Re: [R-es] Identificar por coordenadas geográficas una calle de una ciudad

[rubenfcasal]

Hola a todos,

Yo tengo empleado herramientas de este tipo hace tiempo. Básicamente 
hacían consultas a google maps sobre direcciones y devolvían la 
posición. El número de consultas tenía restricciones y había que darse 
de alta en la api de google:

https://developers.google.com/maps/documentation/geocoding/start?csw=1

Buscando ahora esas herramientas me encontré con la función geocode de 
ggmap:

https://www.rdocumentation.org/packages/ggmap/versions/2.6.1/topics/geocode
https://www.jessesadler.com/post/geocoding-with-r
podrías comenzar por esta...

Como a mi gustan bastante las herramientas de OpenStreetMap (para cargar 
rutas en R, ...),
y para no depender de google, miré también ahora si había novedades 
sobre esto y encontré varias:

https://datascienceplus.com/osm-nominatim-with-r-getting-locations-geo-coordinates-by-its-address
https://rud.is/b/2015/07/29/introducing-the-nominatim-geocoding-package

Diego, ya nos dirás como hiciste finalmente...

Un saludo, Rubén.

El 15/05/2019 a las 13:16, Diego Martín escribió:

Saludos estimados compañeros:
¿Alguno de ustedes sabe de alguna librería con la que geolocalizar
  una calle de una ciudad española?, aunque no cuenten nada más que aquellas
a partir de un umbral de población.
 Muchas gracias.

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es




--
Ruben Fernandez Casal
https://rubenfcasal.github.io
Department of Mathematics
Faculty of Computer Science
Universidade da Coruña
Corporate email: ruben.fcasal  udc  es
--

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Random Forest con poca "n" y muchos predictores

[rubenfcasal]

Hola de nuevo,

Se me olvidó comentar que adicionalmente RF selecciona al azar las 
variables explicativas en cada ajuste. Para más detalles recomendaría el 
libro:
An Introduction to Statistical Learning 
(http://www-bcf.usc.edu/~gareth/ISL; disponible de forma gratuita en 
pdf), e incluso hacer el correspondiente curso gratuito 
https://lagunita.stanford.edu/courses/HumanitiesSciences/StatLearning/Winter2016/about.

Un saludo, Rubén.


El 17/12/2018 a las 12:50, Rubén Fernández Casal escribió:
> Hola Gemma,
>
> En principio con el random forest no tendrías mucho problema. En 
> general con pocos datos los métodos de aprendizaje estadístico / 
> automático que requieren de una muestra de aprendizaje y otra de 
> validación podrían tener problemas. En estos casos sería recomendable 
> hacer bagging, remuestreo del conjunto de datos de entrenamiento, y 
> eso ya es lo que hacen los algoritmos estándar de RF como el 
> implementado en randomForest...
>
> Un saludo, Rubén.
>
>
> El jue., 13 de diciembre de 2018 10:01, Gemma Ruiz-Olalla 
> mailto:gemma.ruizola...@gmail.com>> escribió:
>
> Hola,
>
> Me he iniciado hace poco en Machine Learning, y tengo una duda
> sobre mis
> conjuntos de datos: el primero tiene 37 variables explicativas y 116
> instancias, y el segundo, 140 variables explicativas y 195
> instancias. El
> primero lo veo bien, ya que hay 3 veces más casos que variables
> explicativas, pero creo que el segundo caso puede suponer un
> problema al
> haber casi el mismo número de predictores que de casos, verdad?
>
> Para "arreglar" esto (en un Random Forest), tendría sentido hacer
> iterar el
> train() unas 50-100 veces? Ir guardando estos modelos
> resultantes (entrenados) en una lista, para luego hacer una especie de
> promedio con ellos, y éste resultante (sus parámetros ntree y
> mtry) usarlo
> para generar el modelo randomForest() definitivo.
>
> Tiene sentido, o qué podría hacer si no?
>
> Muchas gracias!
>
> -- 
> Gemma Ruiz-Olalla
> gemma.ruizola...@gmail.com 
>
>         [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org 
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>


-- 
Ruben Fernandez Casal
https://rubenfcasal.github.io
Department of Mathematics
Faculty of Computer Science
Universidade da Coruña
Corporate email: ruben.fcasal  udc  es
--


[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Fwd: Paletas de colores para datos cualitativos

[rubenfcasal]

Hola todos,

Tomás Cotos y yo preparamos una pequeña guía sobre sobre como emplear el 
paquete bookdown de R para la escritura de libros en formato RMarkdown 
(que presentamos la semana pasada en las V Jornadas de Usuarios de R en 
Galicia: https://www.r-users.gal), incluyendo algunos detalles de 
configuración para la escritura en otros idiomas distintos del inglés 
(castellano, gallego, ...). En los apéndices se incluye una breve 
introducción a RMarkdown y algunas notas sobre Pandoc (material en otros 
formatos -  Latex, word, ppt, ... - se puede convertir automáticamente a 
rmakdown). Este libro está hecho empleando ese mismo paquete y está 
disponible en el repositorio Github: rubenfcasal/bookdown_intro 
(https://github.com/rubenfcasal/bookdown_intro). Se puede ver online 
aquí: https://rubenfcasal.github.io/bookdown_intro, en donde también se 
puede descargar en formato pdf.


