Re: [ccp4bb] Add secondary structure definition into an alphafold PDB

2022-04-07 Thread Robbie Joosten
Dear Ines,

The latest version of DSSP (https://github.com/PDB-REDO/dssp) also annotates 
the coordinate file in pdb or mmCIF. Note that mmCIF is preferred as you can do 
a more complete annotation. The latest version of mkdssp will be in CCP4 
version 8.

Cheers,
Robie

> -Original Message-
> From: CCP4 bulletin board  On Behalf Of
> Munoz.Ines
> Sent: Thursday, April 7, 2022 10:36
> To: CCP4BB@JISCMAIL.AC.UK
> Subject: Re: [ccp4bb] Add secondary structure definition into an alphafold PDB
> 
> Harry, you are right! It was the first program that I used but as long as I 
> have
> seen it gives you the info regarding the amino acids that form those areas but
> then you have to include this info into your pdb manually.
> Best
> Inés
> 
> 
> > El 7 abr 2022, a las 10:29, Harry Powell - CCP4BB <193323b1e616-
> dmarc-requ...@jiscmail.ac.uk> escribió:
> >
> > CAUTION: This email originated from outside of the organization. Do not 
> > click
> links or open attachments unless you recognize the sender and know the
> content is safe
> >
> >
> >
> > Hi Ines
> >
> > DSSP? (In ccp4 as “mkdssp” in $CBIN)? Should work with any (valid??) PDB
> file
> >
> > “Oldie but goodie”...
> >
> > Harry
> >
> >> On 7 Apr 2022, at 09:24, Munoz.Ines  wrote:
> >>
> >> Dear all,
> >>
> >> Is there any program or server that automatically assign the secondary
> structure elements into a pdb generated by alpha fold?
> >>
> >> Many thanks
> >> Inés
> >>
> >>
> >>
> >>
> >> Inés G. Muñoz
> >> Head of Crystallography and Protein Engineering Unit
> >> Spanish National Cancer Research Centre, CNIO
> >>
> >> imu...@cnio.es
> >> Phone +34 91 732 8000 (ext. 3020)
> >>
> >> Melchor Fernández Almagro, 3
> >> 28029 Madrid, Spain
> >> www.cnio.es
> >>
> >>
> >> 
> >>
> >>
> >>
> >>
> >>
> >>
> >> Fb Amigos del CNIO |  Tw @CNIOStopCancer |  Youtube canalcnio
> >>
> >>
> >>
> >> **ADVERTENCIA LEGAL**: Este correo electrónico, y en su caso los ficheros
> adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su
> destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro tipo 
> de
> transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario. Si usted
> recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y borrar el
> mensaje recibido.
> >> De conformidad con lo dispuesto en el Reglamento (UE) 2016/679 relativo a
> la protección de los datos personales de las personas físicas, la información
> personal que nos pueda facilitar a través de este correo electrónico quedará
> registrada por la Fundación CNIO con la finalidad de tramitar el objeto del
> presente correo electrónico. El tratamiento de sus datos personales se
> encuentra legitimado por ser necesario para gestionar el objeto del presente
> mensaje. Estos datos personales no serán comunicados a ningún destinatario
> salvo a aquellos que usted nos autorice o así venga exigido por una ley. Ud.
> podrá ejercer los derechos de acceso, rectificación, supresión, limitación de
> tratamiento, portabilidad y oposición en la siguiente dirección: c/Melchor
> Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). Podrá ponerse en contacto con el
> Delegado de Protección de Datos en: delegado_l...@cnio.es. Para el caso de
> que Ud. precise conocer información adicional sobre el tratamiento de sus
> datos personales, puede consultar dicha información adicional en el siguiente
> enlace dentro de nuestra página web:
> https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
> >>
> >> **LEGAL NOTICE**: This email and any attached files may contain protected
> information for the sole use of its intended recipient or addressee. Anyone
> other than the intended recipient or addressee is strictly prohibited from
> distributing, reproducing or transmitting the email and its contents in any 
> way.
> If you receive this email in error, please notify the sender and delete the
> message.
> >> Pursuant to the provisions of EU Regulation 2016/679 regarding the
> protection of personal data, any personal information you provide through this
> email will be registered by the CNIO Foundation in order to deal with content
> of this email. Your personal data must be processed in order to be able to 
> deal
> with the content and purpose of this message. Your personal details will not 
> be
> passed on to anyone else unless you authorise us to do so or we are required 
> to
> do so by la

