Re: [R-es] Problemas calculo muertes acumuladas mundo COVID-19 dplyr
Hola,
Mira la fecha, porque no tiene formato "Date", si no "character" y eso te
puede estar creando problemas.
Otra alternativa con data.table
#
library(data.table)
library(lubridate)
datdt <- as.data.table(datos)
datdt[ , fecha := dmy(dateRep)]
datdt[ , .(cas_cum = cumsum(cases)), by = .(fecha)][ , head(.SD[.N]), by =
.(fecha)]
#--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El dom., 3 may. 2020 a las 20:41, Javier Gómez Gonzalez (<
zaraga...@gmail.com>) escribió:
> Hola a todos:
> Tengo problemas para calcular los casos acumulados y las muertes acumuladas
> para el mundo a partir de los datos diarios por paises de casos y muertes
> Los datos los estoy descargando del European Centre for Disease Prevention
> and Control
>
> library(utils)
> library(httr)
> GET("https://opendata.ecdc.europa.eu/covid19/casedistribution/csv;,
> authenticate(":", ":", type="ntlm"), write_disk(tf <- tempfile(fileext
> = ".csv")))
>
> # Creamos un dataframe con los datos descargados
> datos <- read.csv(tf)
>
> El ejemplo es para el 01-05-2020
> Lo que estoy haciendo es lo siguiente:
>
> # Calculamos las muertes acumuladas y los casos acumulados por países
> names(mundo)
> mundo_1 <- mundo %>%
> group_by(pais) %>%
> mutate(casos_totales=cumsum(casos_dia),
>muertes_totales=cumsum(muertes_dia) )%>% ungroup()
>
> # Creamos las variables casos dia, casos totales,
> # muertes dia y muertes totales por fecha
> mundo_2 <- mundo_1 %>%
> group_by(fecha) %>%
> summarise(casos_dia=sum(casos_dia),
> casos_totales=sum(casos_totales,na.rm=T),
> muertes_dia=sum(muertes_dia),
> muertes_totales=sum(muertes_totales)) %>% ungroup()
>
> Y el problema que tengo es que para el 30-04-2020 los valores acumulados
> son menores que para el 29-04-2020
>
>
> * fecha*
>
> *casos_dia*
>
> *casos_totales*
>
> *muertes_dia*
>
> *muertes_totales*
>
> *123*
>
> 2020-05-01
>
> 83466
>
> 3213554
>
> 5519
>
> 232563
>
> *122*
>
> 2020-04-30
>
> 76380
>
> *2917171*
>
> *6412*
>
> 202769
>
> *121*
>
> 2020-04-29
>
> 72977
>
> 3053708
>
> 6513
>
> 220632
>
> *120*
>
> 2020-04-28
>
> 65432
>
> 2980731
>
> 4897
>
> 214119
>
> *119*
>
> 2020-04-27
>
> 83536
>
> 2915299
>
> 3926
>
> 209222
>
> *118*
>
> 2020-04-26
>
> 101716
>
> 2831763
>
> 6249
>
> 205296
>
>
>
> Muchas gracias
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
[[alternative HTML version deleted]]
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Re: [R-es] Convex hulls para NMDS o PCoA
Hola, No estoy del todo seguro si los gráficos que incluye puede contemplar lo que pides, pero probaría el paquete "factoextra". Puedes ver sus posibilidades aquí: http://www.sthda.com/english/wiki/factoextra-r-package-easy-multivariate-data-analyses-and-elegant-visualization Gracias, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El dom., 3 may. 2020 a las 15:05, Fernando Archuby () escribió: > Buenos días/tardes. > Me encuentro analizando datos de abundancias de especies por muestras en un > estudio paleontológico. He realizdo un análisis de agrupamiento con > hclust() con distancia de Bray-Curtis, previo transformación de los datos. > He realizado también un PCoA con la misma matriz de distancia, con el > comando cmdscale(). A su vez, con los ejes del PCoA calculé un nMDS con > metaMDS(). Les comparto dos consultas: > - ¿Cómo puedo agregar los convex hulls de los clusters a los gráficos de > ordenamiento, tanto PCoA como nMDS? Idealmente cada uno de un color > diferente. De manera similar, es mi intención agregar convex hulls de > variables discretas como tipo de estrato, que es el mismo caso de los > clusters. En cualquier caso, cuento con un vector con cada variable con la > que quiero graficar los convex hulls. > - Hice nMDS con los ejes resultantes del PCoA con el fin de "aprovechar" la > varianza contenida en los ejes 3 a n-1 del PCoA. ¿Es para ustedes una > estrategia adecuada? > Saludos, > Fernando. > > -- > > *Dr. Fernando M. Archuby* > CONICET-UNLP > Teléfono Personal: +54-221-15-6129667. > farch...@gmail.com > paleobiolo...@gmail.com > > [[alternative HTML version deleted]] > > ___ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] Fwd: Re: Fwd: Re: Instalar paquetes no disponibles para la versión actual
La memoria es mala consejera.
