genes <- read.csv('~/Downloads/NePCa.csv')
genes[1:4,1:4]
g_max <- aggregate(. ~X, data = genes, max)
g_max[1:4,1:4]
rownames(g_max) <- g_max$X
gene_matrix <- as.matrix(g_max[,-1])
is.numeric(gene_matrix)
gene_matrix[1:4,1:4]
Daniel
> On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br)
>
Arquivos GTF, eu quis dizer
Daniel
> On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br)
> wrote:
>
> Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, mas a importação dos seus
> dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".
>
> Isso perturba a importação da 1ª coluna
Se existirem mais de uma linha referente ao mesmo gene é preciso agregar os
valores de alguma forma. Usar a média ou o valor máximo. Precisa ver o que foi
utilizado para a contagem. Geralmente os algoritmos de contagem utilizam a
nomenclatura do Ensembl que vem dos arguis GTF. Neste caos, foi
Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, *mas* a importação dos seus
dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".
Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (*rownames*),
tanto se fosse usada o parâmetro row.names=1 na chamada a read.csv() ou se
a
Olá, tudo bem?
Como faço para cancelar a assinatura? já tentei pelo site, mas não tive
sucesso.
Abraços
___
R-br mailing list
R-br@listas.c3sl.ufpr.br
https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
Leia o guia de postagem
O objeto do tipo matrix em R somente aceita variáveis do mesmo tipo. Como
você está lendo o CSV que contém caracteres (nomes dos genes) e valores
numéricos (expressão), o R converte tudo para caracter.
Você precisa colocar a coluna do nome dos genes no rownames, excluir a
coluna de nome de genes e
Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,
Estou em outro nível de problema.
Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte:
dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")
head(dados)
class(dados)
*[1] "data.frame"*
geneLength <- rowMeans(dados)
*Error in rowMeans(dados) : 'x' must
O edgeR não está disponível no CRAN. Ele faz parte do Bioconductor. Dê uma
lida neste tutorial -
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html - para
encontrar as instruções de intalação.
--
Marcus Nunes
Professor Adjunto
https://marcusnunes.me/
Universidade Federal do Rio Grande
Caríssimos(as) utilizadores do R, bom dia
Espero que todos estejam bem.
Preciso converter dados de expressão gênica de FPKM para CPM, a fim de
comparar estes dados com outros bancos que estão em CPM. Para fazer a
conversão, eu deveria usar o pacote edgeR, entretanto, não consigo
instalá-lo no
