Re: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序

Thu, 23 Jun 2011 03:33:02 -0700 

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my ($from,$to) = ('A','Ala');

while (<DATA>) 
{
 chomp;
 if ( ! /^>/)
 {
  s/$from/$to/g;
 }
 print "$_\n";
}


__DATA__
>1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV
KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA






----- Original Message ----- 
From: "xiumu" <[email protected]>
To: "PerlChina Mongers 讨论组" <[email protected]>
Sent: Thursday, June 23, 2011 11:12 AM
Subject: [PerlChina] 请教一个关于蛋白质序列的 perl语言程序


> FASTA是生物信息数据库的常用存储方式，了解FASTA格式的含义，用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示
> 方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。
> 
> 承认这是个作业・・・・・  谢谢各位老大了・・・时间比较紧急  明天就交了・・・・・・  程序于简单越好
> 
>>1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE                                                   
>>>:注释行
> AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM
> ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ
> LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK
> 数据内容
>>1AAR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG
>>1AG2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> GLGGYMLGSAMSRPMIHFGNDWEDRYYRENMYRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDV
> KMMERVVEQMCVTQYQKESQAYY
>>1AJ3:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> AKLNESHRLHQFFRDMDDEESWIKEKKLLVSSEDYGRDLTGVQNLRKKHKRLEAELAAHEPAIQGVLDTGKKLSDDNTIG
> KEEIQQRLAQFVDHWKELKQLAAARGQRLE
>>1ARR:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
> MKGMSKMPQFNLRWPREVLDLVRKVAEENGRSVNSEIYQRVMESFKKEGRIGA
> 
> -- 
> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。
> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。
> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。
> 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
> 
>

-- 
您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。
要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。
要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。
若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。

回复