Igual la gestión de paquetes ha mejorado (seguro que desde los inicios
lo ha hecho, pero no hablo de hace tanto), y eso solo se nota en que no
se nota. Creo que se me entiende.
Yo que ya voy peinando canas (o incluso dejando de hacerlo) recuerdo con
horror algunas transiciones; especialmente aquella del 2.1x (2.15 o
2.16, no me llega la memoria) a la 3.0. Y tampoco fue fácil hace solo un
par de años.
Incluso así, la instalación de R-Commander (que es mi paquete central)
sigue teniendo problemas en la instalación: No arrastra todas las
dependencias que necesitará en ejecución.
Y no es por el uso de paquetes externos a CRAN que es muy muy
esporádico, sino como ya digo por la insuficiente explicitación de las
dependencias. Este problema no te puede salir en rvest (creo).
En fin, si se está en ello es para mí buena noticia. Gracias por ello.
Saludos.
El 3/5/20 a las 20:27, Marcelino de la Cruz Rot escribió:
Hola José:
Te lo permito, por supuesto ;-)
Hablaba desde mi experiencia, lógicamente. De todas formas, la
conformidad de los paquetes, incluidas las dependencias, al menos para
los 15575 paquetes alojados en CRAN, se testan a diario. En el último
test, por ejemplo, veo esto:
> library(rvest)
> paquetes <-
read_html("https://cran.r-project.org/web/checks/check_summary_by_package.html#summary_by_package;)
> paqs <- paquetes %>% html_node("table") %>% html_table()
> table(paqs[["r-releaseLinuxx86_64"]])
ERROR ERROR* NOTE NOTE* OK OK* WARN
411 34 1 2464 11 12953 66 21
Es decir, sólo 35 paquetes con error del total de paquetes contribuidos.
Por supuesto, esto no significa nada si los paquetes que usas están
entre esos 35 con error o se distribuyen mediante otros repositorios
no oficiales y tienes problemas para instalarlos en la versión actual.
Pero no olvidemos que incluso los paquetes archivados (incluyendo los
antiguos orphaned), pueden con frecuencia (mi experiencia también)
instalarse con pequeñas manipulaciones para adaptarlos a los
requerimientos de la versión actual de R...
Un saludo,
Marcelino
El 03/05/2020 a las 16:31, José Trujillo Carmona escribió:
Me vas a permitir Marcelino que te contradiga en parte.
En R hay a fecha de hoy 15575 paquetes. Hace unos tres años unos 10
000. El crecimiento durante años fue exponencial; tengo la sensación
no contrastada de que ya no es así, y supongo que en parte es por la
abundancia con la que encuentro paquetes abandonados como los que
señala Manuel Mendoza.
Y no, a todos los autores no les da tiempo a contrastarlos a toque de
corneta cuando sale la versión de cada año. De he hecho he vivido
algún año con la transición hasta septiembre bastante complicada con
algunos paquetes que sacaban versión tras versión hasta tenerla
afinada. Incluso aunque la versión estable aumenta en una décima cada
año en abril desde 2013 (3.0, 3.1, ...) a lo largo del año aparecen
ajuste con versión decimal.
