First thing to try is increasing your MeshCutoff, 10 Ry. is quite small. Try increasing to at least 150 Ry. or even 200 Ry.
Daniel J. Backlund Texas Tech University - Physics [email protected] ________________________________________ From: Jonas Baltrusaitis [[email protected]] Sent: Sunday, April 18, 2010 9:54 PM To: [email protected] Subject: [SIESTA-L] dipole moment in symmetric supercell Hi all, I am trying to calculate change in dipole moment with organic molecule adsorption. To begin I construct a neutral hydroxylated slab of SiO2 (100) trying to maintain z axis symmetry, e.g. so I do not introduce any dipole moment in z direction on my initial surface. However, there is a sizeable dipole moment (for the reason I can't quite understand). Is it related with the supercell itself, atom configuration or there is always going to be some initial dipole moment no matter what? Below is the input, I would appreciate suggestions Jonas # SiO2(100)-2x2 supercell 7 Si layers (OH-saturated) ##### GENERAL SYSTEM DESCRIPTORS ############################################### SystemName SiO2(100)-2x2 supercell 7 Si layers (OH-saturated) SystemLabel si001_7Si_layers NumberOfAtoms 108 NumberOfSpecies 3 %block ChemicalSpeciesLabel 1 1 H.pbe 2 8 O.pbe 3 14 Si.pbe %endblock ChemicalSpeciesLabel ##### BASIS DEFINITION ######################################################### PAO.BasisSize SZ ##### LATTICE, COORDINATES, k-SAMPLING ######################################### LatticeConstant 1 Ang %block LatticeParameters 9.825999999999999 10.810400000000000 43.018784438344653 90. 90. 90. %endblock LatticeParameters AtomicCoordinatesFormat Fractional %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.1324750000000002 0.1666666666666667 -0.0000000000000000 1 0.3824750000000002 0.0000000000000000 0.0059145328090448 1 0.1324749999999999 0.0000000000000000 0.3026302255704930 1 0.3824750000000000 0.1666666666666667 0.2967156927614482 1 0.6324750000000003 0.1666666666666667 -0.0000000000000000 1 0.8824750000000003 0.0000000000000000 0.0059145328090448 1 0.6324750000000000 0.0000000000000000 0.3026302255704930 1 0.8824750000000001 0.1666666666666667 0.2967156927614482 1 0.1324750000000002 0.6666666666666667 -0.0000000000000000 1 0.3824750000000002 0.5000000000000000 0.0059145328090448 1 0.1324749999999999 0.5000000000000000 0.3026302255704930 1 0.3824750000000000 0.6666666666666667 0.2967156927614482 1 0.6324750000000003 0.6666666666666667 -0.0000000000000000 1 0.8824750000000003 0.5000000000000000 0.0059145328090448 1 0.6324750000000000 0.5000000000000000 0.3026302255704930 1 0.8824750000000001 0.6666666666666667 0.2967156927614482 1 0.0304000000000001 0.1070500000000000 0.0933170853734754 2 0.2804000000000000 0.1070500000000000 0.1922223162939582 2 0.1399000000000004 0.2737166666666666 0.0259428420704426 2 0.3899000000000003 0.2737166666666666 0.1248480729909253 2 0.1399000000000002 0.2737166666666666 0.2237533039114080 2 0.3297000000000001 0.4403833333333332 0.0379697181503732 2 0.0797000000000001 0.4403833333333332 0.1368749490708560 2 0.3296999999999999 0.4403833333333332 0.2357801799913387 2 0.1399000000000003 0.3929499999999999 0.0788769216590850 2 0.3899000000000003 0.3929499999999999 0.1777821525795676 2 0.1399000000000001 0.3929499999999999 0.2766873835000504 2 0.3297000000000001 0.2262833333333333 0.0668500455791542 2 0.0797000000000000 0.2262833333333333 0.1657552764996370 2 0.3296999999999999 0.2262833333333333 0.2646605074201197 2 0.2804000000000003 0.0596166666666666 0.1104079092765348 2 0.0304000000000000 0.0596166666666666 0.2093131401970175 2 0.5304000000000002 0.1070500000000000 0.0933170853734754 2 0.7804000000000001 0.1070500000000000 0.1922223162939582 2 0.6399000000000004 0.2737166666666666 0.0259428420704426 2 0.8899000000000004 0.2737166666666666 0.1248480729909253 2 0.6399000000000004 0.2737166666666666 0.2237533039114080 2 0.8297000000000002 0.4403833333333332 0.0379697181503732 2 0.5797000000000002 0.4403833333333332 0.1368749490708560 2 0.8297000000000000 0.4403833333333332 0.2357801799913387 2 0.6399000000000004 0.3929499999999999 0.0788769216590850 2 0.8899000000000004 0.3929499999999999 0.1777821525795676 2 0.6399000000000003 0.3929499999999999 0.2766873835000504 2 