Os animo a crear contenidos en este formato. Si queréis hacerlo en 
castellano podéis emplear este libro como punto de partida, por ejemplo 
descargando el proyecto en zip: 
https://github.com/rubenfcasal/bookdown_intro/archive/master.zip


Cualquier sugerencia será bien recibida...

Un saludo,

    Rubén.

P.D. Por cierto, me encontré por casualidad con el libro de Carlos Gil 
Bellosta: R para profesionales de los datos: una introducción 
(https://www.datanalytics.com/libro_r/index.html), y no me pude resistir 
a incluirlo en la introducción (todavía no pude mirarlo con calma  pero 
tiene muy buenas pintas...).



--
Ruben Fernandez Casal
https://rubenfcasal.github.io
Department of Mathematics
Faculty of Computer Science
Universidade da Coruña
Corporate email: ruben.fcasal  udc  es
--

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

[R-es] Creación de contenido con Rmarkdown y Re: Control de tiempo de ejecución

[rubenfcasal]

Hola a todos,

    De paso que contesto aprovecho para comentar un par de cosas…

    Hace un par de semanas impartimos un curso durante el congreso de 
la Sgapeio (http://sgapeio2017.udc.es/index.php/gl/cursos) sobre 
creación de contenido con Rmarkdown. Entre otras cosas el curso incluía 
la creación de libros y documentos con el paquete bookdown y la creación 
de páginas web con blogdown. La información está disponible aquí: 
https://rubenfcasal.github.io/post/creaci%C3%B3n-contenidos-rmarkdown


    Empleamos como ejemplos algunos repositorios de mi cuenta 
[rubenfcasal](http://github.com/rubenfcasal) de GitHub:


-   [rubenfcasal/simbook](http://github.com/rubenfcasal/simbook): una 
versión de parte de mis apuntes de simulación en forma de libro,  
accesible online en formato html 
[aqui](https://rubenfcasal.github.io/simbook) (nuestra intención es 
preparar un libro sobre el tema a partir de estos apuntes…).


- [rubenfcasal/rubenfcasal](https://github.com/rubenfcasal/rubenfcasal): 
contenido de mi página personal y blog (sobre R)  a partir del que se 
genera mi web [R  Machinery](https://rubenfcasal.github.io).


-   [rubenfcasal/npsp](https://github.com/rubenfcasal/npsp): repositorio 
del paquete npsp: Nonparametric Spatial Statistics,  a partir del que se 
genera la correspondiente [web](https://rubenfcasal.github.io/npsp) 
(está es una versión provisional, mi intención es subir cuanto antes una 
nueva versión la 0.7, con novedades en cuanto al modelado automático de 
datos espaciales, a GitHub y al CRAN).


    Si tenéis tiempo dadle un vistazo y podéis enviarme cualquier 
sugerencia o comentario (también se pueden hacer en la web)


    Como contestación a la pregunta de cómo medir el tiempo de CPU, se 
puede mirar la sección 2.4 de los apuntes: 
https://rubenfcasal.github.io/simbook/numeros-aleatorios-en-r.html#tiempo-de-cpu


    Un saludo,
        Rubén.




El 14/11/2017 a las 22:15, Carlos J. Gil Bellosta escribió:

system.time(Sys.sleep(3))

user  system elapsed
   0.000   0.000   3.003


El mar., 14 nov. 2017 a las 22:11, Andres Hirigoyen (<
andreshirigo...@gmail.com>) escribió:


Buenas tardes
¿Cómo puedo controlar el tiempo que demora en ejecutarse una rutina de
forma automática?

Probé con  proc.time()pero no es automático, tengo que pararlo yo.

Muchas gracias como siempre


--

 [[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es




--
Ruben Fernandez Casal
https://rubenfcasal.github.io
Department of Mathematics
Faculty of Computer Science
Universidade da Coruña
Corporate email: ruben.fcasal  udc  es
--

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Matriz como producto de vectores.

[rubenfcasal]

Hola a todos,

Pego un trozo de una práctica de R sobre el tema (como veis está en 
formato spin: https://yihui.name/knitr/demo/stitch) por si resulta de 
interés:


#' Consideramos datos recogidos en un estudio de mejora de calidad en 
una fábrica de semiconductores.
#' Se obtuvo una muestra de obleas que se clasificaron dependiendo de si 
se encontraron partículas

#' en la matriz que producía la oblea y de si la calidad de oblea era buena
#' (Para más detalles Hall, 1994. Analysis of defectivity of 
semiconductor wafers by contigency table.

#' Proceedings of the Institute of Environmental Sciences 1, 177-183).

n <- c(320, 14, 80, 36)
particulas <- gl(2, 1, 4, labels = c("no","si"))
calidad <- gl(2, 2, labels = c("buena", "mala"))
df <- data.frame(n, particulas, calidad)
df

#' En lugar de estar en el formato de un conjunto de datos (`data.frame`)
#' puede que los datos estén en formato de tabla (`table`, `matrix`):

tabla <- xtabs(n ~ calidad + particulas)
tabla

#' Por ejemplo, si se quiere simular bajo independencia,
#' estimando las probabilidades a partir de la tabla,
#' consideraríamos:

pind <- (rowSums(tabla) %o% colSums(tabla))/(sum(tabla)^2)
matrix(pind, nrow = nrow(tabla))

rtablas <- rmultinom(ntsim, sum(n), pind) # Se fija el total de la tabla...
rtablas[ , 1:5] # Las cinco primeras simulaciones