Re: [ccp4bb] Add secondary structure definition into an alphafold PDB

2022-04-07 Thread Munoz.Ines
Thanks Paul, I´ll give it a try
Best
Inés

> El 7 abr 2022, a las 10:33, Paul Emsley  escribió:
>
> CAUTION: This email originated from outside of the organization. Do not click 
> links or open attachments unless you recognize the sender and know the 
> content is safe
>
>
>
> On 07/04/2022 09:24, Munoz.Ines wrote:
>> Dear all,
>>
>> Is there any program or server that automatically assign the secondary
>> structure elements into a pdb generated by alpha fold?
>>
>
> If you are using Coot, you can use
>
> Calculate -> Scripting -> Python
>
> add_header_secondary_structure_info(imol)
>
>



**ADVERTENCIA LEGAL**: Este correo electrónico, y en su caso los ficheros 
adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su 
destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro tipo de 
transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario. Si usted 
recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y borrar el 
mensaje recibido.
De conformidad con lo dispuesto en el Reglamento (UE) 2016/679 relativo a la 
protección de los datos personales de las personas físicas, la información 
personal que nos pueda facilitar a través de este correo electrónico quedará 
registrada por la Fundación CNIO con la finalidad de tramitar el objeto del 
presente correo electrónico. El tratamiento de sus datos personales se 
encuentra legitimado por ser necesario para gestionar el objeto del presente 
mensaje. Estos datos personales no serán comunicados a ningún destinatario 
salvo a aquellos que usted nos autorice o así venga exigido por una ley. Ud. 
podrá ejercer los derechos de acceso, rectificación, supresión, limitación de 
tratamiento, portabilidad y oposición en la siguiente dirección: c/Melchor 
Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). Podrá ponerse en contacto con el Delegado 
de Protección de Datos en: delegado_l...@cnio.es. Para el caso de que Ud. 
precise conocer información adicional sobre el tratamiento de sus datos 
personales, puede consultar dicha información adicional en el siguiente enlace 
dentro de nuestra página web: https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp

**LEGAL NOTICE**: This email and any attached files may contain protected 
information for the sole use of its intended recipient or addressee. Anyone 
other than the intended recipient or addressee is strictly prohibited from 
distributing, reproducing or transmitting the email and its contents in any 
way. If you receive this email in error, please notify the sender and delete 
the message.
Pursuant to the provisions of EU Regulation 2016/679 regarding the protection 
of personal data, any personal information you provide through this email will 
be registered by the CNIO Foundation in order to deal with content of this 
email. Your personal data must be processed in order to be able to deal with 
the content and purpose of this message. Your personal details will not be 
passed on to anyone else unless you authorise us to do so or we are required to 
do so by law. You may exercise your rights regarding access, rectification, 
suppression, limitation of processing, portability and opposition by writing to 
the following address: c/Melchor Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). You may 
contact the Data Protection Delegate (Delegado de Protección de Datos) at: 
delegado_l...@cnio.es. If you require further information about the processing 
of your personal data, go to the following link on our webpage: 
https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp



To unsubscribe from the CCP4BB list, click the following link:
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/WA-JISC.exe?SUBED1=CCP4BB=1

This message was issued to members of www.jiscmail.ac.uk/CCP4BB, a mailing list 
hosted by www.jiscmail.ac.uk, terms & conditions are available at 
https://www.jiscmail.ac.uk/policyandsecurity/


Re: [ccp4bb] Add secondary structure definition into an alphafold PDB

2022-04-07 Thread Munoz.Ines
Harry, you are right! It was the first program that I used but as long as I 
have seen it gives you the info regarding the amino acids that form those areas 
but then you have to include this info into your pdb manually.
Best
Inés


