不好意思，index搞错了，下面是修改版，用的Jie Liu的矩阵，
得到结果(index从0开始)：
0 1 3
0 1 4
0 2 4
2 4 7
4 7 9
好像vertex number不能取10以上(包括10)...看看能不能根据作者的算法重写吧
use strict;
use Graph::Clique;
my @edges;
my %h;
my $nnz; # num of non-zeros
# build up undirected graph
open F, 'matrix_small.txt' or die;
while(<F>){
my $i = $.-1;
my @a = split(/ /,$_);
for my $j (0..$#a){
if ($a[$j] == 1){
$nnz++;
my $e = $i <= $j ? $i.",".$j : $j.",".$i;
$h{$e}++;
}
}
}
close F;
foreach my $key (sort keys %h){
my @a = split(/\,/, $key);
push @edges, [@a];
}
# find maximal clique
my @cliques;
for (my $k=int(sqrt($nnz)); $k>0; $k--){
@cliques = getcliques($k,\@edges);
if ($#cliques >=0){ last; }
}
print join("\n", @cliques),"\n";
在 2011年7月14日 下午11:16，nixin <[email protected]>写道：
> google到的matlab的maximal cliques程序：
> http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/19889-maximal-cliques
>
>
> On Jul 14, 9:27 pm, jie liu <[email protected]> wrote:
> > 附件忘加了，在这个邮件里
> >
> > 2011/7/14 jie liu <[email protected]>
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> > > 朱岩，出了一些状况. 我造了一个 无向图 的矩阵数据。
> > > ------------data----------------
> > > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > > 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > > 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > > 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
> > > 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
> > > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > > 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
> > > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > > 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0
> > > --------------------
> > > 我用matlab可视化了这个graph，请见附件。
> >
> > >
> 之后我用你的程序（我把K值改成了K>1）处理这个矩阵，显示的结果是：2，6，9这个节点。这与附件的图矛盾啊，2，6，9实际不是完全连通图啊。怎么回事？
> 我先把结果反馈给大家，同时我也想想
> >
> > > ------------ perl script--------------------
> >
> > > use strict;
> > > use Graph::Clique;
> >
> > > my @edges;
> > > my %h;
> > > my $nnz; # num of non-zeros
> >
> > > # build up undirected graph
> > > open FASTA, "<@ARGV";
> > > while (<FASTA>) {
> > > my $i = $. + 1;
> > > my @a = split( / /, $_ );
> > > for my $j ( 0 .. $#a ) {
> > > if ( $a[$j] ) {
> > > $nnz++;
> > > my $e = $i <= $j ? $i . "," . $j : $j . "," . $i;
> > > $h{$e}++;
> > > }
> > > }
> > > }
> >
> > > foreach my $key ( sort keys %h ) {
> > > my @a = split( /\,/, $key );
> > > push @edges, [@a];
> > > }
> >
> > > # find maximal clique
> >
> > > my @cliques;
> >
> > > for ( my $k = int( sqrt($nnz) ) ; $k > 1 ; $k-- ) {
> > > @cliques = getcliques( $k, \@edges );
> > > if ( $#cliques >= 0 ) {
> > > last;
> > > }
> > > }
> >
> > > print join( "\n", @cliques ), "\n";
> >
> > > ------------end--------------------------------
> > > 2011/7/14 朱岩 <[email protected]>
> >
> > >> 读文件把while(<DATA>)换成while(<F>)就可以了
> >
> > >> 在 2011年7月14日 下午4:02，jie liu <[email protected]>写道：
> >
> > >>> 我刚刚也看到了，还去了作者给的一个地址（http://home.hiwaay.net/~gbacon/perl/clique.html
> > >>> ）看来一下，很激动！就是我要找的，谢谢大家了哈。
> >
> > >>>
> 但是，我都perl不熟，现在我把矩阵存在txt里了（1代表有边，0代表无边），我怎么把矩阵读进去，然后形成graph，然后用clique呢...朱岩的
> 程序我使了下，没成功。朱岩的程序里我没有看到读入的操作啊（实在是对perl不熟悉...）
> >
> > >>> 2011/7/14 nixin <[email protected]>
> >
> > >>>> 果然有现成的库。clique这个关键词没有掌握，搜了好一会全连通图，啥也没搜到。呵呵。
> >
> > >>>> On 7月14日, 下午1时28分, 朱岩 <[email protected]> wrote:
> > >>>> > 图论解法：
> >
> > >>>> > 找最大完全连通子图，可以用Graph::Clique，当然应该还有更好的算法；
> > >>>> > 这里只举了个10x10的小例子
> > >>>> > 用非零数的平方根作为最大子图顶点数的上限
> >
> > >>>> > use strict;
> > >>>> > use Graph::Clique;
> >
> > >>>> > my @edges;
> > >>>> > my %h;
> > >>>> > my $nnz; # num of non-zeros
> >
> > >>>> > # build up undirected graph
> >
> > >>>> > while(<DATA>){
> > >>>> > my $i = $.+1;
> > >>>> > my @a = split(/ /,$_);
> > >>>> > for my $j (0..$#a){
> > >>>> > if ($a[$j]){
> > >>>> > $nnz++;
> > >>>> > my $e = $i <= $j ? $i.",".$j : $j.",".$i;
> > >>>> > $h{$e}++;
> > >>>> > }
> > >>>> > }
> >
> > >>>> > }
> >
> > >>>> > foreach my $key (sort keys %h){
> > >>>> > my @a = split(/\,/, $key);
> > >>>> > push @edges, [@a];
> >
> > >>>> > }
> >
> > >>>> > # find maximal clique
> >
> > >>>> > my @cliques;
> >
> > >>>> > for (my $k=int(sqrt($nnz)); $k>3; $k--){
> > >>>> > @cliques = getcliques($k,\@edges);
> > >>>> > if ($#cliques >=0){
> > >>>> > last;
> > >>>> > }
> >
> > >>>> > }
> >
> > >>>> > print join("\n", @cliques),"\n";
> >
> > >>>> > __DATA__
> > >>>> > 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0
> > >>>> > 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0
> > >>>> > 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0
> > >>>> > 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
> > >>>> > 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1
> > >>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > >>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > >>>> > 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1
> > >>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
> > >>>> > 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0
> >
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