google到的matlab的maximal cliques程序： http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/19889-maximal-cliques
On Jul 14, 9:27 pm, jie liu <[email protected]> wrote: > 附件忘加了，在这个邮件里 > > 2011/7/14 jie liu <[email protected]> > > > > > > > > > > > > > 朱岩，出了一些状况. 我造了一个 无向图 的矩阵数据。 > > ------------data---------------- > > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > > 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > > 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > > 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 > > 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 > > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > > 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 > > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > > 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 > > -------------------- > > 我用matlab可视化了这个graph，请见附件。 > > > 之后我用你的程序（我把K值改成了K>1）处理这个矩阵，显示的结果是：2，6，9这个节点。这与附件的图矛盾啊，2，6，9实际不是完全连通图啊。怎么回事？ > > 我先把结果反馈给大家，同时我也想想 > > > ------------ perl script-------------------- > > > use strict; > > use Graph::Clique; > > > my @edges; > > my %h; > > my $nnz; # num of non-zeros > > > # build up undirected graph > > open FASTA, "<@ARGV"; > > while (<FASTA>) { > > my $i = $. + 1; > > my @a = split( / /, $_ ); > > for my $j ( 0 .. $#a ) { > > if ( $a[$j] ) { > > $nnz++; > > my $e = $i <= $j ? $i . "," . $j : $j . "," . $i; > > $h{$e}++; > > } > > } > > } > > > foreach my $key ( sort keys %h ) { > > my @a = split( /\,/, $key ); > > push @edges, [@a]; > > } > > > # find maximal clique > > > my @cliques; > > > for ( my $k = int( sqrt($nnz) ) ; $k > 1 ; $k-- ) { > > @cliques = getcliques( $k, \@edges ); > > if ( $#cliques >= 0 ) { > > last; > > } > > } > > > print join( "\n", @cliques ), "\n"; > > > ------------end-------------------------------- > > 2011/7/14 朱岩 <[email protected]> > > >> 读文件把while(<DATA>)换成while(<F>)就可以了 > > >> 在 2011年7月14日 下午4:02，jie liu <[email protected]>写道： > > >>> 我刚刚也看到了，还去了作者给的一个地址（http://home.hiwaay.net/~gbacon/perl/clique.html > >>> ）看来一下，很激动！就是我要找的，谢谢大家了哈。 > > >>> 但是，我都perl不熟，现在我把矩阵存在txt里了（1代表有边，0代表无边），我怎么把矩阵读进去，然后形成graph，然后用clique呢...朱岩的 > >>> 程序我使了下，没成功。朱岩的程序里我没有看到读入的操作啊（实在是对perl不熟悉...） > > >>> 2011/7/14 nixin <[email protected]> > > >>>> 果然有现成的库。clique这个关键词没有掌握，搜了好一会全连通图，啥也没搜到。呵呵。 > > >>>> On 7月14日, 下午1时28分, 朱岩 <[email protected]> wrote: > >>>> > 图论解法： > > >>>> > 找最大完全连通子图，可以用Graph::Clique，当然应该还有更好的算法； > >>>> > 这里只举了个10x10的小例子 > >>>> > 用非零数的平方根作为最大子图顶点数的上限 > > >>>> > use strict; > >>>> > use Graph::Clique; > > >>>> > my @edges; > >>>> > my %h; > >>>> > my $nnz; # num of non-zeros > > >>>> > # build up undirected graph > > >>>> > while(<DATA>){ > >>>> > my $i = $.+1; > >>>> > my @a = split(/ /,$_); > >>>> > for my $j (0..$#a){ > >>>> > if ($a[$j]){ > >>>> > $nnz++; > >>>> > my $e = $i <= $j ? $i.",".$j : $j.",".$i; > >>>> > $h{$e}++; > >>>> > } > >>>> > } > > >>>> > } > > >>>> > foreach my $key (sort keys %h){ > >>>> > my @a = split(/\,/, $key); > >>>> > push @edges, [@a]; > > >>>> > } > > >>>> > # find maximal clique > > >>>> > my @cliques; > > >>>> > for (my $k=int(sqrt($nnz)); $k>3; $k--){ > >>>> > @cliques = getcliques($k,\@edges); > >>>> > if ($#cliques >=0){ > >>>> > last; > >>>> > } > > >>>> > } > > >>>> > print join("\n", @cliques),"\n"; > > >>>> > __DATA__ > >>>> > 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 > >>>> > 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 > >>>> > 1 1 1 0 1 0 0 1 0 0 > >>>> > 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 > >>>> > 1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 > >>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > >>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > >>>> > 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1 > >>>> > 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 > >>>> > 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 > > >>>> -- > >>>> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > >>>> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。 > >>>> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。 > >>>> 若有更多问题，请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。 > > >>> -- > >>> Best regards, > >>> Liu Jie > > >>> 020-32015312 > >>> Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of > >>> Sciences > >>>http://www.gibh.cas.cn/ > > >>> -- > >>> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > >>> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。 > >>> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。 > >>> 若有更多问题，请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。 > > >> -- > >> Yours, Yan Zhu > > >> Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences > > >> Datun Rd. > >> Chaoyang District > >> Beijing 100101 > >> P. R. China > > >> -- > >> 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的"PerlChina Mongers 讨论组"论坛。 > >> 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。 > >> 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。 > >> 若有更多问题，请通过http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN访问此网上论坛。 > > > -- > > Best regards, > > Liu Jie > > > 020-32015312 > > Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of > > Sciences > >http://www.gibh.cas.cn/ > > -- > Best regards, > Liu Jie > > 020-32015312 > Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health, Chinese Academy of > Scienceshttp://www.gibh.cas.cn/ > > Graph.jpg > 30KViewDownload -- 您收到此邮件是因为您订阅了 Google 网上论坛的“PerlChina Mongers 讨论组”论坛。 要向此网上论坛发帖，请发送电子邮件至 [email protected]。 要取消订阅此网上论坛，请发送电子邮件至 [email protected]。 若有更多问题，请通过 http://groups.google.com/group/perlchina?hl=zh-CN 访问此网上论坛。
