los datos es
> binomial negativa.
>
> Ord_plot(peces)
>
> La función distplot parece indicar que la mejor distribución es poisson
>
> distplot(peces, type = "nbinomial")
>
> distplot(peces, type = "poisson")
>
> Pero no entiendo porque la discrepancia.
>
> Muchas gracias,
>
> Manuel
>
>
>
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[R-es] Discrepancia entre Ord_plot y distplot del paquete vcd

[Manuel Spínola]

Estimados miembros de la lista.

Estoy usando 2 funciones del paquete vcd y obtengo resultados que parecen
discrepar entre ambas funciones.

> dput(peces)
c(26L, 63L, 1L, 21L, 20L, 50L, 0L, 104L, 19L, 0L, 8L, 32L, 0L,
24L, 5L, 2L, 0L, 36L, 0L, 5L, 27L, 1L, 13L, 24L, 15L, 25L, 23L,
5L, 37L, 26L, 29L, 14L, 15L)

La función Ord_plot me dice que la mejor distribución para los datos es
binomial negativa.

Ord_plot(peces)

La función distplot parece indicar que la mejor distribución es poisson

distplot(peces, type = "nbinomial")

distplot(peces, type = "poisson")

Pero no entiendo porque la discrepancia.

Muchas gracias,

Manuel

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