En años anteriores he vivido algunos meses conflictivos sin encontrar
modo de que los paquetes de RCommander, que se supone que forman
parte del "núcleo duro", estuviesen todos disponibles para Linux.
Es cierto que hay un "núcleo duro" de paquetes bajo la supervisión de
la "R Foundation for Statistical Computing", pero ya te digo que en
algunas publicaciones (odio el anglicismo liberaciones que no se
corresponde con su significado en español, publicar es hacer público
y eso es exactamente una "release") ni siquiera esos paquetes se han
comportado como un conjunto homogéneo en sus dependencias. El tema de
las dependencias R tendría que trabajarselo mucho más.
Y en concreto, pasar de la versión 3.6.x a la 4, ... todavía recuerdo
la pesadilla que me supuso llegar a la compatibilidad de todos los
paquetes con los que trabajo en 2013 cuando se publicó la versión 3.
Yo me quedaré como mínimo hasta septiembre en la 3.6 En agosto haré
alguna (prueba como todos los años, con resultado dispar) y ya veremos.
Saludos.
El 3/5/20 a las 13:11, Marcelino de la Cruz Rot escribió:
Hola a todos:
Las versiones oficiales de R no son versiones beta, sino versiones
"definitivas" convenientemente testadas. Los paquetes disponibles en
el servidor de CRAN están testados contra la versión actual de R.
Mantenerse en una versión anticuada normalmente conduce a la pérdida
de funcionalidad, errores de dependencias entre versiones de
paquetes nuevos etc. En R, actualizar a la última versión suele ser
una recomendación bastante conservadora.
Un saludo
Marcelino
El 03/05/2020 a las 7:25, Rafael Bidegain escribió:
hola a todos.
contesto entre líneas
El vie., 1 may. 2020 a las 15:52, Marcelino de la Cruz Rot (<
marcelino.delac...@urjc.es>) escribió:
La versión 3.5 es algo antigua (1 año). Yo instalaría la 4.0-0, y la
última versión de RStudio y probaría.
es una recomendación *muy* arriesgada, R 4.0 se liberó solo hace
unos días.
(24 de abril
Re: [R-es] Problemas calculo muertes acumuladas mundo COVID-19 dplyr
Hola Javier:
Igual te resulta más fácil así:
mundo <-aggregate(datos$deaths, by=list(factor(datos$day)), FUN=sum)
mundo$suma_acumulada<- cumsum(mundo$x)
mundo
Un saludo,
Marcelino
El 03/05/2020 a las 20:39, Javier Gómez Gonzalez escribió:
Hola a todos:
Tengo problemas para calcular los casos acumulados y las muertes acumuladas
para el mundo a partir de los datos diarios por paises de casos y muertes
Los datos los estoy descargando del European Centre for Disease Prevention
and Control
library(utils)
library(httr)
GET("https://opendata.ecdc.europa.eu/covid19/casedistribution/csv;,
authenticate(":", ":", type="ntlm"), write_disk(tf <- tempfile(fileext
= ".csv")))
# Creamos un dataframe con los datos descargados
datos <- read.csv(tf)
El ejemplo es para el 01-05-2020
Lo que estoy haciendo es lo siguiente:
# Calculamos las muertes acumuladas y los casos acumulados por países
names(mundo)
mundo_1 <- mundo %>%
group_by(pais) %>%
mutate(casos_totales=cumsum(casos_dia),
muertes_totales=cumsum(muertes_dia) )%>% ungroup()
# Creamos las variables casos dia, casos totales,
# muertes dia y muertes totales por fecha
mundo_2 <- mundo_1 %>%
group_by(fecha) %>%
summarise(casos_dia=sum(casos_dia),
casos_totales=sum(casos_totales,na.rm=T),
muertes_dia=sum(muertes_dia),
muertes_totales=sum(muertes_totales)) %>% ungroup()
Y el problema que tengo es que para el 30-04-2020 los valores acumulados
son menores que para el 29-04-2020
* fecha*
*casos_dia*
*casos_totales*
*muertes_dia*
*muertes_totales*
*123*
2020-05-01
83466
3213554
5519
232563
*122*
2020-04-30
76380
*2917171*
*6412*
202769
*121*
2020-04-29
72977
3053708
6513
220632
*120*
2020-04-28
65432
2980731
4897
214119
*119*
2020-04-27
83536
2915299
3926
209222
*118*
2020-04-26
101716
2831763
6249
205296
Muchas gracias
[[alternative HTML version deleted]]
___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
.