#' Para realizar el contraste de independencia:

res <- chisq.test(tabla)
res

El 17/04/2017 a las 17:40, Carlos J. Gil Bellosta escribió:

a <- 1:4
b <- 3:6
a %*% t(b)


El 17 de abril de 2017, 17:26, Horacio  escribió:


Buenas tengo una matriz de contingencia de 5x4 donde en la última fila
y última columna tengo las frecuencias marginales, en función de estas
quiero sacar las esperadas, pero cuando hago por ejemplo el producto,,

Esperadas<-Estrategia["Suma",]*Estrategia[,"Suma_e"]
E1E2E3E4  Suma
  5550 14160 52650 89600 20720
Warning message:
In Estrategia["Suma", ] * Estrategia[, "Suma_e"] :
   longitud de objeto mayor no es múltiplo de la longitud de uno menor

me da un vector y no una matriz,,, como puedo hacer esto? no sé si se
entiende lo que busco

Gracias,,,

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es




--
Ruben Fernandez Casal
Department of Mathematics
Faculty of Computer Science
Universidade da Coruña
Corporate email: ruben.fcasal  udc  es
--

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Alternativa a RStudio

[rubenfcasal]

Hola a todos,

La lista de mensajes es muy grande pero creo que no se comentaron 
algunos que uso/usé:


TinnR: (para Windows) Un editor de código que interacciona con la 
consola de R [https://sourceforge.net/projects/tinn-r]


Notepad++ con NppToR: (para Windows) similar al anterior 
[https://sourceforge.net/projects/npptor]


Eclipse con StatET: Entorno de programación para distintos lenguajes 
entre ellos R (ofrece también un depurador de código integrado del 
estilo del de RStudio; muy útil si se mezcla R con otros lenguajes...) 
[e.g. 
http://lukemiller.org/index.php/2010/04/eclipse-and-statet-a-nice-working-environment-for-r]


Un saludo, Rubén.

--
Ruben Fernandez Casal
Department of Mathematics
Faculty of Computer Science
Universidade da Coruña
Corporate email: ruben.fcasal  udc  es
--

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] un solo un favor

[rubenfcasal]

Hola Mauricio,

No tengo muy claro que intentas hacer. En primer lugar la 
proyección/CRS no serviría para recortar los datos (simplemente sirve 
para poder interpretar las coordenadas), para esto en principio 
utilizaría la función 'over' del paquete sp (ejecuta 'vignette("over")').


En segundo lugar tu objeto "CHL_adm0.rds" parece ser un polígono 
espacial correspondiente al contorno de Chile (descargado de 
http://www.gadm.org/country). Si simplemente lo vas a utilizar para 
representarlo bastaría con fijar los límites a la hora de hacer el 
gráfico (o pintarlo por encima...). Si necesitas algo más, recortarlo 
puede ser un problema. Puede que lo que te interese sea aumentar la 
resolución (empleando "CHL_admX.rds", i.e. áreas administrativas de 
nivel X) y seleccionar las áreas que te interesen. En cualquier caso te 
recomiendo que te documentes sobre como manipular este tipo de objetos 
(la referencia recomendada para empezar sería el libro Applied Spatial 
Data Analysis With R).


Un saludo, Rubén.


El 20/07/2016 a las 18:43, Mauricio Mardones Inostroza escribió:

Hola a todos
Esta es mi primera pregunta en el grupo, y es sencilla pero me tiene
atascado. Estoy tratando de cortar mi mapa de (poner limites en UTM)  en un
lugar definido como mi area de estudio (en este caso el sur de chile). Pero
creo no estar usando bien la función CRS ponendo bien los limites
requeridos.



study_area <- readRDS("CHL_adm0.rds")
study_area_UTM <- spTransform(study_area, CRS("+proj=utm +zone=19

+datum=WGS84"))

study_area_UTM <- spTransform(study_area_UTM, CRS(

+ paste("+x_0=-200.0 +y_0=-50.0 +ellps=GRS80 +units=us-ft
+no_defs")))
Error in spTransform(study_area_UTM, CRS(paste("+x_0=-200.0
+y_0=-50.0 +ellps=GRS80 +units=us-ft +no_defs"))) :
   error in evaluating the argument 'CRSobj' in selecting a method for
function 'spTransform': Error in CRS(paste("+x_0=-200.0 +y_0=-50.0
+ellps=GRS80 +units=us-ft +no_defs")) :
   projection not named



Espero me puedan ayudar.

Saludos


___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Tablas - resultados - stargazer

[rubenfcasal]

Tiene buenas pintas...

Yo tengo un paquete casero para generar y mostrar resultados de estudios 
de simulación (en formato html) y esto parece que me puede ir bien.


Gracias por la información.

Un saludo, Rubén.


El 10/05/2016 a las 22:13, Javier Marcuzzi escribió:

En LinkedIn aparece esto que es bueno compartir. Puede ser útil a varios de 
nosotros.

http://jakeruss.com/cheatsheets/stargazer.html#report-t-statistics-or-p-values-instead-of-standard-errors

Javier Rubén Marcuzzi


[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es



___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] ¿Es "R" recomendable como lenguaje para alguien que quiere empezar a programar?....

[rubenfcasal]

Ola a todos,

Doy por hecho que a la persona no le interesa especialmente la 
estadística...


