infatti la features della provincia e quella del comune sono sovrapposte.
in teoria quindi o fai due shapefiles diversi per provincia e comune, o ritagli il poligono della provincia per avere un buco corrispondente all'area del comune, cosa che ha poco senso visto che il territorio della provincia comprende l'area comunale.
quindi direi, prova a separare i due poligoni su due files
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