--
Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España
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[R-es] Problemas calculo muertes acumuladas mundo COVID-19 dplyr
Hola a todos:
Tengo problemas para calcular los casos acumulados y las muertes acumuladas
para el mundo a partir de los datos diarios por paises de casos y muertes
Los datos los estoy descargando del European Centre for Disease Prevention
and Control
library(utils)
library(httr)
GET("https://opendata.ecdc.europa.eu/covid19/casedistribution/csv;,
authenticate(":", ":", type="ntlm"), write_disk(tf <- tempfile(fileext
= ".csv")))
# Creamos un dataframe con los datos descargados
datos <- read.csv(tf)
El ejemplo es para el 01-05-2020
Lo que estoy haciendo es lo siguiente:
# Calculamos las muertes acumuladas y los casos acumulados por países
names(mundo)
mundo_1 <- mundo %>%
group_by(pais) %>%
mutate(casos_totales=cumsum(casos_dia),
muertes_totales=cumsum(muertes_dia) )%>% ungroup()
# Creamos las variables casos dia, casos totales,
# muertes dia y muertes totales por fecha
mundo_2 <- mundo_1 %>%
group_by(fecha) %>%
summarise(casos_dia=sum(casos_dia),
casos_totales=sum(casos_totales,na.rm=T),
muertes_dia=sum(muertes_dia),
muertes_totales=sum(muertes_totales)) %>% ungroup()
Y el problema que tengo es que para el 30-04-2020 los valores acumulados
son menores que para el 29-04-2020
* fecha*
*casos_dia*
*casos_totales*
*muertes_dia*
*muertes_totales*
*123*
2020-05-01
83466
3213554
5519
232563
*122*
2020-04-30
76380
*2917171*
*6412*
202769
*121*
2020-04-29
72977
3053708
6513
220632
*120*
2020-04-28
65432
2980731
4897
214119
*119*
2020-04-27
83536
2915299
3926
209222
*118*
2020-04-26
101716
2831763
6249
205296
Muchas gracias
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Re: [R-es] Fwd: Re: Fwd: Re: Instalar paquetes no disponibles para la versión actual
Hola José:
Te lo permito, por supuesto ;-)
Hablaba desde mi experiencia, lógicamente. De todas formas, la
conformidad de los paquetes, incluidas las dependencias, al menos para
los 15575 paquetes alojados en CRAN, se testan a diario. En el último
test, por ejemplo, veo esto:
> library(rvest)
> paquetes <-
read_html("https://cran.r-project.org/web/checks/check_summary_by_package.html#summary_by_package;)
> paqs <- paquetes %>% html_node("table") %>% html_table()
> table(paqs[["r-releaseLinuxx86_64"]])
ERROR ERROR* NOTE NOTE* OK OK* WARN
411 34 1 2464 11 12953 66 21
Es decir, sólo 35 paquetes con error del total de paquetes contribuidos.
Por supuesto, esto no significa nada si los paquetes que usas están
entre esos 35 con error o se distribuyen mediante otros repositorios no
oficiales y tienes problemas para instalarlos en la versión actual. Pero
no olvidemos que incluso los paquetes archivados (incluyendo los
antiguos orphaned), pueden con frecuencia (mi experiencia también)
instalarse con pequeñas manipulaciones para adaptarlos a los
requerimientos de la versión actual de R...
Un saludo,
Marcelino
El 03/05/2020 a las 16:31, José Trujillo Carmona escribió:
Me vas a permitir Marcelino que te contradiga en parte.
En R hay a fecha de hoy 15575 paquetes. Hace unos tres años unos 10
000. El crecimiento durante años fue exponencial; tengo la sensación
no contrastada de que ya no es así, y supongo que en parte es por la
abundancia con la que encuentro paquetes abandonados como los que
señala Manuel Mendoza.