Mientras escribía el correo, ya se adelantaron Antonio y Carlos 
Gil, coincidiría con ellos...


Tengo visto herramientas gráficas y cursos para empezar a programar 
(en general) que utilizan python. Algunas incluso se utilizan para niños 
pequeños (p.e. en 'Quimo', un S.O. para niños, está una instalada; 
supongo que también en 'Picaros'...).


Un saludo, Rubén.


El 20/04/2016 a las 19:29, Javier Marcuzzi escribió:

Estimado Carlos

Yo creo que no. En mi caso de pequeño tenía una computadora y los juegos 
estaban en casette o comprábamos revistas con los códigos. Pero cuándo aprendí 
ya tenía algo más de edad, y es la base de datos, programación fue en la 
universidad con Fortran en genética, y yo a mi profesor le decía de R.

Con el tiempo aprendí que no importa el sistema operativo ni el lenguaje, lo 
importante es manejar una base de datos, no importa cuál, algo para guardar y 
recuperar la información. Y como lenguaje, hoy pienso que C#. Es relativamente 
fácil, aunque los bucles, listas, algo de matrices, es casi igual el todos, por 
la facilidad que tiene visual studio en asistencias al que escribe (podría ser 
F#).

Cuándo se aprende lo básico es relativamente fácil ir a lenguajes específicos, 
pero R no sería pensado para objetos, por lo cuál si se quiere esquivar esa 
parte podría serlo, lo importante de R es poder usarlo en estadística, quizás 
por necesidad el usuario mezcle R con lo aprendido con C#.

Lo que no me parece bueno es utilizar al inicio por ejemplo la documentación de 
F# y R, o sweave, pandoc, …, hay que aprenderlo puro y luego mezclarlo.

Javier Rubén Marcuzzi

De: Carlos Ortega
Enviado: miércoles, 20 de abril de 2016 13:21
Para: Lista R
Asunto: [R-es] ¿Es "R" recomendable como lenguaje para alguien que quiere 
empezar a programar?

Hola,

Quería preguntaros por vuestra opinión aunque esta discusión pueda ser algo
"offtopic".
Para alguien que quiere empezar a programar, ¿recomendaríais R?.

Visto que "R" aun siendo un lenguaje que nació con una orientación muy
específica, ya se usa como de propósito general, quizás podría ser
adecuado. Independientemente del uso, creo que R puede utilizarse para
aprender los fundamentos de programación y encima te llevas puesto toda la
parte de análisis y tratamiento de datos.

¿Cuál sería vuestra recomendación?.

​Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es​

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] R y Excel - paquete openxlsx

[rubenfcasal]

Hola a todos,

Por aportar un poco más...
Yo también empleo el paquete openxlsx especialmente si el nº de 
datos es grande, pero también el XLConnect cuando por ejemplo tengo que 
combinar distintos ficheros y quiero especificar los tipos de las 
variables para evitar problemas (con el parámetro colTypes).


Por si resulta de interés pego el código para abrir (y 
posteriormente combinar) todos los ficheros excel de un subdirectorio:


library(openxlsx)
path <- './subdirectorio'
files <- dir(path, pattern = '*.xlsx')
data.list <- vector(length(files), mode = 'list')
for (i in seq_along(files)) {
data.list[[i]] <- readWorkbook(file.path(path, files[i]))
}
str(data.list)

# Si se quieren combinar...
# Alternativa a combinar con do.call('rbind', data.list):
library(dplyr)
data <- bind_rows(data.list)

Un saludo, Rubén.

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] obtener residuos de una Anova con biblioteca CAR

[rubenfcasal]

Hola Eric,

Según entiendo, el Anova SSIII es una forma de descomponer la suma 
de cuadrados para contrastar efectos de los factores (principalmente 
para tratar de evitar complicaciones a los usuarios...). El ajuste del 
modelo (las estimaciones de los parámetros) no dependen de este 
contraste (se hacen a priori). Por tato para mí solo tiene sentido 
calcular residuos del modelo ajustado, i.e. de tu objeto inf.ninf.glm 
(que por cierto podrías haberlo creado con lm en lugar de glm...).


Un saludo, Rubén.

El 20/02/2016 a las 22:45, eric escribió:
Estimada Comunidad, hice un Anova (SS III) usando la biblioteca CAR y 
necesito obtener los residuos del ajuste ... el argumento de Anova fue 
un modelo ajustado con glm(), como indica el siguiente codigo:


inf.ninf.glm <- glm(CH ~ pa.+lam+ps.+age+area+expo+inf+P+ppacum1mes, 
data=hum[hum$CH < 45,])


inf.ninf.Aov <- Anova(inf.ninf.aov, type=3, error.estimate="pearson")



mi pregunta ahora, es como extraigo los residuos desde inf.ninf.Aov, 
para no hacer calculos manuales estimando y calculando diferencias y 
todo eso.


He intentado con residuals(), residuals.glm() y otros, pero no me 
resulta y obtengo el siguiente error:


Error in residuals.glm(inf.ninf.Aov, type = "pearson") :
  could not find function "mu.eta"



Alguna pista ?

Muchas gracias,





___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Bootstrap data frame

[rubenfcasal]

Hola a todos,

Coincido con el comentario de seleccionar bloques consecutivos de 
días por la dependencia temporal. El método bootstrap que se suele 
emplear en series de tiempo es el "block bootstrap" (no es que a mí me 
guste mucho, pero las alternativas son más complicadas, exigen modelar 
la dependencia). Se recomienda además que la longitud sea aleatoria 
("block bootstrap estacionario"). Mira la función tsboot del paquete boot...


