I'm sorry I can not read the script and am not that familiar with the
footnote package that you are using, but footnotes should work in
longtable. If I join your two tables together as one longtable so the file
ends with
نظري أو كشفي\فمب & ٣٩\\
\footnote{في المتن: "كشفى".}
\hspace{2cm} & \hspace{2cm}\\
تنبيه يقع الموافقة بين البيان النظري والبيان العياني الذوقي في العبارة &
٥٣\\
الفصل الخامس فيما أفاده الكمل من ضبط كليات مهمات العلم والعمل & ٥٤\\
\end{longtable}
Then the footnote appears as I would expect.
--------------------------------------------------
Subscriptions, Archive, and List information, etc.:
http://tug.org/mailman/listinfo/xetex