Y no, a todos los autores no les da tiempo a contrastarlos a toque de
corneta cuando sale la versión de cada año. De he hecho he vivido
algún año con la transición hasta septiembre bastante complicada con
algunos paquetes que sacaban versión tras versión hasta tenerla
afinada. Incluso aunque la versión estable aumenta en una décima cada
año en abril desde 2013 (3.0, 3.1, ...) a lo largo del año aparecen
ajuste con versión decimal.
En años anteriores he vivido algunos meses conflictivos sin encontrar
modo de que los paquetes de RCommander, que se supone que forman parte
del "núcleo duro", estuviesen todos disponibles para Linux.
Es cierto que hay un "núcleo duro" de paquetes bajo la supervisión de
la "R Foundation for Statistical Computing", pero ya te digo que en
algunas publicaciones (odio el anglicismo liberaciones que no se
corresponde con su significado en español, publicar es hacer público y
eso es exactamente una "release") ni siquiera esos paquetes se han
comportado como un conjunto homogéneo en sus dependencias. El tema de
las dependencias R tendría que trabajarselo mucho más.
Y en concreto, pasar de la versión 3.6.x a la 4, ... todavía recuerdo
la pesadilla que me supuso llegar a la compatibilidad de todos los
paquetes con los que trabajo en 2013 cuando se publicó la versión 3.
Yo me quedaré como mínimo hasta septiembre en la 3.6 En agosto haré
alguna (prueba como todos los años, con resultado dispar) y ya veremos.
Saludos.
El 3/5/20 a las 13:11, Marcelino de la Cruz Rot escribió:
Hola a todos:
Las versiones oficiales de R no son versiones beta, sino versiones
"definitivas" convenientemente testadas. Los paquetes disponibles en
el servidor de CRAN están testados contra la versión actual de R.
Mantenerse en una versión anticuada normalmente conduce a la pérdida
de funcionalidad, errores de dependencias entre versiones de paquetes
nuevos etc. En R, actualizar a la última versión suele ser una
recomendación bastante conservadora.
Un saludo
Marcelino
El 03/05/2020 a las 7:25, Rafael Bidegain escribió:
hola a todos.
contesto entre líneas
El vie., 1 may. 2020 a las 15:52, Marcelino de la Cruz Rot (<
marcelino.delac...@urjc.es>) escribió:
La versión 3.5 es algo antigua (1 año). Yo instalaría la 4.0-0, y la
última versión de RStudio y probaría.
es una recomendación *muy* arriesgada, R 4.0 se liberó solo hace
unos días.
(24 de abril de 2020)
la lista de cambios es enorme, hay correciones implementaciones
nuevas y
algunas cosas deprecadas y otras directamente fueron retiradas del
sistema
si estás empezando de cero y no compartís codigo con otros usuarios es
posible una instalación limpia de R. 4.0 si ese no es el caso lo
mejor es
quedarse con la actual stable mas probada y darle tiempo a la R 4.0
a que
madure.
pueden ver las cosas nuevas, deprecadas y dadas de baja acá:
https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2020/000653.html
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Marcelino de la Cruz Rot
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Re: [R-es] Instalar paquetes no disponibles para la versión actual
Hola,
Una alternativa para evitar tener que instalarte todo de nuevo es usar
"RStudiio Cloud" (https://rstudio.cloud/)
- Acabo de instalarme el paquete que te interesa "forestFloor" en una de
las versiones que en RStudio_Cloud está disponible (3.5.3). También está la
3.6.0.
- He tenido que instalar sus dependencias (Rcpp, kknn, randomForest,
caret).
- Para instalar "forestFloor" he subido la librería a RStudio Cloud (se
puede sin problemas) e instalarla una vez estaban instaladas estas
dependencias.
- He ejecutado los ejemplos que aparecen en la ayuda de la función
"forestFloor()".
Si el conjunto de datos no es muy pesado, puedes subirlo igualmente a tu
entorno en RStudio_Cloud (realmente un proyecto) y ejecutarlo todo ahí. Los
resultados igualmente te los puedes bajar.