Un saludo, Rubén.

El 27/01/2016 a las 13:16, Javier Villacampa González escribió:

Hola buenas


En principio a mí no me parece una mala aproximación. Tal vez se podría
intentar adaptar el problema a un modelo de supervivencia, pero tendría que
pensarlo.  ( https://vimeo.com/142732615 )



De todas maneras, creo que coges días al azar para calcular to "proxy".
Aunque yo personalmente cogería días consecutivos porque probablemente el
consumo en muchos productos no sea independiente temporalmente.

Por otro lado, de cara a la implementación no sé si sería mejor coger 6 o
siete días o comparar ambas distribuciones. Más que nada porque si se te
acaba el stock en la +1 después de que puedas hacer tu pedido entonces el
tiempo real serían 7 días.

Espero que te parezca bien el feedback. Estaría encantado de discutir esto
con los compañeros.

Un abrazo

Javier




--

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es



___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Duda interpolación (package ' gstat ')

[rubenfcasal]

Hola de nuevo,

Un par de detalles técnicos...

Antes de nada comentar que el paquete gstat no es 
computacionalmente muy eficiente calculando las predicciones kriging 
(calcula el estimador mcg de la tendencia utilizando la expresión 
explícita, etc...), entre otras cosas requiere la factorización de la 
matriz de varianzas covarianzas y pueden aparecer problemas numéricos.


Es bien conocido que con el modelo gaussiano de variograma pueden 
aparecer estas inestabilidades (puede ser muy plano en saltos pequeños y 
como consecuencia  la matriz de covarianzas es semidefinida positiva 
pero no 'estrictamente' definida positiva - en esto influye el redondeo...).


Mi recomendación sería que probases con otro modelo de variograma y 
que compartas el gráfico del ajuste...


Un saludo, Rubén.

P.D. Cuidado también con el sesgo en la estimación del variograma a 
partir de los residuos (e.g. Fernandez-Casal R. and Francisco-Fernandez 
M. (2014) Nonparametric bias-corrected variogram estimation under 
non-constant trend, Stoch. Environ. Res. Ris. Assess, 28, 1247-1259), 
aunque si tu objetivo final es la predicción no te preocupes demasiado 
(no deberías fiarte de las varianzas kriging)...



El 06/08/2015 a las 17:40, Freddy Omar López Quintero escribió:

Hola Marcos,

¿El problema persiste si pruebas con un subconjunto de los datos?

Saludos.

2015-08-06 12:34 GMT-03:00 Marcos Bermejo markbermej...@hotmail.com:


Sale plano sí.

Ya se que sin tener los datos y el código es un poco difícil, pero es que
mis datos ocupan mucho, es imposible.
Seguiré mirando por internet.

Muchas gracias Rubén.

Un saludo,



To: r-help-es@r-project.org
From: rubenfca...@gmail.com
Date: Thu, 6 Aug 2015 14:21:47 +0200
Subject: Re: [R-es] Duda interpolación (package ' gstat ')

Hola Marcos,

  Parece que el problema es con el ajuste del variograma (sale
plano?), sin más información no se exactamente que puede estar pasando...

  Si me envías el código completo y los datos lo miro con más detalle
(e incluso te doy una alternativa no paramétrica con el paquete npsp).

  Un saludo, Rubén.



El 04/08/2015 a las 11:24, Marcos Bermejo escribió:

Hola,

# Hacemos el KED. Ver funci�n krige():
  KED.rad - krige(
formula=pluvPcp~layer,  # covariable -

radar

locations=lluvia.rad.pluv.spdf,
newdata=radarGrid,  # podr�a ser

cualquier objeto Spatial

model=v.fit,# modelo de

semivariograma.

maxdist=Inf
  )

Esta es la funci�n que me interpola los datos de lluvia. El error que

me da es:

solve.c, line 88: singular matrix in function Usolve()

lufactor.c, line 208: singular matrix in function m_inverse()
Error in predict.gstat(g, newdata = newdata, block = block, nsim =

nsim,  :

m_inverse
In addition: Warning message:
In fit.variogram(vg.aux, model = vgm(psill = 0.1, model = Gau,  :
Warning: singular model in variogram fit


Mi funci�n del variograma es :
v.fit - fit.variogram(vg.aux, model=vgm(psill=0.15, model='Gau',

range=5000,

 nugget=0.05))

�Alguien me podr�a ayudar?

Gracias de antemano.

Un saludo,

 [[alternative HTML version deleted]]



___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


   [[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

 [[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es






___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Duda interpolación (package ' gstat ')

[rubenfcasal]

Hola Marcos,

 Parece que el problema es con el ajuste del variograma (sale 
plano?), sin más información no se exactamente que puede estar pasando...

 Si me envías el código completo y los datos lo miro con más detalle 
(e incluso te doy una alternativa no paramétrica con el paquete npsp).

 Un saludo, Rubén.