> El 7 abr 2022, a las 10:29, Harry Powell - CCP4BB 
> <193323b1e616-dmarc-requ...@jiscmail.ac.uk> escribió:
>
> CAUTION: This email originated from outside of the organization. Do not click 
> links or open attachments unless you recognize the sender and know the 
> content is safe
>
>
>
> Hi Ines
>
> DSSP? (In ccp4 as “mkdssp” in $CBIN)? Should work with any (valid??) PDB file
>
> “Oldie but goodie”...
>
> Harry
>
>> On 7 Apr 2022, at 09:24, Munoz.Ines  wrote:
>>
>> Dear all,
>>
>> Is there any program or server that automatically assign the secondary 
>> structure elements into a pdb generated by alpha fold?
>>
>> Many thanks
>> Inés
>>
>>
>>
>>
>> Inés G. Muñoz
>> Head of Crystallography and Protein Engineering Unit
>> Spanish National Cancer Research Centre, CNIO
>>
>> imu...@cnio.es
>> Phone +34 91 732 8000 (ext. 3020)
>>
>> Melchor Fernández Almagro, 3
>> 28029 Madrid, Spain
>> www.cnio.es
>>
>>
>> 
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> Fb Amigos del CNIO |  Tw @CNIOStopCancer |  Youtube canalcnio
>>
>>
>>
>> **ADVERTENCIA LEGAL**: Este correo electrónico, y en su caso los ficheros 
>> adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su 
>> destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro tipo 
>> de transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario. Si 
>> usted recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y 
>> borrar el mensaje recibido.
>> De conformidad con lo dispuesto en el Reglamento (UE) 2016/679 relativo a la 
>> protección de los datos personales de las personas físicas, la información 
>> personal que nos pueda facilitar a través de este correo electrónico quedará 
>> registrada por la Fundación CNIO con la finalidad de tramitar el objeto del 
>> presente correo electrónico. El tratamiento de sus datos personales se 
>> encuentra legitimado por ser necesario para gestionar el objeto del presente 
>> mensaje. Estos datos personales no serán comunicados a ningún destinatario 
>> salvo a aquellos que usted nos autorice o así venga exigido por una ley. Ud. 
>> podrá ejercer los derechos de acceso, rectificación, supresión, limitación 
>> de tratamiento, portabilidad y oposición en la siguiente dirección: 
>> c/Melchor Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). Podrá ponerse en contacto con 
>> el Delegado de Protección de Datos en: delegado_l...@cnio.es. Para el caso 
>> de que Ud. precise conocer información adicional sobre el tratamiento de sus 
>> datos personales, puede consultar dicha información adicional en el 
>> siguiente enlace dentro de nuestra página web: 
>> https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
>>
>> **LEGAL NOTICE**: This email and any attached files may contain protected 
>> information for the sole use of its intended recipient or addressee. Anyone 
>> other than the intended recipient or addressee is strictly prohibited from 
>> distributing, reproducing or transmitting the email and its contents in any 
>> way. If you receive this email in error, please notify the sender and delete 
>> the message.
>> Pursuant to the provisions of EU Regulation 2016/679 regarding the 
>> protection of personal data, any personal information you provide through 
>> this email will be registered by the CNIO Foundation in order to deal with 
>> content of this email. Your personal data must be processed in order to be 
>> able to deal with the content and purpose of this message. Your personal 
>> details will not be passed on to anyone else unless you authorise us to do 
>> so or we are required to do so by law. You may exercise your rights 
>> regarding access, rectification, suppression, limitation of processing, 
>> portability and opposition by writing to the following address: c/Melchor 
>> Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). You may contact the Data Protection 
>> Delegate (Delegado de Protección de Datos) at: delegado_l...@cnio.es. If you 
>> require further information about the processing of your personal data, go 
>> to the following link on our webpage: 
>> https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
>>
>> To unsubscribe from the CCP4BB list, click the following link:
>> https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/WA-JISC.exe?SUBED1=CCP4BB=1
>>
>
> 
>
> To unsubscribe from the CCP4BB list, click the following link:
> https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/WA-JISC.exe?SUBED1=CCP4BB=1
>
> This message was issued to members of www.jiscmail.ac.uk/CCP4BB, a mailing 
> list hosted by www.jiscmail.ac.uk, terms & conditions are available at 
> https://www.jiscmail.ac.uk/policyandsecurity/



**ADVERTENCIA LEGAL**: Este correo electrónico, y en su caso los ficheros 
adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo 

Re: [ccp4bb] Add secondary structure definition into an alphafold PDB

2022-04-07 Thread Paul Emsley

On 07/04/2022 09:24, Munoz.Ines wrote:

Dear all,

Is there any program or server that automatically assign the secondary 
structure elements into a pdb generated by alpha fold?