0.8297000000000002 0.2262833333333333 0.0668500455791542 2 0.5797000000000001 0.2262833333333333 0.1657552764996370 2 0.8297000000000000 0.2262833333333333 0.2646605074201197 2 0.7804000000000003 0.0596166666666666 0.1104079092765348 2 0.5303999999999999 0.0596166666666666 0.2093131401970175 2 0.0304000000000001 0.6070500000000001 0.0933170853734754 2 0.2804000000000000 0.6070500000000001 0.1922223162939582 2 0.1399000000000004 0.7737166666666666 0.0259428420704426 2 0.3899000000000003 0.7737166666666666 0.1248480729909253 2 0.1399000000000002 0.7737166666666666 0.2237533039114080 2 0.3297000000000001 0.9403833333333332 0.0379697181503732 2 0.0797000000000001 0.9403833333333332 0.1368749490708560 2 0.3296999999999999 0.9403833333333332 0.2357801799913387 2 0.1399000000000003 0.8929499999999999 0.0788769216590850 2 0.3899000000000003 0.8929499999999999 0.1777821525795676 2 0.1399000000000001 0.8929499999999999 0.2766873835000504 2 0.3297000000000001 0.7262833333333333 0.0668500455791542 2 0.0797000000000000 0.7262833333333333 0.1657552764996370 2 0.3296999999999999 0.7262833333333333 0.2646605074201197 2 0.2804000000000003 0.5596166666666667 0.1104079092765348 2 0.0304000000000000 0.5596166666666667 0.2093131401970175 2 0.5304000000000002 0.6070500000000001 0.0933170853734754 2 0.7804000000000001 0.6070500000000001 0.1922223162939582 2 0.6399000000000004 0.7737166666666666 0.0259428420704426 2 0.8899000000000004 0.7737166666666666 0.1248480729909253 2 0.6399000000000004 0.7737166666666666 0.2237533039114080 2 0.8297000000000002 0.9403833333333332 0.0379697181503732 2 0.5797000000000002 0.9403833333333332 0.1368749490708560 2 0.8297000000000000 0.9403833333333332 0.2357801799913387 2 0.6399000000000004 0.8929499999999999 0.0788769216590850 2 0.8899000000000004 0.8929499999999999 0.1777821525795676 2 0.6399000000000003 0.8929499999999999 0.2766873835000504 2 0.8297000000000002 0.7262833333333333 0.0668500455791542 2 0.5797000000000001 0.7262833333333333 0.1657552764996370 2 0.8297000000000000 0.7262833333333333 0.2646605074201197 2 0.7804000000000003 0.5596166666666667 0.1104079092765348 2 0.5303999999999999 0.5596166666666667 0.2093131401970175 2 0.3824750000000002 0.1666666666666667 0.0989052309204827 3 0.1324750000000000 0.1666666666666667 0.1978104618409654 3 0.2350500000000003 0.3333333333333333 0.0524098818647638 3 0.4850500000000003 0.3333333333333333 0.1513151127852465 3 0.2350500000000002 0.3333333333333333 0.2502203437057292 3 0.1324750000000002 -0.0000000000000000 0.1048197637295275 3 0.3824750000000000 -0.0000000000000000 0.2037249946500103 3 0.8824750000000003 0.1666666666666667 0.0989052309204827 3 0.6324750000000001 0.1666666666666667 0.1978104618409654 3 0.7350500000000003 0.3333333333333333 0.0524098818647638 3 0.9850500000000004 0.3333333333333333 0.1513151127852465 3 0.7350500000000003 0.3333333333333333 0.2502203437057292 3 0.6324750000000003 -0.0000000000000000 0.1048197637295275 3 0.8824750000000001 -0.0000000000000000 0.2037249946500103 3 0.3824750000000002 0.6666666666666667 0.0989052309204827 3 0.1324750000000000 0.6666666666666667 0.1978104618409654 3 0.2350500000000003 0.8333333333333334 0.0524098818647638 3 0.4850500000000003 0.8333333333333334 0.1513151127852465 3 0.2350500000000002 0.8333333333333334 0.2502203437057292 3 0.1324750000000002 0.5000000000000000 0.1048197637295275 3 0.3824750000000000 0.5000000000000000 0.2037249946500103 3 0.8824750000000003 0.6666666666666667 0.0989052309204827 3 0.6324750000000001 0.6666666666666667 0.1978104618409654 3 0.7350500000000003 0.8333333333333334 0.0524098818647638 3 0.9850500000000004 0.8333333333333334 0.1513151127852465 3 0.7350500000000003 0.8333333333333334 0.2502203437057292 3 0.6324750000000003 0.5000000000000000 0.1048197637295275 3 0.8824750000000001 0.5000000000000000 0.2037249946500103 3 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies kgrid_cutoff 5.0 Ang %block kgrid_Monkhorst_Pack 2 0 0 0.5 0 2 0 0.5 0 0 1 0.5 %endblock Kgrid_Monkhorst_Pack ##### DFT, GRID, SCF ########################################################### SolutionMethod = diagon XC.functional GGA XC.authors PBE MeshCutoff 10. Ry MaxSCFIterations 200 DM.MixingWeight 0.1 DM.NumberPulay 3 #MD.TypeOfRun CG #MD.Num-CG-steps 100