El 04/08/2015 a las 11:24, Marcos Bermejo escribió:
 Hola,

# Hacemos el KED. Ver funci�n krige():
  KED.rad - krige(
formula=pluvPcp~layer,  # covariable - radar
locations=lluvia.rad.pluv.spdf,
newdata=radarGrid,  # podr�a ser cualquier 
 objeto Spatial
model=v.fit,# modelo de semivariograma.
maxdist=Inf
  )

 Esta es la funci�n que me interpola los datos de lluvia. El error que me da 
 es:

 solve.c, line 88: singular matrix in function Usolve()

 lufactor.c, line 208: singular matrix in function m_inverse()
 Error in predict.gstat(g, newdata = newdata, block = block, nsim = nsim,  :
m_inverse
 In addition: Warning message:
 In fit.variogram(vg.aux, model = vgm(psill = 0.1, model = Gau,  :
Warning: singular model in variogram fit


 Mi funci�n del variograma es :
 v.fit - fit.variogram(vg.aux, model=vgm(psill=0.15, model='Gau', range=5000,
 nugget=0.05))

 �Alguien me podr�a ayudar?

 Gracias de antemano.

 Un saludo,
   
   [[alternative HTML version deleted]]



 ___
 R-help-es mailing list
 R-help-es@r-project.org
 https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Método S3 paquete

[rubenfcasal]

Hola a ambos,

Otra referencia que puede ser de interés es: 
http://r-pkgs.had.co.nz y también http://adv-r.had.co.nz (las dos de 
Hadley Wickham...)


Un saludo, Rubén.


El 27/07/2015 a las 10:46, guillermo.vi...@uv.es escribió:

Hola Carlos,

Muchas gracias por el enlace, me ha sido de gran ayuda. Ya he entendido
cómo funciona el sistema S3.

Un saludo,

Guillermo


Hola, ¿qué tal?

Sigue

http://www.datanalytics.com/2011/08/04/desarrollo-de-paquetes-con-r-iv-funciones-genericas/

a rajatabla y lo tendrás.

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

P.D.: Si te fijas bien, no estás siguiendo esa guía a rajatabla.

El día 23 de julio de 2015, 16:26,  guillermo.vi...@uv.es escribió:

Hola,

Estoy tratando de crear un método S3 llamado anthr dentro del paquete
que estoy desarrollando, cuyo argumento principal es res que
básicamente es una lista con un solo componente. Pero si el segundo
argumento llamado oneSize es FALSE, res es una lista de listas.

Lo que he escrito hasta el momento es lo siguiente:

anthr - function(res, oneSize, nsizes){
   UseMethod(anthr)
}

anthr.tri - function(res, oneSize, nsizes){

   if(oneSize){
 cases - c()
 cases - res$meds
   }else{
 cases - list()
 for (i in 1 : (nsizes - 1)){
   cases[[i]] - res[[i]]$meds
 }
   }
   return(cases)
}

El problema cuando instalo el paquete y utilizo este método, es que R no
me reconoce que res sea una lista. En concreto, me aparece este error:

Error in UseMethod(anthr) :
   no applicable method for 'anthr' applied to an object of class list

He tratado de añadir esto:

tri - function(x){
  value - list(meds = x$meds)
  attr(value, class) - tri
  value
}

pero sigue sin funcionarme. ¿Alguien puede ofrecerme alguna ayuda? .

Muchas gracias de antemano.

Un saludo,

Guillermo

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es



___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es



___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Pregunta sobre Simplificación de Poligonales con R

[rubenfcasal]

Hola,

 Como el tema me interesa estuve buscando un poco y parece que la 
opción que tiene mejor pinta es
rgeos::gSimplify
http://www.rdocumentation.org/packages/rgeos/functions/topo-unary-gSimplify
y en caso de no estar disponible:
maptools::thinnedSpatialPoly
http://www.rdocumentation.org/packages/maptools/functions/thinnedSpatialPoly

Por si sirve de ayuda...

Un saludo, Rubén.

El 11/03/2015 a las 16:36, Francisco Rodríguez escribió:
 Gracias, Jorge le echo un vistazo al link y te digo algo
 Un saludo

 Date: Wed, 11 Mar 2015 16:22:11 +0100
 Subject: Re: [R-es] Pregunta sobre Simplificaci�n de Poligonales con R
 From: jayu...@gmail.com
 To: fjr...@hotmail.com
 CC: r-help-es@r-project.org

 Hola,
 Esto lo hice alg�n tiempo para no hacer tan pesado los dibujos, si buscar por 
 R simplify shp encuentras cosas, por ejemplo:
 http://the-praise-of-insects.blogspot.com.es/2011/04/simplifying-polygon-shapefiles-in-r.html
 http://gis.stackexchange.com/questions/71094/reduce-the-resolution-of-a-shapefile-in-r-or-qgis-if-necessary

 �Un saludo!

 El 11 de marzo de 2015, 15:52, Francisco Rodr�guez fjr...@hotmail.com 
 escribi�:
 Hola buenos d�as:

 �Conoc�is un m�todo para que dada alguna poligonal geogr�fica, pueda 
 simplificar el n�meros de puntos que forma el pol�gono de una forma razonable?

 La idea ser�a alguna funci�n (o librer�a que pueda ayudar para tal caso) 
 hecha en R donde metiendo un vector de coordenadas de una poligonal con los 
 datos de longitud y latitud de cada uno de los registros, ofrezca otro vector 
 con un n�mero menor de datos pero que conserve en mayor o menor medida la 
 forma fundamental del pol�gono en s�

 Creo recordar que hace tiempo se propuso algo de este tema en alg�n correo, 
 pero no consigo encontrar nada

 Un saludo y muchas gracias por anticipado por la ayuda que me pod�is prestar

 Francisco J.

