[R-es] Análisis discriminante lineal, interpretación
Buenos días/tardes. He realizado el análisis discriminante exitosamente con la función lda, puedo clasificar nuevos individuos con la función predict, pero no logro darme cuenta cómo los resultados de lda se traducen en la decisión de la clasificación. Es decir, no me doy cuenta cómo es que del output de lda se construye la ecuación de clasificación para nuevos individuos. Quiero entenderlo pero además, necesito comunicarlo y aportar un mecanismo para que otros colegas realicen clasificaciones con sus datos. Muchas gracias. Saludos, Fernando -- *Dr. Fernando M. Archuby* CONICET-UNLP Teléfono Personal: +54-221-15-6129667. farch...@gmail.com paleobiolo...@gmail.com [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] Convex hulls para NMDS o PCoA
Buenos días/tardes. Me encuentro analizando datos de abundancias de especies por muestras en un estudio paleontológico. He realizdo un análisis de agrupamiento con hclust() con distancia de Bray-Curtis, previo transformación de los datos. He realizado también un PCoA con la misma matriz de distancia, con el comando cmdscale(). A su vez, con los ejes del PCoA calculé un nMDS con metaMDS(). Les comparto dos consultas: - ¿Cómo puedo agregar los convex hulls de los clusters a los gráficos de ordenamiento, tanto PCoA como nMDS? Idealmente cada uno de un color diferente. De manera similar, es mi intención agregar convex hulls de variables discretas como tipo de estrato, que es el mismo caso de los clusters. En cualquier caso, cuento con un vector con cada variable con la que quiero graficar los convex hulls. - Hice nMDS con los ejes resultantes del PCoA con el fin de "aprovechar" la varianza contenida en los ejes 3 a n-1 del PCoA. ¿Es para ustedes una estrategia adecuada? Saludos, Fernando. -- *Dr. Fernando M. Archuby* CONICET-UNLP Teléfono Personal: +54-221-15-6129667. farch...@gmail.com paleobiolo...@gmail.com [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] NMDS varios
Buenos días. Realizo el NMDS para ordenar muestras compuestas por especies biológicas a partir de abundancias, a partir de una matriz de distancias de diferencia porcentual (aka Bray Curtis). Hasta ahí, no encuentro problemas. Por otro lado, las muestras se clasifican de los siguientes modos: - distalidad al centro de la bahía (D,M,P) - vivas versus muertas, estas últimas identificadas a partir de las valvas (L,D) - hábitat contaminado versus hábitat no contaminado (P,U) De modo que tengo tres factores y en total 12 grupos. Quisiera visualizar apropiadamente la distribución de estos grupos en el ordenamiento multivariado en 2 dimensiones. ¿Alguna idea sobre cómo proceder? ¿Algún ejemplo o tutorial para guiarme? Muchas gracias, Fernando. -- *Dr. Fernando M. Archuby* CONICET-UNLP Teléfono Personal: +54-221-15-6129667. farch...@gmail.com [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] Significancia de clusters
Buenos días/tardes/noches. Estoy analizando datos de conteos de especies por muestra (paleontología, pero es similar a un estudio de comunidades actules). Mi matriz consiste en 112 muestras y 113 especies. Probé diferentes estrategias para armar clusters con significado (paleo) biológico. Las dos opciones que me quedé son la distancia Chord y Bray-Curtis (sobre el log x+1 de las proporciones), en los dos casos con UPGMA. Bien, me encontré con un problema al querer evaluar la relevancia (significación) de los clusters con el paquete pvclust(), que hace un remuestreo con diferentes tamaños muestrales y calcula una especie de probabilidad de significación de cada cluster (nodo). Bien, pude hacerlo, siguiendo instrucciones de Borcard et al (2018) para el caso de Chord pero no Bray-Curtis. No me doy cuenta de cómo especificar el método de cálculo de la matriz de distancia (disimilitud)En pvclust() se debe especificar el método de cálculo de las distancias (dist.method) pero entre las opciones no encuentro cómo calcular la distancia de Bray-Curtis. Díganme qué otra info puedo darles para ampliar. Y muchas gracias! http://127.0.0.1:30722/library/pvclust/html/pvclust.html Borcard, D., Gillet, F., & Legendre, P. (2018). Numerical Ecology with R. https://doi.org/10.1007/978-3-319-71404-2 Saludos, Fernando. -- *Dr. Fernando M. Archuby* CONICET-UNLP Teléfono Personal: +54-221-15-6129667. farch...@gmail.com [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
