Hello,
I am trying to use ape to read in a tree generated using Phylomatic with
branch length adjustments made in Phylocom. I have successfully done this
in the past, but I am not having any luck with my new tree. I have tried
using collapse.singles, but this doesn't work. I've also checked for
misplaced spaces and there aren't any. I've checked all the help sites for
answers, but none of them have addressed my problem.
The exact error message is:
Error in read.tree("C:/Users/Kellen/Documents/Grad Research/Abundance ad
Rarefaction/Rarefaction analysis/output.txt") :
The tree has apparently singleton node(s): cannot read tree file.
Reading Newick file aborted at tree no. 1
I've attached the file with the newick format tree. Any help would be much
appreciated!
Thanks,
Kellen
--
Kellen Calinger
PhD Candidate
Department of Evolution, Ecology and Organismal Biology
The Ohio State University
Aronoff Laboratory
318 W. 12th Ave.
Columbus, OH 43210
((((((((((((((((((((((((((Asclepias_sullivantii:27.777777,Asclepias_purpurascens:27.777777,Asclepias_quadrifolia:27.777777)asclepias:27.777777)apocynaceae:27.777782):27.777771):27.777779,((Gentiana_alba:46.296295,Gentiana_andrewsii:46.296295)gentiana:46.296295,(Gentianopsis_procera:46.296295)gentianopsis:46.296295,(Sabatia_angularis:46.296295)sabatia:46.296295)gentianaceae:46.296295):27.777786,(((((Cephalanthus_occidentalis:27.777779)cephalanthus:27.777779):27.777779)cinchonoideae:27.777779):27.777771)rubiaceae:27.777786)gentianales:27.777771,(((((((((((((Orobanche_uniflora:14.022436)orobanche:14.022436)orobanchaceae:14.022438):14.022434):14.022438):14.022438):14.022430,((Castilleja_coccinea:32.719017)castilleja:32.719017,(Collinsia_verna:32.719017)collinsia:32.719017)scrophulariaceae:32.719017):14.022438):14.022438):14.022438):14.022430,(((Syringa_vulgaris:38.561699)syringa:38.561699)oleaceae:38.561699):38.561699):14.022446)lamiales:14.022430,((((((((((((((Datura_stramonium:12.152778)datura:12.152778)datureae:12.152777):12.152779):12.152779):12.152775):12.152779):12.152779)solanoideae:12.152779):12.152779):12.152779):12.152771)solanaceae:12.152786):12.152771)solanales:12.152786):12.152771,((Phacelia_purshii:64.814812)phacelia:64.814812)boraginaceae:64.814819):12.152786)lamiids:12.152771,(((((((((((((((((((((((((((((((Helianthus_mollis:7.692307,Helianthus_annuus:7.692307)helianthus:7.692307):7.692308):7.692307):7.692310):7.692307):7.692307):7.692307):7.692307,(((Bidens_cernua:17.307692)bidens:17.307692):17.307690):17.307693):7.692314,((((((Tetraneuris_herbacea:10.989012)tetraneuris:10.989012):10.989010):10.989014):10.989010):10.989010):10.989014):7.692307):7.692307):7.692307,(((((((((((((((Anthemis_arvensis:6.250000,Anthemis_cotula:6.250000)anthemis:6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000,((((((((((Erigeron_annuus:7.954545,Erigeron_pulchellus:7.954545)erigeron:7.954545):7.954545):7.954546):7.954546):7.954544):7.954548):7.954544):7.954548):7.954544):7.954544):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000,((((((((((((((Carduus_nutans:9.166667)carduus:9.166667):9.166666):9.166668):9.166664):9.166668):9.166664):9.166672):9.166664):9.