On 06/23/2011 11:12 AM, xiumu wrote: > FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示 > 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。 > > 承认这是个作业・・・・・ 谢谢各位老大了・・・时间比较紧急 明天就交了・・・・・・ 程序于简单越好 > >> 1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE >> >:注释行 > AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM > ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ > LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK > 数据内容 >> 1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG >> 1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV > KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY >> 1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG > KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE >> 1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE > MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA > 下面是我写的一个程序，经测试无误，需补齐其他氨基酸的三字母表示形式 #!/usr/bin/perl #=============================================================================== # # FILE: fasta.pl # # USAGE: ./fasta.pl # # DESCRIPTION: in response # # AUTHOR: ocrack # CREATED: 06/23/2011 09:23:54 PM #===============================================================================
use strict;
use warnings;
my $desc;
my $seq = '';
while (<DATA>) {
next, unless (chomp);
if (/^>(.+)/) {
&process_seq($seq), unless ($seq eq '');
$seq = '';
&process_desc($1);
}
else {
$seq .= uc;
}
}
&process_seq($seq);
sub process_desc() {
my @desc = split /\|/, shift;
print "seqence annotation is:\n", join( "\t", @desc ), "\n";
}
sub process_seq() {
my %triples = qw(M Met C Cys);#need to add others triple aa
my $seq = shift;
$seq =~ s/[\s\t]//g;
print "triple aa sequence is:\n";
foreach ( split // , $seq ) {
print $triples{$_};
}
print "\n";
}
__DATA__
>a|b
MCM
>c|d
CCM
--
您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。
要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。
要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。
若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
fasta.pl
Description: Perl program
