Só um exemplo ...

<VirtualHost *:80>
        ServerAdmin *webmas...@seuemail*
        ServerName *nomedoseusite*
        ServerAlias *alias.nomedoseusite*
        DocumentRoot */var/www/diretoriodoseusite*



# MUITO IMPORTANTE!!!
        <Directory />
                Options FollowSymLinks
*            ->    AllowOverride None* (neste caso optei por não permitir
alterações na raiz)
        </Directory>
        <Directory  */var/www/diretoriodoseusite*>
                Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
            -> *AllowOverride All*
                Order allow,deny
                allow from all
        </Directory>
##########################

Veja que o *"AllowOverride All" deve estar *dentro das tags "Directory", ou
seja sera ativado apenas para aquele diretório e seus subdiretórios.


        ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
        <Directory "/usr/lib/cgi-bin">
                AllowOverride None
                Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
                Order allow,deny
                Allow from all
        </Directory>

#  É BEM INTERESSANTE SEPARAR OS LOG DE CADA SITE

        ErrorLog /var/log/seusite_error.log

        # Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit,
        # alert, emerg.
        LogLevel warn

        CustomLog /var/log/seusite_access.log combined

Alias /doc/ "/usr/share/doc/"
    <Directory "/usr/share/doc/">
        Options Indexes MultiViews FollowSymLinks
        AllowOverride None
        Order deny,allow
        Deny from all
        Allow from 127.0.0.0/255.0.0.0 ::1/128
    </Directory>

</VirtualHost>



No seu caso troque a porta para a de sua preferencia e coloque os
certificados como ja estavam,
de uma olhada apenas nas configurações de diretório comentei acima!Detalhe
se for copiar esta
config passe um pente fino afim de tirar sujeiras como as setinhas qeu
coloquei ou algum comentário fora de lugar.
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