  [[alternative HTML version deleted]]




 ___

 R-help-es mailing list

 R-help-es@r-project.org

 https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es






 ___
 R-help-es mailing list
 R-help-es@r-project.org
 https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] DUDA LLENAR MATRIZ CREADA

[rubenfcasal]

Hola David,

Puedes hacer como ya comentaron en las otras respuestas. Pero por 
si sirve de utilidad, pego  al final parte de un código que empleo para 
ilustrar la repetición de contrastes en simulación.


Está con un bucle y guardando en vectores, si se quisiera modificar 
para obtener una matriz y emplear lapply (o sapply), tendrías que crear 
una función del tipo:
fun.test - function(muestra) 
unlist(test(muestra)[c('statistic','p.value')])
reemplazando test por el contraste que te interesa (y suponiendo que 
devuelve el objeto estándar de clase htest).
sapply(muestras, fun.test) podría ser lo que buscas (suponiendo que 
muestras es una lista con los datos en cada componente). Para que 
conste, para ciertas cosas yo no soy reacio a emplear bucles en lugar de 
applies...


Un saludo, Rubén.


# --
# Repetición de contrastes
# --

# --
# Valores iniciales
set.seed(1) # Fijar semilla para reproductibilidad
n - 500
nsim - 1000
estadistico - numeric(nsim)
pvalor - numeric(nsim)


# --
# Realizar contrastes
for(isim in 1:nsim) {
  u - runif(n)
  tmp - ks.test(u, punif,  min=0, max=1)
  estadistico[isim] - tmp$statistic
  pvalor[isim] - tmp$p.value
}
#Probar a cambiar por u - rnorm(n) y tmp - ks.test(u, pnorm,  mean = 
mean(u), sd = sd(u))



# Mantengo algo del resto del código por si resulta de interés...

# --
# Proporción de rechazos
cat(\nProporción de rechazos al 1% =, mean(pvalor  0.01), \n)
cat(Proporción de rechazos al 5% =, mean(pvalor  0.01), \n)
cat(Proporción de rechazos al 10% =, mean(pvalor  0.01), \n)


# --
# Análisis del estadístico contraste

# Histograma
hist(estadistico, freq=FALSE)

#...

# --
# Análisis de los p-valores
# (si todo 'correcto' con distribución uniforme)

# Histograma
hist(pvalor, freq=FALSE)
curve(dunif(x,0,1), add=TRUE)   #abline(h=1)

# Test de Kolmogorov-Smirnov
ks.test(pvalor, punif,  min=0, max=1)

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] help:Problemas compatibllidad Windows Mac

[rubenfcasal]

Hola,

Como comenta Carlos el problema va a ser la codificación de las 
cadenas de texto. Yo me encontré con problemas de este tipo en distintas 
ocasiones y no tengo muy claro los detalles de como maneja esto R 
internamente.


El problema no solo aparece con ficheros de texto (cuidado con los 
ficheros de comandos, e.g. ui.R y server.R si empleas shiny), también al 
trabajar con objectos que contienen caracteres. Por ejemplo si creas un 
objeto que contiene texto en windows, R asumirá una codificación por 
defecto que no es la de linux o mac. Si lo guardas en windows con save  
y después lo abres en linux o mac aparecerán problemas si hay caracteres 
con acentos o tildes. Buscando por ahí encontré esta información: 
http://shiny.rstudio.com/articles/unicode.html que parece interesante.
Mi recomendación es también que por defecto emplees la codificación 
UTF-8 (especialmente si vas a trabajar en distintos sistemas), no solo 
en R (mira ?Encoding) también en los editores de comandos y de texto.


Un saludo, Rubén.





El 18/11/2014 17:05, Carlos J. Gil Bellosta escribió:

Hola, ¿qué tal?

Si tu aplicación está leyendo ficheros externos, asegúrate de que
especificas el _encoding_ adecuadamente. Mira lo que escribí al
respecto en

http://www.datanalytics.com/2011/09/08/codigos-de-caracteres-en-r/

Si tienes texto en español (y con caracteres no ASCII en el código)
asegúrate de guardar el fichero (o ficheros) .R con un _encoding_
predeterminado. Te recomiendo UTF-8, que no es el que usa Windows por
defecto, pero es el que espera Mac.

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

El día 18 de noviembre de 2014, 16:36, Javier Villacampa González
javier.villacampa.gonza...@gmail.com escribió:

Hola buenas,

lo primero pedir perdon porque llevo tiempo desconectado. Estaba haciendo
una app de shiny y me he encontrado que lo que funciona perfectamente en un
PC no funciona en un mac. Imagino que son los caracteres. Pero no lo tengo
muy claro.

Alguna solucón de como guardar los ficheros Rdata y los R para que no
ocurra este problema. Imagino que va por ahí...
Lo curioso es que R lo abre bien, así que no tengo claro porque es.

