Hi all,
I am trying to calculate change in dipole moment with organic molecule
adsorption. To begin I construct a neutral hydroxylated slab of SiO2 (100)
trying to maintain z axis symmetry, e.g. so I do not introduce any dipole
moment in z direction on my initial surface. However, there is a sizeable
dipole moment (for the reason I can't quite understand). Is it related with the
supercell itself, atom configuration or there is always going to be some
initial dipole moment no matter what?
Below is the input, I would appreciate suggestions
Jonas
# SiO2(100)-2x2 supercell 7 Si layers (OH-saturated)
##### GENERAL SYSTEM DESCRIPTORS ###############################################
SystemName SiO2(100)-2x2 supercell 7 Si layers (OH-saturated)
SystemLabel si001_7Si_layers
NumberOfAtoms 108
NumberOfSpecies 3
%block ChemicalSpeciesLabel
1 1 H.pbe
2 8 O.pbe
3 14 Si.pbe
%endblock ChemicalSpeciesLabel
##### BASIS DEFINITION #########################################################
PAO.BasisSize SZ
##### LATTICE, COORDINATES, k-SAMPLING #########################################
LatticeConstant 1 Ang
%block LatticeParameters
9.825999999999999 10.810400000000000 43.018784438344653 90.
90. 90.
%endblock LatticeParameters
AtomicCoordinatesFormat Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.1324750000000002 0.1666666666666667 -0.0000000000000000 1
0.3824750000000002 0.0000000000000000 0.0059145328090448 1
0.1324749999999999 0.0000000000000000 0.3026302255704930 1
0.3824750000000000 0.1666666666666667 0.2967156927614482 1
0.6324750000000003 0.1666666666666667 -0.0000000000000000 1
0.8824750000000003 0.0000000000000000 0.0059145328090448 1
0.6324750000000000 0.0000000000000000 0.3026302255704930 1
0.8824750000000001 0.1666666666666667 0.2967156927614482 1
0.1324750000000002 0.6666666666666667 -0.0000000000000000 1
0.3824750000000002 0.5000000000000000 0.0059145328090448 1
0.1324749999999999 0.5000000000000000 0.3026302255704930 1
0.3824750000000000 0.6666666666666667 0.2967156927614482 1
0.6324750000000003 0.6666666666666667 -0.0000000000000000 1
0.8824750000000003 0.5000000000000000 0.0059145328090448 1
0.6324750000000000 0.5000000000000000 0.3026302255704930 1
0.8824750000000001 0.6666666666666667 0.2967156927614482 1
0.0304000000000001 0.1070500000000000 0.0933170853734754 2
0.2804000000000000 0.1070500000000000 0.1922223162939582 2
0.1399000000000004 0.2737166666666666 0.0259428420704426 2
0.3899000000000003 0.2737166666666666 0.1248480729909253 2
0.1399000000000002 0.2737166666666666 0.2237533039114080 2
0.3297000000000001 0.4403833333333332 0.0379697181503732 2
0.0797000000000001 0.4403833333333332 0.1368749490708560 2
0.3296999999999999 0.4403833333333332 0.2357801799913387 2
0.1399000000000003 0.3929499999999999 0.0788769216590850 2
0.3899000000000003 0.3929499999999999 0.1777821525795676 2
0.1399000000000001 0.3929499999999999 0.2766873835000504 2
0.3297000000000001 0.2262833333333333 0.0668500455791542 2
0.0797000000000000 0.2262833333333333 0.1657552764996370 2
0.3296999999999999 0.2262833333333333 0.2646605074201197 2
0.2804000000000003 0.0596166666666666 0.1104079092765348 2
0.0304000000000000 0.0596166666666666 0.2093131401970175 2
0.5304000000000002 0.1070500000000000 0.0933170853734754 2
0.7804000000000001 0.1070500000000000 0.1922223162939582 2
0.6399000000000004 0.2737166666666666 0.0259428420704426 2
0.8899000000000004 0.2737166666666666 0.1248480729909253 2
0.6399000000000004 0.2737166666666666 0.2237533039114080 2
0.8297000000000002 0.4403833333333332 0.0379697181503732 2
0.5797000000000002 0.4403833333333332 0.1368749490708560 2
0.8297000000000000 0.4403833333333332 0.2357801799913387 2
0.6399000000000004 0.3929499999999999 0.0788769216590850 2
0.8899000000000004 0.3929499999999999 0.1777821525795676 2
0.6399000000000003 0.3929499999999999 0.2766873835000504 2
0.8297000000000002 0.2262833333333333 0.0668500455791542 2
0.5797000000000001 0.2262833333333333 0.1657552764996370 2
0.8297000000000000 0.2262833333333333 0.2646605074201197 2
0.7804000000000003 0.0596166666666666 0.1104079092765348 2
