Hello,
[Please CC your questions to the mailing list]
On 02/22/2013 10:16 AM, Richard Giroux wrote:
> Bonjour Sébastien,
>
> J'ai quelques questions / demandes à formuler après mes premières
> utilisations de fichiers fasta issus d'assemblages faits par MetaRay
> (SilverRAY).
>
The name of the workflow is Ray Meta, not MetaRay.
> Quelles sont les règles de numérotation des contigs assemblés par RAY /
> MetaRAY?
>
> Question: What are the rules for naming contigs in ray ?
Contigs are named in a non-determinist fashion because the order in which the
messages are sent and received
is a case of "Unbounded nondeterminism."
http://en.wikipedia.org/wiki/Unbounded_nondeterminism
If you run Ray on a IBM Blue Gene/Q with dimension-ordered routing (or
direction-ordered),
you should get the same exact assembly everytime you run the same Ray
executable on the same
data with the same parameters.
> Quelles est votre base de données pour l'identification des espèces (lignée
> phylogénétique) ? GreenGenes ? NCBI ?
> Question: Which database am I using for my profiling analysis ?
You can obtain this information by looking at the file RayCommand.txt.
>
> Serait-il possible d'inclure dans l'en-tête fasta de chacun des contigs:
> le nom de l'échantillon d'où provient l'assemblage
> Question: Is it possible to include the sample name in the headers of the
> contig fasta file ?
A header of a fasta sequence is not the place where to put extra information
such as a sample name.
If you want structured data, you should look for structured files (XML, JSON,
CSV, TSV).
> la profondeur de séquençage sous format "MG-RAST" (e.g.
> >sequence_number_1_[cov=2]).
> Question: Is it possible to include the contig coverage depth in the headers
> of the contig fasta file ?
The coverage depth of any contig is available in
TestX/BiologicalAbundances/_DeNovoAssembly/Contigs.tsv
> J'imagine que c'est une moyenne sur le contig ?
> Question: Is it an average coverage depth ?
Contigs.tsv contains a mode, not a an average because repeats would increase
your average.
> Aussi, placer automatiquement la version de RAY dans le nom du fichier
> assemblé. (En fait est-ce que le nom comme "SilverRay" correspond à une
> version spécifique ?)
> Question: Is it possible to add Ray version inside the contig fasta file ?
The Ray version is inside
TestX/RayVersion.txt
The RayPlatform version is inside
TestX/RayPlatform_Version.txt
SilverRay is just a shell script (available from
https://github.com/sebhtml/NGS-Pipelines ) that builds your Ray command
for you.
>
> Si c'est pertinent, veux-tu que je remplisse une demande sur git pour ça ?
>
> Les autres question concernent l'utilisation du serveur MG-RAST pour analyser
> les assemblages issus de MetaRay:
>
> Qu'est-ce que MG-RAST peut faire que MetaRay ne peut pas faire et vice versa,
> en terme de filtrage, identification, décompte, etc ?
> Question: Does MG-RAST has features that Ray Meta / Ray Communities does not
> have (and vice versa).
Yes.
* Ray Meta is something you have to install and run yourself;
* Ray Meta does de novo metagenome assembly;
* Ray Communities does sample profiling with k-mers;
For more information about Ray Meta / Ray Communities, see the article:
http://genomebiology.com/2012/13/12/R122/abstract
* MG-RAST uses a Software-as-a-Service approach -- the end user submits his
data with a web interface;
* MG-RAST does biological profiling with alignments (I think);
For other features of MG-RAST, you should visit their interface at
http://metagenomics.anl.gov/
I can not really tell you more about MG-RAST as I have not used it.
> Quels paramètre de MG-RAST sont pris en charge par MetaRay au niveau du
> filtrage des reads / assemblages ?
> Question: Which MG-RAST parameters are considered by Ray Meta for read
> filtering ?
I don't understand your question. Ray Meta and MG-RAST are 100% independant in
their implementation.
Furthermore, Ray Meta does not do any read filtering for you. Ray does trim the
ends of your reads to remove
Ns.
> Est-ce qu'il y a un avantage à soumettre les reads à MG-RAST p/r à ce que
> fait MetaRay ?
>
> Question: Is there an advantage of using MG-RAST over Ray Meta ?
The selling point of Ray Meta and Ray Communities is scalability.
Also, Ray Meta is very good for de novo metagenome assembly.
> Est-ce qu'on aurait avantage à installer la base de données M5nr et le
> logiciel MG-RAST sur Colosse / ls31 ?
>
> Merci,
> Richard
>
>
> Équipe de Diagnostique Moléculaire
> Centre de Recherche en Infectiologie
> Centre de Recherche du CHUL
> CHUQ - Pavillon CHUL
> 2705, boul. Laurier, RC-709
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