Woups...
Here's what happens when getting an email address from the email window
and then forgetting to remove it when sending the email...
Sorry all (maybe you get something useful from this email if you
understand French)...
Anyway, sorry again.
Séb :)
Salut Nicolas,
Voici quelques pistes de réponses...
1) Vous pouvez faire les fits directement avec relax. En utilisant le
gui de cette façon, les listes fits sont faits et les runs de
model-free suivent, sans devoir importer de nouveau les données...
MAis bon, c'est un détail et ça ne change rien, car vous pouvez
commencer où vous souhaitez...
2) En utilisant relax en mode "script", il y a plusieurs exemples de
scripts dans le dossier "sample_scripts". En particulier, dans
"sample_scripts/model-free", se trouve le script
"dauvergne_protocol.py" qui permet l'analyse complète et automatisée
selon la méthode de d'Auvergne (qui utilise au minimum 2 champs).
D'autres scripts peuvent être utilisées si on n'a qu'un champ, comme
le script "mf_multimodel.py" qui peut être utilisé et modifié pour
faire des runs à un seul champs...
3) La meilleure manière de comprendre se qui se passe est de voir le
code directement... Le code spécifique du GUI est dans le répertoire
"gui" et celui-ci utilise les routines de relax (voir autres
répertoires)...
4) For all details on the different functions within relax, please
refer to the manual (either directly downloaded) or easily build with
scons ("scons user_manual_pdf"). (Désolé pour l'anglais...)
5) L'idéal, pour les questions, est de s'inscrire et d'ensuite écrire
à la mailing list des utilisateurs de relax ([email protected], voir
site web: http://www.nmr-relax.com/communication.html#relax-users)...
Je connais relax et le recommande. C'est polyvalent et facilemtn
modifiable pour combler tous vos désirs de model-free et de relaxation
! Par contre, je ne suis plus activement impliqué dans le
développement et l'utilisation. Par ailleurs, je n;ai jamais utilisé
le gui. Par contre, celui-ci devrait être bien fait et avec la même
philosophie que le reste du code pour lequel il n'est qu'une jolie
interface... Ceci dit, je vous conseille de contacter Edward via la
mailing list. Il répond RAPIDEMENT et EN DÉTAILS. Il est aussi bien
heureux de débugger et améliorer le code... et ce, RAPIDEMENT.
6) Bien qu'Edward comprenne le français, svp traduisez vos questions
et envoyez les à la mailin list. Les réponses seront complémentaire
aux miennes...
Bonne chance !
Ciao !
Séb :)
Salut Sébastien,
J'ai installé avec succès Relax (linux) pour mon étudiant Donald (en
cc) et nous commençons à bidouiller un peu avec le logiciel, qui nous
apparaît très bien construit. Merci pour la suggestion. Ceci dit,
nous avons effectué le processing des T1, T2 et NOE avec Sparky comme
nous avons l'habitude de le faire et Donald a créé des listes qu'il a
commencé à importer dans Relax. Pour l'instant, nous n'avons que des
données à 800 MHz, mais nous allons bientôt lancer le même
échantillon à 500 MHz pour lancer l'analyse ModelFree. Je crois
comprendre que le logiciel ne fonctionne qu'à 2 champs (selon
Bieri-2011).
Par contre, il est assez difficile de suivre le flux des différentes
étapes à suivre dans Relax avant de pouvoir lancer l'analyse
ModelFree, surtout considérant que Donald obtient quelques messages
d'erreurs uniquement en important ses listes ainsi que dans la
définition des spins avec le PDB utilisé. Les articles publiés sur le
sujet sont ok à propos de certains détails, mais nous avons de la
difficulté à trouver une référence générale qui nous expliquerait la
marche à suivre étape par étape, notamment en présentant quelques
explications des différentes options de base importantes à définir
dans les boîtes du GUI. Malheureusement, le manuel du logiciel et les
articles publiés sont très peu garnis à cet effet.
Est-ce que tu aurais un exemple d'une "run" complète bidon (ou une
ancienne des tiennes) que nous pourrions utiliser comme
modèle/exemple à lancer, question de se faire la main avec le
logiciel un peu ? Avoir quelque chose qu'on sait qui fonctionne nous
permettrait non seulement de comprendre le flux et l'ordre des
étapes, mais également de savoir où les choses clochent avec nos
propres listes R1, R2 et NOE. Une marche à suivre n'a-t-elle pas été
écrite par d'Auvergne ou un collaborateur comme toi par le passé ?
Merci pour les infos,
Nick
*--*
*Nicolas Doucet*
*Assistant Professor*
*INRS - Institut Armand-Frappier*
*University of Quebec*
*Institut Pasteur International Network*
*531 Boulevard des Prairies*
*Laval (Quebec) H7V 1B7 CANADA*
*Phone: (450) 687-5010 #4212*
*Fax: (450) 686-5501*
*Email: [email protected] <mailto:[email protected]>*
*Web: http://www.profs.inrs.ca/ndoucet/*
*--*
*
*
--
Sébastien Morin, Ph.D.
Postdoctoral Fellow, S. Bernèche Laboratory
Department of Bioinformatics
Biozentrum, Universität Basel
Klingelbergstrasse 50/70
4056 Basel
Switzerland
---- sebastien DOT morin AT unibas DOT ch ----
_______________________________________________
relax (http://www.nmr-relax.com)
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