Como referencia, en RStudio Cloud, uno puede tener en la misma cuenta
diferentes proyectos cada uno corriendo con versiones de R diferentes.
Tiene limitaciones de espacio (1Gb) y de ejecución, no puedes dejar algo
muy pesado corriendo durante mucho tiempo.
Comparto la idea de José sobre que la actualización a una nueva versión de
R tiene consecuencias, que te pueden dejar un tanto colgado tu código
previo. Creo que la comunidad está al tanto de esto y en particular
RStudio, de ahí que estén apostando por una gestión de entornos parecida a
la que existe en Python. En este sentido, su última apuesta es el paquete
"renv". Que es mejor que su anterior iniciativa (Packrat).
- https://rstudio.github.io/renv/articles/renv.html
Otra alternativa interesante, para no cambiar tu entorno, aunque tiene la
limitación que su uso es en modo trial durante 45 días es esta:
- https://rstudio.com/products/quickstart/
En este caso, te instalas en tu ordenador una máquina virtual con todos
estos productos: RStudio_Server_Pro, Connect y el Package Manager.
Como en el caso de RStudio_Cloud esta versión trial viene instalada con
varias versiones de R.
Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El jue., 30 abr. 2020 a las 18:16, Manuel Mendoza (<
mmend...@fulbrightmail.org>) escribió:
> Buenas tardes. Tenía la versión 3.6.0 de R. Quería instalar el paquete
> edarf, pero decía que no estaba disponible para esa versión. Actualicé R a
> la versión 4.0.0, que creo que es la última, pero al tratar de reinstalar
> forestFloor, me dice que no está disponible para la versión 4.0.0. He
> abierto R 3.6.0 directamente, cliqueo install.packages("forestfloor") y
> ahora me dice que no está disponible para esa versión.
> A ver si me podéis echar una mano,
> Gracias,
> Manuel
>
> [[alternative HTML version deleted]]
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Re: [R-es] Fwd: Re: Fwd: Re: Instalar paquetes no disponibles para la versión actual
Me vas a permitir Marcelino que te contradiga en parte. En R hay a fecha de hoy 15575 paquetes. Hace unos tres años unos 10 000. El crecimiento durante años fue exponencial; tengo la sensación no contrastada de que ya no es así, y supongo que en parte es por la abundancia con la que encuentro paquetes abandonados como los que señala Manuel Mendoza. Y no, a todos los autores no les da tiempo a contrastarlos a toque de corneta cuando sale la versión de cada año. De he hecho he vivido algún año con la transición hasta septiembre bastante complicada con algunos paquetes que sacaban versión tras versión hasta tenerla afinada. Incluso aunque la versión estable aumenta en una décima cada año en abril desde 2013 (3.0, 3.1, ...) a lo largo del año aparecen ajuste con versión decimal. En años anteriores he vivido algunos meses conflictivos sin encontrar modo de que los paquetes de RCommander, que se supone que forman parte del "núcleo duro", estuviesen todos disponibles para Linux. Es cierto que hay un "núcleo duro" de paquetes bajo la supervisión de la "R Foundation for Statistical Computing", pero ya te digo que en algunas publicaciones (odio el anglicismo liberaciones que no se corresponde con su significado en español, publicar es hacer público y eso es exactamente una "release") ni siquiera esos paquetes se han comportado como un conjunto homogéneo en sus dependencias. El tema de las dependencias R tendría que trabajarselo mucho más. Y en concreto, pasar de la versión 3.6.x a la 4, ... todavía recuerdo la pesadilla que me supuso llegar a la compatibilidad de todos los paquetes con los que trabajo en 2013 cuando se publicó la versión 3. Yo me quedaré como mínimo hasta septiembre en la 3.6 En agosto haré alguna (prueba como todos los años, con resultado dispar) y ya veremos. Saludos. El 3/5/20 a las 13:11, Marcelino de la Cruz Rot escribió: Hola a todos: Las versiones oficiales de R no son versiones beta, sino versiones "definitivas" convenientemente testadas. Los paquetes disponibles en el servidor de CRAN están testados contra la versión actual de R. Mantenerse en una versión anticuada normalmente conduce a la pérdida de funcionalidad, errores de dependencias entre versiones de paquetes nuevos etc. En R, actualizar a la última versión suele ser una recomendación bastante conservadora. Un saludo Marcelino El 03/05/2020 a las 7:25, Rafael Bidegain escribió: hola a todos. contesto entre líneas El vie., 1 may. 2020 a las 15:52, Marcelino de la Cruz Rot (< marcelino.delac...