166664):9.166672):9.166664):9.166664):9.166664):9.166672):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000)asteraceae:6.250000):6.250000):6.250000):6.250000):6.250000,((((Campanula_americana:40.000000)campanula:40.000000,(Lobelia_inflata:40.000000)lobelia:40.000000)campanulaceae:40.000000):40.000000):40.000000)asterales:6.250000,((((((Sambucus_pubens:29.464285)sambucus:29.464285,(Viburnum_acerifolium:29.464285,Viburnum_prunifolium:29.464285)viburnum:29.464285)adoxaceae:29.464291,((Lonicera_japonica:29.464287,Lonicera_morrowi:29.464287)lonicera:29.464287)caprifoliaceae:29.464287)dipsacales:29.464279):29.464287):29.464294):29.464279):6.250000,(((((Ilex_verticillata:35.416668)ilex:35.416668)aquifoliaceae:35.416664):35.416672):35.416656)aquifoliales:35.416672)campanulids:6.250000):6.250000,(((((Phlox_divaricata:45.000000,Phlox_stolonifera:45.000000)phlox:45.000000)polemoniaceae:45.000000):45.000000,(((((Lysimachia_nummularia:31.500000)lysimachia:31.500000,(Dodecatheon_meadia:31.500000)dodecatheon:31.500000)primulaceae:31.500000):31.500000):31.500000,((((((Monotropa_hypopithys:22.500000,Monotropa_uniflora:22.500000)monotropa:22.500000,(Pyrola_elliptica:22.500000,Pyrola_rotundifolia:22.500000)pyrola:22.500000,(Rhododendron_calendulaceum:22.500000,Rhododendron_roseum:22.500000)rhododendron:22.500000,(Chimaphila_maculata:22.500000)chimaphila:22.500000)ericaceae:22.500000):22.500000):22.500000,(((Sarracenia_purpurea:28.125000)sarracenia:28.125000)sarraceniaceae:28.125000):28.125000):22.500000):22.500000):22.500000):22.500000,(((Impatiens_capensis:50.625000,Impatiens_pallida:50.625000)impatiens:50.625000)balsaminaceae:50.625000):50.625000)ericales:22.500000)ericales_to_asterales:6.250000,((((Cornus_alternifolia:46.250000,Cornus_ammomum:46.250000,Cornus_florida:46.250000,Cornus_racemosa:46.250000)cornus:46.250000)cornaceae:46.250000):46.250000)cornales:46.250000)asterids:6.250000,((((((((Cycloloma_atriplicifolium:26.388889)cycloloma:26.388889)amaranthaceae:26.388885,((Holosteum_umbellatum:26.388887)holosteum:26.388887)caryophyllaceae:26.388889):26.388893):26.388885):26.388885):26.388901):26.388885)caryophyllales:26.388885):6.250000,(((((Comandra_umbellata:40.625000)comandra:40.625000)santalaceae:40.625000):40.625000):40.625000)santalales:40.625000):6.250000):6.250000,((((((((Mitella_diphylla:31.116072)mitella:31.116072,(Parnassia_glauca:31.116072)parnassia:31.116072)saxifragaceae:31.116070,((Ribes_americanum:31.116072)ribes:31.116072)grossulariaceae:31.116070):31.116074):31.116066):31.116074,(((((Hamamelis_virginiana:31.116072)hamamelis:31.116072)hamamelidaceae:31.116070):31.116074):31.116066):31.116074):31.116074)saxifragales:31.116074,((((((((((((((Prunus_serotina:35.386906,Prunus_avium:35.386906)prunus:35.386906)amygdaleae:35.386909,((Physocarpus_opulifolius:35.386906)physocarpus:35.386906)neillieae:35.386909):35.386902,((((((((((Malus_coronaria:14.744543,Malus_pumila:14.744543)malus:14.744543):14.744541):14.744545,((((Amelanchier_arborea:11.795635)amelanchier:11.795635):11.795635):11.795635,((Crataegus_coccinea:15.727513,Crataegus_mollis:15.727513,Crataegus_pruinosa:15.727513,Crataegus_punctata