Hi, Welcome to the relax mailing lists - well, accidentally anyway :) As Sebastien said, please feel free to ask here if you have any difficulties or problems - I should be able to help you sort out most issues. And all user feedback is most welcome! relax is now such a massive multi-developer project that I am unable to keep everything perfectly up to date, so any suggestions are taken seriously.
For the fitting of the relaxation rates, I would strongly recommend relax over the Sparky fitting. The reason is because I'm pretty sure that Sparky does not use the gold standard for error propagation - Monte Carlo simulations. Hence your error estimates may not be accurate and this has a strong effect on the model-free analysis. Other programs, such as relax and Art Palmer's curvefit, perform the error propagation properly. As for understanding the analysis, the analysis chapters of the relax manual together with the user function documentation should hopefully provide enough details. I have just noticed that the relaxation curve-fitting chapter is very much out of date! If you use the GUI, I have redesigned it so that usage should be very obvious and not require any reading of the manual or user function documentation. Again, if anything is not 100% obvious, any suggestions for how to improve this are welcome. Unfortunately there is no full test data set to try the analyses on. This is something I plan on adding to relax in the future once I publish a paper from my PhD times. Note though that, although a single model-free calculation is extremely quick within all software packages, the full highly-iterative model-free analysis protocol can take between 1 to 2 weeks to complete. relax implements this full protocol into the GUI (details are available via the 'about' button in the model-free analysis tab) or in the sample_scripts/model_free/dauvergne_protocol.py script. As this takes such a long time, I'm not sure how useful such an example data set would be. You can always speed the analysis up by using Gary Thompson's multi-processor code within relax - see the introductory chapter for how to use this. Regards, Edward P. S. You can implement one of the original model-free analysis protocols from the 1990's if you can only collect single field strength data. relax is so flexible that it is capable of reproducing the results from Modelfree4 and Dasha extremely accurately, you just need turn the optimisation precision to very low values. However to be sure that the internal dynamics is real and not due to a slightly incorrect estimate of the diffusion tensor, data at two field strengths (with both temperature compensation and per-experiment temperature calibration) is highly recommended. 2012/8/22 Sébastien Morin <[email protected]>: > Woups... > > Here's what happens when getting an email address from the email window and > then forgetting to remove it when sending the email... > > Sorry all (maybe you get something useful from this email if you understand > French)... > > Anyway, sorry again. > > > Séb :) > > > Salut Nicolas, > > Voici quelques pistes de réponses... > > 1) Vous pouvez faire les fits directement avec relax. En utilisant le gui de > cette façon, les listes fits sont faits et les runs de model-free suivent, > sans devoir importer de nouveau les données... MAis bon, c'est un détail et > ça ne change rien, car vous pouvez commencer où vous souhaitez... > > 2) En utilisant relax en mode "script", il y a plusieurs exemples de scripts > dans le dossier "sample_scripts". En particulier, dans > "sample_scripts/model-free", se trouve le script "dauvergne_protocol.py" qui > permet l'analyse complète et automatisée selon la méthode de d'Auvergne (qui > utilise au minimum 2 champs). D'autres scripts peuvent être utilisées si on > n'a qu'un champ, comme le script "mf_multimodel.py" qui peut être utilisé et > modifié pour faire des runs à un seul champs... > > 3) La meilleure manière de comprendre se qui se passe est de voir le code > directement... Le code spécifique du GUI est dans le répertoire "gui" et > celui-ci utilise les routines de relax (voir autres répertoires)... > > 4) For all details on the different functions within relax, please refer to > the manual (either directly downloaded) or easily build with scons ("scons > user_manual_pdf"). (Désolé pour l'anglais...) > > 5) L'idéal, pour les questions, est de s'inscrire et d'ensuite écrire à la > mailing list des utilisateurs de relax ([email protected], voir site web: > http://www.nmr-relax.com/communication.html#relax-users)... Je connais