If you are using Coot, you can use

Calculate -> Scripting -> Python

add_header_secondary_structure_info(imol)



To unsubscribe from the CCP4BB list, click the following link:
https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/WA-JISC.exe?SUBED1=CCP4BB=1

This message was issued to members of www.jiscmail.ac.uk/CCP4BB, a mailing list 
hosted by www.jiscmail.ac.uk, terms & conditions are available at 
https://www.jiscmail.ac.uk/policyandsecurity/


Re: [ccp4bb] Add secondary structure definition into an alphafold PDB

2022-04-07 Thread Harry Powell - CCP4BB
Also, of course, you could get the up-to-date version from - 

https://swift.cmbi.umcn.nl/gv/dssp/

Harry

> On 7 Apr 2022, at 09:29, Harry Powell - CCP4BB  
> wrote:
> 
> Hi Ines
> 
> DSSP? (In ccp4 as “mkdssp” in $CBIN)? Should work with any (valid??) PDB file
> 
> “Oldie but goodie”...
> 
> Harry
> 
>> On 7 Apr 2022, at 09:24, Munoz.Ines  wrote:
>> 
>> Dear all,
>> 
>> Is there any program or server that automatically assign the secondary 
>> structure elements into a pdb generated by alpha fold?
>> 
>> Many thanks
>> Inés
>> 
>> 
>> 
>> 
>> Inés G. Muñoz 
>> Head of Crystallography and Protein Engineering Unit
>> Spanish National Cancer Research Centre, CNIO
>> 
>> imu...@cnio.es
>> Phone +34 91 732 8000 (ext. 3020)
>> 
>> Melchor Fernández Almagro, 3
>> 28029 Madrid, Spain
>> www.cnio.es
>> 
>> 
>> 
>> 
>> 
>> 
>> 
>> 
>> 
>> Fb Amigos del CNIO |  Tw @CNIOStopCancer |  Youtube canalcnio
>> 
>> 
>> 
>> **ADVERTENCIA LEGAL**: Este correo electrónico, y en su caso los ficheros 
>> adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su 
>> destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro tipo 
>> de transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario. Si 
>> usted recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y 
>> borrar el mensaje recibido.
>> De conformidad con lo dispuesto en el Reglamento (UE) 2016/679 relativo a la 
>> protección de los datos personales de las personas físicas, la información 
>> personal que nos pueda facilitar a través de este correo electrónico quedará 
>> registrada por la Fundación CNIO con la finalidad de tramitar el objeto del 
>> presente correo electrónico. El tratamiento de sus datos personales se 
>> encuentra legitimado por ser necesario para gestionar el objeto del presente 
>> mensaje. Estos datos personales no serán comunicados a ningún destinatario 
>> salvo a aquellos que usted nos autorice o así venga exigido por una ley. Ud. 
>> podrá ejercer los derechos de acceso, rectificación, supresión, limitación 
>> de tratamiento, portabilidad y oposición en la siguiente dirección: 
>> c/Melchor Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). Podrá ponerse en contacto con 
>> el Delegado de Protección de Datos en: delegado_l...@cnio.es. Para el caso 
>> de que Ud. precise conocer información adicional sobre el tratamiento de sus 
>> datos personales, puede consultar dicha información adicional en el 
>> siguiente enlace dentro de nuestra página web: 
>> https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp 
>> 
>> **LEGAL NOTICE**: This email and any attached files may contain protected 
>> information for the sole use of its intended recipient or addressee. Anyone 
>> other than the intended recipient or addressee is strictly prohibited from 
>> distributing, reproducing or transmitting the email and its contents in any 
>> way. If you receive this email in error, please notify the sender and delete 
>> the message.
>> Pursuant to the provisions of EU Regulation 2016/679 regarding the 
>> protection of personal data, any personal information you provide through 
>> this email will be registered by the CNIO Foundation in order to deal with 
>> content of this email. Your personal data must be processed in order to be 
>> able to deal with the content and purpose of this message. Your personal 
>> details will not be passed on to anyone else unless you authorise us to do 
>> so or we are required to do so by law. You may exercise your rights 
>> regarding access, rectification, suppression, limitation of processing, 
>> portability and opposition by writing to the following address: c/Melchor 
>> Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). You may contact the Data Protection 
>> Delegate (Delegado de Protección de Datos) at: delegado_l...@cnio.es. If you 
>> require further information about the processing of your personal data, go 
>> to the following link on our webpage: 
>> https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
>> 
>> To unsubscribe from the CCP4BB list, click the following link:
>> https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/WA-JISC.exe?SUBED1=CCP4BB=1
>> 
> 



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Re: [ccp4bb] Add secondary structure definition into an alphafold PDB

2022-04-07 Thread Harry Powell - CCP4BB
Hi Ines

DSSP? (In ccp4 as “mkdssp” in $CBIN)? Should work with any (valid??) PDB file

“Oldie but goodie”...