:15.727513)crataegus:15.727513):15.727514):11.795631)pyrinae:11.795639):11.795631):11.795639)pyreae:11.795631)pyrodae:11.795631):11.795639):11.795639):11.795624)spiraeoideae:11.795639):11.795639,(Rosa_multiflora:88.467262)rosa:88.467262,(Filipendula_rubra:88.467262)filipendula:88.467262,(Fragaria_virginiana:88.467262)fragaria:88.467262,(Geum_canadense:88.467262,Geum_vernum:88.467262)geum:88.467262,(Waldsteinia_fragarioides:88.467262)waldsteinia:88.467262)rosaceae:11.795639,((((Ulmus_rubra:45.871914)ulmus:45.871914)ulmaceae:45.871910,((((Laportea_canadensis:27.523148)laportea:27.523148)urticaceae:27.523148):27.523148):27.523148):27.523148,((((((Ceanothus_americanus:23.591270)ceanothus:23.591270)ziziphoids:23.591270):23.591270)rhamnaceae:23.591270):23.591270):23.591263):23.591278)rosales:11.795624,(((((Quercus_alba:50.131451,Quercus_rubra:50.131451)quercus:50.131451,(Castanea_dentata:50.131451)castanea:50.131451)fagaceae:50.131447,((((((((Carpinus_caroliniana:16.710482)carpinus:16.710482,(ostrya_virginiana:16.710482)ostrya:16.710482):16.710484)coryloideae:16.710480):16.710487)betulaceae:16.710480):16.710480):16.710480,(((Carya_cordiformis:33.420963,Carya_ovata:33.420963)carya:33.420963)juglandaceae:33.420967):33.420959):16.710495):16.710480)fagales:16.710480,(((((Echinocystis_lobata:30.635885)echinocystis:30.635885)cucurbitaceae:30.635883):30.635887):30.635887)cucurbitales:30.635880):16.710480):11.795639,((((((((((((((((((Baptisia_tinctoria:19.168833)baptisia:19.168833):19.168831):19.168835):19.168831,(((((((Lupinus_perennis:11.980520)lupinus:11.980520):11.980518):11.980522):11.980518)genisteae:11.980518):11.980522):11.980522):11.980522):11.980515)genistoids:11.980522,(((((((((Robinia_pseudoacacia:17.740383)robinia:17.740383):17.740387):17.740379)robinieae:17.740387,((((((Coronilla_varia:12.671703)coronilla:12.671703):12.671703):12.671703):12.671703,(((Lotus_corniculatus:15.839629)lotus:15.839629):15.839628):15.839630)loteae:12.671703):12.671700):12.671707,(((((((((Trifolium_hybridum:16.895603,Trifolium_pratense:16.895603)trifolium:16.895603,(((Lathyrus_latifolius:8.447802)lathyrus:8.447802):8.447803):8.447800):8.447803):8.447803):8.447800):8.447800):8.447807):8.447800):8.447800)irlc:8.447807):8.447800,((((((((((((((Strophostyles_helvola:7.321429)strophostyles:7.321429):7.321427):7.321430):7.321428):7.321426)phaseolinae:7.321430):7.321430):7.321430):7.321426):7.321426):7.321426)phaseoloids:7.321434):7.321426):7.321426):7.321434):7.321426):7.321434):7.321426):7.321426):7.321426):7.321426)papilionoideae:7.321426):7.321426):7.321442):7.321426,((Cercis_canadensis:63.452381)cercis:63.452381)cercideae:63.452385)fabaceae:7.321426,(((Polygala_sanguinea:49.419643)polygala:49.419643)polygalaceae:49.419640):49.419647):7.321426)fabales:7.321426):7.321426,(((((((Oxalis_grandis:28.472221)oxalis:28.472221)oxalidaceae:28.472221):28.472221):28.472229)oxalidales:28.472214,((((((Salix_nigra:24.404762,Salix_eriocephala:24.404762,Salix_humilis:24.404762)salix:24.404762)salicaceae:24.404762):24.404762,(((Viola_affinis:24.404762,Viola_arvensis:24.404762,Viola_blanda:24.404762,Viola_canadensis:24.404762,Viola_conspersa:24.404762,Viola_cucullata:24.404762,Viola_fimbriatula:24.404762,Viola_hastata:24.404762,Viola_lanceolata:24.404762,Viola_macloskeyi:24.404762,Viola_nephrophylla:24.404762,Viola_palmata:24.404762,Viola_pubescencsvarpubescens:24.404762,Viola_pubescencsvarscaribusa:24.404762,Viola_rafinesquii:24.404762,Viola_rostrata:24.404762,Viola_sagittata:24.404762,Viola_sororia:24.404762,Viola_striata:24.404762,Viola_triloba:24.404762,Viola_walteri:24.404762)viola:24.404762,(Hybanthus_concolor:24.404762)hybanthus:24.404762)violaceae:24.404762):24.404762):24.404755):24.404770)malpighiales:24.404755):24.404770,(((Celastrus_scandens:48.809525)celastrus:48.809525)celastraceae:48.809525)celastrales:48.809525)celastrales_to_malpighiales:24.404755):7.321426)fabids:7.321442,((((((((((Acer_negundo:26.031748,Acer_rubrum:26.031748,Acer_saccharum:26.031748)acer:26.031748,(Aesculus_glabra:26.031748)aesculus:26.031748)sapindaceae:26.031742):26.031754):26.031746):26.031738)sapindales:26.031754,(((((((((((((Allaria_petiolata:13.015873)allaria:13.015873,(Barbarea_vulgaris:13.015873)barbarea:13.015873,(Boechera_laevigata:13.015873)boechera:13.015873,(Cardamine_angustata:13.015873,Cardamine_bulbosa:13.015873,Cardamine_concatenata:13.015873,Cardamine_diphylla:13.015873,Cardamine_douglassii:13.015873)cardamine:13.015873)brassicaceae:13.015873):13.015873,((Polanisia_dodecandron:17.354498)polanisia:17.354498)capparaceae:17.354496):13.015877):13.015869):13.015877):13.015869):13.015877):13.015877):13.015869)brassicales:13.015869,(((((Tilia_americana:26.031746)tilia:26.031746,(Hibiscus_moscheutos:26.031746)hibiscus:26.031746)malvaceae:26.031746):26.031746):26.031738)malvales:26.031754)malvales_to_brassicales:13.015884)huerteales_to_brassicales:13.015869):13.015869):13.015869,((((Staphylea_trifolia:41.650795)staphylea:41.650795)staphyleaceae:41.650787):41.650803)crossosomatales:41.650787):13.015884,((((((Ludwigia_palustris:31.609980)ludwigia:31.609980)onagraceae:31.609974):31.609985):31.609978)myrtales:31.609970):31.609985)malvids:13.015869):7.321426)rosids:7.321426):7.321426):6.250000)core_eudicots:6.250000)trochodendrales_to_asterales:6.250000)sabiales_to_asterales:6.250000,(((((((Ranunculus_fascicularis:35.156250,Ranunculus_hispidus:35.156250)ranunculus:35.156250,(Anemone_virginiana:35.156250)anemone:35.156250,(Aquilegia_canadensis:35.156250)aquilegia:35.156250,(Caltha_palustris:35.156250)caltha:35.156250,(Thalictrum_thalictroides:35.156250)thalictrum:35.156250,(Clematis_viorna:35.156250,Clematis_virginiana:35.156250)clematis:35.156250,(Delphinium_tricorne:35.156250)delphinium:35.156250,(Enemion_biternatum:35.156250)enemion:35.156250,(Hydrastis_canadensis:35.156250)hydrastis:35.156250)ranunculaceae:35.156250,((Podophyllum_peltatum:35.156250)podophyllum:35.156250,(Caulophyllum_thalictroides:35.156250)caulophyllum:35.156250,(Jeffersonia_diphylla:35.156250)jeffersonia:35.156250)berberidaceae:35.156250):35.156250):35.156250):35.156250,((Sanguinaria_canadensis:70.312500)sanguinaria:70.312500,(Stylophorum_diphyllum:70.312500)stylophorum:70.312500,(Corydalis_flavula:70.312500)corydalis:70.312500,(Dicentra_canadensis:70.312500,Dicentra_