relax > et le recommande. C'est polyvalent et facilemtn modifiable pour combler tous > vos désirs de model-free et de relaxation ! Par contre, je ne suis plus > activement impliqué dans le développement et l'utilisation. Par ailleurs, je > n;ai jamais utilisé le gui. Par contre, celui-ci devrait être bien fait et > avec la même philosophie que le reste du code pour lequel il n'est qu'une > jolie interface... Ceci dit, je vous conseille de contacter Edward via la > mailing list. Il répond RAPIDEMENT et EN DÉTAILS. Il est aussi bien heureux > de débugger et améliorer le code... et ce, RAPIDEMENT. > > 6) Bien qu'Edward comprenne le français, svp traduisez vos questions et > envoyez les à la mailin list. Les réponses seront complémentaire aux > miennes... > > Bonne chance ! > Ciao ! > > > Séb :) > > > > > > > Salut Sébastien, > > J'ai installé avec succès Relax (linux) pour mon étudiant Donald (en cc) et > nous commençons à bidouiller un peu avec le logiciel, qui nous apparaît très > bien construit. Merci pour la suggestion. Ceci dit, nous avons effectué le > processing des T1, T2 et NOE avec Sparky comme nous avons l'habitude de le > faire et Donald a créé des listes qu'il a commencé à importer dans Relax. > Pour l'instant, nous n'avons que des données à 800 MHz, mais nous allons > bientôt lancer le même échantillon à 500 MHz pour lancer l'analyse > ModelFree. Je crois comprendre que le logiciel ne fonctionne qu'à 2 champs > (selon Bieri-2011). > > Par contre, il est assez difficile de suivre le flux des différentes étapes > à suivre dans Relax avant de pouvoir lancer l'analyse ModelFree, surtout > considérant que Donald obtient quelques messages d'erreurs uniquement en > important ses listes ainsi que dans la définition des spins avec le PDB > utilisé. Les articles publiés sur le sujet sont ok à propos de certains > détails, mais nous avons de la difficulté à trouver une référence générale > qui nous expliquerait la marche à suivre étape par étape, notamment en > présentant quelques explications des différentes options de base importantes > à définir dans les boîtes du GUI. Malheureusement, le manuel du logiciel et > les articles publiés sont très peu garnis à cet effet. > > Est-ce que tu aurais un exemple d'une "run" complète bidon (ou une ancienne > des tiennes) que nous pourrions utiliser comme modèle/exemple à lancer, > question de se faire la main avec le logiciel un peu ? Avoir quelque chose > qu'on sait qui fonctionne nous permettrait non seulement de comprendre le > flux et l'ordre des étapes, mais également de savoir où les choses clochent > avec nos propres listes R1, R2 et NOE. Une marche à suivre n'a-t-elle pas > été écrite par d'Auvergne ou un collaborateur comme toi par le passé ? > > Merci pour les infos, > > Nick > > -- > Nicolas Doucet > Assistant Professor > INRS - Institut Armand-Frappier > University of Quebec > Institut Pasteur International Network > 531 Boulevard des Prairies > Laval (Quebec) H7V 1B7 CANADA > Phone: (450) 687-5010 #4212 > Fax: (450) 686-5501 > Email: [email protected] > Web: http://www.profs.inrs.ca/ndoucet/ > -- > > > > > -- > Sébastien Morin, Ph.D. > Postdoctoral Fellow, S. Bernèche Laboratory > Department of Bioinformatics > Biozentrum, Universität Basel > Klingelbergstrasse 50/70 > 4056 Basel > Switzerland > ---- sebastien DOT morin AT unibas DOT ch ---- > > > > _______________________________________________ > relax (http://www.nmr-relax.com) > > This is the relax-users mailing list > [email protected] > > To unsubscribe from this list, get a password > reminder, or change your subscription options, > visit the list information page at > https://mail.gna.org/listinfo/relax-users > > > -- > Sébastien Morin, Ph.D. > Postdoctoral Fellow, S. Bernèche Laboratory > Department of Bioinformatics > Biozentrum, Universität Basel > Klingelbergstrasse 50/70 > 4056 Basel > Switzerland > ---- sebastien DOT morin AT unibas DOT ch ---- > > > _______________________________________________ > relax (http://www.nmr-relax.com) > > This is the relax-users mailing list > [email protected] > > To unsubscribe from this list, get a password > reminder, or change your subscription options, > visit the list information page at > https://mail.gna.org/listinfo/relax-users > _______________________________________________ relax (http://www.nmr-relax.com) This is the relax-users mailing list [email protected] To unsubscribe from this list, get a password reminder, or change your subscription options, visit the list information page at https://mail.gna.org/listinfo/relax-users
