我按照教程安装ActivePerl，并且正确安装完bioperl.有安装个叫PDK的perl可视化软件。不会运行啊・・・・・・・・・・
On 6月23日, 下午1时03分, jie liu <[email protected]> wrote: > 写的很乱，请参考。附件有序列文件和程序文件 > > ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////# ## > ###//////////////程序名称：.. > ###//////////////作者：盛夏 > ###//////////////时间：2011/06/22 > ###//////////////备注：序列处理部分的代码来源于 柳城 > ###///////////////////////////////////////////////////////////////////////# ## > > #!/usr/bin/perl -w > > $dirname = "D:/xProject/Perl/3"; #指定Random DNA sequences所在目录 > > opendir( DIR, $dirname ) || die "Error in opening dir $dirname\n"; > > while ( ( $filename = readdir(DIR) ) ) { > > #print("$filename\n"); #循环输出该目录下的文件。 > > $num = 0; > $/ = '>'; #输入记录分隔符，默认是/n > > open FASTA, "<$dirname/$filename"; > open disc, ">disc_$filename"; ## 生成一个文件保存描述信息 > open seq, ">seq_$filename"; ## 生成一个文件保存序列信息 > open all, ">all_$filename"; ## 生成一个文件记录完整的信息 > while (<FASTA>) { > > $seq_line = ''; > s/>//g; > @seq = split "\n"; > if (@seq) { > $desc = $seq[0]; ## 这是>后面的描述 > chomp($desc); > foreach $i ( 1 .. ( @seq - 1 ) ) {## '..'意思同'～' > chomp( $seq[$i] ); > $seq[$i] =~ s/\n//g; ## 把序列的换行符去掉 > $seq_line .= $seq[$i]; ##把多行的Fasta序列转为一行} > > @seq2 = split(//,$seq_line); > foreach $i ( 1 .. ( @seq2 - 1 ) ) {## '..'意思同'～' > if(($i+3)%3 != 0) { > $seq_line2 .= $seq2[$i]; > }else{ > $seq_line2 .= $seq2[$i]." ";} > } > > print disc ">$desc\n"; > print seq ">\n$seq_line\n"; > print all ">$desc\n$seq_line2\n";} > } > > close disc; ## 关闭文件 > close seq; ## 关闭文件 > close all; ## 关闭文件 > > } > > closedir(DIR); ## 关闭目录 > > 2011/6/23 xiumu <[email protected]> > > > > > > > > > > > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示 > > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。 > > > 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好 > > > >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > >:注释行 > > > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQA > > WAVAM > > > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFV > > NGKYQ > > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK > > 数据内容 > > >1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG > > G > > >1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENF > > TETDV > > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY > > >1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > > AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSD > > DNTIG > > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE > > >1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > > MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA > > > -- > > 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > > 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。 > > 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。 > > 若有更多问题，请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。 > > -- > Best regards, > Liu Jie > > 020-32015312 > Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of > Scienceshttp://www.gibh.cas.cn/ > > Protein seq.fasta > < 1K查看下载 > > 1.pl > 2K查看下载 -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
