朱岩，出了一些状况. 我造了一个 无向图 的矩阵数据。
――――――data――――――――
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 1 0 0 1 0 0
――――――――――
我用matlab可视化了这个graph，请见附件。
之后我用你的程序（我把K值改成了K>1）处理这个矩阵，显示的结果是：2，6，9这个节点。这与附件的图矛盾啊，2，6，9实际不是完全连通图啊。怎么回事？我先把结果反馈给大家，同时我也想想
―――――― perl script――――――――――
use strict;
use Graph::Clique;
my @edges;
my %h;
my $nnz; # num of non-zeros
# build up undirected graph
open FASTA, "<@ARGV";
while (<FASTA>) {
my $i = $. + 1;
my @a = split( / /, $_ );
for my $j ( 0 .. $#a ) {
if ( $a[$j] ) {
$nnz++;
my $e = $i <= $j ? $i . "," . $j : $j . "," . $i;
$h{$e}++;
}
}
}
foreach my $key ( sort keys %h ) {
my @a = split( /\,/, $key );
push @edges, [@a];
}
# find maximal clique
my @cliques;
for ( my $k = int( sqrt($nnz) ) ; $k > 1 ; $k-- ) {
@cliques = getcliques( $k, \@edges );
if ( $#cliques >= 0 ) {
last;
}
}
print join( "\n", @cliques ), "\n";
――――――end――――――――――――――――
2011/7/14 朱岩 <[email protected]>
> 读文件把while(<DATA>)换成while(<F>)就可以了
>
>
> 在 2011年7月14日 下午4:02，jie liu <[email protected]>写道：
>
>> 我刚刚也看到了，还去了作者给的一个地址（http://home.hiwaay.net/~gbacon/perl/clique.html
>> ）看来一下，很激动！就是我要找的，谢谢大家了哈。
>>
>> 但是，我都perl不熟，现在我把矩阵存在txt里了（1代表有边，0代表无边），我怎么把矩阵读进去，然后形成graph，然后用clique呢...朱岩的程序我使了下，没成功。朱岩的程序里我没有看到读入的操作啊（实在是对perl不熟悉...）
>>
>>
>> 2011/7/14 nixin <[email protected]>
>>
>>> 果然有现成的库。clique这个关键词没有掌握，搜了好一会全连通图，啥也没搜到。呵呵。
>>>
>>> On 7月14日, 下午1时28分, 朱岩 <[email protected]> wrote:
>>> > 图论解法：
>>> >
>>> > 找最大完全连通子图，可以用Graph::Clique，当然应该还有更好的算法；
>>> > 这里只举了个10x10的小例子
>>> > 用非零数的平方根作为最大子图顶点数的上限
>>> >
>>> > use strict;
>>> > use Graph::Clique;
>>> >
>>> > my @edges;
>>> > my %h;
>>> > my $nnz; # num of non-zeros
>>> >
>>> > # build up undirected graph
>>> >
>>> > while(<DATA>){
>>> > my $i = $.+1;
>>> > my @a = split(/ /,$_);
>>> > for my $j (0..$#a){
>>> > if ($a[$j]){
>>> > $nnz++;
>>> > my $e = $i <= $j ? $i.",".$j : $j.",".$i;
>>> > $h{$e}++;
>>> > }
>>> > }
>>> >
>>> > }
>>> >
>>> > foreach my $key (sort keys %h){
>>> > my @a = split(/\,/, $key);
>>> > push @edges, [@a];
>>> >
>>> > }
>>> >
>>> > # find maximal clique
>>> >
>>> > my @cliques;
>>> >
>>> > for (my $k=int(sqrt($nnz)); $k>3; $k--){
>>> > @cliques = getcliques($k,\@edges);
>>> > if ($#cliques >=0){
>>> > last;
>>> > }
>>> >
>>> > }
>>> >
>>> > print join("\n", @cliques),"\n";
>>> >
>>> > __DATA__
>>> > 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
>>> > 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
>>> > 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0
>>> > 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
>>> > 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1
>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>> > 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1
>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
>>> > 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0
>>>
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