cucullaria:70.312500)dicentra:70.312500)papaveraceae:70.312500):35.156250)ranunculales:35.156250)eudicots:6.250000)ceratophyllales_and_eudicots:6.250000,((((((((((((((((Camassia_scilloides:17.279411)camassia:17.279411,(Convallaria_majalis:17.279411)convallaria:17.279411,(Maianthemum_stellatum:17.279411)maianthemum:17.279411,(Ornithogalum_umbellatum:17.279411)ornithogalum:17.279411)asparagaceae:17.279411):17.279411):17.279411):17.279411,((Iris_cristata:34.558823,Iris_versicolor:34.558823,Iris_pseudocornus:34.558823)iris:34.558823)iridaceae:34.558823):17.279411):17.279411):17.279419):17.279404,((Corallorhiza_wisteriana:57.598038,Corallorhiza_maculata:57.598038)corallorhiza:57.598038,(Galearis_spectabilis:57.598038)galearis:57.598038,(Liparis_liliifolia:57.598038,Liparis_loeslii:57.598038)liparis:57.598038,(Malaxis_unifolia:57.598038)malaxis:57.598038,(Platanthera_clarvellata:57.598038,Platanthera_flava:57.598038,Platanthera_lacera:57.598038,Platanthera_orbiculata:57.598038,Platanthera_peramoena:57.598038,Platanthera_psycodes:57.598038)platanthera:57.598038,(Pogonia_ophioglossoides:57.598038)pogonia:57.598038,(Aplectrum_hymale:57.598038)aplectrum:57.598038,(Calopogon_tuberosus:57.598038)calopogon:57.598038,(Tipularia_discolor:57.598038)tipularia:57.598038,(Spiranthes_magnicamporum:57.598038)spiranthes:57.598038,(Cypripedium_acaule:57.598038,Cypripedium_candidum:57.598038,Cypripedium_parviflorum:57.598038,Cypripedium_reginae:57.598038)cypripedium:57.598038,(Isotria_verticillata:57.598038)isotria:57.598038,(Triphora_trianthophora:57.598038)triphora:57.598038)orchidaceae:57.598038)asparagales:17.279419):17.279404,(((((Chamaelirium_luteum:43.198528)chamaelirium:43.198528,(Trillium_erectum:43.198528,Trillium_flexipes:43.198528,Trillium_grandiflorum:43.198528,Trillium_nivale:43.198528,Trillium_sessile:43.198528)trillium:43.198528)melanthiaceae:43.198524,((((Uvularia_grandiflora:25.919117,Uvularia_perfoliata:25.919117,Uvularia_sessifolia:25.919117)uvularia:25.919117)colchicaceae:25.919121):25.919113):25.919113):25.919128,((((Erythronium_albidum:31.102942,Erythronium_americanum:31.102942)erythronium:31.102942,(Lilium_canadense:31.102942,Lilium_michiganense:31.102942,Lilium_philadelphicum:31.102942)lilium:31.102942,(Medeola_virginiana:31.102942)medeola:31.102942,(Prosartes_lanuginosa:31.102942)prosartes:31.102942,(Hemerocallis_fulva:31.102942)hemerocallis:31.102942)liliaceae:31.102940):31.102943):31.102943):25.919113)liliales:25.919113):17.279419):17.279404):17.279404,(((Symplocarpus_foetidus:64.797791)symplocarpus:64.797791)araceae:64.797791)alismatales:64.797791):17.279419)monocots:17.279419)poales_to_asterales:6.250000,(((((((((Sassafras_albidum:30.000000)sassafras:30.000000)lauraceae:30.000000):30.000000):30.000000):30.000000)laurales:30.000000,((((Liriodendron_tulipifera:42.000000)liriodendron:42.000000)magnoliaceae:42.000000):42.000000)magnoliales:42.000000):30.000000)magnoliids:30.000000):30.000000)magnoliales_to_asterales:6.250000)austrobaileyales_to_asterales:6.250000)nymphaeales_to_asterales:6.250000)angiosperms:6.250000)seedplants:75.000000;
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