Harry

> On 7 Apr 2022, at 09:24, Munoz.Ines  wrote:
> 
> Dear all,
> 
> Is there any program or server that automatically assign the secondary 
> structure elements into a pdb generated by alpha fold?
> 
> Many thanks
> Inés
> 
> 
> 
> 
> Inés G. Muñoz 
> Head of Crystallography and Protein Engineering Unit
> Spanish National Cancer Research Centre, CNIO
> 
> imu...@cnio.es
> Phone +34 91 732 8000 (ext. 3020)
> 
> Melchor Fernández Almagro, 3
> 28029 Madrid, Spain
> www.cnio.es
> 
> 
> 
> 
> 
> 
> 
> 
> 
> Fb Amigos del CNIO |  Tw @CNIOStopCancer |  Youtube canalcnio
> 
> 
> 
> **ADVERTENCIA LEGAL**: Este correo electrónico, y en su caso los ficheros 
> adjuntos, pueden contener información protegida para el uso exclusivo de su 
> destinatario. Se prohíbe la distribución, reproducción o cualquier otro tipo 
> de transmisión por parte de otra persona que no sea el destinatario. Si usted 
> recibe por error este correo, se ruega comunicarlo al remitente y borrar el 
> mensaje recibido.
> De conformidad con lo dispuesto en el Reglamento (UE) 2016/679 relativo a la 
> protección de los datos personales de las personas físicas, la información 
> personal que nos pueda facilitar a través de este correo electrónico quedará 
> registrada por la Fundación CNIO con la finalidad de tramitar el objeto del 
> presente correo electrónico. El tratamiento de sus datos personales se 
> encuentra legitimado por ser necesario para gestionar el objeto del presente 
> mensaje. Estos datos personales no serán comunicados a ningún destinatario 
> salvo a aquellos que usted nos autorice o así venga exigido por una ley. Ud. 
> podrá ejercer los derechos de acceso, rectificación, supresión, limitación de 
> tratamiento, portabilidad y oposición en la siguiente dirección: c/Melchor 
> Fernandez Almagro 3, 28029 (Madrid). Podrá ponerse en contacto con el 
> Delegado de Protección de Datos en: delegado_l...@cnio.es. Para el caso de 
> que Ud. precise conocer información adicional sobre el tratamiento de sus 
> datos personales, puede consultar dicha información adicional en el siguiente 
> enlace dentro de nuestra página web: 
> https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp 
> 
> **LEGAL NOTICE**: This email and any attached files may contain protected 
> information for the sole use of its intended recipient or addressee. Anyone 
> other than the intended recipient or addressee is strictly prohibited from 
> distributing, reproducing or transmitting the email and its contents in any 
> way. If you receive this email in error, please notify the sender and delete 
> the message.
> Pursuant to the provisions of EU Regulation 2016/679 regarding the protection 
> of personal data, any personal information you provide through this email 
> will be registered by the CNIO Foundation in order to deal with content of 
> this email. Your personal data must be processed in order to be able to deal 
> with the content and purpose of this message. Your personal details will not 
> be passed on to anyone else unless you authorise us to do so or we are 
> required to do so by law. You may exercise your rights regarding access, 
> rectification, suppression, limitation of processing, portability and 
> opposition by writing to the following address: c/Melchor Fernandez Almagro 
> 3, 28029 (Madrid). You may contact the Data Protection Delegate (Delegado de 
> Protección de Datos) at: delegado_l...@cnio.es. If you require further 
> information about the processing of your personal data, go to the following 
> link on our webpage: https://www.cnio.es/es/privacidad/index.asp
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> https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/WA-JISC.exe?SUBED1=CCP4BB=1
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Inés




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