@urjc.es>) escribió: La versión 3.5 es algo antigua (1 año). Yo instalaría la 4.0-0, y la última versión de RStudio y probaría. es una recomendación *muy* arriesgada, R 4.0 se liberó solo hace unos días. (24 de abril de 2020) la lista de cambios es enorme, hay correciones implementaciones nuevas y algunas cosas deprecadas y otras directamente fueron retiradas del sistema si estás empezando de cero y no compartís codigo con otros usuarios es posible una instalación limpia de R. 4.0 si ese no es el caso lo mejor es quedarse con la actual stable mas probada y darle tiempo a la R 4.0 a que madure. pueden ver las cosas nuevas, deprecadas y dadas de baja acá: https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2020/000653.html ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] Convex hulls para NMDS o PCoA
Buenos días/tardes. Me encuentro analizando datos de abundancias de especies por muestras en un estudio paleontológico. He realizdo un análisis de agrupamiento con hclust() con distancia de Bray-Curtis, previo transformación de los datos. He realizado también un PCoA con la misma matriz de distancia, con el comando cmdscale(). A su vez, con los ejes del PCoA calculé un nMDS con metaMDS(). Les comparto dos consultas: - ¿Cómo puedo agregar los convex hulls de los clusters a los gráficos de ordenamiento, tanto PCoA como nMDS? Idealmente cada uno de un color diferente. De manera similar, es mi intención agregar convex hulls de variables discretas como tipo de estrato, que es el mismo caso de los clusters. En cualquier caso, cuento con un vector con cada variable con la que quiero graficar los convex hulls. - Hice nMDS con los ejes resultantes del PCoA con el fin de "aprovechar" la varianza contenida en los ejes 3 a n-1 del PCoA. ¿Es para ustedes una estrategia adecuada? Saludos, Fernando. -- *Dr. Fernando M. Archuby* CONICET-UNLP Teléfono Personal: +54-221-15-6129667. farch...@gmail.com paleobiolo...@gmail.com [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] Fwd: Re: Fwd: Re: Instalar paquetes no disponibles para la versión actual
Hola a todos: Las versiones oficiales de R no son versiones beta, sino versiones "definitivas" convenientemente testadas. Los paquetes disponibles en el servidor de CRAN están testados contra la versión actual de R. Mantenerse en una versión anticuada normalmente conduce a la pérdida de funcionalidad, errores de dependencias entre versiones de paquetes nuevos etc. En R, actualizar a la última versión suele ser una recomendación bastante conservadora. Un saludo Marcelino El 03/05/2020 a las 7:25, Rafael Bidegain escribió: hola a todos. contesto entre líneas El vie., 1 may. 2020 a las 15:52, Marcelino de la Cruz Rot (< marcelino.delac...@urjc.es>) escribió: La versión 3.5 es algo antigua (1 año). Yo instalaría la 4.0-0, y la última versión de RStudio y probaría. es una recomendación *muy* arriesgada, R 4.0 se liberó solo hace unos días. (24 de abril de 2020) la lista de cambios es enorme, hay correciones implementaciones nuevas y algunas cosas deprecadas y otras directamente fueron retiradas del sistema si estás empezando de cero y no compartís codigo con otros usuarios es posible una instalación limpia de R. 4.0 si ese no es el caso lo mejor es quedarse con la actual stable mas probada y darle tiempo a la R 4.0 a que madure. pueden ver las cosas nuevas, deprecadas y dadas de baja acá: https://stat.ethz.ch/pipermail/r-announce/2020/000653.html -- Marcelino de la Cruz Rot Depto. de Biología y Geología Física y Química Inorgánica Universidad Rey Juan Carlos Móstoles España ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