El error de shiny es el siguiente:

ERROR: unable to find an inherited method for function ‘span’ for
signature ‘character’

Por  los de ‘span†supongo que es el pais

Gracias por adelantado ( por enesima vez)

Javier


--

 [[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Agregar ruido a una serie de tiempo

[rubenfcasal]

Hola a todos,

En el caso de datos temporales los errores suelen ser dependientes. 
Se que hay por ahí funciones de paquetes para simular este tipo de datos 
(e.g.  e1071::rwiener). Yo en casos sencillos suelo emplear una 
aproximación más directa. Por ejemplo introducir dependencia a partir de 
la factorización de Cholesky de la matriz de covarianzas. A continuación 
incluyo un código de ejemplo:


# Datos funcionales (se puede pensar como un proceso temporal siendo x 
el tiempo)

n - 100
p - 50
x - seq(0, 1, length = p)

# Media
mu - sin(2*pi*x)

# Covarianzas (dependiendo de la distancia entre los datos)
x.dist - as.matrix(dist(x))
x.cov - exp(-x.dist) # covariograma exponencial
# Alternativamente considerar más parámetros: x.var*exp(-x.dist/x.scale)

# Factorización de la matriz de covarianzas
U - chol(x.cov)

# Simulación
set.seed(1)
z - matrix(rnorm(n * p), nrow = p)
y - mu + t(U) %*% z

matplot(x, y, type=l)
lines(x, mu, lwd=2)

Un saludo,
Rubén.


El 05/11/2014 14:13, Francisco Rodríguez escribió:

Bueno, realmente no es necesaria que la serie esté centrada en este caso, ya 
que estoy sumando un ruído blanco
Un saludo

From: fjr...@hotmail.com
To: caapere...@gmail.com; r-help-es@r-project.org
Date: Wed, 5 Nov 2014 13:00:49 +
Subject: Re: [R-es] Agregar ruido a una serie de tiempo

Hola buenos d�as:
Yo cuando he tenido que hacer estos trabajos, lo que hac�a era coger la serie 
temporal como un vector y constru�a un vector aleatorio de igual longitud con 
una distribuci�n dada, por ejemplo generando n�meros seg�n una normal 0, sigma 
(si la serie est� centrada en 0) y la sumaba directamente
Te remito un ejemplo trivial para ver si he entendido realmente la pregunta
t = 1:50y1 - cos(t)mu = mean(y1)
#Serie c�clica centrada en 0y1 = y1-mua - 0.3*rnorm(20)
#Serie con ruido normal de intensidad 0.3y2 - y1 + aplot (y1, type=l, col = blue)plot (y2, 
type=l, col = blue)
Un saludo

Date: Wed, 5 Nov 2014 07:45:22 -0500
From: caapere...@gmail.com
To: r-help-es@r-project.org
Subject: [R-es] Agregar ruido a una serie de tiempo

Es posible agregar ruido a una serie de tiempo

Tengo series de tiempo que tienen un comportamiento funcional, quisiera
agregar ruido para que parezcan se�ales mas reales. Normalmente las series
de tiempo se suavizan a traves de filtros, es posible hacer el proceso
inverso con algun paquete de R

Gracias por la atenci�n

CARLOS ANDRES PEREZ

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


[[alternative HTML version deleted]]
  


___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es 

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] Encontrar un comando

[rubenfcasal]

Hola Marta,

 No me quedó muy claro lo que quieres, pero entiendo que tienes una 
base de datos (codeBoats o DBx) que quieres filtrar. Tienes que dar 
mas información sobre la base de datos y las variables, ¿cuál es la 
variable que tiene las artes de pesca? gears?, ¿cómo están codificadas 
las artes de pesca?
 Los resultados de la función str() aplicada a la base de datos en 
cuestión pueden ser de ayuda...

 Un saludo,
 Rubén FC

El 02/06/2014 12:57, Marta valdes lopez escribió:
 Hola¡¡

 Tengo un script que estoy leyendo pero no se que comando tengo que utilizar
 para que aparezca la informacion que quiero.Tengo unas licencias de barcos
 y cuando he leido el archivo de licencias me gustaria saber el comando para
 que me aparezcan los tipos de artes de pesca para yo elegir sobre los que
 quiero trabajar.Probe con levels (gears) pero nada.
 Envio el script que he leido hasta ahora aver si alguien puede ayudarme.

 #Select boats by gear actaul gears in database:   MOVED to the beginning
 #NotLic; not licensed
 #PLL; pelagic longline
 #BLL; bottom longline
 #BLL / PLL; bottom and pelagic longline
 #BLL / HL; bottom longlineand handline
 #PoleLine; pole and line for tuna
 #Troll; trolling
 #PoleLine / PLL / BLL / Traps; all gears
 #OUT; out of the fihsing fleet
 codeBoats- read.csv(E:/My Documents/Telmo/7_AZORES work/Fishing
 effort/DB/ALL/CODES_2002-2010New.csv, sep=,,header=TRUE)
 #Laptop
codeBoats$CODIGO-gsub(^\\s+|\\s+$, , codeBoats$CODIGO)
   #Assigning a Fishing license based on Boat and Year
DBx$gear-codeBoats$Lic[match(paste(DBx$Boat,DBx$Year),
 paste(codeBoats$CODIGO,codeBoats$Year))]
  #ddd- DBx[DBx$calcSpeed %in% NA,]
  # z-length(ddd$gear)
z0-length(DBx$gear)

 AQUI seria donde quisiera que aparecieran las artes y yo poder elegir el
 poleline para solo trabajar con esa arte.
 No se si me he explicado bien..si hay algo que no esta claro preguntarme.

 Muchas gracias, un saludo

   [[alternative HTML version deleted]]



 ___
 R-help-es mailing list
 R-help-es@r-project.org
 https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es