0.5303999999999999 0.0596166666666666 0.2093131401970175 2
0.0304000000000001 0.6070500000000001 0.0933170853734754 2
0.2804000000000000 0.6070500000000001 0.1922223162939582 2
0.1399000000000004 0.7737166666666666 0.0259428420704426 2
0.3899000000000003 0.7737166666666666 0.1248480729909253 2
0.1399000000000002 0.7737166666666666 0.2237533039114080 2
0.3297000000000001 0.9403833333333332 0.0379697181503732 2
0.0797000000000001 0.9403833333333332 0.1368749490708560 2
0.3296999999999999 0.9403833333333332 0.2357801799913387 2
0.1399000000000003 0.8929499999999999 0.0788769216590850 2
0.3899000000000003 0.8929499999999999 0.1777821525795676 2
0.1399000000000001 0.8929499999999999 0.2766873835000504 2
0.3297000000000001 0.7262833333333333 0.0668500455791542 2
0.0797000000000000 0.7262833333333333 0.1657552764996370 2
0.3296999999999999 0.7262833333333333 0.2646605074201197 2
0.2804000000000003 0.5596166666666667 0.1104079092765348 2
0.0304000000000000 0.5596166666666667 0.2093131401970175 2
0.5304000000000002 0.6070500000000001 0.0933170853734754 2
0.7804000000000001 0.6070500000000001 0.1922223162939582 2
0.6399000000000004 0.7737166666666666 0.0259428420704426 2
0.8899000000000004 0.7737166666666666 0.1248480729909253 2
0.6399000000000004 0.7737166666666666 0.2237533039114080 2
0.8297000000000002 0.9403833333333332 0.0379697181503732 2
0.5797000000000002 0.9403833333333332 0.1368749490708560 2
0.8297000000000000 0.9403833333333332 0.2357801799913387 2
0.6399000000000004 0.8929499999999999 0.0788769216590850 2
0.8899000000000004 0.8929499999999999 0.1777821525795676 2
0.6399000000000003 0.8929499999999999 0.2766873835000504 2
0.8297000000000002 0.7262833333333333 0.0668500455791542 2
0.5797000000000001 0.7262833333333333 0.1657552764996370 2
0.8297000000000000 0.7262833333333333 0.2646605074201197 2
0.7804000000000003 0.5596166666666667 0.1104079092765348 2
0.5303999999999999 0.5596166666666667 0.2093131401970175 2
0.3824750000000002 0.1666666666666667 0.0989052309204827 3
0.1324750000000000 0.1666666666666667 0.1978104618409654 3
0.2350500000000003 0.3333333333333333 0.0524098818647638 3
0.4850500000000003 0.3333333333333333 0.1513151127852465 3
0.2350500000000002 0.3333333333333333 0.2502203437057292 3
0.1324750000000002 -0.0000000000000000 0.1048197637295275 3
0.3824750000000000 -0.0000000000000000 0.2037249946500103 3
0.8824750000000003 0.1666666666666667 0.0989052309204827 3
0.6324750000000001 0.1666666666666667 0.1978104618409654 3
0.7350500000000003 0.3333333333333333 0.0524098818647638 3
0.9850500000000004 0.3333333333333333 0.1513151127852465 3
0.7350500000000003 0.3333333333333333 0.2502203437057292 3
0.6324750000000003 -0.0000000000000000 0.1048197637295275 3
0.8824750000000001 -0.0000000000000000 0.2037249946500103 3
0.3824750000000002 0.6666666666666667 0.0989052309204827 3
0.1324750000000000 0.6666666666666667 0.1978104618409654 3
0.2350500000000003 0.8333333333333334 0.0524098818647638 3
0.4850500000000003 0.8333333333333334 0.1513151127852465 3
0.2350500000000002 0.8333333333333334 0.2502203437057292 3
0.1324750000000002 0.5000000000000000 0.1048197637295275 3
0.3824750000000000 0.5000000000000000 0.2037249946500103 3
0.8824750000000003 0.6666666666666667 0.0989052309204827 3
0.6324750000000001 0.6666666666666667 0.1978104618409654 3
0.7350500000000003 0.8333333333333334 0.0524098818647638 3
0.9850500000000004 0.8333333333333334 0.1513151127852465 3
0.7350500000000003 0.8333333333333334 0.2502203437057292 3
0.6324750000000003 0.5000000000000000 0.1048197637295275 3
0.8824750000000001 0.5000000000000000 0.2037249946500103 3
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
kgrid_cutoff 5.0 Ang
%block kgrid_Monkhorst_Pack
2 0 0 0.5
0 2 0 0.5
0 0 1 0.5
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack
##### DFT, GRID, SCF ###########################################################
SolutionMethod = diagon
XC.functional GGA
XC.authors PBE
MeshCutoff 10. Ry
MaxSCFIterations 200
DM.MixingWeight 0.1
DM.NumberPulay 3
#MD.TypeOfRun CG
#MD.Num-CG-steps 100
